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福建省长乐市80株结核分枝杆菌临床分离株可变数目串联重复序列基因分型研究
目的 研究福建省长乐市结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成、主要流行株及其相关传播流行特征.方法 选择15个可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR),对来源于长乐市结核分枝杆菌的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用BioNumerics 5.0软件进行聚类分析.结果 80株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅶ、Ⅷ7大基因群,以Ⅰ群为主,包含59(73.8％)个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅶ、Ⅷ,常住人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅷ;流动人口与常住人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主.Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无显著统计学意义(P＞0.05).结论 初步明确长乐市结核分枝杆菌菌株有7大基因群,存在明显的基因多态性,以Ⅰ群流行为主,应加强此群菌株流行的监控.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 -
福建省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究
目的 了解福建省结核分枝杆菌的多位点可变数目串联重复序列基因分型(MLVA)的特征.方法 选择15个可变数目串联重复位点(VNTR),检测福建省30个耐药监测点临床分离的结核菌株,结果使用BioNumerics (Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 313株结核菌被分为9个基因群(Ⅰ～Ⅸ),分别包含220、9、48、2、1、3、10、10、10株菌,以Ⅰ群为主(70.3％,220/313);Ⅰ群菌株异烟肼、链霉素、乙胺丁醇和耐多药的耐药率与其他基因群的差异无统计学意义(P＞0.05),但利福平(RFP)耐药率为33.2％(73/220),明显高于其他群菌株RFP的耐药率20.4％(19/93),差异有统计学意义(P＜0.05).结论 福建省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅰ群菌株为主,并与RFP耐药性具有相关性,应加强此类菌株流行的监测.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 -
贵州省一起人间布鲁氏菌病疫情的菌株鉴定及遗传特征分析
目的 鉴定贵州省一起人间布鲁氏菌病(布病)疫情来源菌株(GZZA)并分析其遗传特征.方法 应用传统方法和聚合酶链反应(PCR)鉴定菌株,采用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)-16分析其遗传特征.结果 菌株(GZZA)采用传统方法和PCR鉴定为羊种生物3型布鲁氏菌,MLVA-16分析显示该菌株与布鲁氏菌各型代表菌株中的羊种生物3型布鲁氏菌聚类近,但在重复序列(VNTR)位点bruce42、bruce04、bruce09和bruce 16与羊种生物3型布鲁氏菌存在重复数目差异.结论 该起疫情来源菌株(GZZA)鉴定为羊种生物3型布鲁氏菌,其遗传特征与羊种生物3型菌株接近,但部分VNTR位点存在重复数目差异.
关键词： 布鲁氏菌 聚合酶链反应 多位点可变数目串联重复序列 -
布鲁菌基因分型研究进展
布鲁菌是引起人畜共患传染性布鲁菌病的病原体.基因分型作为布鲁菌病溯源的主要方法,目前以多位点VNTR分析技术备受关注,其他分型技术如随机扩增多态性和扩增片段长度多态性、多位点序列分型等也在布鲁菌基因分型中得到应用,本文综述了近年来布鲁菌基因分型的研究进展.
关键词： 布鲁菌 基因分型 可变数目串联重复序列 多位点可变数目串联重复序列 -
228株结核分枝杆菌MLVA分型研究
目的:通过多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型,了解甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株基因型情况.方法:选择标化的15个VNTR位点.对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics 4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果.结果:228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型,分别包含13(5.7%)、3(1.3%)、7(3.1%)、1(0.4%)、171(75.0%)、31(13.6%)、2(0.9%)个菌株;在株水平基因分型上,93(40.8%)株为独立基因型;其余菌株基因型分别包含2～10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇.结论:甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,MLVA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要.甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株主要为北京家族基因型菌株.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 北京家族基因型 -
北京地区实验动物绿脓杆菌分离株MLVA分型
目的 通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型方法,研究北京地区实验动物绿脓杆菌分离株基因型和分布情况.方法 选择13个可变数目重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)位点,对实验动物及设施中检测出的141株绿脓杆菌的基因组DNA进行重复序列扩增,所得指纹图谱使用BioNumerics软件进行聚类分析,绘制系统发育树和小生成树(minimum spanning tree,MST).结果 所采用的13个VNTR位点能够对全部分离株进行有效分型.141株绿脓杆菌主要被分为了3个基因群,56个基因型.各群所占比例分别为A群82.3％,B群占12.8％,C群占5.0％,辛普森多样性指数为0.763.同一区域内相邻实验动物单位的绿脓杆菌分离株同源关系较远.结论 MLVA方法对绿脓杆菌具有很好的分型能力,能够有效的追踪绿脓杆菌的来源.北京地区实验动物中绿脓杆菌分离株基因型多态性丰富,但无地域性同源关系.
关键词： 绿脓杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 实验动物 -
福建省耐多药结核分枝杆菌MLVA分型分析
目的 了解福建省耐多药结核分枝杆菌分子流行病学特征,为控制耐多药肺结核提供参考依据.方法 采用多位点数目可变串联重复序列基因分型(MLVA)方法,对30个监测点纳入监测的所有耐多药结核分枝杆菌分离菌株DNA进行检测,使用BioNumerics(Version 4.5)软件进行聚类分析.结果 76株耐多药结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ三大基因群,分别包含Ⅰ群5株(6.6％)、Ⅱ群68株(89.5％)、Ⅲ群3株(3.9％);在株水平基因分型上,有19株菌成7簇,各包含2～4株菌,成簇菌株来源于同一县区或不同县区.结论 福建省耐多药结核分枝杆菌菌株主要流行株为Ⅱ群菌株;部分菌株存在县区内,甚至跨县域的近期传播流行.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 耐多药 -
相同多态性位点对结核分枝杆菌北京家族菌株多位点可变数目串联重复序列基因型构成的影响
目的 探讨多态性相同的位点对北京家族结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列(MIRU-VNTR)基因分型的影响,为合理选择分型位点提供科学依据.方法 分别选取9个及12个位点,构成4组MIRU-VNTR位点组合,其中,9位点组成的两个组合中,分别有两个不同位点(MIRU40/MIRU16)多态性一致,其余为相同位点;12位点的两个组合则分别包括另外两个多态性相同的位点(MIRU39/MIRU31).进行聚类分析,比较含有相同多态性的不同位点组合的分辨能力、成簇能力以及基因型特点.结果 9位点两个组合都将菌株分为三群,其中,Ⅲ群菌株仅有1株相同,分别占组合1、2的2.0％和1.6％.12位点组合也将菌株分为三群,第Ⅱ群菌株组成差异非常明显,完全没有相同的菌株.结论 多态性相同的位点对北京家族菌株MIRU-VNTR基因分型影响较大.在选择MIRU-VNTR分型位点时,应不仅仅检验位点的分辨能力和对成簇的影响,还应考虑有相同/相近多态性的位点对基因型构成的影响.
关键词： 结核分枝杆菌 北京家族菌株 多位点可变数目串联重复序列 多态性 -
厦门市82株结核分枝杆菌MLVA基因分型分析
目的 分析厦门市结核分枝杆菌的分子流行病学特征,为肺结核病控制提供科学的分子流行病学等信息.方法 选择15个可变数目串联重复位点(Variable number tandem repeats,VNTR)位点,对来源于厦门市的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用BioNumerics(Version4.5)软件进行聚类分析.结果 82株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ等6大基因群,以Ⅰ群为主,包含63(76.8％)个株菌；流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ,常驻人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ；流动人口与常驻人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主.Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无统计学意义(P＞0.05).结论 初步证实厦门市结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,流动人口与常驻人口流行株均以Ⅰ群流行为主,应加强此类菌株流行的监控.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型 -
儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型
目的 了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合.方法 采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTR analysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR位点,对101例结核分枝杆菌临床分离株DNA进行检测,结果采用BioNumerics 6.1数据库软件进行聚类分析和单位点Hunter-Gaston分辨率指数(Hunter-Gaston index,HGI)分析,并比较分析国际推荐的分组(12、15、24位点)的基因分型鉴定能力.结果 MLVA分析结果显示24个VNTR位点在不同菌株中存在明显的多态性,101例结核分枝杆菌临床分离株可分为1个基因群83种基因型,其中69种基因型只有1个菌株,占68 32%(69/101),另有32株临床分离株表现出14种基因型,占31.68%(32/101),成簇率为17.82%;24个VNTR位点的HGI具有较大差异(0.168～0.829),HGI能达到0.5以上的VNTR位点数有16个;24个VNTR位点进行不同的位点组合:12、15个和24个位点组合的HGI分别为0.995、0.996、0.996.结论 重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌存在基因多态性,国际推荐的15个VNTR位点组合的MLVA分型方法适用于其流行病学的研究.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点可变数目串联重复序列 基因分型
