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人类免疫缺陷病毒HIV-1基因分型方法的初步构建
目的 建立一种合理、详尽、可行的HIV-1基因分型方法.方法 采集南昌地区部分男性性接触人群(MSM)人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者血浆,测量HIV病毒载量.提取其病毒RNA,设计引物并对HIV的Env区和Gag区进行反转录-聚合酶链反应.对扩增后的cDNA进行测序,比对序列并分别构建Env区和Gag区的分子进化树,确定样本的基因亚型,并分析pV3环氨基酸序列特征.结果 本研究的3例样本中,1例样本的HIV病毒载量为43.9 copies/ml,其余2例均＜20 copies/ml.3例样本经核酸序列分析,均鉴定为CRF01_AE亚型.结论 此HIV-1基因分型方法合理、详细,可为国内HIV分子流行病学研究提供一些参考.
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潍坊地区人工喷泉中一株军团菌的分子生物学鉴定
目的 对潍坊地区喷泉水中检测出的1株军团菌进行分子生物学鉴定和系统发育分析,为潍坊市军团菌病的预防和控制提供有益信息. 方法 于2016年7～9月采集潍坊市不同水源的水样,采用抽滤浓缩法浓缩获得细菌浓缩液,用细菌基因组试剂盒提取浓缩菌液中的总细菌基因组DNA,使用针对军团菌属16S rRNA基因片段的特异性引物PCR特异性扩增军团菌属16S rRNA基因片段并测序,与从GenBank获得的另外31株军团菌的16S rRNA的基因序列进行对比分析,采用MrBayesv3.2软件对16S rRNA基因片段序列数据矩阵进行贝叶斯分析并绘制基因进化树.结果 PCR扩增潍坊市水样军团菌属特异性16S rRNA基因片段(386 bp),其中—喷泉水样阳性.测序分析该菌株(命名为WF-S)的16S rRNA基因序列与新发现的沙特军团菌16S rRNA基因序列的遗传距离较近,相似度达99.4％,在构建的贝叶斯基因进化树中与沙特军团菌以其后验概率0.89聚类为一枝. 结论 WF-S为一株沙特军团菌,在潍坊地区首次发现,也是国内首次报道的沙特军团菌.
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美洲大蠊肠道内生戈登放线菌的分离与鉴定
目的 从美洲大蠊肠道内分离戈登菌,对其进行分类鉴定和系统发育学分析.方法 室外捕获美洲大蠊样品,体表消毒后,用手术刀从侧面将其腹部切开,取出肠道,匀浆至所需浓度(10、0.005、0.002 5 μg/ml),吸取悬浮液0.1 ml于平板上,28℃培养至少1周,分离美洲大蠊肠道内的戈登菌.通过分离菌株形态观察和16S rDNA序列分析分类鉴定,运用Mega 5.1软件,利用大似然值法,构建系统发育树.结果 从美洲大蠊肠道分离出戈登菌6株.菌株革兰染色呈阳性,菌落较小,呈橘红色,颗粒状,表面稍微湿润,产橘红色色素.菌体呈短棒状,菌丝呈直杆状或螺旋状,无横隔,符合戈登菌的基本特征.16S rDNA基因扩增后,测序结果表明,所分离菌株均为戈登菌.系统发育树分析表明,所分离菌株与分离自土壤、植物和海洋中的戈登菌亲缘关系较近.结论 首次从美洲大蠊肠道内分离到戈登菌,为进一步研究美洲大蠊内生戈登菌的作用奠定基础.
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结核病分子流行病学研究方法进展和探讨
结核病分子流行病学在结核病的控制方面有着良好的应用前景,发达国家已将其列入常规检查,在我国也有很好的应用前景和更大的应用空间.目前的基因分型的主流方法仍然是采用数目可变串联重复序列(VNTR)和间隔区寡核苷酸分型共同应用的模式.间隔区寡核苷酸分型是继IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)之后应用于结核分枝杆菌基因分型广泛的方法之一,目前被作为鉴定北京基因型菌株的标准方法.VNTR方法操作简便、快速,成本低廉,重复性好,便于不同实验室间相互比较；VNTR方法选用的位点在不同国家和地区会有不同,VNTR位点分辨率的高低也需要深入研究.IS6110-RFLP方法虽然已经不再大规模地使用,但是一直作为鉴定其他基因分型方法的正确率和准确度的金标准.随着分子生物学技术的进步,基因分型技术出现新的发展趋势.如长片段多态性(LSP)和单核苷酸多态性(SNP)方法是近几年出现的频率越来越高的分型方法.目前LSP和SNP方法的分辨率虽然不高,但在研究系统发育中确有很好的应用.系统发育学的研究一开始是采用VNTR-15和VNTR-24的方法,后来发现存在不确定性且误差较大,随着对LSP和SNP特性的了解更加全面,认为LSP和SNP是研究系统发育学的好的方法.随着分子生物学技术的不断进步,结核病分子流行病学的研究将会为结核病的预防和控制提供更多支持和指导.
关键词： 基因分型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 系统发育学 -
核糖体小亚基RNA和细胞色素氧化酶亚单位Ⅱ基因在中国利什曼原虫系统发育学分析中应用的比较
目的 比较核糖体小亚基RNA(small subunit ribosomal RNA,SSUrRNA)和细胞色素氧化酶亚单位Ⅱ(cytochrome oxidaseⅡ,COXⅡ)这2种分子标志在中国利什曼原虫系统发育学分析中的不同. 方法 提取利什曼原虫各虫株核基因组和线粒体基因组,PCR方法扩增中国不同地区利什曼原虫SSUrRNA和COXⅡ基因,扩增产物送上海生工生物工程技术服务有限公司测序,序列碱基通过Clustal X软件比对,用DAMBE软件进行单倍型分析、Mega4软件计算遗传距离,Mrbayes3.1.2软件构建贝叶斯进化树. 结果 COXⅡ分析结果表明,流行于中国的利什曼原虫虫株未形成一个单系群;GS7和XJ771属于杜氏利什曼原虫复合体;10株利什曼原虫形成的6个单倍型(MHOM/CN/93/GS7,IPHUCN/77/XJ771,MHOM/CN/84/JS1和MGER/CN/60/GS-GER20除外)形成1个单系群;而SSUrRNA分析结果表明:11株利什曼原虫(IPHL/CN/77/XJ771,MH OM/CN/93/GS7,MRHO/CN/88/KXG-2,MHOM/CN/84/JS1,MGER/CN/60/GS-GER20除外)形成一个独立枝;江苏株JS1和热带利什曼原虫聚在一起,不与杜氏利什曼原虫聚在一起. 结论 SSUrRNA和COXⅡ得出的结果较一致,但COXⅡ基因在分析利仟曼原虫的系统发育关系时,可能是一个更可靠的遗传标志.
关键词： 中国利什曼原虫 前鞭毛体 系统发育学 核糖体小亚基RNA 细胞色素氧化酶亚单位Ⅱ -
蜱螨学网络资源简介
19 世纪末 20 世纪初, 蜱螨学(acarology)在欧州快速发展, 并于 20 世纪 50 年代从昆虫学中正式分离成为独立学科. 1963 年第 1 届国际蜱学大会在美国召开, 第 11 届会议于 2002 年 9 月在墨西哥梅里达召开. 1959 年,
在法国创刊. 现已有近 10 种蜱螨学专业期刊. 蜱螨的分类学、系统发育学、形态学、生理生化、分子生物学、进化生态和害螨防治等研究工作已取得令人欣慰的成绩. -
泥鳅气单胞菌感染的检验与分析
目的 对一起养殖泥鳅病害进行发病情况、临床表现与病理变化、病原等方面的检验,旨在明确感染症的特征及相应的病原菌.方法 随机取6尾病死泥鳅的肝及溃烂组织做细菌分离,对分离菌进行形态特征、生长表现、理化特性及代表菌株16S rRNA基因序列测定等方面的鉴定明确细菌种类.选择代表菌株制备成3×108CFU/ml的菌液,分别经腹腔、肌肉途径感染健康泥鳅,测定其致病作用;对鉴定后的菌株以琼脂扩散法(K-B)做对抗菌类药物的敏感性测定.结果 被检病死泥鳅的下颌部肌肉溃烂,肝脏及脾脏肿胀等.从肝、溃烂组织均检出了纯一的同种细菌,经鉴定表明为气单胞菌属(Aeromonas Kluyver and van Niel 1936)的新种并定名为泥鳅气单胞菌(Aeromonals misgurnus sp.nov.).人工感染试验结果对泥鳅具有较强的致病作用,用37种抗菌类药物所做的药敏试验结果显示在不同株间无明显的敏感与耐药性差异.结论 所检病例为细菌性败血感染症,其病原为泥鳅气单胞菌.
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草鱼肠炎嗜水气单胞菌分离株的主要特性及系统发育学分析
目的对分离于草鱼( Ctenopharyngodon idellus )肠炎的病原嗜水气单胞菌( Aeromonas hydrophila ),进行了主要理化特性方面较系统的表观分类学指征检验及系统发育学分析,为对该菌的有效鉴定提供依据.方法对死于肠炎病的鱼中分离到的5株病原嗜水气单胞菌(HC960715-1至HC960715-5),按常规方法进行形态特征、培养特性、主要生化及药物敏感性的检测.同时,择代表菌株(HC960715-1)进行16S rRNA基因的分子鉴定,测定16S rRNA基因序列、分析相关细菌相应序列的同源性,构建系统发生树.结果 5株供试菌的主要生物学性状表现一致,代表菌株(HC960715-1)的16S rRNA基因序列长度为1429 bp(GenBank 登录号:AY966887),与GenBank数据库中的气单胞菌基因序列的相似性在98%和100%.结论根据表观分类学指征及系统发育分析结果,表明供试5株菌均为嗜水气单胞菌.对37种供试抗菌类药物的敏感性在株间无明显差异.
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8种病原真菌DNA条形码的构建和应用评价
目的:构建我国8种重要病原真菌DNA条形码数据库,评价rDNA-ITS区在系统发育学中的价值.方法:进行8种病原真菌的ITS区序列测定和序列分析,使用NJ法和BI法构建种系发育树.结果:ITS序列在2株须癣毛癣菌和2株红色毛癣菌之间完全一致；而在不同物种的真菌间,该序列存在数十到数百个核苷酸替代差异.依据ITS区构建的医学真菌系统发育树与传统分类学一致.结论:ITS区适合作为我国重要医学真菌物种鉴别的DNA条形码.
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一株水源分离军团菌的分子生物学鉴定和系统发育学及毒力分析
目的 对我室2009年分离获得的一株疑似军团菌菌株(编号为CD-1)进行分子生物学鉴定、系统发育学及毒力分析.方法 对CD-1株进行PCR扩增军团菌属特异性16S rRNA作为分子生物学鉴定,扩增其rpoB 基因片段并测序进行系统发育学分析.对CD-1株进行PCR扩增以检测其毒力基因mip,并用CD-1株感染BABL/c小鼠以研究其毒力.结果 PCR扩增军团菌属特异性16S rRNA显示CD-1株在650 bp处有特异条带,说明CD-1株为一株军团菌,系统发育学分析显示CD-1株与长滩军团菌(Legionella longbeachae)聚为一枝,其后验概率为1.00.对CD-1株进行军团菌毒力基因mip扩增,扩增产物在650 bp处有特异条带,显示CD-1株携带有mip基因.动物实验结果显示当感染菌量浓度达到107 cfu/mL时,实验组小鼠全部死亡.结论 CD-1株为一株长滩军团菌,对BALB/c小鼠具有较强毒力,并且有可能对人体致病.这是四川地区分离获得的首株长滩军团菌,也是国内首次对水源分离军团菌毒力进行报道.
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利用细胞色素B行青海藏区棘球绦虫系统发育学研究
目的 利用线粒体 DNA细胞色素B(CYTB)分子标记重新分析流行于青海高原的棘球绦虫基因多态性及系统发育学.方法 PCR方法扩增CYTB基因,测序得到的基因序列碱基通过ClustalX软件比对,构建贝叶斯进化树.结果 流行于青海地区的棘球绦虫大部分与细粒棘球绦虫G1型聚在一枝,有四个样本与多房棘球绦虫(AB018440)聚在一枝.结论 大部分棘球绦虫基因型属于细粒棘球绦虫G1型,其基因型各不相同,具有多样性.
