首页 > 文献资料
-
DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究
目的采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用.方法设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 3.0软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%.结论来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法.
关键词： 分枝杆菌 结核 数目可变串联重复序列 基因分型 -
湖州市老年结核病结核分枝杆菌基因型特征研究
目的 了解湖州市老年结核病结核分枝杆菌基因型分布特征,发现在湖州市老年患者中的结核菌主要流行株.方法 应用VNTR分型技术,检测结核分枝杆菌基因组中具有多态性的13个位点.通过聚类分析对菌株进行基因分型.结果 65例老年结核病患者中,结核分枝杆菌共分4型,其中Ⅰ型占64.6%,Ⅱ型占15.4%,Ⅲ型占3.1%,Ⅳ型占16.9%.结论 Ⅰ型结核分枝杆菌菌株为湖州市老年结核病患者的主要流行株.
关键词： 结核分枝杆菌 数目可变串联重复序列 老年 -
MIRU-VNTR和Spoligotyping用于重庆地区210株儿童结核分枝杆菌临床分离株的基因分型
目的 评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和基于结核分枝杆菌散在分布数目可变串联重复序列分析(MIRU-VNTR)方法在重庆地区儿童结核病分子流行病学中的应用.方法 收集重庆地区210株儿童结核分枝杆菌(MTB)临床分离株,应用上述两种分型方法进行比较分析.结果 采用Spoligotyping分型方法,210株菌可分为2个基因群44种基因型,其中大的1个基因群即北京家族(北京基因型)含有130株菌(61.90%).采用MIRU-VNTR分析发现24个位点的多态性差异较大,不同MIRU位点组合(12、15和24位点)的分辨率指数依次升高,后两个组合的差异是由位点ETR-B引起.各位点和各位点组合在北京家族菌株中的分辨率指数均高于非北京家族菌株.结论 重庆地区儿童MTB具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族.在结核病原学监测中,可先采用Spoligotyping,再对成簇菌株进行15位点与ETR-B组合二次分型的联合分型策略,可提高分子流行病学调查效果.
关键词： 结核分枝杆菌 北京基因型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 儿童 -
一种新的沙门氏菌成簇重复序列的预测方法
目的：建立一个新的、直观的鉴定和显示细菌基因组成簇重复序列的方法，了解沙门氏菌基因组成簇重复序列的组成特征。方法直接将细菌的基因组用滑动窗口法切割成重叠片段，每一个片段自体比对，利用PipMaker生成共线性图。通过共线性图特征识别成簇重复序列区。结果用所设计方案－成簇重复序列预测器（ CRpred）对鼠伤寒沙门氏菌LT2菌株基因组进行扫描，总共鉴定出151个成簇重复区。特征分析表明，这些成簇重复区包含低拷贝简单串联重复、高拷贝简单串联重复、间隔串联重复、反向回文重复和反向间隔重复等5种类型。此外，沙门氏菌基因组中有9个复杂重复区域无法使用上述模式进行归类。结论提出了一个新的、简便直观的基因组成簇重复序列的鉴定方法，为搜寻成簇的、规律间隔的短回文重复序列（CRISPR）、数目可变串联重复序列（VNTR）以及其他重复序列相关研究提供支持。
-
贵州省结核分枝杆菌临床分离株MIRU-VNTR位点基因分型研究
目的 了解贵州省结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)基因多态性及近期传播情况. 方法 收集2014年贵州省结核分枝杆菌临床分离株185株(耐多药菌株57株,全敏感菌株97株),采用MI-RU-VNTR 12个位点分析法进行PCR检测,应用NTsys2.10软件对全部基因型数字化结果进行非加权组平均法(UP-GMA)聚类分析. 结果 185株结核分枝杆菌临床分离株分为5个基因群(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ),呈现156个基因型,其中135个为独特基因型,其余50株为16簇,大簇包含10株菌,小簇包含2株菌,成簇率为27.03％,近期感染小估计为18.37％,Ⅰ群结核分枝杆菌为147株,占79.46％,为优势菌群,在MIRU12个位点中,26、31位点多态性较高(h＞0.60),4、10、23、27、39、40位点呈中等程度的多态性(0.3≤h≤0.60),2、16、20、24位点多态性较低(h＜0.30).结论 贵州省结核分枝杆菌具有基因多态性,其主要的流行群为Ⅰ群,MIRU26和MIRU31呈高等程度多态性,MIRU2、MIRU20和MIRU24、MIRU27呈低等程度多态性.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 成簇率 耐药性 数目可变串联重复序列 -
PCR检定eNOS基因VNTR多态性
目的:建立eNOS基因VNTR多态性的PCR分析方法.方法:按eNOS基因VNTR位点侧翼序列设计引物,自健康献血者基因组DNA扩增VNTR片段,琼脂糖凝胶电泳分析扩增片段的长度和数目,鉴定VNTR基因型.结果与结论:在208名健康献血者中鉴定出6/5杂合、5/5纯合、5/4杂合和4/4纯合4种VNTR基因型;等位基因的分布频率与日本人相似,但与美国黑人存在显著差异.
关键词： 一氧化氮合酶 基因多态性 数目可变串联重复序列 -
结核病分子流行病学研究方法进展和探讨
结核病分子流行病学在结核病的控制方面有着良好的应用前景,发达国家已将其列入常规检查,在我国也有很好的应用前景和更大的应用空间.目前的基因分型的主流方法仍然是采用数目可变串联重复序列(VNTR)和间隔区寡核苷酸分型共同应用的模式.间隔区寡核苷酸分型是继IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)之后应用于结核分枝杆菌基因分型广泛的方法之一,目前被作为鉴定北京基因型菌株的标准方法.VNTR方法操作简便、快速,成本低廉,重复性好,便于不同实验室间相互比较；VNTR方法选用的位点在不同国家和地区会有不同,VNTR位点分辨率的高低也需要深入研究.IS6110-RFLP方法虽然已经不再大规模地使用,但是一直作为鉴定其他基因分型方法的正确率和准确度的金标准.随着分子生物学技术的进步,基因分型技术出现新的发展趋势.如长片段多态性(LSP)和单核苷酸多态性(SNP)方法是近几年出现的频率越来越高的分型方法.目前LSP和SNP方法的分辨率虽然不高,但在研究系统发育中确有很好的应用.系统发育学的研究一开始是采用VNTR-15和VNTR-24的方法,后来发现存在不确定性且误差较大,随着对LSP和SNP特性的了解更加全面,认为LSP和SNP是研究系统发育学的好的方法.随着分子生物学技术的不断进步,结核病分子流行病学的研究将会为结核病的预防和控制提供更多支持和指导.
关键词： 基因分型 数目可变串联重复序列 间隔区寡核苷酸分型 系统发育学 -
VNTR技术用于宁波地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究
目的:应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对宁波地区90株肺结核临床分离株进行分型研究,探讨宁波地区菌株DNA多态性及基因型特征.方法:采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌15个VNTR位点进行检测,并应用BioNumerics软件进行基因分型的聚类分析.结果:90株结核分枝杆菌可分为4个基因群(I群、Ⅱ群、Ⅲ群、Ⅳ群),84个基因型.I群占11.1%,含有10个基因型.Ⅱ群占17.8%,含15个基因型,Ⅲ群占65.6%,含54个基因型,Ⅳ群占5.6%,含5个基因型.结论:宁波地区的结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行群为Ⅲ群.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 数目可变串联重复序列 -
仙居县80株结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因分型研究
目的 了解仙居县结核分枝杆菌临床分离株不同基因型的分布情况,探讨该县结核病分子流行病学特征.方法 收集2011年4月-2012年3月仙居县分离的80株结核分枝杆菌,采用15位点VNTR方法进行基因分型,用BioNumerics 5.0软件对结果进行聚类分析.结果 15个VNTR位点中,MIRU26和Mtub21(HGI=0.827)多态性较高,ETRC(HGI=0.165)和ETRB(HGI=0.292)多态性较差;15位点VNTR分型方法的HGI指数为0.998.经BioNumberics5.0软件聚类分析,可将检测到的78个基因型分为8个基因群(Ⅰ群～Ⅷ群),各群所含基因型分别为Ⅰ群7个,占8.97％;Ⅱ群8个,占10.26％;Ⅲ群43个,占55.13％;Ⅳ群5个,占6.41％;V群2个,占2.56％;Ⅵ群7个,占8.97％;Ⅶ群4个,占5.13％;Ⅷ群2个,占2.56％.结论 仙居县流行的结核分枝杆菌VNTR基因存在明显多态性,至少有8个VNTR基因群,主要流行群为Ⅲ群.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 数目可变串联重复序列 聚类分析
