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中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析
目的 初步了解中国部分地区结核分枝杆莆临床分离菌株数目可变串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征.方法 采用多位点VNTRs分析(multiple loci VNTRS analysis,MLVA)技 术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19 个VNTRa位点进行检测,用BioNumerics(Version 5.0)软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库(hnp://minisatellites.u-psud.fr)比对,初步分析结核分枝杆菌DNA多态性特征.结果 159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD>3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别.可能是中国特有的菌株.另外发现与BCG相似的一簇.结论 本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型.BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型 卡介苗 -
新疆喀什维吾尔族结核病患者结核分枝杆菌5个VNTRs基因分型研究
目的:应用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple loci VNTR analysis,MLVA)技术,对新疆喀什地区维吾尔族结核病患者结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,探讨5个数目可变串联重复序列(VNTR)基因型种类及其分布.方法:收集结核分枝杆菌,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,结合BioNumerics 5.0软件,对其5个VNTR位点进行结果分析.结果:分离出58株结核分枝杆菌,分为4个基因群21个基因型,分别为Ⅰ群占19.1%,含7个基因型;Ⅱ群占3.4%,含2个基因型;Ⅲ群占67.2%,含9个基因型;Ⅳ群占10.3%,含5个基因型.结论:新疆喀什地区维吾尔族结核病患者的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,且存在主要流行菌群.
关键词： 结核分枝杆菌 维吾尔族 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型 -
数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究
目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征.方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株.选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析.结果:共收集到168株结核分枝杆菌.不同的菌株在同一位点上具有多态性.共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%.不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性(χ2=54.710,P＜0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%).结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异.
关键词： 结核分枝杆菌 多位点数目可变串联重复序列分析 基因分型 -
青海省北京家族结核分枝杆菌的磷脂酶C基因多态性研究
目的 研究青海高原地区结核分枝杆菌的磷脂酶C基因的多态性并探讨其与北京家族结核菌株的关系.方法 收集2012-2016年青海地区结核分枝杆菌临床分离株共250株,采用多位点数目可变串联重复序列(multiple-locus variable-number tandem repeat analysis,MLVA)分型技术进行基因分型,通过聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)分析结核分枝杆菌磷脂酶C基因(phospholipase C,plc)的多态性.结果 250株临床分离结核杆菌中,北京家族菌株184株占73.60％,非北京家族菌株66株占26.40％.该地区结核杆菌的plc基因呈多态性,250株结核杆菌中分别有13.20％,15.20％和16.40％的菌株含突变的plcA,plcB和plcC基因,突变率较低,而plcD基因突变率高达97.20％.北京株与非北京株的plcA,plcB和plcC基因突变率差异均有统计学意义(均有P＜0.05),而plcD基因突变率未发现差异(x2=0.322,P=0.571).结论 结核分枝杆菌plc基因突变可能会减弱菌株毒力,而北京株中该基因突变较少,可能因此导致该家族菌株在本地区的广泛流行.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 多位点数目可变串联重复序列分析 磷脂酶C -
Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究
目的 初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征.方法 随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA.采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型.聚类分析采用BioNumerics 软件.统计学分析采用卡方检验.结果 对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族 (Beijing family)和非北京家族(Non-Beijing family),分别占70%和30%,49株北京家族菌株中,89.8%为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5%,含5个基因型,Ⅱ群占18.3%,含13个基因型,Ⅲ群占70.4%,含38个基因型,Ⅳ群占2.8%,含2个基因型.两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVA Ⅲ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型.MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型).结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4% (35/49),表现为耐药者为28.6%(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7%,表现为耐药者为33.3%,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义 (χ2=0.158,P>0.05).结论 初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族.北京家族与耐药无明显相关性.MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping, 尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势.
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广东省结核分枝杆菌MIRU和RD105缺失基因分型研究
目的 了解广东省结核分枝杆菌(MTB)随时间、地区的动态流行分布特点.方法 应用24位点MTB散在分布重复单位(MIRU)分析广东省2013年455例MTB,筛选适合广东省分型的佳MIRU组合,然后应用该佳MIRU组合分析广东省2009年的173例、 2013年的455例及2015年的225例MTB,此外,结合RD105缺失基因法鉴定这些菌株中的北京家族菌株,比例法进行药物敏感性试验(DST),聚类分析采用BioNumerics(7.6).结果 2015年北京家族菌株比率(70.2%)高于2009年(59.5%)和2013年(59.3%),其中,中部地区比率高(71.3%),东部地区低(55.0%).MIRU-24位点的多态性存在差异, MIRU-12(HGI=0.999 1)能达到MIRU-15(HGI=0.999 2)相近的分辨率,MIRU-8分辨率较好(HGI=0.998 5).853例MTB的系统发生树(MST)主要包括1个北京家族和2个非北京家族复合群,可分为Ⅰ、Ⅱ两群,广东省MTB的主要流行群是Ⅱ群,Ⅰ群中2009、2013年菌株比率高于2015年,东部地区菌株比率高(43.069%),中部地区低(27.206%),Ⅱ群则与之相反,北京家族菌株的MST主要包括1个复合群,包含407个独特型和46个簇.非北京家族菌株的MST主要包括2个复合群,包含309个独特型和6个簇.另外,广东省不同年份多药耐药(MDR)(X2=2.176,P=0.337)和广泛耐药(XDR)(X2=1.468,P=0.480)耐药率差异无统计学意义(P>0.05).结论 北京家族菌株是广东省的主要流行株,且随时间存在上升趋势,中部地区比率高,该省MDR和XDR耐药趋势相对稳定,MIRU分型用于广东省MTB的分子流行病学研究可取得满意结果.
关键词： 分枝杆菌 结核 RD105缺失 多位点数目可变串联重复序列分析
