首页 > 文献资料
-
基于TPI基因的城市污水中蓝氏贾第鞭毛虫的分子鉴定
目的 对哈尔滨市污水处理厂原水中的蓝氏贾第鞭毛虫进行分子鉴定.方法 收集哈尔滨市污水处理厂原水样,提取基因组DNA,巢式PCR扩增蓝氏贾第鞭毛虫TPI基因,通过序列分析确定蓝氏贾第鞭毛虫的集聚体类型和亚型,并进行同源性分析.结果 从哈尔滨市污水处理厂原水DNA提取物中扩增出蓝氏贾第鞭毛虫TPI基因,经分子鉴定为蓝氏贾第鞭毛虫集聚体AⅡ,其序列与文献报道人源蓝氏贾第鞭毛虫集聚体AII序列(AB516351,FJ560570,EF688021)的同源性为100％.结论 哈尔滨市污水处理厂原水中存在蓝氏贾第鞭毛虫集聚体AII,威胁当地居民健康.
-
成人重症肺炎患者EB病毒和人鼻病毒混合感染的病原学分子鉴定
目的 对1例有禽类接触史的成人重症肺炎患者进行病原学研究,确定其病原体. 方法 采集患者的下呼吸道标本,应用荧光PCR方法检测禽流感H5N1和SARS病毒及甲型H1N1和季节性流感病毒；应用多重PCR方法检测12种常见呼吸道病毒；应用普通PCR方法检测EB病毒和臣细胞病毒,扩增阳性的病毒基因片段测序后,与GenBank 数据库参考序列进行同源性分析. 结果 荧光PCR法检测禽流感病毒H5N1病毒和SARS病毒核酸阴性,甲型H1N1和季节性流感病毒核酸阴性；多重PCR检测人鼻病毒、EB病毒均阳性；普通PCR检测EB病毒核酸阳性.基因序列比对显示,EB病毒核苷酸序列与GenBank数据库中参考序列同源性为99.5％～100％；人鼻病毒的核苷酸序列与GenBank数据库中A组鼻病毒(73血清型)同源性高,为94.7％. 结论 该例重症肺炎患者为EB病毒和A组(73血清型)人鼻病毒混合感染,排除禽流感H5N1和SARS感染.
-
上海口岸1只进境犬携带蜱的种类鉴定与溯源分析
目的 对上海口岸截获的德国成犬体表蜱进行种类鉴定及溯源分析.方法 2016年11月28日在上海口岸进口的69只德国警犬中的第33号警犬右前肢内侧检获蜱1只,对其进行形态学鉴定,并提取其DNA,扩增线粒体16S rRNA基因进行测序、比对,并对感染途径进行溯源分析.结果 形态学鉴定该蜱符合血蜱属的形态特征,分子鉴定表明该蜱的线粒体基因序列与广泛分布于古北区和东洋区的褐黄血蜱(Haemaphysalis flava Neumann,1897)线粒体基因匹配度达98％.结论 截获蜱为褐黄血蜱,为犬入境后感染.
-
河南口岸截获鼠类DNA条形码鉴定
目的 利用DNA条形码技术对河南机场口岸截获的鼠类样本进行鉴定.方法 提取该鼠类样本基因组DNA,以通用引物BatL5310和R6036R进行细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因片段的扩增并测序,将测序结果与GenBank及BOLD Systems v3中的序列进行比对,应用Mega 4.1软件构建系统发育树.结果 该鼠样本CO Ⅰ基因扩增片段去除引物后为702 bp,序列比对结果及系统进化关系表明其与大足鼠的同源性为99.43％,该鼠样本为大足鼠.结论 DNA条形码技术在鼠类鉴定中可弥补形态学鉴定的缺陷,是一种简单有效的鼠类鉴定方法.
-
我国室内常见蜚蠊的分子鉴定研究
目的 分析我国室内15种常见蜚蠊的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,为建立蜚蠊分子鉴定方法奠定基础.方法 通过美国国立生物技术信息中心检索我国室内常见蜚蠊线粒体COⅠ基因序列,应用DNAStar和MEGA 6.0软件进行序列分析,探讨种间差异和遗传关系,利用Neighbor-Joining法构建系统进化树.结果 我国室内常见15种蜚蠊种平均进化分歧数为0.166,种间差异较大;系统进化树分析显示,同属蜚蠊COⅠ分子标记分类结果与传统形态分类学基本一致,且可信度均>91.结论 基于658 bp COⅠ基因序列,可对我国室内部分蜚蠊进行种下水平的分类鉴定,而该基因对于属或科以上水平的区分及少数近缘种的鉴定有所限制.
关键词： 蜚蠊 分子鉴定 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ -
河南口岸截获未知蝇种细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因分析
目的：应用DNA条形码技术对河南口岸截获的1只形态不完整的未知蝇类进行鉴定。方法利用以细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）为目的基因的DNA条形码技术，对该未知蝇类基因组DNA进行扩增、序列比对和分析。结果通过DNA条形码鉴定和序列比对，该未知蝇类的DNA条形码序列与BOLD中绯颜裸金蝇的序列同源性高达100%，确认该蝇种为绯颜裸金蝇。结论 DNA条形码技术弥补了传统形态学鉴定的局限性，在国境口岸医学媒介生物鉴定中有广阔的应用前景。
-
新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱形态学及分子生物学鉴定
目的 对新疆边境地区伊宁县图兰扇头蜱进行形态学和分子生物学鉴定.方法 在新疆边境地区的伊宁县随机采集畜牧体表寄生蜱324只,进行形态学初步筛选,从中选取6只形态差异较大的图兰扇头蜱,进行线粒体16S rRNA和线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (CO Ⅰ)基因序列扩增、测序,并与GenBank登录的图兰扇头蜱参考序列进行遗传进化分析.结果 形态学鉴定采集的伊宁县蜱类皆为图兰扇头蜱,两段序列的碱基组成均显示较高的A+T比例(16SrRNA基因为73.8％,CO Ⅰ基因为70.34％),在变异程度上16S rRNA基因较CO Ⅰ基因明显保守.结论 首次应用形态学、16S rRNA和CO Ⅰ基因测序分析表明新疆伊宁县采集蜱皆为图兰扇头蜱,并证明图兰扇头蜱具有生物多样性.
-
浙江省首次发现新型布尼亚病毒感染病例及分离病毒分子鉴定
目的 了解浙江省是否存在新型布尼亚病毒潜在自然疫源地,分离疑似病例血清中新型布尼亚病毒并进行鉴定.方法 免疫荧光法检测浙江省台州地区野生啮齿动物不同组织标本中新型布尼亚病毒抗原.实时荧光定量RT-PCR检测疑似病人血清中新型布尼亚病毒核酸,扩增产物进行序列测定.Vero细胞分离疑似病人血清中新型布尼亚病毒,以新型布尼亚病毒株核衣壳蛋白编码基因为靶基因,采用RT-PCR及扩增产物测序对分离的疑似新型布尼亚病毒株进行鉴定,另对该序列进行同源性分析和比较.结果 70只野生啮齿动物中,免疫荧光法检测阳性率为5.71%.实时荧光定量RT-PCR检测结果显示,4例疑似病人血清中有两例检测结果阳性.1例阳性血清样本中分离出1株疑似新型布尼亚病毒,RT-PCR和测序结果证实该病毒确为新型布尼亚病毒,其核衣壳蛋白编码基因序列与湖北省新型布尼亚病毒分离株相似性高达92.2%,但与国内其他地区新型布尼亚病毒分离株序列差异较大.结论 首次证实浙江省存在新型布尼亚病毒自然疫源地及感染病人,不同群新型布尼亚病毒分布可能存在一定的地理差异.
-
山西河津一起毒蘑菇中毒事件调查分析
目的 分析山西河津一起毒蘑菇中毒事件的现场处置过程,为做好蘑菇中毒事件的应急处置提供借鉴.方法 收集流行病学、临床救治资料和可疑毒蘑菇样本,并对蘑菇样本进行了分子生物学鉴定.结果 流行病学调查发现中毒事件患者均食用炒蘑菇,食量不等,潜伏期0.5～1.5h.主要临床表现为恶心、呕吐、腹痛、腹泻、出汗、流涎、乏力,其中4例出现瞳孔缩小、视物模糊,2例肝功能指标异常.给予洗胃、保肝、利尿和对症支持治疗,8d后全部治愈出院.通过鉴定蘑菇样本为墨汁鬼伞、毛头鬼伞和丝盖伞属.结论 墨汁鬼伞、毛头鬼伞和丝盖伞属均属毒蘑菇,结合流行病学、临床表现及分子生物学鉴定结果判定此事件是一起因食用多个种属毒蘑菇引起的中毒事件.
-
一起蘑菇致急性中毒事件的现场调查与鉴定
目的 调查分析云南省南华县一起蘑菇中毒事件的处置过程,鉴定引起中毒的毒蘑菇种类,为做好此类中毒事件的处置提供借鉴.方法 收集事件病例资料、流行病学调查、对蘑菇样品进行形态学和分子生物学鉴定并对中毒事件进行分析.结果 流行病学调查发现患者均食用自行采摘并炒制的蘑菇,食量不等,潜伏期2h,出现呕吐、抽搐、意识不清等神经精神型中毒症状,经形态学和分子生物学鉴定为假褐云斑鹅膏和小豹斑鹅膏.结论 本事件是因误食名为假褐云斑鹅膏和小豹斑鹅膏引起的急性中毒.结合流行病学特点和患者临床表现,证实了通过形态学及分子生物学方法对假褐云斑鹅膏和小豹斑鹅膏的物种鉴定具有适用性.
-
gyrA、parC及mdfA基因测序鉴定肺炎克雷伯菌
目的 探讨gyrA、parC和mdfA基因测序鉴定临床分离的泛耐药肺炎克雷伯菌的必要性.方法 采用gyrA、parC和mdfA基因测序方法对经法国生物梅里埃公司API 20 E系统(API LAB plus)和MicroScan WalkAway 96 Plus全自动细菌鉴定系统鉴定为克雷伯菌属或产气肠杆菌的19株临床分离株进行分子鉴定.结果 19株菌gyrA、parC、mdfA基因PCR扩增均阳性,基因序列经GenBank中的BLASTn程序进行同源性比较分析,表明与2株完成全基因组测序的肺炎克雷伯菌肺炎亚种NTUH-K2044(Accession:AP006725.1)和MGH 78578(Accession:CP000647.1)为接近,均为99.0％同源,证实19株均为肺炎克雷伯菌.结论 采用gyrA、parC和mdfA基因测序鉴定肺炎克雷伯菌结果准确.
-
侵袭性肺曲霉菌体外药敏试验与分子鉴定及基因分型研究
目的 研究医院侵袭性肺曲霉菌的药物敏感试验和分子鉴定及基因分型,对感染源的确定及控制医院曲霉菌属感染提供策略.方法 收集并统计医院2010-2011年53例侵袭性肺曲霉菌病患者送检标本分离的侵袭性曲霉菌,用萨布罗培养基培养和乳酸棉酚蓝染色直接镜检进行菌种初筛鉴定;用钙调蛋白基因序列分析进行分子鉴定和基因分型;药敏试验采用E-test法对两性霉素B、卡泊芬净、伏立康唑、伊曲康唑、泊沙康唑5种抗真菌药物进行MIC值测定.结果 从53例侵袭性肺曲霉菌病患者痰液标本中分离出62株曲霉菌属,其中9例患者两种曲霉菌混合感染;检出烟曲霉菌37株占59.68％,黄曲霉菌22株占35.48％,黑曲霉菌、土曲霉菌、迟缓曲霉菌各1株,各占1.61％;体外药敏试验MIC90由低到高依次为卡泊芬净、泊沙康唑、伏立康唑、伊曲康唑、两性霉素B.结论 烟曲霉菌和黄曲霉菌仍然是侵袭性曲霉菌病感染的主要病原菌,分子鉴定可将曲霉菌属准确鉴定到种,有良好的应用前景;唑类药物对于曲霉菌属的体外抗菌活性优于两性霉素B.
-
两所三级医院耐药鲍氏不动杆菌耐药元件检测研究
目的：比较两所医院鲍氏不动杆菌临床分离株耐药表型及耐药元件的差异，了解两所医院鲍氏不动杆菌耐药表型及分子流行病学特性。方法收集2011年1－12月患者临床标本中分离的39株耐药鲍氏不动杆菌，其中A1～A19号株分离自浙江省宁波市第二医院（A院），B1～B20号株分离自江苏省无锡市人民医院（B院）；先用16S～23SrDNA鲍氏不动杆菌种特异PCR扩增做菌种的分子鉴定，再采用聚合酶链反应（PCR）法分析33种β‐内酰胺酶基因、8种氨基糖苷类修饰酶基因、6种16SrRNA甲基化酶基因、12种可移动遗传元件遗传标记、2种氟喹诺酮类药物作用靶位基因，测得结果作样本聚类分析（UPGMA法）。结果A院菌株对氨基糖苷类药物仍有较高的敏感性，B院菌株对常用药物均耐药；A院19株菌株均检出β‐内酰胺类药物获得性耐药基因、可移动遗传元件遗传标记以及氟喹诺酮类药物作用靶位基因均存在突变，只有14株菌株未检出氨基糖苷类药物获得性耐药基因；B院20株菌株均检出β‐内酰胺类药物获得性耐药基因、氨基糖苷类药物获得性耐药基因、可移动遗传元件遗传标记以及氟喹诺酮类药物作用靶位基因均存在突变；两所医院菌株耐药元件检测结果的样本聚类分析显示：A、B两所医院的菌株因检出基因不同则分成两簇，A院的14株为同一克隆，而B院的20株为同一克隆。结论可移动遗传元件介导获得性耐药基因可在细菌间传播，两所医院菌株的耐药表型和基因型一一对应，A院5株菌的表型与B院20株菌相同，但获得性耐药基因检测结果不同。
-
不同株系三角褐指藻的分子鉴定及其生理特性的比较研究
目的：比较不同生境来源的三角褐指藻在相同培养条件下生长状态及生理生化特性，为三角褐指藻藻种的选择和培养工艺的确定提供参考。方法选取了来自不同地区的11株三角褐指藻作为研究对象，对其进行形态学和分子鉴定，测定其中10株的比生长速率和总脂含量。结果11株藻在显微镜下呈梭形、卵圆形，为黄褐色，其中10株藻的rbcL基因序列几乎完全相同，均属于同一种属三角褐指藻；10株藻的生长速率及总脂含量均有差异，部分藻株之间差异显著；藻株B220油脂产率高，可作为生物柴油生产的候选藻种。结论该研究可为三角褐指藻作为优良能源微藻藻种的选择提供一定的参考。
-
6种川产姜黄属药用植物叶绿体trnK基因序列变异分析及其分子鉴定
目的建立6种川产姜黄属(Curcuma)药用植物快速简单的分子鉴定方法.方法采用叶绿体赖氨酸tRNA基因(trnK)测序与序列变异分析方法.结果 6种姜黄属药用植物(包括姜黄C. longa、莪术C. phaeocaulis、川郁金C. sichuanensis、川郁金C. chuanyujin、川黄姜C. chuanhuangjiang、川莪术C. chuanezhu)完整trnK基因长度在2699～2705 bp.序列可变区包括matK基因编码区和trnK外显子与matK内含子之间区域,共有6个单核苷酸多态性(SNPs)位点、1个9-bp的缺失重复序列和2个4-bp、14-bp插入重复序列.结论 trnK基因序列可变位点可以作为6种川产姜黄属药用植物快速简单的分子鉴定标记,并为它们之间种的归并提供了分子依据.
-
药用石斛的叶绿体matK基因序列分析及鉴别
比较22份(包括待检材料4份)共计12种药用钉斛及密花石豆兰(1份)的叶绿体DNA matK基因序列差异,从分子水平对药用石斛进行鉴定.采用改良的CTAB法提取石斛基因组DNA,PCR扩增,克隆测序法对叶绿体DNA matK基因全序列进行测定,运用BioEdit、MEGA4.0等软件分析序列,构建分子系统树.测得石斛属12种植物的叶绿体matK基因长1 410 bp,变异位点51个,信息位点11个.除了存在碱基替换的遗传变异外,还存在碱基的插入和缺失.石斛种间以及种内不同居群(品种)间均能在NJ树中明显分化开来,种间平均遗传距离为0.008,种间大遗传距离为0.014,小遗传距离为0.003,碱基相差8～20个.种内不同居群(品种)遗传距离为0.001,相差1～5个碱基.并成功地对4种待检种进行了鉴定.利用12种石斛的matK基因全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种的matK基因全序列进行测定,可以在分子水平对石斛不同种及种内不同居群(品种)进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.
-
射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析
目的对射干Belamcanda chinensis (L.) DC.,鸢尾Iris tectorum Maxim.,野鸢尾I.dichotoma Pall.,蝴蝶花I.japonica Thunb.和德国鸢尾I.germaica L.等5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析,并对其亲缘关系进行探讨.方法 CTAB(Cetyl trimelhyl ammonium bromide,CTAB)法提取总DNA,用作者设计的引物对鸢尾科5种药用植物的叶绿体rbcL(ribulose 1,5-bisphosphate carboxylose Large Gene,rbcL)基因进行扩增,PCR扩增产物纯化后,用ABI310 DNA自动测序仪测序.结果获得射干和4种鸢尾属药用植物叶绿体rbcL基因部分序列(约750 bp),除德国鸢尾外, 其余4种药用植物的rbcL基因序列为首次获得;用clustal 8.0,MEGA 2.0等软件分析统计获得的目的基因片段,得到碱基突变点,遗传距离[碱基差异数(1.000～20.000)、颠换数为(0.000～9.000)、转换数为(0.000～14.000)],根据rbcL基因部分序列数据建立分子系统树.结论根据叶绿体rbcL基因序列数据可以很好的鉴别5种鸢尾科植物.
-
高分辨率熔解曲线技术及其在中药DNA分子鉴定中的应用
高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)是建立在熔解曲线分析的基础上,通过一类新型饱和荧光染料和更高分辨率的检测仪器,主要应用于突变扫描、基因分型和序列匹配等的一项新技术.该技术因简便、精确、快速、闭管、低成本、高通量、对样本无污染等优点而受到广泛关注.本文对高分辨率熔解曲线的原理、影响因素、优势、不足及在中药材HRM分析应用现状等进行系统总结,并对其在中药分子鉴定中的应用前景进行展望.
-
柴胡属药用植物的分子鉴定及市售柴胡药材的质量调查
柴胡是常用的大宗中药材之一,在我国有着两千多年的药用历史.但是目前柴胡药材品种混乱,有25种、8变种、3变型的柴胡属药用植物在不同地区和中药材市场作为柴胡使用,通过传统方法鉴别极为困难.为快速准确地对柴胡属为数众多的药用植物进行鉴定,本文从全国9省份14居群采集了168株柴胡属药用植物,扩增获得了长度为600～606 bp的ITS序列;通过DNAMAN比对分析找到86个变异位点,并确定了19种ITS单倍型(TH1～TH19);利用MEGA 5.0进行K2P (Kimura 2-parameter)遗传距离分析,发现种间遗传距离显著大于种内遗传距离;利用邻接(neighbor joining,NJ)法构建系统发育树,显示各物种聚类关系清晰,因此建立了基于ITS序列的柴胡属药用植物分子鉴定方法.利用该方法对来自全国5个主要中药材市场的52份柴胡药材进行了分子鉴定,并进一步利用HPLC法测定各药材中柴胡皂苷a、柴胡皂苷c及柴胡皂苷d的含量,应用ANOVA和LSD T检验进行统计学分析,从而对市售柴胡药材的质量进行评价.本文不仅对柴胡属药用植物的快速准确鉴定具有重要意义,而且对于掌握市场上柴胡药材的流通现状及质量评价具有指导意义.
-
市售动物药材僵蚕的DNA条形码鉴定研究
本研究基于DNA条形码技术对市售动物药材僵蚕进行分子鉴定研究,应用二维DNA条形码技术,建立跨平台信息交换的“互联网+”中药材物种鉴定体系.僵蚕药材同时包含动物家蚕和真菌白僵菌,采用植物基因组DNA提取试剂盒能成功扩增白僵菌ITS序列,未能扩增家蚕COI序列,而动物基因组DNA提取试剂盒提取总DNA均能成功扩增COI序列和ITS序列,并且ITS序列扩增、测序结果与植物基因组DNA提取试剂盒相一致.COI序列经鉴定为家蚕Bombyx mori Linnaeus,ITS序列经鉴定主要来源为白僵菌Beauveria bassiana (Bals.)Vuillant,少数为杂菌.基于ITS序列所构建的NJ树结果显示,白僵菌及其他致病菌株均可明显区分,且市售僵蚕药材混伪品含杂菌致病菌株.研究表明利用动物基因组DNA提取试剂盒可一次性将家蚕和白僵菌的DNA同时提取出来,有效解决同时含有动物和真菌类药材的基原鉴定.基于COI序列和ITS序列的DNA条形码分子技术能稳定、准确鉴别动物药材僵蚕,“互联网+”二维DNA条形码体系能有效监管药材流通领域的各个环节,有利于推动中药材市场的标准化和规范化.
