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基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力.方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用BioEdit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树.结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物.结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定.
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中药资源领域相似性度量的应用
相似性度量是衡量样本之间的亲疏远近程度,在中药资源领域应用广泛.相似性度量的数学方法很多,主要有相似系数法,距离系数法以及相似离度法三大类,每种方法有其不同的适用范围及优缺点.文章综述了不同的相似性度量方法在中药化学指纹图谱,中药材分子鉴定和生态适宜性评价中的应用,以及不同相似性度量方法的原理和优缺点,在实际应用中应根据不同领域的目的需求和评价对象类型选择合适的相似性度量方法,以期更好地解决样本之间的相似性评价问题.
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应用ITS2条形码鉴定藏药镰形棘豆
目的：对藏药镰形棘豆及其易混伪品进行分子鉴定，以确保该药材的质量及临床疗效。方法提取样本基因组DNA，对核基因ITS2片段进行PCR扩增并测序，并对所得序列进行同源性比较，利用MEGA软件进行相关数据分析，并构建基于ITS2序列的邻接（NJ）树。结果镰形棘豆物种种内K2P遗传距离为0，与其他混伪品的K2P遗传距离分布于0.068～0.084，构建的NJ树表明ITS2序列能够区分镰形棘豆与其他易混伪品。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以方便快捷地鉴别镰形棘豆及其易混伪品，为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了重要分子依据。
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基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定
目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.
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基于叶绿体matK基因序列探讨10种石杉科石杉属植物的系统关系及分子鉴定
目的:利用叶绿体matK基因序列探讨10种石杉属植物的系统发育及分子鉴定.方法:分别从9种石杉属植物中提取总DNA,经扩增纯化后,用PCR产物直接测序.结果:对石杉属Huperzia Bernh.9个种的叶绿体matK基因进行了测序,序列长度为1 589 bp,并对10个种(亮叶石杉H.lucidula的matK基因序列从GenBank中下载)的matK序列进行比对,其中有35个系统发育信息位点及35个变异位点,以垂穗石松Lycopodiella cernua为外类群,利用MEGA 3.1软件计算种与种之间的遗传距离在1.59%～0.25%,并构建系统树,获得简约树和邻接树.结论:小杉兰组和蛇足石杉组植物分别聚成一枝,构成姊妹群,其靴带支持率分别为98%和99%.长柄石杉与蛇足石杉分别聚在2个不同进化枝,二者间有19个碱基差异,遗传距离为1.21%.建议应将长柄石杉单独列为一个种.
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基于双向位点特异性PCR的金银花真伪鉴别方法研究
目的:筛选获得金银花真伪鉴别SNP位点并建立双向位点特异性PCR方法,用于鉴别金银花和其常见伪品以及两者的混杂品.方法:通过对GenBank收录的忍冬属植物叶绿体trnL-trnF序列进行对比分析,获得金银花真伪鉴别SNP位点；并依据该SNP位点设计特异性引物,对84份金银花基原植物及其市售饮片、伪品进行双向位点特异性PCR扩增,并根据真伪品的特异性条带进行金银花药材鉴别.结果:退火温度为61℃时,正品均出现468 bp的条带,红腺忍冬、华南忍冬、灰毡毛忍冬、黄褐毛忍冬、水忍冬、金银忍冬、郁香忍冬、新疆忍冬、繁果忍冬等9个伪品均出现324 bp的条带,在正品DNA中掺入5％以上伪品时同时出现正品和伪品条带.结论:双向位点特异性PCR可以鉴别金银花真伪品及两者的混杂样品.
关键词： 双向位点特异性PCR 金银花 分子鉴定 -
不同来源莲rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析
目的:通过分析不同来源莲的ITS序列,为莲的鉴别提供DNA分子标记.方法:利用特异性引物进行PCR扩增和克隆、测序技术对莲的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异.结果:得到参试的11个莲栽培品种的rDNA的ITS及5.8S rDNA全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约750 bp.显示了不同产地、不同栽培品种莲的rDNA ITS的差异.结论:本研究为利用ITS区序列差异,鉴别不同来源的莲提供了依据,此法可用于莲种间及真伪品鉴别.
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黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究
目的:研究黄芪与其混伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集不同产地的黄芪药材13份,替代品红芪2份,混伪品紫花苜蓿3份和蜀葵1份,所有样品进行总DNA的提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,同时从GenBank下载蓝花棘豆、锦鸡儿2种伪品的ITS序列.用MEGA 4计算其种间的K-2-P距离,后利用ITS序列构建其系统发育树.结果:测得了19份样品的ITS序列全长,分别为蒙古黄芪646 ～ 650 bp,膜荚黄芪为646～650 bp;红芪为664 bp；紫花苜蓿为659 bp;蜀葵为728 bp,在GenBank中注册,获得登记号.通过以ITS序列重建系统进化树进行的聚类分析可以将黄芪与其混伪品有效的区分开.结论:ITS序列能够成功鉴定黄芪及其易混伪品,可以作为黄芪与其混伪品的分子鉴定方法.
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牛蒡子及其伪品的ITS序列分子鉴定研究
目的:研究牛蒡子与伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集全国26个不同产地的牛蒡子药材26份和4种伪品毛头牛蒡、大翅蓟、紫穗槐、水飞蓟10份样品进行总DNA的提取,PCR扩增,对扩增产物克隆并测序,计算机软件统计分 析.结果:测得了36份样品的ITS序列全长,分别为牛蒡子641 bp,毛头牛蒡为641 bp;大翅蓟为639 bp;水飞蓟为630～631bp;紫穗槐为625～626 bp,在GenBank中注册,获得登记号.牛蒡子样品间的相似度大于99%,牛蒡子与大翅蓟、水飞蓟、紫穗槐间的相似度低于95%,毛头牛蒡与牛蒡子的相似度为98.29%～99.22%.通过以ITS序列重建系统树进行的聚类分析可以将牛蒡子与伪品有效的区分开.结论:根据ITS序列,能够有效的区分牛蒡子与伪品.
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川产贝母种质资源遗传多样性的ISSR分析
目的:为阐明川产贝母资源间亲缘关系提供更多证据.方法:利用ISSR分子标记技术对川产10个种1变种共19份材料进行分析,采用NTSYS软件计算材料间相似系数,并用UPGMA法构建了系统树.结果:从35个ISSR引物中共筛选出11个多态性明显、反应稳定的引物,在19份供试材料DNA中共扩增出179条谱带,其中多态性条带163条,占86.8%.材料间ISSR标记遗传相似性系数(GS)在0.569～0.855.聚类分析结果显示,所有供试材料均可区分开,并聚为4组.第1组包括川贝母、甘肃贝母、长腺贝母和短丝贝母,第Ⅱ组由暗紫贝母和浓蜜贝母组成,槽鳞贝母、浙贝母、瓦布贝母和梭砂贝母聚为第Ⅲ组,湖北贝母单独为第Ⅳ组.试验结果还表明,来源于同一地区的多数川产贝母材料可分别聚在一起.结论:ISSR标记适用于川产贝母资源的遗传多样性研究,但药典收载的川贝母药材的4种基原植物种间及其与其他川产贝母属各物种间尚不能仅通过采用ISSR标记技术进行分子鉴定.此外,ISSR聚类结果同川产贝母资源的地理分布有一定关系.
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天麻AFLP反应体系的建立及优化
近年来,随着分子标记技术在植物学研究方面的广泛应用,不少中药研究者也尝试把分子标记技术用于中药材资源的分子鉴定和道地药材的鉴定.
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药用植物根结线虫病害及防治策略
根结线虫病害是我国药用植物栽培中的主要病害之一,严重制约了中药产业的可持续发展.该研究介绍了药用植物主要根结线虫病害的类型、鉴定方法及防治策略.综述了形态学和分子生物学的鉴定方法是当前区分根结线虫种类的主要手段;根结线虫病害的防治策略主要包括农业防治、化学防治、物理防治及生物学防治.该研究阐述了根结线虫病害的防治应以建立病害综合防治技术平台为前提,选育优质高产的抗病品种为基础,建立规范化的栽培管理模式为手段的综合体系,从而促进药用植物的可持续发展和环境保护.
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DNA宏条形码(metabarcoding)技术在中成药鉴定中的研究进展
DNA宏条形码(metabarcoding)技术是一项传统DNA条形码与高通量测序技术相结合后衍生出的研究方法,该技术可快速、简便、有效地从多物种混合的生物样本中识别、还原其中的生物种类,目前在环境生物学研究中得到广泛运用.在市售中成药领域,掺伪、质量不稳定等因素严重制约了相关产业的可持续发展.该文介绍了DNA宏条形码技术的相关背景及其在中成药鉴定中的初步应用情况,同时还简述了研究过程中可能存在的问题并对DNA宏条形码技术发展进行了展望.
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中药鉴定学新技术新方法研究进展
作者对近20年中药鉴定学研究和应用的新技术、新方法进行了综述,介绍和评述了每种技术或方法的原理、特点、应用实例及发展方向,探讨了现有新技术在鉴定中的客观性和准确性.DNA条形码技术鉴定能力较强,在鉴定没有背景信息的中药样品及在方法通用性和可数字化方面具有优势,应用前景广阔.光谱鉴定具有指纹特征性,在中药材及饮片的质量管理和鉴定中具有一定的实用性.显微鉴定新技术、色谱鉴定、特定引物PCR标记鉴定、生物效应鉴定、DNA芯片以及仿生技术等其他技术在特定中药鉴定中将发挥重要作用.
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展望分子谱系地理学在道地药材研究中的应用
作者在介绍分子谱系地理学的概念、研究方法和研究现状的基础上,探讨了分子谱系地理学推断的3种植物遗传分化模式--异域片断化、受距离影响的有限基因流和分布区快速扩展与道地性形成的相关性;阐述了基于分子谱系地理学研究的道地药材分子鉴定对以往分子鉴定局限的突破;阐明了分子谱系地理学在道地药材产地变迁历史研究中的应用;论述了分子谱系地理学在解决道地药材栽培中种质退化问题等方面的作用.这些方面的应用展现了分子谱系地理学在道地药材研究中的应用前景,为道地药材的研究提供了新的理论和方法.
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兰科石斛属植物分子生物学研究进展
随着分子生物学技术的进步,石斛属植物在分子方面的研究快速发展,不仅为石斛属植物的快速鉴别提供了新途径,较全面的揭示了其种群的遗传多样性和亲缘关系,更为揭示石斛属植物生长发育、代谢调控机制奠定了重要的分子基础.鉴于此,该文从分子鉴定、遗传多样性、功能基因等方面对近年来石斛属植物分子生物学方面的研究现状进行综述,以期为该领域的进一步研究及石斛属植物的有效保护、开发和利用提供理论依据.
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龙脑樟中内生真菌bn12分子鉴定及挥发性代谢产物分析
目的:对龙脑樟中内生真菌bn12菌种进行鉴定,并对其的挥发性代谢产物进行分析.方法:采用形态学结合ITS序列分析法对菌种进行鉴定,采用GC-MS对挥发油成分进行分析.结果:内生真菌bn12的ITS序列与格孢菌目Pleosporales中格孢菌科Pleosporaceae的真菌相似度大,并且与Cochliobolusnisikadoi ITS序列同源性比较高；龙脑樟内生真菌bn12的挥发性代谢产物中含有龙脑以及大量的吲哚类物质.结论:内生真菌bn12属于座囊菌纲的格孢菌科真菌,具有产生龙脑的能力.
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草珊瑚与金粟兰叶片双位点特异性PCR鉴别方法研究
筛选获得草珊瑚与金粟兰鉴别的特异位点并建立双位点特异性PCR方法,用于鉴别草珊瑚与金粟兰叶片以及两者的混杂品.采集不同产地的草珊瑚18份、金粟兰6份,所有样品提取总DNA,并对草珊瑚与金粟兰干燥叶片进行DNA提取.通过对其ITS片段进行扩增、测序,并搜索GenBank数据库中收录的草珊瑚与金粟兰的ITS序列,进行同源比对后根据其变异位点设计特异性鉴别引物,构建多重PCR体系,并优化PCR条件,对草珊瑚与金粟兰叶片进行快速分子鉴定.构建了多重PCR鉴别体系,只经一个PCR反应,能扩增出草珊瑚580 bp的特异性鉴别条带及金粟兰470 bp的特异性片段,可快速鉴别草珊瑚与金粟兰叶片,并可判断相互是否混杂.使用双位点特异性PCR技术可以有效快速鉴别草珊瑚与金粟兰叶片,并可判断相互是否混杂.
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15种中药材表面污染真菌的分离与分子鉴定
为了了解中药材受真菌污染的状况,探索中药材表面污染真菌的快速鉴定方法.利用PDA培养基进行中药材污染真菌的分离与纯化.根据真菌基因组ITS序列设计特异引物,通过PCR扩增和序列分析进行菌株鉴定.从15种湖北市售中药材上分离得到50株真菌,污染率为93.3％.利用分子鉴定方法成功鉴定了其中的27株.中药材受真菌污染现象较为普遍,各菌属污染中药材情况不同,其中以曲霉属真菌的污染较严重,存在潜在的风险.该实验所设计的引物通用性较好,可用于中药材表面污染真菌的鉴定.
关键词： 中药材 真菌污染 聚合酶链式反应(PCR) 分子鉴定 -
菟丝子、莱菔子与其易混淆品的快速PCR法鉴别研究
完善快速PCR鉴定检测体系,并建立菟丝子或莱菔子的分子鉴别方法.收集不同地区的菟丝子、莱菔子及其易混淆品材料,所有样品进行总DNA的提取,通过对菟丝子、莱菔子及其易混淆样品ITS片段进行扩增、测序,进行同源比对后根据其变异位点设计特异性鉴别引物,采用2步法进行PCR扩增,从而对菟丝子或莱菔子进行鉴别.通过对影响PCR退火温度、变性温度、退火时间、变性时间、循环次数等因素进行优化,并对不同型号PCR仪进行考察,分别获得菟丝子、莱菔子快速PCR反应程序.在稀释后的PCR产物中加入SYBR Green Ⅰ染料,正品显示出明亮绿色荧光,而混淆品不显示荧光,且可有效的避免因引物二聚体而存在的假阳性问题.快速PCR方法可以简单快速鉴别菟丝子、莱菔子,为实现药材分子鉴别的现场运用提供技术支撑.
