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基于DNA条形码对凉山虫草及近缘物种和其混伪品的分子鉴定
目的：结合ITS基因和COI基因对《四川省中药材标准》收录的凉山虫草和近缘物种及当地市场上出现的混伪品进行分子鉴定，考察其方法的可行性。方法：对收集的28份样品通过DNA提取、PCR扩增，分别获得其ITS序列和COI序列。用Codon Code Aligner V3.7.1，Mega 5.0等软件进行比对分析，构建基于ITS序列和COI序列的样品的NJ树，进行聚类分析。结果：凉山虫草和近缘物种及混伪品寄生真菌的ITS序列种间小K-2P距离大于各物种种内大K-2P距离：种内变异小，种间差异较大，从而基于ITS序列的NJ树能将凉山虫草与其他近缘物种及其混伪品很好地归属；凉山虫草和近缘物种及其混伪品寄主昆虫的COI序列种间小K-2P距离大于各物种种内大K-2P距离：种内变异小，种间差异较大，通过遗传距离及NJ树的分析能将凉山虫草与其他近缘物种其及其混伪品及其他近缘物种很好地区分。结论：结合ITS序列和COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定凉山虫草与其近缘物种及其混伪品，并对虫草属的系统学和分类研究提供了技术支持。
关键词： 凉山虫草 混伪品 ITS序列 COI序列DNA条形码 -
金银花、吴茱萸的传统饮片和超微饮片ITS序列的比较
目的:应用现代分子生物学技术获取中药材及其超微饮片的ITS序列,通过分析比较,为超微饮片的质量控制提供可靠方法.方法:以金银花、吴茱萸的干药材和超微饮片为实验材料,提取总DNA,克隆和测定其rDNA的转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列.结果:获得了样品中药材的rDNA的ITS1,ITS2,5.8S,18S和28S序列,金银花、吴茱萸的传统饮片和超微饮片的ITS序列的相似度在99%以上.结论:利用ITS序列分析可以科学有效地对超微饮片进行鉴定.
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不同产地栽培及野生喜马拉雅紫茉莉的分子鉴定研究
目的:利用分子技术测定喜马拉雅紫茉莉的DNA分子序列,比较不同产地栽培及野生喜马拉雅紫茉莉的差异,为栽培品的合理使用提供依据.方法:提取喜马拉雅紫茉莉药材的DNA,以ITS序列通用引物进行PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,利用NCBI数据库及MEGA 5.0等软件对数据进行分析.结果:喜马拉雅紫茉莉样品间DNA遗传距离差异较小,在0.000-0.040之间;样品分子间碱基变异位点少;系统发育树中,所有样品聚为一大类,Boerhavia spicata.聚为一类,二者显著分开.而安国XZAGZP及甘南州GSGLYS聚为一类,其余样品聚为一类.结论:不同产地栽培及野生的喜马拉雅紫茉莉药材在DNA分子序列方面的差异较小,为栽培品的合理使用提供了理论依据.
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ITS序列鉴定西红花与其易混中药材
目的:通过研究比较西红花与其易混中药材ITS序列的差异和规律,建立西红花与其易混药材之间的分子鉴别方法.方法:从正品西红花以及番紫花2个园艺品种中提取总DNA,用ITS序列通用引物扩增,扩增产物克隆测序;从GenBank中获得莲须、菊花、玉米、红花的ITS序列.结果:测得西红花以及番紫花2个园艺品种的ITS全长序列,总长度分别为658,634,633 bp,包括ITS1,5.8S和ITS2区,GenBank注册登记号为DQ094185,DQ224363,DQ224364.西红花和番紫花2个园艺品种的ITS序列相似性均高于91%;番紫花2个园艺品种之间ITS序列的相似性高达99.84%;比较ITS1区序列,正品西红花与其易混中药材的差异性均在46%以上;比较:ITS2区序列,正品西红花与其易混中药材的差异性均在41%以上.结论:根据ITS序列特征,能有效区分西红花和其他易混中药材.ITS序列是正品西红花鉴定的有效的分子标记.
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基于ITS2条形码SNPs的人参和西洋参PCR-SSCP分子鉴别研究
目的:依据人参和西洋参ITS2条形码的专属性SNP鉴别位点,建立利用PCR-SSCP技术鉴别人参和西洋参的方法.方法:查找GenBank上已收录的人参和西洋参ITS2序列,进行比对分析,筛选人参和西洋参ITS2序列的专属性SNP鉴别位点,据此设计引物,采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法对11个人参样品和10个西洋参样品进行分析,对PCR产物进行测序验证.结果:人参和西洋参样品的PCR-SSCP谱带与各自的对照药材谱带一致,人参和西洋参的PCR-SSCP谱带有显著差异；PCR-SSCP鉴别结果和经测序鉴别结果一致.结论:和测序法相比,PCR-SSCP方法快速、准确,可用于人参和西洋参药材的鉴定.
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太空环境对甘草中甘草酸生物合成相关基因的诱变作用分析
目的:探讨太空环境对甘草酸相关基因的诱变作用分析.方法:利用返回式卫星搭载甘草,18 d后返回地球,搭载种子返回地面后与对照组同时种植于实验田中,采集三年生甘草叶子,对甘草酸形成相关基因ITS序列,β-香树酯醇合成酶基因的多态性以及基因表达差异进行了研究.结果:甘草经过卫星搭载后,甘草酸相关基因ITS序列没有发生变化,而甘草酸合成关键基因β-香树酯醇合成酶基因某些位点呈现了差异性,并且太空环境对甘草酸合成关键基因β-香树酯醇合成酶基因表达有一定影响.结论:太空环境对甘草酸相关形成和表达产生一定影响,这些变化对于揭示太空环境对甘草酸形成的基因机制具有重要意义,并且对于后期选育甘草优良种质奠定基础.
关键词： 甘草 航天 ITS序列 β-香树酯醇合成酶基因 -
基于ITS序列的中国药用石斛及其混伪品的分子鉴定
目的:通过测定17种药用石斛的rDNA ITS全序列,构建分子系统树,在分子水平对待检种进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.方法:采用改良的CTAB法提取石斛叶片DNA,PCR扩增rDNA ITS区全序列,产物回收纯化后直接测序,运用Bioedit,MEGA 4.0等软件分析石斛属植物的rDNA ITS序列的特征.结果:建立了17种药用石斛rDNA ITS区碱基全序列数据库,其中,ITSl的长度为228～234 bp,GC量为45.7%～53.0%,变异位点167个,占总位点67.34%,信息位点106个,占总位点42.74%;ITS2长度为241～247 bp,GC量为44.8%～55.7%,变异位点165个,占总位点66.27%,信息位点115个,占总位点46.18%.属间的遗传距离为0.295,石斛种间的平均遗传距离为0.142,种内各居群间的平均遗传距离为0.002.结论:利用17种石斛的全序列数据库及遗传分析软件,通过对待检种rDNA ITS区进行序列测定,可以在分子水平对石斛不同种质进行鉴别,为石斛的分子鉴定提供依据.
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紫花前胡分类位置修订的分子基础研究
目的:从核DNA ITS序列角度阐明紫花前胡分类位置修订的分子基础.方法:PCR扩增、DNA序列测定、分支分析法进行研究.结果:得到紫花前胡、白花前胡、白芷、泰山前胡、骨缘当归的ITS序列和系统发育树,其中紫花前胡和白芷、骨缘当归聚为一组,泰山前胡和白花前胡聚为另一组.结论:紫花前胡应为当归属植物,紫花前胡和白花前胡应分别入药.
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基于核DNA ITS序列的细辛药材基源及分子鉴定研究
目的:探讨细辛药材3个基源同等入药的遗传基础,汉城细辛和北细辛的分类位置及细辛药材分子鉴别的可能性.方法:进行PCR扩增,扩增产物纯化,测序,然后结合国产其他细辛属植物的ITS序列进行分析.结果:获得辽细辛、华细辛和汉城细辛的ITS和5.8S rDNA完整序列;细辛药材的3种原植物形成一个非常稳定的独立分支,其中北细辛和华细辛聚合成一个分支,汉城细辛形成另一个分支;3种细辛药材ITS序列有差异.结论:细辛药材3个来源亲缘关系非常密切,它们相互替代入药是有遗传基础的,支持北细辛是库页细辛的变种,汉城细辛的分类位置未能确定,汉城细辛、北细辛和华细辛ITS序列之间的差异可用作分子鉴定的依据.
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不同来源莲rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析
目的:通过分析不同来源莲的ITS序列,为莲的鉴别提供DNA分子标记.方法:利用特异性引物进行PCR扩增和克隆、测序技术对莲的rDNA ITS区间碱基序列进行测定,比较其差异.结果:得到参试的11个莲栽培品种的rDNA的ITS及5.8S rDNA全序列,18S和26S rDNA部分序列,共约750 bp.显示了不同产地、不同栽培品种莲的rDNA ITS的差异.结论:本研究为利用ITS区序列差异,鉴别不同来源的莲提供了依据,此法可用于莲种间及真伪品鉴别.
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5种习用柴胡的ITS序列鉴别
目的: 用PCR扩增方法测定5种常用柴胡的ITS序列,为柴胡的分子鉴定提供依据.方法:分别从5种柴胡的叶片中提取总DNA,以核基因组通用引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序.结果:各样品的ITS1长度为214～220 bp,ITS2长度为230～231 bp.5种柴胡的ITS序列分别有多个特异性信息位点.结论:ITS序列可以作为柴胡分子鉴定的依据.
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中国药用甘草物种划分的分子基础研究
目的:阐明中国药用甘草物种之间的界限,为甘草资源开发和优良品种选育奠定基础.方法:PCR扩增、DNA序列测定、分支分析.结果:获得我国甘草属8种(变种)植物的ITS序列,得到中国药用甘草的系统发育树.结论:支持黄甘草归并入胀果甘草、密腺甘草归并入光果甘草;支持无腺毛甘草为独立的物种.
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黄芪与其混伪品的ITS序列分子鉴定研究
目的:研究黄芪与其混伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集不同产地的黄芪药材13份,替代品红芪2份,混伪品紫花苜蓿3份和蜀葵1份,所有样品进行总DNA的提取,PCR扩增,并对扩增产物进行测序得到相应的序列,同时从GenBank下载蓝花棘豆、锦鸡儿2种伪品的ITS序列.用MEGA 4计算其种间的K-2-P距离,后利用ITS序列构建其系统发育树.结果:测得了19份样品的ITS序列全长,分别为蒙古黄芪646 ～ 650 bp,膜荚黄芪为646～650 bp;红芪为664 bp；紫花苜蓿为659 bp;蜀葵为728 bp,在GenBank中注册,获得登记号.通过以ITS序列重建系统进化树进行的聚类分析可以将黄芪与其混伪品有效的区分开.结论:ITS序列能够成功鉴定黄芪及其易混伪品,可以作为黄芪与其混伪品的分子鉴定方法.
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牛蒡子及其伪品的ITS序列分子鉴定研究
目的:研究牛蒡子与伪品之间的DNA分子鉴别方法.方法:采集全国26个不同产地的牛蒡子药材26份和4种伪品毛头牛蒡、大翅蓟、紫穗槐、水飞蓟10份样品进行总DNA的提取,PCR扩增,对扩增产物克隆并测序,计算机软件统计分 析.结果:测得了36份样品的ITS序列全长,分别为牛蒡子641 bp,毛头牛蒡为641 bp;大翅蓟为639 bp;水飞蓟为630～631bp;紫穗槐为625～626 bp,在GenBank中注册,获得登记号.牛蒡子样品间的相似度大于99%,牛蒡子与大翅蓟、水飞蓟、紫穗槐间的相似度低于95%,毛头牛蒡与牛蒡子的相似度为98.29%～99.22%.通过以ITS序列重建系统树进行的聚类分析可以将牛蒡子与伪品有效的区分开.结论:根据ITS序列,能够有效的区分牛蒡子与伪品.
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牛蒡ITS序列与药材质量的相关性研究
目的 研究牛蒡ITS序列与牛蒡子药材质量相关性.方法 采集全国26个不同产地的牛蒡子药材,采用PCR扩增后测定ITS序列,HPLC法对牛蒡子药材中牛蒡苷含量进行测定,应用ClustaiX( 1.81),Mage 4.0,SPSS 13.0等统计软件进行遗传多样性、基因分型、相关性等分析.结果 测得了26份牛蒡的ITS序列全长,在GenBank中注册,获得登记号,测定牛蒡子药材中牛蒡苷含量、千粒重,统计分析牛蒡的基因分型与药材质量具有相关性.结论 为揭示牛蒡子道地药材的分子形成机制奠定了基础.
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地黄资源遗传多样性分析
目的:研究不同地区栽培地黄及野生地黄品种间ITS序列差异,为地黄的系统发育和分子鉴定提供依据.方法:用CTAB法提取地黄叶片中总DNA,对PCR产物进行克隆测序,采用MEGA 4.0进行系统进化分析.结果:各供试地黄的ITS区序列总长度为613～614 bp,长度变异仅1 bp,其中ITS1长度为224～225 bp,G+c占60.4%～63%;ITS2长度为224～225 bp,G+C占57.1%～65.3%;5.8S长度高度保守,均为164 bp,,系统发育分析表明:北京2号地黄与其他地黄资源差异性较大,亲缘关系较远.野生地黄居群内差异较小,居群间没有差异.河南栽培地黄与山西、山东省栽培地黄间没有差异;野生地黄资源中神农山和青天河一带地黄与山东省栽培地黄亲缘关系近,而河南栽培地黄和山西省栽培地黄与野生地黄没有差异.结论:不同地区地黄资源种间亲缘关系较近,系统分化不明显.
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基于NCBI核酸数据库的紫荆皮混淆品种华中五味子的DNA鉴定研究
目的:探讨利用NCBI核酸数据库中ITS序列鉴定紫荆皮商品药材,为保证紫荆皮药材质量提供依据.方法:从紫荆皮药材中提取DNA,以ITS序列通用引物进行PCR扩增,扩增产物经纯化后直接双向测序,利用ITS序列相似度和系统发育树进行鉴定.结果:获得了紫荆皮商品药材的ITS序列信息.结论:经DNA鉴定,发现市场上流通的紫荆皮主流商品来源于木兰科五味子属植物华中五味子,药用部位为茎皮.
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甘肃野生秦艽rDNA ITS区序列分析
目的:比较研究甘肃不同地区4种野生秦艽rDNA ITS碱基序列的差异及其规律,寻找秦艽组药材之间的分子鉴别方法.方法:对rDNA ITS区进行了PCR扩增、测序,运用Clustal X,MEGA3等软件对ITS区序列进行分析.结果:不同地区秦艽、麻花秦艽、小秦艽及黄管秦艽的ITS长度为800 bp,ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为290,170,340 bp.根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树.结论:ITS序列可以作为野生秦艽分子鉴定的依据.
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基于中药系统鉴别法的金铁锁及其混淆品的精确鉴别
目的:建立金铁锁药材及其混淆品有效的鉴别方法,分析二者在显微特征、DNA信息特征等方面的差异,为精确鉴定金铁锁药材及其混淆品,以保障用药安全奠定基础.方法:采用中药系统鉴定,对金铁锁药材及其市售混淆品样本的显微特征及其ITS序列进行BLAST比对分析、ITS序列的特异位点差异分析,N-J系统发育树分析等,建立金铁锁及其混伪品的系统鉴定方法.结果:中药系统鉴定法的显微特征中,金铁锁正品药材中无草酸钙结晶,而其混淆品瓦草中具有大量的草酸钙簇晶分布,可作为其鉴定的重要依据之一；此外,金铁锁药材ITS序列与瓦草ITS序列差异明显,采用BLAST比对分析、N-J系统发育树分析等可将二者进一步精确鉴别.结论:采用中药系统鉴定法能够很好的对金铁锁及其混伪品进行精确的鉴别.
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一种钩藤属植物的分子鉴定
目的:以核糖体转录间隔区(rDNA ITS)序列为分子标记,对1种钩藤属植物归类到种提供分子证据.方法:改良CTAB法提取钩藤植物材料总DNA,通过引物对rDNA ITS区序列进行PCR扩增,经过克隆、测序后,与GenBank中已有的钩藤属植物rDNA ITS区序列进行比对,并应用Clustal X,BioEdit等软件计算分析,用PAUP软件构建系统发育树.结果:测序得到该钩膝植物的rDNA ITS区序列长度为719bp,序列分析结果显示该钩藤植物与Genbank中已有的华钩藤Uncaria sinensis rDNA ITS区序列之间相似性达99.7%,并且在系统发育树中并排聚类成一支.结论:基于rDNA ITS区序列的测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对该钩藤属植物进行准确的分子鉴定,为钩藤属中药材的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学理论依据.
