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葛根超微饮片ITS序列指纹图谱的研究
目的 探求葛根超微饮片的品种鉴别方法.方法 以来自不同产地的4个野葛样品和10个粉葛样品制成的超微饮片为实验材料,用分子克隆方法获得并测定其ITS序列.结果 标记它们的ITS1,5.8 s,ITS2的全长序列,构建了葛根的ITS序列指纹图谱,通过分析比较,发现葛根属中野葛之间,野葛和粉葛之间有显著差异;粉葛之间的差异较小.野葛序列总的同一性为80.74%,长度差异可达20 bp,但可分为2个同一性为99.7%以上的组,提示来源可能为2个种.野葛和粉葛序列总的同一性为62%,大长度差异可达180 bp.粉葛之间序列的同一性为98%以上,长度差异仅有4 bp.结论 以ITS序列测定与分析作为葛根超微饮片品种鉴定和质量控制标准是完全可行的.
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冬虫夏草与其混伪品北虫草的ITS测序鉴别
目的:从分子水平鉴别冬虫夏草与其混淆品北虫草.方法:从冬虫夏草及其常见混淆品北虫草中提取DNA,以核基因组通用引物为引物进行扩增,扩增产物经纯化后,用PCR产物直接测序法进行测序.结果: 测得各样品rDNA 的ITS及5.8S rDNA 完全序列, 18S和28S rDNA 部分序列,分别为冬虫夏草459bp、北虫草548bp;二者ITS具显著差异,其中ITS1差异性达33.31%、ITS2差异性达26.67%.结论: ITS序列可有效地鉴别冬虫夏草及其混淆品北虫草.
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绒山羊和绵羊源东毕吸虫ITS rDNA的PCR扩增及序列分析
目的 扩增绒山羊和绵羊源东毕吸虫的ITS rDNA序列并进行分析比较.方法 运用PCR方法,以保守引物BD1和BD2扩增从黑龙江绒山羊和绵羊体内分离的东毕吸虫(Orientobilharzia spp.)rDNA的内转录间隔区(ITS-1及ITS-2).PCR产物经测序后进行序列分析.结果 黑龙江绒山羊和绵羊东毕吸虫的ITS序列总长均为875 bp,其中ITS-1序列长为384 bp,5.8S序列长为159 bp,ITS-2序列长为332 bp.黑龙江绒山羊和绵羊东毕吸虫的ITS序列相似性为99.9%,只有一个碱基差异,存在于ITS-2序列中.结论 本研究在国际上首次报道了绒山羊和绵羊东毕吸虫的ITS序列,证实绒山羊和绵羊源东毕吸虫代表同一个种.这些结果为东毕吸虫分子生物学的进一步研究奠定了基础,并为寄生虫分子系统学研究提供了新资料.
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黄草乌及其混淆品ITS序列的分析鉴别
目的:比较黄草乌及其混淆品滇南草乌ITS序列的差别.方法:分别提取黄草乌及滇南草乌总DNA,进行PCR扩增、扩增产物直接测序,利用DNAStar、ClustalX1.81及MEGA4.0软件进行序列分析.结果:通过对黄草乌及其混淆品的ITS数据矩阵,得到ITS1产生229个一致位点、19个变异位点和13个信息位点；5.8S产生162个一致位点、2个变异位点和1个信息位点；ITS2产生217个一致位点、3个变异位点和1个信息位点.除了5.8S没有碱基的转换和颠换,ITS1存在2个碱基转换和1个颠换,ITS2只存在1个颠换.黄草乌2个居群和滇南草乌3个居群的ITS测序结果经数据矩阵分析后,发现二者ITS2区间第596个碱基处为鉴定二者的稳定的信息位点,黄草乌2个居群的所有样品在此位点的碱基为(C),而滇南草乌3个居群的所有样品在此位点的碱基为(A).结论:黄草乌与其混淆品滇南草乌的核rDNA的ITS序列存在碱基的差异,有特定的变异位点,且位点变异表现出ITS1大于ITS2,因此,能在分子水平上将二者分开.
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基于rDNA-ITS序列及相似度分析的中药赤芍分子鉴别研究
目的:分析中药赤芍正品及混伪品ITS序列的种内相似度及特定位点序列碱基差异,为建立中药赤芍的分子鉴别标准提供思路.方法:采用PCR扩增产物直接测序的方法对市场上购得的未知来源赤芍样品S1、S2的ITS序列(包括ITS1,ITS2,5.8S)进行测定,测定结果进行BLAST比对、相似度分析、序列特异性碱基位点差异比较；用DNAMAN对GenBank上已注册的正品赤芍和混伪品赤芍的ITS序列进行分析.结果:建立了赤芍药材分子鉴别的3个指标,即根据BLAST结果定属,种内相似度缩小属内范围并定种,再通过特异性碱基位点差异终确定并证实样品的物种；确定了样品S1来源于芍药属植物芍药Paeonia lactiflora Pall.,样品S2来源于芍药属植物川赤芍Paeonia veitchii Lynch..结论:本文为赤芍的分子鉴别提供较为有效的思路与方法,同时为基于rDNA-ITS相似度及序列分析进行其他中药品种鉴别提供依据.
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连翘原植物的分子鉴定
目的:探索鉴别连翘及其易混淆原植物的方法.方法:采用PCR产物直接测序法测定连翘原植物matK基因序列,检索NCBI上的ITS序列.用Clustal比对分析.结果:ITS和matK序列上连翘分别有30和8个特有位点.ITS序列和matK序列都可用于连翘原植物鉴定.结论:分子鉴定可用于引种栽培前连翘原植物的鉴定.
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不同产地牛蒡rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析
目的:对中国11个不同产地的牛蒡进行ITS序列分析,为牛蒡DNA分子鉴定提供参考.方法:从11个不同产地的牛蒡中提取总DNA,用通用引物对ITS序列进行扩增,对扩增产物克隆测序.结果:牛蒡完整的ITS序列长度范围为641 bp,不同产地间无长度差异,GC含量为59.1%～59.6%之间,其中ITS_1序列为256 bp,GC含量为58.6%～59.4%之间,其中ITS_2序列为221 bp,GC含量为63.8%～64.7%之间.结论:11个不同产地的牛蒡ITS序列遗传距离为0.0000～0.0094,平均遗传距离为0.0024,相似度在99%以上,可以作为DNA分子鉴定的依据.
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天麻rDNA ITS序列测定及特点的初步分析
目的:对天麻ITS序列测定和遗传差异性研究,分析该片段在天麻道地性的分子鉴别和野生资源品种鉴定中的意义.方法:从来自不同产地的天麻中提取总DNA,选择ITS序列通用引物对天麻ITS序列进行PCR扩增,扩增产物纯化后直接测序,比较测序结果的差异.结果:得到参试10个天麻样品的ITS及5.8S rDNA全序列,18S与26S rDNA部序列,共约750 bp,ITS1长度为166～274 bp,ITS2长度为152～249 bp,5.8s长度为152～161bp.发现大麻遗传变异特征与其地域分布有一定的联系.结论:ITS序列可为天麻道地性鉴别和野生资源品种鉴定提供依据.
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金铁锁不同居群rDNA ITS序列分析
目的:分析金铁锁不同居群的核糖体ITS碱基序列,为鉴别不同产地金铁锁提供分子依据.方法:使用1对引物18P1和26P2进行ITS基因的PCR扩增并测序.结果:12个居群金铁锁的ITS1片段长度为225~229 bp,ITS2片段长度为166~170 bp,5.8S片段长度为261~264 bp.云南昆明、丽江、个旧、鹤庆和四川盐源5个居群的ITS序列碱基完全一致,云南宣威、会泽、中甸、保山、四川木里、西藏林芝等7个居群的ITS序列则有不同的变化,碱基变异数目(包括5.8 S编码区)为1~4个.结论:经过比较分析,rDNA ITS区碱基序列在分布于云南中部、四川西南端等居群与云南西部、西北端、西藏东南部、四川西南部居群具有各自相应的指纹特征,可以作为相应居群的鉴别依据.
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基于ITS序列的银柴胡种质资源遗传多样性研究
目的:探讨人工栽培和野生银柴胡种质资源间ITS序列的差异性,为其种质资源的分子鉴定和品质评价提供参考.方法:ITS-PCR扩增产物双向测序后用DNAMAN软件处理测序数据,MEGA 5.0计算K-2-P遗传距离并用UPGMA法构建聚类图.结果:15份银柴胡种质资源共检测到10条不同的ITS序列,大小为625～626 bp,序列一致性达99.78％,遗传距离变幅范围0.002～0.013,所有序列均提交至NCBI并获登录号;10条序列中共发现12个SNP位点,UPGMA聚类结果显示野生银柴胡单独聚为一类.结论:所研究的人工栽培银柴胡和野生银柴胡种质资源ITS序列遗传差异小,亲缘关系近.
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瑞香狼毒的ITS及ITS2序列分析与鉴别研究
目的:探索瑞香狼毒的分子生物学鉴定方法.方法:对瑞香科的14份瑞香狼毒样品和大戟科的2份狼毒大戟样品的细胞核基因ITS和ITS2片段进行PCR扩增并双向测序,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用MEGA 5.0软件进行相关数据分析,采用邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统树进行聚类分析.结果:ITS及ITS2序列能够有效的区分瑞香狼毒和狼毒大戟.结论:该研究建立了瑞香狼毒的分子生物学鉴定方法,可为瑞香狼毒的准确鉴定提供参考.
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铁刀木DNA提取及其rDNA-ITS序列的分析
目的 以核糖体转录间隔区(rDNA-ITS)序列为分子标记,对红木木材铁刀木进行遗传分析,并结合GenBank数据库中已有的序列阐明黄檀属、紫檀属、决明属之间及属内的分子系统发育关系.方法 通过改良CTAB法对铁刀木边材进行总DNA提取,利用引物对rDNA-ITS序列进行PCR扩增和序列测定,用Mega软件进行系统发育分析,构建红木木材的分子系统发育树.结果 用改良CTAB法可以成功提取铁刀木边材总DNA,并在模板稀释倍数为1×102～ 1×103时可成功PCR扩增出rDNA-ITS序列,片段长度大约为730 bp.结论 基于通过rDNA-ITS序列进行序列测定和系统发育树构建的分子生物学方法,可利用ITS序列对红木木材铁刀木进行准确的分子鉴定,为红木的种类鉴定和种间分类提供分子生物学根据.
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1种华钩藤植物的分子鉴定
目的 以核糖体转录间隔区( rDNA ITS)序列为分子标记,对1种华钩藤植物进行遗传分析与分子鉴定.方法 通过改良CTAB法提取样品总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,经克隆、测序后,运用Clustal X、BioEdit和PAUP等软件进行序列分析和构建系统发育树.结果 测序得到样品的rDNA ITS区序列长度为719 bp,序列分析结果显示其与Genbank中已有的华钩藤[Uncaria sinensi ( Oliv.) Havil.] rDNA ITS区序列之间相似性达99.4％,并且在系统发育树中并排聚类成1支.结论 基于rDNA ITS区序列的测序分析和系统发育树构建的分子生物学方法,能够对华钩藤植物进行准确的分子鉴定,为钩藤属中药材的种类鉴定和种间分类提供分子生物学理论依据.
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新骨架免疫抑制剂产生菌IFB-TL01的鉴定
目的 鉴定1株产新骨架免疫抑制剂的大刀螳螂肠道真菌IFB-TL01.方法 根据菌株形态特征、ITS序列进行分析、鉴定,利用Microstation BIOLOG微生物鉴定系统评价生理生化特征.结果 该菌具有典型多节孢菌特征(Nodulisporium-like)的无性产孢结构,ITS序列与光轮层炭壳菌(Daldinia eschscholzii)同源性高,相似度达99%,生理生化测试结果与光轮层炭壳菌相符.结论 菌株IFB-TL01属于炭球菌属,与该属光轮层炭壳种为接近.
关键词： 大刀螳螂 内生真菌IFB-TL01 形态学 ITS序列 生理生化 -
基于ITS序列分析技术鉴定川牛膝与常见伪品麻牛膝
目的:比较川牛膝与其常见伪品麻牛膝之间的ITS序列差异及规律.为川牛膝与麻牛膝的DNA条形码鉴别提供适合的分子标记.方法:收集川牛膝及麻牛膝成品药材并提取纯化其基因组DNA,经PCR扩增得到ITS序列(包括ITS1、5.8S nrDNA、ITS2)并进行T-A克隆后测序,分析两者序列差异.结果:PCR扩增获得两者ITS序列,经多序列对比分析得出川牛膝与伪品麻牛膝的ITS序列存在明显差异.结论:ITS序列分析可以用作鉴定川牛膝与麻牛膝药材.
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基于ITS序列的紫芝分子鉴定
目的 建立基于ITS序列的紫芝分子鉴定方法.方法 分析20株灵芝属菌株ITS序列,设计紫芝的特异性引物.结果 用此引物对20株灵芝属菌株的DNA进行扩增,只有2株紫芝菌株有目的扩增条带.结论 设计的特异性引物有很高的专属性,能高度特异地鉴定紫芝菌株.
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贵州山慈菇及混伪品ITS序列分析
目的 提取贵州山慈菇及混伪品的总DNA后,并对ITS序列进行PCR扩增,测序,采用序列对比软件对山慈菇及混伪品的ITS进行聚类分析,寻找出山慈菇的变异位点,为山慈菇的基源鉴定和品质评价提供分子依据.方法 运用改良CTAB法提取总DNA,PCR扩增ITS序列后送入公司测序并作序列同源性分析.结果 贵州山慈菇及混伪品的ITS、ITS2序列经比对后,存在变异位点.山慈菇与4个金果榄比较,分别有208个、206个、205个、206个突变位点,与2个青牛胆比较分别有187个、194个突变位点,与白及比较有70个突变位点;从ITS序列构建的NJ系统发育树图显示,山慈菇与其混伪品白及、金果榄之间差异较为显著,系统发育树也显示它们聚到不同的分枝上.结论 ITS区序列为中药真品鉴定及道地药材的质量鉴定奠定了理论基础.
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应用ITS序列对中药材红芪进行鉴定的有效性分析
目的 应用ITS序列对中药材红芪进行鉴别,以验证DNA条形码技术从分子水平鉴定中草药的可行性.方法 提取中药材红芪的总DNA,扩增其rDNA中ITS序列并测序,采用软件CodonCode Aligner对测序峰图进行校对拼接.以相似性搜索法,K-2P进行比对分析及用MEGE5.1软件计算种间遗传距离,并构建NJ系统聚类树直观获得鉴定结果.结果 中药材红芪与同属物种K-2P遗传距离在0.004,中药材红芪与黄芪的K-2P遗传距离为0.153;所构建的NJ系统发育树能将中药材红芪与其他相关物种进行有效区分.结论 中药材红芪的ITS序列可作为其分子水平鉴定依据,验证了ⅡTS条形码技术对中药材鉴定的有效性.
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兰州肉苁蓉rDNA基因内转录间隔区序列分析
目的 首次检测兰州肉苁蓉的rDNA内转录间隔区序列,并利用其序列作为遗传标记分析了5个不同种的肉苁蓉的遗传变异情况.方法 采用植物基因组小量抽提试剂盒法作为基因组DNA提取的佳方法,提取兰州肉苁蓉的核基因组DNA,并且建立了适合兰州肉苁蓉的PCR反应体系,利用合成的特异性PCR引物对所提取的DNA中rDNA内转录间隔区序列进行套式扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳得到电泳图谱,并进行分析、测序.经Clusta 1X软件排序,MEGA3软件统计分析和分支分析,建立系统发育树,并计算各类群间的遗传距离.结果 琼脂糖电泳图谱及所测序列显示,兰州肉苁蓉DNA中rDNA内转录间隔区全长为580 bp左右,且种间遗传距离较大.结论 兰州肉苁蓉与沙苁蓉遗传距离较近,且遗传距离与地理距离存在相关性.
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蒙药材草乌叶DNA条形码研究
目的:建立草乌叶与其易混品的分子鉴定方法.方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对草乌叶及9种混伪品的候选序列(ITS、ITS2、marK、rbcL、psbA-trnH)进行扩增,比较各序列的扩增效率和测序成功率,并进行种内、种间遗传变异分析和barcoding gap分析.结果:ITS和ITS2序列GC含量较高,种间变异明显大于种内变异,根据barcoding gap图显示种内、种间遗传距离重叠较小,适合物种的区分,基于K2P距离进行聚类分析,ITS序列呈现较好的单系性.结论:ITS序列可应用于蒙药材草乌叶与其混伪品的鉴定,为民族药鉴定提供新方法.
