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一株从酸奶中分离的德氏乳杆菌保加利亚亚种的鉴定和系统发育分析
目的 对一株分离自酸奶经表型特征鉴定为德氏乳杆菌保加利亚亚种的菌株(Wch9901)进行16SrDNA鉴定和系统发育分析.方法 提取wch9901基因组DNA作为模板,以16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物,扩增菌株的16S rDNA序列.在T4连接酶的作用下,将扩增得到的16S rDNA序列插入克隆载体pGEM-T,构建重组质粒pGEM-wch9901 16S rDNA.重组质粒酶切鉴定合格后,交由测序公司对插入的16SrDNA序列进行测序.测序结果于GenBank中Blastn,并用软件Mega3.1构建系统发育树.结果 wch9901 16SrDNA序列与Lactobacillus delbrueckii subsp.btlgaricus中所有菌株的16S rDNA序列同源性均达96%以上;在系统发育树上wch9901单独形成一个分枝,位于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝和Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus DL2所在的独立小遗传簇及Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus JSQ所在的独立小遗传簇构成的分枝之间,并与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2遗传分枝距离近.结论 wch9901属于Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus;wch9901与Lactobacillus delbrueckii subsp.bulgaricus LGM2具有近的亲缘关系.
关键词： 德氏乳杆菌保加利亚亚种 16S rDNA 系统发育树 -
我国不同地区半夏rDNA序列分析
目的:研究我国不同地区半夏核糖体ITS碱基序列差异及其与其地理分布和外部形态的相关性.方法:运用PCR法对半夏ITS1-5.8S-ITS2序列扩增后直接测序,用软件CLUSTRAL 1.83和MEGA 3.1分析测序结果.结果:得到我国半夏主要的16个居群18个样本rDNA中的ITS和5.8S rDNA完全序列.ITS1,5.8S和ITS2序列长度分别为276,162,246 bp.ITS2碱基频率差异显著,ITS1较为保守.根据两者序列以邻接法建立分子系统发生树.结论:半夏rDNA变异与其地理分布相关,与其外部形态关系有待进一步研究.
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蚂蟥和水蛭种间遗传变异和系统关系的ITS序列分析
目的:为了阐明蚂蟥Whitmania pigra,水蛭Hirudo nipponia种间遗传分化系统关系.方法:运用TTS测序分析我国不同地区蚂蟥W.pigra、水蛭H.nipponia核糖体TTS碱基序列差异,用MEGA4.0软件中的MP法构建的分子进化树.结果:蚂蟥和水蛭平均总TTS序列长度在857.2～861.2 bp,其碱基A,T,G,C的平均分别为25.12%,28.28%,17.34%,29.29%.GC含量明显高于AT含量.通过对蚂蟥、水蛭TTS基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在14个群体中有45个位点发生转换.MP系统树将14个种群蚂蟥和水蛭分为两大类群.结论:蚂蟥和水蛭的变异类型可能为种内变异为主.同时发现,基于DNA序列的蚂蟥及水蛭的系统分类结果与分类学的分类结果不完全一致,可能是由TTS序列在进化过程中发生了少量位点的变异,如碱基之间的转换、颠换和缺失等造成的.
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rDNA在细胞发育中的转录及调控
细胞的生长发育受核糖体DNA(rDNA)和蛋白质基因的协同调控,细胞总RNA的85％是rDNA的转录产物.rDNA的转录改变会导致核糖体生物合成应激,影响细胞的生长、增殖和分化,导致疾病的发生.理解rDNA的转录调控有利于阐明细胞发育的机制,找到治疗疾病的新的作用靶点.我们综述了rDNA的结构及转录调控方式,阐述了rDNA在于细胞领域和疾病发生治疗中的作用,为rDNA的研究提供理论依据.
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两种细蚤rDNA-ITS2序列的研究
本文首次测定和分析缓慢细蚤Leptopsylla segnis(Schonherr,1811)和距细蚤Leptopsylla lauta(Rothschild,1913)的 rDNA-ITS2序列,为蚤的分类和系统发育研究提供有意义的基础资料.通过聚合酶链反应(Polymerase chain reaction,PCR)扩增缓慢细蚤L.segnis和距细蚤L.lauta各3个个体的rDNA-ITS2序列,并对扩增产物进行PCR直接测序和分析.结果显示,缓慢细蚤和距细蚤的rDNA-ITS2序列的长度均为309 bp;缓慢细蚤序列的 CG含量为50.9%~52.1%;距细蚤序列的CG含量为49.5%～50.6%.缓慢细蚤与距细蚤的rDNA-ITS2序列有16个碱基不同,其中7个是颠换,9个为转换,两种细蚤之间有一定差异.
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福建省五条蚋和黄毛纺蚋nrDNA-ITS序列分析(双翅目:蚋科)
克隆并测定福建省五条蚋Simulium (Simulium) quinquestriatum和黄毛纺蚋Simulium (Nevermannia)aureohirtum nrDNA-ITS序列,分别与GenBank中发表的Simulium亚属和Nevermannia亚属序列进行系统进化树分析,探讨其在蚋类分子分类中的作用.结果表明,各蚋种克隆株ITS2序列均与相应物种聚类,符合形态学鉴定结果,可作为蚋种鉴定和近缘种类鉴别的遗传标记之一;ITS1序列在五条蚋中同源性较低(88.3%),不适合做分类遗传标记;黄毛纺蚋泉州、漳浦两地理株间存在变异.
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五条蚋和双齿蚋nrDNA-ITS区序列分析(双翅目:蚋科)
测定我国两个常见吸血蚋种五条蚋和双齿蚋各4个克隆nrDNA ITS区(包括ITS1、ITS2和5.8S rRNA基因)序列及其两侧的18S和28S rRNA基因部分序列.两蚋种5.8S rRNA基因大小均为122bp.五条蚋ITS1和ITS2大小分别为136bp和323bp.双齿蚋ITS1和ITS2大小分别为101～105bp和321～324bp.五条蚋不同克隆ITS1-ITS2拼接序列的同源性为99%,双齿蚋则为96%～100%,显示五条蚋和双齿蚋nrDNA存在重复变异型.
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2型糖尿病患者维医分型及其口腔菌群多样性研究
目的 了解维吾尔医学热性糖尿病和寒性糖尿病人口腔菌群结构的多样性及其与健康个体的差别. 方法 对26例2型糖尿病患者进行维吾尔医学分型,其中15例为热性糖尿病患者,11例为寒性糖尿病患者.采集26例糖尿病患者和14例健康对照者的口腔细菌样品,提取细菌总DNA,PCR扩增16S rDNA V3可变区,产物经DGGE后借助Quantity One-4.6.8软件计数指纹图谱中每个样本的条带数,进行多样性分析. 结果 3组个体的DGGE指纹图谱DNA条带数分别为21.0±3.7、21.7±3.3和20.4±2.7,差异无统计学意义(P=0.36). 结论 热性糖尿病组和寒性糖尿病组患者口腔菌群与健康对照组具有同样程度的多样性.
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应用形态和分子特征对我国海南省按蚊的鉴定研究
目的 利用形态特征与分子特征相结合对我国海南省按蚊进行种类鉴定.方法 研究样本为海南省4个不同地理环境所采集的按蚊成虫和幼虫,依据形态特征鉴定成虫后,测定和分析部分成虫和幼虫的rDNA-ITS2和28S-D3序列以进行分子鉴定.结果 对采集的336只按蚊成虫进行形态鉴定,结果显示总共分为9种,其中迷走按蚊所占比例高,为81.55%.测序获得成虫和幼虫的ITS2序列37条,D3序列41条,Blast对比的结果显示,形态鉴定的成虫中,1只乌头按蚊错定为微小按蚊;分子鉴定的幼虫包括中华按蚊、迷走按蚊、腹簇按蚊和未定名种(与圣代克按蚊和浅色按蚊同源性高);序列分析发现在ITS2序列中迷走按蚊和微小按蚊分别存在1处(G/A)和2处(A/T)单碱基双峰,D3序列中迷走按蚊和腹簇按蚊存在3处(G/A)和1处(G/A)单碱基双峰.结论 应用形态特征结合分子特征鉴定按蚊的可靠性和实用性强;分子特征提示迷走按蚊、微小按蚊和腹簇按蚊等处于隐种的分化中.
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临床常见镰刀菌rDNA ITS序列分析
目的探讨rDNA ITS序列分析用于快速鉴定临床常见镰刀菌的方法,为临床早期诊断镰刀菌感染提供依据.方法选择临床常见的茄病镰刀菌、串珠镰刀菌、尖孢镰刀菌和半裸镰刀菌,提取基因组DNA,用真菌通用引物ITS1、ITS4、PCR扩增rDNA ITS,纯化后测定其序列,所得序列在GenBank核酸序列数据库中进行同源序列搜索,并和其中镰刀菌标准株的rDNA ITS序列进行序列比对.利用Clustal X软件将序列匹配排列,进行1000次bootstrap统计学检验,用TreeView软件显示系统树.结果 rDNA ITS序列分析的结果与表型基本一致,以前经形态学鉴定的2株串珠镰刀菌经过rDNA ITS序列分析鉴定为层生镰刀菌.系统树显示茄病镰刀菌和标准株聚在一起,串珠镰刀菌大部分也和标准株聚在一起.结论形态学鉴定镰刀菌有一定的局限性,rDNA ITS序列分析可用于快速鉴定临床常见的镰刀菌.
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老年呼吸系统感染患者外周血T淋巴细胞rDNA转录活性检测及其临床意义
目的了解老年呼吸系统感染时T淋巴细胞 rDNA的转录活性,并探讨其临床意义. 方法测定了25例老年呼吸系统感染患者及感染治愈后外周静脉血T淋巴细胞核仁区相关的嗜银蛋白(Ag-NORs) 含量,并以15例正常老年人作为对照. 结果老年呼吸系统感染组外周静脉血T淋巴细胞Ag-NORs明显减低于正常对照组,统计学处理差异有显著性(P<0.01). 结论老年呼吸系统感染患者外周静脉血T淋巴细胞rDNA转录活性减低,它可能参与了老年呼吸系统感染的病理生理变化.
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乳腺癌患者外周血T淋巴细胞rDNA转录活性分析
目的通过乳腺癌患者外周血T淋巴细胞rDNA转录活性分析，探讨其对乳腺癌术后随访和预后监测的意义。方法利用CIAS-1000型细胞图像分析系统及相关的细胞培养、银染等技术，对20例健康人、20 例炎症患者和110例乳腺癌患者外周血T淋巴细胞rDNA转录活性进行分析，结果以核仁积分面积与细胞核积分面积的比值(I.S%)和核仁银染积分光密度与细胞核银染积分光密度的比值(I .O.D%)表达。结果炎症患者外周血T淋巴细胞的rDNA转录活性明显升高，乳腺癌患者外周血T淋巴细胞的rDNA转录活性明显降低，与健康人比较，差异有显著意义( P<0.01)，转移和/或复发时，T淋巴细胞rDNA转录活性进一步下降(P<0.05)。结论外周血T淋巴细胞rDNA转录活性分析可以做为乳腺癌术后随访和预后监测的指标。
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临床少见丝状真菌的实验室诊断
目的：通过对临床少见丝状真菌的分离和分析鉴定，探讨尖端赛多孢子菌、裂褶菌、短柄帚霉、匍枝根霉、茄病镰刀菌等临床不常见丝状真菌的实验诊断方法，为临床明确诊断真菌感染种类提供科学依据。方法从临床标本培养出的5株真菌用形态学方法未能作出准确鉴定，通过聚合酶链反应（PCR）和基因测序方法分析核糖体转录间隔区域 ITS 和 ITS2序列，在 NCBI 网站应用 Blastn 对获得的基因序列进行同源性分析及利用 GenBank 中的系统发育软件自动生成系统发育树，以确定丝状真菌的种。结果rDNA-ITS 序列分析结合形态学分析，5株菌均可鉴定到种的水平，鉴定结果分别是：尖端赛多孢子菌、裂褶菌、短柄帚霉、匍枝根霉和茄病镰刀菌。结论传统形态学方法，极易受检验人员经验水平影响，对于罕见菌株甚至不能作出鉴定，利用真菌的 ITS 序列的特异性，可快速、准确将大部分丝状真菌鉴定到种水平。
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菟丝子rDNA ITS序列的测定及分析
目的 研究菟丝子rDNA-ITS序列特征.方法 分别采用PCR产物直接测序法和克隆测序法,对菟丝子属7个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果 菟丝子属植物ITS序列总长度约为612 bp,GC含量分别为:ITS-1区53%～63%,5.8S rDNA 48%～55%,ITS-2区46%～56%;苜蓿菟丝子种内的3个地理种发现了3个变异位点.用NJ法构建系统发育树显示:含日本菟丝子Cuscuta.japonica的分支处于系统树靠近基部位置,与之亲缘关系较近的依次为中国菟丝子C.chinensis和杯花菟丝子C.cupulata;余下5个种的分支中田野菟丝子C.campestris和五角菟丝子C.pentagona合为一支,南方菟丝子C.australis和苜蓿菟丝子C.approximata合为一支.结论 NJ法建立的发育树与形态学分类基本相符,为菟丝子属植物分类鉴定提供了重要的分子依据.
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悬钩子属植物rDNAITS序列的克隆与分析
目的 通过测定和分析15种悬钩子属RubusL.药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以叶片基因组DNA和通用引物为材料,用PCR法克隆rDNA ITS全长,并利用生物信息学软件对序列进行分析.结果 15种悬钩子属植物ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为255～258、208～211和164 bp; ITS1和ITS2序列有变异位点138个,其中信息位点41个,序列存在较多的颠换、转换和缺失现象；5.8S序列较为保守,仅含4个变异位点,没有发现信息位点；15种悬钩子属植物的遗传距离为0.139 0～0.008 1,灰毛泡和锈毛莓的遗传距离小.结论 获得了15种悬钩子属药用植物的rDNA ITS序列,为分子鉴定和遗传多样性研究奠定了基础.
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细辛属8种药用植物rDNA ITS的克隆与序列分析
目的 克隆和分析8种细辛属药用植物的ITS序列,为开展该属植物分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础.方法 以基因组DNA为模板,利用PCR法克隆ITS全长序列,借助生物信息学软件对序列进行比对分析,并构建系统发育树.结果 测序结果表明,8种细辛属植物的ITS全长为637～646 bp,其中的5.8S序列为保守,长度和碱基组成完全一致;ITS1与ITS2均存在一定的变异,它们的长度分别为255～257 bp和226～232bp,序列中出现大量插入/缺失和转换/颠换现象,ITS1、ITS2的可变位点和简约信息位点数分别为46/30和14/9.系统发育分析结果表明,8种细辛属植物在进化树上可分为4组,与传统分类结果完全一致,Ⅰ～Ⅳ分别对应细辛组、华细辛组、长花组和杜衡组.结论 8种细辛属植物ITS序列具有丰富的信息位点,可用于这些植物的分子鉴定.
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山东玫瑰花核糖体rDNA ITS序列分析初步探究
[目的]分析不同种质玫瑰花(Rosae Rugosae Flos)核糖体DNA的ITS序列,为其种质资源分子鉴别提供依据.[方法]采用聚合酶链反应(PCR)技术获得ITS基因,进行测序,经CLUSTALX(2.0)软件进行统计分析,计算各样本间的遗传距离.[结果]各样品间遗传距离范围为0.000～0.011,各样本不仅在非编码区的转录间隔区ITS1和ITS2存在多个变异位点,而且在保守的5.8S编码区也存在变异位点.[结论]ITS序列的测定为玫瑰花品种鉴别和种质资源优化提供分子生物学依据.
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耐氧双歧杆菌rDNA ISR序列测定及特征分析
目的对4种耐氧双歧杆菌16S～23S rDNA ISR序列进行克隆和序列分析.方法采用凝胶分离PCR产物的方法.结果长双歧杆菌和短双歧杆菌16S～23S rDNA ISR序列一致,全长568个碱基对;青春双歧杆菌与婴儿双歧杆菌序列一致,全长510个碱基对.通过19种双歧杆菌和4种耐氧双歧杆菌ISR序列分析表明,该序列中含有一个保守的特征序列,可作为双歧杆菌属的分子标记,此外还含有3个基因高变区,可用双歧杆菌种间分子鉴定的基础.结论对23种双歧杆菌聚类分析表明,耐氧双歧杆菌ISR序列已发生改变,为进一步研究双歧杆菌在有氧条件下进化机制奠定了基础.
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肿瘤患者外周血淋巴细胞rDNA转录活性检测的意义
目的:观察外周血淋巴细胞rDNA转录活性在人体疾病过程中的动态变化,探讨其对肿瘤诊断和治疗监测的意义.方法:用图像分析系统分析104例癌瘤、心肌梗死、心肌炎患者的外周血淋巴细胞AgNor银染强度(用以表示rDNA转录活性).结果:癌瘤、心肌梗死、心肌炎患者rDNA转录活性明显降低.癌瘤患者手术后比手术前rDNA转录活性明显降低,rDNA转录活性与癌组织DNA>5倍体值呈负相关.结论:淋巴细胞rDNA转录活性是人体免疫反应的灵敏标志,具有广泛的临床应用价值.可作为肿瘤诊断和治疗监测的参考指标,但缺乏特异性.
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复发性外阴阴道念珠菌病菌种的26S rDNA序列分析
目的 探讨基于核糖体基因26S rDNA D1/D2区序列分析法在临床酵母菌菌种鉴定中的应用.方法 收集来源于复发性外阴阴道念珠菌病分泌物标本93株,PCR扩增其26S rDNA D1/D2区,对扩增产物进行序列测定和分析,并与基因库中的基因序列进行同源性比对.结果 所有菌株均鉴定到种,同源性达99%和100%,同属于真菌双核亚界、子囊菌门、酵母菌科的3个属,89株为candida,3株为Kodamaea,1株为Pichia.其中candida中有7个种,38株candida glabrata,23株 candida albicans,16株candida parapsolisis,9株candida metapdilosis,1株candida orthopsilisis,1株 candida tropicalis,1株candida nivariensis;3株Kodamaea ohmeri;1株Pichia kudriavzevii.结论 复发性外阴阴道念珠菌病的病原体主要为candida属的candida glabrata、candida albicans 和candida parapsolisis,非candida albicans占75.27%是其特征;26SrDNA D1/D2区序列分析为临床酵母菌的分子水平鉴定提供了一种准确、可行的方法.
