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GC含量文献资料
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不同GC含量的背景序列集在顺式调控模块预测模型中的比较研究
在人类基因组上正确识别转录调控信号仍然是分子生物学界面临的重要挑战,目前计算的手段仍然是寻找转录调控元件的主要方法.然而这些方法普遍存在假阳性率过高的问题,而降低假阳性率的方法之一就是参数的优化选择.这些预测算法都普遍需要一个背景序列集作为训练集合中的阴性集合,我们假设背景序列集合的选择对预测算法的预测能力会产生重要影响,然而目前很少有人研究背景序列的选择问题.本文就组织特异的转录调控元件预测模型的背景序列集的选择问题进行了探讨.我们的研究结果表明,根据该组织特异的转录因子结合位点序列的GC含量选择的背景序列集,可以改进预测模型的预测能力.
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不同产地牛蒡rDNA ITS的PCR扩增、克隆及序列分析
目的:对中国11个不同产地的牛蒡进行ITS序列分析,为牛蒡DNA分子鉴定提供参考.方法:从11个不同产地的牛蒡中提取总DNA,用通用引物对ITS序列进行扩增,对扩增产物克隆测序.结果:牛蒡完整的ITS序列长度范围为641 bp,不同产地间无长度差异,GC含量为59.1%～59.6%之间,其中ITS_1序列为256 bp,GC含量为58.6%～59.4%之间,其中ITS_2序列为221 bp,GC含量为63.8%～64.7%之间.结论:11个不同产地的牛蒡ITS序列遗传距离为0.0000～0.0094,平均遗传距离为0.0024,相似度在99%以上,可以作为DNA分子鉴定的依据.
