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基于NCBI核酸数据库的紫荆皮混淆品种华中五味子的DNA鉴定研究
目的:探讨利用NCBI核酸数据库中ITS序列鉴定紫荆皮商品药材,为保证紫荆皮药材质量提供依据.方法:从紫荆皮药材中提取DNA,以ITS序列通用引物进行PCR扩增,扩增产物经纯化后直接双向测序,利用ITS序列相似度和系统发育树进行鉴定.结果:获得了紫荆皮商品药材的ITS序列信息.结论:经DNA鉴定,发现市场上流通的紫荆皮主流商品来源于木兰科五味子属植物华中五味子,药用部位为茎皮.
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PubMed新的检索工具--NCBI Search Toolbar及其应用
NCBI Search Toolbar是美国国立医学图书馆(NLM)新近推出的专用搜索工具,本文介绍该工具的特点、使用方法等.
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基于NCBI开放接口的检索和下载文献题录信息功能的实现
利用NCBI的E-utilities开放编程接口中的ESearch和EFetch两个标准URL接口,实现了从PubMed数据库中检索和批量自动下载文献题录信息的功能.给出的实现流程和关键代码,为进一步获取NCBI数据库的数据和实现这些数据资源的深度开发和使用提供了参考.
关键词： NCBI E-utilities PubMed 题录信息 -
基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台设计与实现
介绍了山东省千佛山医院基于NCBI开放编程接口的局域网PubMed检索平台的设计和实现.
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Medline(PubMed)免疫学杂志文献搜索引擎开发研究
为了方便免疫学和相关学科工作者方便快捷、准确地查阅免疫学杂志文献,开发和利用NCBI的Medline数据库的免疫学杂志文献资源.从Medline(PubMed)中检索并列出160种有关免疫学的杂志名录,制作了每种杂志及部分杂志年份相应的超级链接,组成一个有关免疫学杂志文献的搜索引擎.此搜索引擎能快捷、准确、动态地检索160种免疫学杂志全部文献题录及部分杂志各年的文献题录,并可在PubMed中进一步检索出文献的摘要和部分全文.
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Medline (PubMed)核医学杂志文献搜索引擎的研究
目的:为了方便核医学工作者快捷、准确地查阅核医学杂志文献,开发和利用NCBI 的 Medline数据库的核医学杂志文献资源.方法:从Medline (PubMed)中检索并列出72种有关核医学的杂志名录,制作了每种杂志及部分杂志年份相应的超级链接.结果:组成一个有关核医学杂志文献的搜索引擎.结论:此搜索引擎能快捷、准确、动态地检索72种核医学杂志全部文献题录及部分杂志各年的文献题录,并可在PubMed中进一步检索出文献的摘要和部分全文.
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脑科学及癫痫杂志文献搜索方法
为了方便科学工作者快捷、准确地查阅有关脑和癫痫杂志文献,本文从Medline (PubMed)中检索并列出60种有关脑和癫痫的杂志名录,制作了每种杂志及部分杂志年份相应的超级链接,组成一个有关脑和癫痫杂志文献的搜索引擎.此搜索引擎能快捷、准确、动态地检索60种脑和癫痫杂志全部文献题录及部分杂志各年的文献题录,并可在PubMed中进一步检索出文献的摘要和部分全文.
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行为学杂志文献搜索方法
为了方便科学工作者快捷、准确地查阅有关行为学杂志文献,本文从Medline (PubMed)中检索并列出102种有关行为学的杂志名录,制作了每种杂志的超级链接,组成一个有关行为学杂志文献的搜索引擎.此搜索引擎能快捷、准确、动态地检索102种行为学杂志全部文献题录,并可在PubMed中进一步检索出文献的摘要和部分全文.
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Internet遗传学杂志文献搜索引擎的开发研究
目的: 为了方便遗传学工作者以及在读研究生快捷、准确地查阅遗传学杂志文献.方法: 开发和利用NCBI 的 Medline数据库的遗传学杂志文献资源,收集并科学地编辑了Internet遗传学杂志文献搜索引擎.尤其我们对该数据库中的每种遗传学杂志都做了相应的超级链接.结果: 从NCBI 的 Medline (PubMed)中检索并按字母顺序排列出134种有关遗传学的杂志名录,每种细胞学杂志都有了相应的超级链接,从而制作成一个有关遗传学杂志文献的搜索引擎.结论: 此搜索引擎能快捷、准确、动态地检索134种遗传学杂志及其每一种遗传学杂志的全部文献题录,并可在PubMed中进一步检索出部分文献的摘要和全文, 从而制作成目前国内第一个系统的、方便的、独特的有关查传阅遗传学杂志文献的搜索引擎.
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SNPs在人preproEGF基因内的分布特征初探
目的 探索SNPs(single nucleotide polymorphisms)在人preproEGF基因内的分布状况及特征.方法 凭借NCBI的生物信息学平台经Blast和Entrez SNP程序对其dbSNP进行检索,获取preproEGF基因相关的SNP资料并列表详细分析.结果 SNPs在preproEGF基因中表现如下分布情况;①在93个RefSNPs中有49个各自分布在平均1kb大小的基因片段中,占全部RefSNPs的53％,即超二分之一的RefSNPs皆以约1/1000的密度分布;②以至少3个或以上的SNPs富集成串丛簇分布为标准,在该基因序列中可见有相邻SNPs之间平均距离短于200bp(＜200bp)的7段RefSNP成簇富集区和2段亚SNP富集片段,其中154bp或9bp富集区段各自含有6个或22个SNPs,分别为RefSNP类或亚SNP类富集区段中含SNP多的富集区段;③在144个SNPs中共有37个呈现不均等分布在preproEGF基因内,占总SNPs的26％,这与其在基因组全序列中的分布情形相比不尽相同.结论 SNPs在人preproEGF基因中的分布显示出其大多以平均1/1000的密度分布,部分及少数成串丛簇聚集分布和26％不均等分布等特征.这对该基因及其相关疾病研究的课题设计方面颇具参考指导价值.
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如何利用NCBI的资源与工具检索基因/基因编码产物的功能
美国国立生物技术信息中心(NCBI)是目前国际上几个重要的生物信息学网站之一，Entrez是NCBI的数据库检索查询系统，BLAST是NCBI开发的序列相似搜索程序，本文重点介绍如何利用Entrez检索查询系统以及BLAST序列相似搜索程序在NCBI的多个数据库中检索基因/基因编码产物的功能。
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Medline(PubMed)血液学杂志文献搜索引擎开发研究
为方便血液学工作者快捷、准确地查阅血液学杂志文献.开发和利用NCBI的Medline数据库的血液学杂志文献资源,收集编辑Medline(PubMed)血液学杂志文献搜索引擎.从Medline(PubMed)中检索出64种有关血液学的杂志名录,制作每种杂志相应的超级链接,从而组成一个有关血液学杂志文献的搜索引擎.此搜索引擎能快捷、方便、准确、动态地检索64种血液学杂志及其全部文献题录,并可在PubMed中进一步检索出部分文献的摘要和全文.
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NCBI数据库在常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用
目的 探讨NCBI数据库比对分析对常见嗜尸性蝇类种属鉴别中的应用价值.方法 收集2009年1月至2012年12月重庆市常见嗜尸性蝇类不同发育历期2科5属7种样本52份,采用Chelex100法提取mtDNA,利用2对引物扩增细胞色素C氧化酶辅酶Ⅰ基因,分别截取498bp和841bp相同长度的序列,采用MEGA软件计算种内及种间进化分歧情况,并分别在NCBI数据库进行序列BLAST搜索种属同源性比对分析.结果 所得序列种内进化分歧均数在0％～0.7％之间,种间进化分歧均数在7.5％～16.1％之间;7个种属的样本序列Ⅰ和序列Ⅱ分别有5个和6个种属完全比对正确,样本总体的正确率分别达到96.15％和98.08％,Max ident值均在97％以上.结论 采用序列同源性比对分析,并借助NCBI数据库强大的检索分析功能,可准确进行常见嗜尸性蝇类的种属鉴定,为法医学死亡时间推断提供重要参考依据.
