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药用金荞麦遗传多样性的RAPD分析
目的:对野生金荞麦进行遗传多样性研究.方法:通过RAPD技术对7个野生金荞麦居群共87个个体进行遗传多样性分析.结果:用12个随机引物共扩增出85条清晰条带,其中75条具多态性,平均多态性位点比率为88.24%,Nei's基因多样性指数H=0.310 3,Shannon多样性指数I=0.563 2,遗传分化指数G_(st)=0.192 4.结论:金荞麦种内具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群内部,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性.RAPD可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.
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药用三角叶黄连遗传多样性的ISSR分析
目的:对野生三角叶黄连进行遗传多样性研究.方法:通过ISSR技术对8个野生三角叶黄连居群共90个个体进行遗传多样性分析.结果:用12个随机引物共扩增出128条清晰条带,其中94条具多态性,平均多态性位点比率为73.44%,Nei's基因多样性指数H=0.192 5,Shannon's多样性指数I=0.302 8,遗传分化指数G_(st)=0.7212,遗传距离和遗传一致度分别为0.085 8～0.231 4,0.804 6～0.942 5.结论:三角叶黄连种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群问,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性,ISSR可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.
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基于居群DNA条形码的药用植物黄芩的产地鉴别研究
目的:利用居群DNA条形码阐明不同产地(居群)黄芩的遗传分化程度,对其进行产地鉴别.方法:应用进化速率快和母系遗传的叶绿体DNA基因间序列,基于分子谱系地理学理论筛选出居群间遗传分化明显的片段,构建单倍型网状进化树,根据单倍型在网状进化树中的位置、出现的频率和地理分布范围的大小,划分出不同层次的居群DNA条形码,以用于地理分布范围宽窄不同的产地鉴别.结果:本实验筛选出3个叶绿体DNA基因间序列atpB-rbcL,trnL-trnF和sbA-trnH对17个黄芩野生居群进行分子谱系地理学分析,得到13个多态位点,共20个单倍型,其中3个分布广、频率高的单倍型可用于较广地域的产地鉴别,称为区域居群DNA条形码;3个分布次之、只存在于2～3个邻近居群的单倍型可用于较窄地域的产地鉴别,称为地区居群DNA条形码;另有8个仅局限在某一个居群的单倍型可用于特定居群的鉴别,称为居群特有DNA条形码.结论:叶绿体基因间序列在居群间存在明显遗传分化,可用于地理分布范围宽窄不同的黄芩产地鉴别.
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展望分子谱系地理学在道地药材研究中的应用
作者在介绍分子谱系地理学的概念、研究方法和研究现状的基础上,探讨了分子谱系地理学推断的3种植物遗传分化模式--异域片断化、受距离影响的有限基因流和分布区快速扩展与道地性形成的相关性;阐述了基于分子谱系地理学研究的道地药材分子鉴定对以往分子鉴定局限的突破;阐明了分子谱系地理学在道地药材产地变迁历史研究中的应用;论述了分子谱系地理学在解决道地药材栽培中种质退化问题等方面的作用.这些方面的应用展现了分子谱系地理学在道地药材研究中的应用前景,为道地药材的研究提供了新的理论和方法.
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药用峨眉野连遗传多样性的RAPD分析
目的:对峨眉野连进行遗传多样性研究.方法:通过RAPD技术对10个野牛峨眉野连居群共110个个体进行遗传多样性分析.结果:用14个随机引物共扩增出132条清晰条带,其中98条具多态性,平均多态性位点比率为74.24%,Nei's基因多样性指数H=0.286 3,Shannon's多样性指数I=0.362 4,遗传分化指数G_(st)=0.230 5,遗传距离和遗传一致度分别为0.193 1～0.524 5,0.501 6～0.884 3.结论:峨眉野连种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群内部,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性,RAPD可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.
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青南高原地区高原鼠兔棘球蚴的分子鉴定和遗传分化分析
基于线粒体cox1基因部分序列对青南高原地区称多、达日、玛沁3县高原鼠兔感染的20份棘球绦虫幼虫(棘球蚴)样品进行分子鉴定和遗传分化分析.在测序获得的700 bp长度序列中检测到17个变异位点,其中11个为简约信息位点.共检测到9个单倍型,大简约法和大似然法都表明这些单倍型都属于石渠棘球绦虫.遗传距离和聚类分析显示,称多和达日种群遗传距离近,而玛沁种群与称多、达日以及首次报道的石渠县样本的遗传关系较远,此外玛沁种群的遗传多样性要高于其他2个种群,推测玛沁地区可能是青南地区石渠棘球绦虫的起源地之一.单倍型谱系关系分析显示,所有单倍型以及之前报道(Xiao et al.,2005)的石渠县样本以H1为中心形成辐射状结构,这与前人的研究结论即石渠棘球绦虫单倍型呈现链状结构相反,显示出石渠棘球绦虫遗传分化规律的复杂性.
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中国日本血吸虫DNA遗传变异及聚类分析
目的:探讨中国日本血吸虫的遗传变异及相互进化关系.方法:采用随机扩增多态性DNA技术(RAPD)对中国大陆及台湾不同地域的日本血吸虫进行RAPD扩增,计算地域株间的遗传距离,并以非加权配对聚类分析(UPGMA)法绘制中国日本血吸虫的聚类图.结果:中国大陆与台湾各聚一类;大陆的四川山区与湘、鄂、赣湖区分别聚为一类;湖区的湖北武汉、湖北钟祥与湖南岳阳聚为一类,湖北阳新与江西新建聚为一类,湖北松滋自成一类.结论:中国日本血吸虫亲缘关系密切,存在共同的起源,同时在基因型上存在不同程度的遗传分化,分化的程度同地理生态环境差异相关.
关键词： 日本血吸虫 随机扩增多态性DNA 聚类 遗传分化 系统发生 -
我国辽宁省嗜人按蚊群体与其它分布地群体的遗传分化研究
目的研究我国辽宁省嗜人按蚊群体与其他分布地群体的遗传分化现象. 方法应用RAPD-PCR技术研究我国辽宁、四川和河南3省5个代表点的嗜人按蚊自然群体和江苏省实验室群体共52个样本的遗传多态现象,依据59个RAPD等位基因座进行分析. 结果嗜人按蚊群体的多态位点比例为45.8%～71.2%,平均61.58%,期望杂合度为0.163～0.256,平均0.224;分别用Wright(Fst)、Lynch和Milligan(Fst)、Weir和Cockerham(θ)的方法计算固定指数,平均值分别为0.224、0.198和0.281,其相应的Nm分别为0.9、1.0和0.6,可见嗜人按蚊的基因流水平极低,致使群体产生了分化;嗜人按蚊各群体间的遗传差异性为0.0287～0.1397,属种内变异;聚类图显示,辽宁省的3个群体与其他群体分为两枝. 结论辽宁省的嗜人按蚊群体与其他分布地的群体已出现分化现象.
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栀子遗传多样性及遗传分化的RAPD分析
目的 应用随机扩增多态性DNA(random amplifed polymorphic DNA,RAPD)标记技术对栀子8个种群遗传多样性和遗传分化进行研究.方法 18种随机引物对92个个体进行检测,应用POPGENE软件和AMOVA软件对结果进行处理.结果 共得到120个可重复的位点,其中多态位点75个,多态百分率为62.5%.各种群内多态位点百分率在39.17%～68.83%之间,平均为56.98%.河南南阳(POP1)种群高,其次是江西新干县野生种群(POP7),低是江西抚州水栀子种群(POP3).Shannon指数和Nei指数均反映出栀子各种群具有较高的遗传多样性.Shannon指数为0.431 3,各种群Shannon指数在0.2256～0.380 6之间,Nei指数为0.289 2,各种群Nei指数在0.148 2～0.263 0之间.AMOVA揭示种群内遗传多样性占总遗传多样性的76.05%,而种群间遗传多样性只占23.95%.运用POPGENE也得出种群内遗传变异(69.34%)大于种群间(30.66%)的结论.种群间的遗传分化系数为0.306 6.栀子种群间的基因流为1.130 6,遗传相似度平均为0.129 09,遗传距离平均为0.880 72.根据遗传距离聚类分析,河南南阳种群(POP1)与江西樟树新干种群(POP4,POP5,POP6,POP7)聚为一类,湖南种群(POP8)与江西抚州栀子种群(POP2)聚为一类,江西抚州水栀子种群(POP3)与其他各种群间的遗传关系较远.结论 目前,虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育,栀子遗传多样性仍较丰富,且种群内大于种群间,种群间存在较少的遗传分化.
关键词： 种群 遗传多样性 遗传分化 随机扩增多态性DNA 栀子 -
苦豆子等位酶遗传多样性研究
目的 探讨苦豆子不同种群的等位酶特性,从生化水平上分析其遗传变异.方法 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,研究来源不同的24个苦豆子(Sophora alopecuroides L.)种群720个样本的遗传多样性,应用POPGEN 32分析数据,UPGMA绘制聚类图.结果 5个酶系统共检测到26个酶位点,多态位点百分数(P)为73.08％,平均期望杂合度(He)为0.337；Shannon信息指数(I)为0.517；各种群间基因分化系数(FST)为0.427；基因流(Nm)的平均值为0.687；种群间的遗传一致度为0.581 5～0.926 1,平均为0.769 0.聚类分析显示,种群间存在遗传分化.结论 苦豆子具有较高的遗传多样性,种群间的遗传分化是其遗传多样性的主要来源；各种群间的遗传距离与地理距离间没有明显的关系.
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苍术遗传结构的RAPD分析
目的考察苍术遗传特性,探讨不同产地苍术遗传多样性.方法用RAPD方法,选择20个随机引物对47株苍术叶片DNA进行扩增,在种内多态性水平、个体间遗传关系及居群间遗传分化3个方面对苍术的遗传结构进行分析.结果①RAPD共检测到94条谱带,其中77个位点为多态位点.苍术种内多态性百分率为81.91%,Shannon's信息指数0.413 2,Nei's基因多样性指数为0.274 3;②来源于两个亚居群的11个苍术道地药材聚为一类,而其他居群或亚居群的非道地苍术个体均没有各自聚为一类;③苍术居群内、亚居群间和居群间变异分别占总变异的76.74%,11.58%和11.68%.结论本研究所用3个指标均表明苍术种内遗传多样性水平较高;苍术的遗传变异主要分布在居群内,但居群间已形成一定的遗传分化;茅山苍术个体间的遗传距离较小,遗传背景较为相似,并且不论在居群水平还是个体水平,茅山苍术都能单独聚为一类,表明茅山苍术在长期适应环境的过程中,已经发生遗传上的分化.
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首都医科大学长爪沙鼠群体遗传状况分析
为探讨首都医科大学长爪沙鼠群体的遗传状况,应用生化基因位点遗传检测方法,测定初始和生物净化长爪沙鼠群体27个生化位点等位基因的分布.结果表明,2个长爪沙鼠群体均具有丰富的遗传多样性;生物净化群体与初始群体比较有7.14%的基因丢失率,但尚未出现明显的遗传分化现象(FST＜0.05);群体均偏离了哈迪-温伯格平衡(P＜0.05).
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应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析
目的：为丰富昆明小鼠的遗传学数据，探究其遗传监测方法，应用微卫星和下颌骨形态分析法对不同昆明小鼠种群进行遗传分析。方法从辽宁省两个种群选择SPF级昆明小鼠各30只，选取小鼠不同染色体上10个多态信息丰富的微卫星位点，以PCR扩增和PAGE电泳分型技术测定两个种群的杂合度（ he ）、多态信息含量（ PIC）、遗传距离（ DA ）等遗传参数；常规方法测定下颌骨11项形态变异参数。结果两个昆明小鼠种群共检测出28个等位基因，31个基因型，he为0.472，PIC为0.382；A种群共检出27个等位基因，28个基因型，he为0.525，PIC为0.402，B种群共检出26个等位基因，27个基因型，he为0.418，PIC为0.361，两个种群遗传距离为0.076，A种群的遗传多样性略高于B种群。两个种群下颌骨形态存在差别，有5项参数达到差异显著或极显著（ P﹤0.05或P﹤0.01）。结论两个昆明小鼠种群的遗传距离相近，存在微弱的遗传分化。
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黄连遗传多样性的ISSR分析
目的 对野生黄连进行遗传多样性研究.方法 通过ISSR技术对7个野生黄连居群共78个个体进行遗传多样性分析.结果 用12个随机引物共扩增出106条清晰条带,其中72条具多态性,平均多态性位点比率为67.92%,Nei's基因多样性指数H=0.180 3,Shannon多样性指数I=0.283 2,遗传分化指数Gst=0.681 5,遗传距离和遗传一致度分别为:0.089 4～0.184 6和0.832 1～0.912 7.结论 黄连种水平上具有较高的遗传多样性,遗传变异主要存在于居群间,遗传多样性与地理关系表现出明显的相关性,ISSR可以作为研究遗传多样性及遗传分化的有效标记.
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SSR-PCR 对日本血吸虫遗传变异的研究进展
有学者根据日本血吸虫的生物学、形态学、免疫学和地理分布等特征,将其分为中国大陆、中国台湾、日本、菲律宾和印度尼西亚5个地域品系.对于分布在中国大陆长江沿岸及其以南的12个省、市、自治区的日本血吸虫是否为同一品系--中国大陆品系的问题,国内外学者曾进行了大量的研究[1].由于自然地理环境等生态环境因素的长期影响,血吸虫种株之间存在不同程度遗传分化,这些变化用传统的方法很难加以区分.而后应用蛋白质和酶学方法使得对血吸虫种株研究取得了进展[2].但是蛋白质和酶都是基因表达产物,而非基因本身,这些物质有可能是在翻译后修饰或加工而成,因而不能正确反映种株基因变异情况.应用基于DNA的分子生物学方法研究血吸虫遗传变异和分类,能直接反映基因本身,显示出该法的优越性[3].
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浙南海域野生坛紫菜遗传多样性的ISSR分析
目的:研究浙南海域野生坛紫菜的遗传多样性.方法:采用简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)分子标记技术,分析采自浙江南部海域的苍南铁钉岛、洞头竹屿岛、南麂列岛、温岭斜头岛等地坛紫菜(Porphyra hai tanesis)的4个野生种群.结果:6条ISSR引物共获得268个位点,257个多态位点,4个种群野生坛紫菜多态位点百分率(PPL)为95,90％,等位基因数(Na)为1.8081,有效等位基因数(Ne)为1.5326,Nei's基因多样性(H)为0.1618,Shannon's指数(I)为0.3509,均高于个体水平；种群内和种群间Nei's基因多样性计算遗传分化水平(Gst)为0.2832,种群间的基因交流为Nm=2.3591,表明野生坛紫菜种群间存在着较高的遗传多样性,遗传变异中有28.32％发生于群体间.108株坛紫菜的聚类分析结果同样也表明坛紫菜种群间的遗传分化水平较低,遗传变异主要存在于种群的个体间.结论:浙南海域野生坛紫菜种群间遗传差异较大,遗传多样性水平较高,个体间的遗传差异较小.表明目前浙南野生坛紫菜的种质资源较好.
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基于16S rRNA初步探讨福建华溪蟹与修水华溪蟹间的遗传分化
目的 探讨Sinopotamon.fukienense与S.xiusuiense 间的的遗传分化.方法 采用PCR结合DNA测序技术,测定两种华溪蟹S.fukienense 与 S.xiusuiense 线粒体16S rRNA基因序列的组成和变异.经比对获得513 bp的核苷酸序列,以分析S.fukienense与S.xiusuiense 间的的遗传分化.结果 数据显示S.fukienense和S.xiusuiense两个群体之间的遗传距离为0.032±0.006,遗传分化指数(Fst)为0.70336,基因流(Nm)为0.11.结论 这表明两群体间高度分化,基因交流很少.重建的系统发生显示它们各自形成独立的分支,这与形态学鉴定结果基本一致.
关键词： 华溪蟹 16S rRNA基因 遗传分化 -
广西褐家鼠感染路氏锥虫分子生物学鉴定及系统发育分析
目的 对广西部分地区褐家鼠感染的路氏锥虫进行分子生物学鉴定,分析不同地理种群间的遗传分化.方法 从广西靖西、百色、南宁、天峨4地感染路氏锥虫的褐家鼠脾脏或血凝块中提取DNA,设计ITS1保守引物进行PCR扩增,将PCR产物直接或克隆删序.用DNAstar7.1进行同源性比对,用Mega4.0进行差异分析与聚类、构建系统进化树.结果 广西各地血涂片阳性鼠标本均扩增出特异性DNA条带,4地样品测序结果与GenBank上登录的路氏锥虫(T.lewisi)序列的同源性均高达96%以上.区内各地理种群之间遗传距离均在0.021以下,与其他3个近缘种T.otospermophili、T.grosi、T.kuseli间遗传距离为0.15～0.206.结论 广西4地鼠感染的锥虫为路氏锥虫.ITS1可以作为路氏锥虫的种属分类和分子诊断的标记.
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Fst统计法评估KIF1B 基因 rs17401966多态性与肝细胞癌风险 M eta分析的异质性来源
目的：采用Fst统计法评估二分类变量Meta分析的异质性来源。方法检索Google Scholar、EMBASE、PubMed、ISI Web of Knowledge和 CNKI数据库，搜集有关KIF1B基因rs17401966多态性与肝细胞癌风险关系的病例‐对照研究。应用Stata 12．0软件进行Meta分析，使用Arlequin 3．5软件分析研究人群间的遗传分化程度。结果终纳入5个病例‐对照研究，合计12个研究人群。对12个人群的Meta分析结果显示KIF1B基因 rs17401966 G等位基因与 HCC风险负相关（OR＝0．77，95％ CI：0．65～0．93；P＝0．005），然而合并结果存在很强的异质性。通过对12个纳入人群进行遗传分化检验，发现Zhang等的5个研究人群与其他研究人群存在不同程度的遗传分化，进而根据Fst值进行适当的亚组分析，把组8和组9异质性检验的 I2值降到了25％以下，然而组8和组9的M eta分析结果却不一致。结论研究显示在对K IF1B基因rs17401966多态性与肝细胞癌风险进行M eta分析时，通过对纳入人群的遗传分化检验，可以发现M eta分析的异质性来源。
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北京地区汉族人群线粒体DNA 9bp序列缺失频率检测
依据mtDNA剑桥序列[1]为相对标准序列,mtDNA COⅡ/tRNALys基因间的小非编码区V含有2个9bp串联重复序列(CCCCCTCTA).1983年,Cann和Wilson[2]应用RFLP分析,首次发现该区域有长度变化;随后Wrischnik等[3]以序列分析证实该区域长度变化是由于9bp重复序列缺失一个拷贝而产生.早期研究认为,该缺失为起源于亚洲的人种所特有.近年来的研究表明,它具有多重起源性[4-6],不同人种群9bp缺失频率及分布不同[7-10]使其成为研究人种遗传分化的重要靶点.我们运用PCR直接测序方法,检测了北京地区汉族人mtDNA 9bp序列多态频率,并与文献报道的其它地域人种mtDNA 9bp序列多态性进行了比较分析.
