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rDNA?ITS序列在吸血蠓分子鉴定中的应用研究
以海南、 福建等省常见库蠓为研究对象,构建基于ITS的吸血库蠓成虫分子鉴定体系.共24种库蠓的72条序列用于比较分析、 遗传距离和系统发育分析显示:24种库蠓的种间遗传距离为0.05～0.39,平均遗传距离0.25;种内遗传距离为0～0.13,平均遗传距离0.07.种间遗传距离为种内遗传距离的3.57倍,表明ITS基因具有较大的种间甚至种内变异性,是理想的靶标基因,可作为库蠓种类鉴定的分子标记.
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DNA条形码技术鉴定贝母属植物
目的 采用DNA条形码技术,比较了条形码序列ITSl和ITS2在贝母属植物中的鉴定效果.方法 从8个贝母属21个样品中提取了基因组DNA,进行ITS1、ITS2序列的PCR扩增和测序,并比较了各样品DNA提取率、PCR扩增率及测序成功率.测序数据采用BLAST搜索法评价2种序列的鉴定能力,采用SPSS软件进行遗传距离分析,采用MEGA软件进行系统发育树的构建.结果 对比不同物种ITS1、ITS2序列的一级结构差异,发现其ITS1序列长度为205～229 bp,有信息位点27个(所占比例11.8％),鉴定成功率为72.2％;ITS2序列长度为236～244 bp,有信息位点20个(所占比例8.2％),鉴定成功率为100％.ITS1序列的种内及种间遗传距离分别为0.001 8和0.066 1,而ITS2序列的种内及种间遗传距离分别为0.000 5和0.046 8,且种内高度保守;系统发育树构建结果显示,2种ITS序列能准确区分出浙贝母类群、川贝母类群和北方贝母类群,而ITS2序列所构建的系统发育树准确度更高.结论 ITS2序列能够更准确鉴定不同物种贝母,适合作为贝母属植物的通用条形码序列.
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台湾蠛蠓rDNA-ITS序列测定与分析
目的 探讨rDNA-ITS基因序列在吸血蠓分子鉴定中的应用前景.方法 通过PCR扩增获取台湾蠛蠓rDNA-ITS基因,测定分析ITS1和ITS2基因序列,构建系统发育树.结果 台湾蠛蠓ITS1和ITS2片段长度分别为310 bp与360 bp,与汤斯维尔铗蠓的同源性大,分别为71％和92％.系统发育分析显示,基于ITS1、ITS2基因序列的分子鉴定结果与传统形态学鉴定结果一致.结论 rDNA-ITS基因序列可作为蠓科昆虫分子鉴定的分子标记.
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广西褐家鼠感染路氏锥虫分子生物学鉴定及系统发育分析
目的 对广西部分地区褐家鼠感染的路氏锥虫进行分子生物学鉴定,分析不同地理种群间的遗传分化.方法 从广西靖西、百色、南宁、天峨4地感染路氏锥虫的褐家鼠脾脏或血凝块中提取DNA,设计ITS1保守引物进行PCR扩增,将PCR产物直接或克隆删序.用DNAstar7.1进行同源性比对,用Mega4.0进行差异分析与聚类、构建系统进化树.结果 广西各地血涂片阳性鼠标本均扩增出特异性DNA条带,4地样品测序结果与GenBank上登录的路氏锥虫(T.lewisi)序列的同源性均高达96%以上.区内各地理种群之间遗传距离均在0.021以下,与其他3个近缘种T.otospermophili、T.grosi、T.kuseli间遗传距离为0.15～0.206.结论 广西4地鼠感染的锥虫为路氏锥虫.ITS1可以作为路氏锥虫的种属分类和分子诊断的标记.
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蛲虫核糖体DNA ITS1的PCR扩增及序列分析
目的 扩增人蛲虫(Enterobius vermicularis)核糖体DNA的第一内转录间隔区(ITS1).方法 提取人蛲虫的基因组DNA,PCR扩增rDNA的ITS1及部分5.8S片段,对该片段进行PCR-SSCP分析并测序. 结果 扩增的片段大小为334bp,包含Enterobius vermicularis全部的ITS-1(303bp)及部分5.8S(31bp)序列,ITS1种内序列一致.结论 首次报道人蛲虫的ITS1序列,将为以ITS1作为遗传标记用于蛲虫鉴别诊断、系统发育等研究奠定基础.
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人体混合感染巨片吸虫和巨片吸虫与肝片吸虫的中间型
目的 通过线粒体nad1和细胞核ITS1序列,对从云南省玉溪地区一女性片形吸虫病患者体内取出的2条片形吸虫成虫进行虫种鉴定,获知寄生于人体的片形吸虫种类.方法 片形吸虫标本保存于75％乙醇溶液,提取全基因组DNA,PCR扩增线粒体基因NADH脱氢酶亚基1(nad1)和细胞核rDNA的第一内转录间隔区(ITS1)序列,正反引物双向测序.所测序列与GenBank中Fasciola属相关同源序列组成DNA数据集,进行ITS1单倍型分析和构建nad1的NJ系统发育树.结果测得片形吸虫标本的ITS1和nad1序列长度分别是422 bp和542bp.2条片形吸虫标本的nad1序列完全一致,属于F.gnigan tica(Fg型).但是ITS1单倍型不一致,标本YXGD01在该基因中属于F.gigantica (Fg型),标本YXGD02属于F.hepatica (Fh型).基于nad1DNA数据集构建的NJ系统发育树,明显分为F.gigantica和F.hepatica 2个类群.结论 基于线粒体nad1和细胞核ITS1序列,从云南省玉溪地区一片形吸虫病患者体内取出的2条片形吸虫属于不同类型,标本YXGD01鉴定为F.gigantica,标本YXGD02可能是F.gigantica与F.hepatica杂交生成的中间型个体,但需要更多的实验证据.
