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基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力.方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用BioEdit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树.结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物.结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定.
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白及属药用植物DNA条形码的确立及其应用
为建立白及属药用植物适合的DNA条形码,并以DNA条形码准确的鉴别白及属药用植物及其混伪品,本研究对41份样品基因组DNA的nrDNA ITS、LFY同源基因内含子2、叶绿体ycf1基因进行扩增、测序及序列分析;比较物种种内种间的变异,并基于K2P距离分析Barcoding Gap、构建NJ系统聚类树及BLAST1算法以评价不同序列的鉴定能力.结果显示,白及属物种nrDNA ITS和ycf1序列的种间变异(0.022～0.106和0.017～0.106)明显大于种内变异(0～0.012和0～0.015),NJ树也能准确地区分4个物种;而LFY同源基因内含子2序列未发现Barcoding Gap,不能有效的鉴别白及属物种.选用nrDNA ITS和ycf1构建NJ树成功鉴定了白及粉末状药材及其混伪品.结果表明,nrDNA ITS和ycf1序列可以作为白及属及其混伪品鉴定用的DNA条形码序列.市场上“巨茎白及”的nrDNA ITS序列和ycf1序列与安徽六安白及亲缘关系近,NJ树均与白及聚为一支;基于形态及分子数据可初步将安徽“巨茎白及”归为白及属白及植物.
