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线粒体COI和CYTB基因在虫草属物种寄主昆虫鉴定中的适用性分析
目的:利用DNA条形码技术对冬虫夏草、凉山虫草、亚香棒虫草、戴氏虫草等物种的寄主昆虫分别通过COI序列和Cytb序列进行条形码分析,探索虫草属物种寄主昆虫鉴定序列的适用性.方法:通过DNA提取、PCR、电泳检测和序列测定,分别获得26份虫草寄主虫体的COI序列和Cytb序列,再用拼接和分析软件进行序列的比对和聚类分析.结果:COI序列和Cytb序列都能很好地区分鉴定虫草类各物种,但COI序列的扩增成功率大于Cytb基因,同时在COI基因片段中共检测到129个多态位点,变异率为19.51％;在Cytb基因片段中共检测到113个多态位点,变异率为26.10％.COI序列的简约信息点多于Cytb序列,且基因变异率低于后者.结论:本研究建议COI序列更适用于虫草寄主昆虫的DNA条形码研究.
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药用昆虫金环胡蜂及其混伪品DNA条形码鉴别研究
目的:以COI序列作为DNA条形码对药用昆虫金环胡蜂及其混伪品进行物种鉴别,探讨快速、准确鉴别金环胡蜂及其混伪品的方法.方法:以COI条形码序列为基础,对金环胡蜂及其近缘种混伪品黄纹大胡蜂进行总DNA提取、PCR扩增和双向测序,并比对GenBank中金环胡蜂及其混伪品的COI序列,继而用MEGA6.06软件对所有序列进行分析、计算种内及种间遗传距离,并用邻接(Neighbor-Joining,NJ)法构建出系统进化树.结果:金环胡蜂及黄纹大胡蜂COI序列扩增成功.金环胡蜂与其混伪品COI序列种间小遗传距离为0.152±0.017,远大于金环胡蜂种内的大遗传距离0.009±0.004.构建出的系统进化树图也明确显示,各物种都形成了独立的分支.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可有效鉴别药用昆虫金环胡蜂及其混伪品,为其质量控制和市场监管提供了新的技术手段,保证金环胡蜂相关药材的安全性.
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基于COI条形码的鹿类中药材DNA条形码分子鉴定
目的：利用COI序列建立统一的鹿类药材分子鉴定方法。方法：对鹿茸、鹿角、鹿鞭、鹿筋、鹿尾、鹿胎分别进行DNA提取、COI序列扩增和序列测定，构建鹿类药材COI序列数据库，并对市售鹿类药材进行调查分析。结果：所有鹿类药材均可以使用COI通用引物进行PCR扩增和测序；鹿类药材COI序列数据库包含8个物种101份样品，物种之间相互区分明显；市售40份药材中18种为药典规定物种，22种为非药典规定物种。结论：COI序列的DNA条形码分子鉴定方法可以作为鹿类药材的统一鉴定方法，并为市售鹿类药材的鉴定提供科学依据。
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基于COI序列的紫河车药材及其混伪品的DNA条形码鉴定研究
利用COI序列对紫河车及其常见混伪品进行DNA条形码分子鉴定,探究准确、快速鉴定紫河车及其混伪品的方法.该研究共收集6个种41份样品,以COI作为条形码序列,对紫河车的正品及其混伪品提取基因组DNA,通过PCR扩增和双向测序,运用CodonCode Aligner进行序列拼接后,采用MEGA6.0软件进行序列比对,分析比较种内、种间序列差异,并构建正品紫河车及其混伪品的NJ树.结果表明紫河车COI序列种内平均K2P距离为0.001,种内大K2P距离为0.008,紫河车的正品来源人与其混伪品种间存在较多变异位点.由所构建的NJ树显示紫河车与其混伪品均可明显区分.基于COI序列的DNA条形码技术可以鉴定紫河车及其混伪品,为紫河车的鉴别提供了新的工具.
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基于COI基因的龟甲及其混伪品的DNA条形码研究
目的:利用COI基因对乌龟及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定龟甲及其混伪品的方法.方法:在全国范围内收集龟甲的正品及其混伪品8种,共22份样品,提取DNA,得到其COI序列.用Contig Express,Dnaman,Edit Sequence,Mega 5等软件进行变异位点分析,并构建正品龟甲其混伪品的N-J树.结果:龟甲的正品来源乌龟与其混伪品种间存在较多变异位点.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支.结论:基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定龟甲及其混伪品.
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DNA条形码技术在动物类药材熊胆粉及其混伪品鉴定中的应用
应用DNA条形码技术对名贵中药材熊胆粉及混伪品进行DNA条形码鉴定研究,并建立其标准实验流程,以保障熊胆粉的安全有效利用.对收集到的12份熊胆粉样品进行DNA提取、PCR(聚合酶链式反应)扩增并双向测序、运用CodonCode Aligner V 7.0.1进行序列剪切去除引物区得到COI序列,同时与GenBank中得到棕熊及混伪品COI序列,运用MEGA 7.0对研究的5个物种50条序列比对分析,计算变异位点及种内和种间K2P(Kimura 2-Parameter)遗传距离并构建邻接(NJ)树.黑熊、棕熊的种内大K2P遗传距离远小于其混伪品间小K2P遗传距离;NJ树结果显示黑熊、棕熊各聚为一支,均可以与混伪品明显区分开.DNA条形码技术为一种安全便捷可靠的物种鉴定技术,建立动物类药材COI序列标准话流程,在中药研究领域具有重要的作用.
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市售动物药材僵蚕的DNA条形码鉴定研究
本研究基于DNA条形码技术对市售动物药材僵蚕进行分子鉴定研究,应用二维DNA条形码技术,建立跨平台信息交换的“互联网+”中药材物种鉴定体系.僵蚕药材同时包含动物家蚕和真菌白僵菌,采用植物基因组DNA提取试剂盒能成功扩增白僵菌ITS序列,未能扩增家蚕COI序列,而动物基因组DNA提取试剂盒提取总DNA均能成功扩增COI序列和ITS序列,并且ITS序列扩增、测序结果与植物基因组DNA提取试剂盒相一致.COI序列经鉴定为家蚕Bombyx mori Linnaeus,ITS序列经鉴定主要来源为白僵菌Beauveria bassiana (Bals.)Vuillant,少数为杂菌.基于ITS序列所构建的NJ树结果显示,白僵菌及其他致病菌株均可明显区分,且市售僵蚕药材混伪品含杂菌致病菌株.研究表明利用动物基因组DNA提取试剂盒可一次性将家蚕和白僵菌的DNA同时提取出来,有效解决同时含有动物和真菌类药材的基原鉴定.基于COI序列和ITS序列的DNA条形码分子技术能稳定、准确鉴别动物药材僵蚕,“互联网+”二维DNA条形码体系能有效监管药材流通领域的各个环节,有利于推动中药材市场的标准化和规范化.
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基于COI序列的水牛角及其易混伪品DNA条形码鉴定研究
水牛角作为犀角的代用品是急症用药安宫牛黄丸的主要成份,近年来常有混伪品流入市场,急需建立有效鉴定方法.本研究共收集155份原动物及市售水牛角样品,通过优化DNA提取方法,PCR扩增、双向测序、序列拼接获得153条COI序列.93份原动物COI序列经条形码间隔法和建树法核验后纳入中药材DNA条形码动物药材数据库,利用中药材DNA条形码鉴定系统(www.tcmbarcode.on)对62份市售水牛角药材进行鉴定.除2份市售药材无法获得COI序列外,54.8％的市售药材为水牛角,29％的市售药材为牦牛角.本研究表明牦牛角为市售水牛角药材主要伪品来源,DNA条形码技术可用于区分水牛角及其易混伪品,应加强市场监管,以确保急症用药临床疗效.
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基于COI条形码的海马药材及其混伪品分子鉴定
目的 以线粒体COI序列为DNA条形码,建立准确鉴定海马药材正品来源的方法.方法 通过对获得的海马药材及其混伪品21个物种211条COI序列,进行种间、种内序列变异分析、DNA Barcoding Gap分析和NJ(Neighbor-Joining,邻接法)系统发育树构建和分析.结果 海马药材正品来源线纹海马、刺海马、大海马、三斑海马和小海马(海蛆)的小种间距离均大于大种内距离,具有明显的DNA Barcoding Gap,在NJ系统发育树上各自聚为独立的支,能与混伪品相互区分.结论 COI序列作为DNA条形码能准确鉴定海马药材及其混伪品,对保障海马临床用药安全具有重要意义.
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中药材蟾皮及其混伪品的DNA条形码鉴定研究
目的 利用COI序列对中药材蟾皮及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为蟾皮药材的快速准确鉴定提供新的技术手段.方法 收集16个不同地区的蟾皮药材、基原动物及其混伪品总计6个种54份样本,提取总DNA,进行PCR扩增及双向测序,测序结果采用CodonCode Aligner V 4.2进行拼接校对,运用MEGA5.0进行比对分析,计算种内及种间Kimura-2-Parame-ter(K2P)遗传距离并构建系统发育树.结果 蟾皮两个基原物种的种内大K2P遗传距离均远远小于其与混伪品的种间小K2P遗传距离.NJ树图显示,蟾皮药材的两个基原物种及其混伪品分别聚为独立一支,得到了很好区分,并显示出良好的单系性.结论 应用COI序列作为DNA条形码能够准确有效地鉴别中药材蟾皮及其混伪品.
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基于COI基因的水蛭及其混伪品的DNA条形码研究
目的 利用COI基因对水蛭、蚂蟥、柳叶蚂蟥及常见混伪品进行分子鉴定,探讨快速、准确鉴定水蛭及其混伪品的方法.方法 在全国范围内收集水蛭、蚂蟥、柳叶蚂蝗的正品及其混伪品5种,共12份样品,提取DNA,得到其COI序列.用ContigExpress、DNAMAN、DNA STAR、MEGA5等软件进行变异位点分析,并构建正品水蛭及其混伪品的系统聚类树图.结果 水蛭的正品来源蚂蟥、水蛭、柳叶蚂蟥与其混伪品种间存在较多变异位点.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成相对独立的支.结论 基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定水蛭及其混伪品.
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三叶草斑潜蝇DNA条形码鉴定和ELISA检测的方法学比较
[目的]探讨以COI和ITS1序列为条形码和间接ELISA方法鉴定三叶草斑潜蝇的可行性.[方法]①提取实验室饲养的三叶草斑潜蝇基因组DNA,扩增了三叶草斑潜蝇细胞色素C氧化酶亚基I(COI)和内转录第一间隔区(ITS1)序列,经测序、拼接后,与Genbank中三叶草斑潜蝇、美洲斑潜蝇、南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇的COI及ITS1序列进行比对,并进行遗传分析.②基于本实验室建立的ELISA检测方法,分别检测了三叶草斑潜蝇单克隆抗体与南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇的幼虫、蛹和成虫的交叉反应情况.[结果](COI和ITS1序列均可以将三叶草斑潜蝇同其它3种近缘种区分开.对于COI序列,三叶草斑潜蝇与南美斑潜蝇相似度为68％,亲缘关系近；对于ITS1序列,三叶草斑潜蝇与美洲斑潜蝇相似度为88.5％,亲缘关系近.②间接ELISA检测只有三叶草斑潜蝇呈阳性反应,与南美斑潜蝇及豌豆彩潜蝇幼虫、蛹和成虫均不发生交叉反应.[结论]以COI或ITS1序列为条形码的DNA鉴定法和以单克隆抗体为基础的ELISA检测均可区分三叶草斑潜蝇与其它3种近缘种.其中COI序列作为条形码鉴定可信度优于ITS1序列,ELISA方法操作简单,成本低,更适于田间大量样品的鉴定.
