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胎盘蛋白-13与子(癎)前期的早期预测
胎盘蛋白-13(placental protein 13,PP-13)是56种已知妊娠相关蛋白中的一种.自1983年从人类胎盘中分离提取后,其氨基酸序列、cDNA序列、蛋白质结构、功能、相关基因和调节通路已有一些研究,结果证实PP-13为血凝素(lec-tin)超家族中半乳糖苷凝集素(galectin)家族的成员.PP-13对某些妊娠期疾病,尤其对子(癎)前期的早期预测价值[1]也得到了一些科研工作者和临床医生的关注.
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我国部分地区丙型肝炎病毒5'端部分基因序列的比较
目的:测定我国部分地区丙型肝炎病毒(HCV)分离株的5'端部分cDNA序列,研究其基因型以及变异特点,为丙型肝炎的治疗和预后判断提供参考依据.方法:用反转录套式聚合酶链反应(RT-nPCR)法和5'NCR区引物对我国部分地区9株HCV RNA阳性血清进行扩增,扩增产物为256 bp,将其纯化连接到PGEM-T载体上,然后进行测序,并与已发表的50株HCV全序列的相应序列比较,并用种系发生法分析.结果:该9株HCV5'NCR核苷酸序列的同源性为93.0%～99.6%,其中7株之间的同源性为98.8%～99.6%,另两株为99.6%.同其它50株同源性比较结果提示,7株属1 b型,2株属2a型,种系发生法分析也支持这一结果.变异分析结果表明,同一亚型的核苷酸变异特点相似.结论:该9株HCV分离株分属1 b型和2a型,该区同源性较高,但同一亚型的核苷酸变异特点相似.
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鱼腥草1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶1基因克隆与表达分析
目的 克隆鱼腥草1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶1(DXSl)基因并分析其表达差异.方法 根据已经获得的鱼腥草DXS1转录本序列设计1对引物,采用RT-PCR方法获得DXS1基因cDNA序列并对DXS1蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析,并预测了该蛋白功能;利用实时荧光定量PCR方法检测了DXS1基因在鱼腥草的地下茎、地上茎、叶、花中的表达情况.结果 克隆获得的DXS1基因长为2 172 bp,编码723个氨基酸.生物信息学预测DXS1蛋白不含跨膜区,不含信号肽,具有定位肽.XS1基因在鱼腥草的花中表达丰度高,其次是叶片,再次是地下茎,地上茎中表达量低.结论 首次从鱼腥草中克隆了DXS1基因,为进一步阐明该基因在鱼腥草萜类化合物代谢途径中的重要作用奠定基础.
关键词： 鱼腥草 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 RT-PCR cDNA序列 克隆 -
金荞麦花青素合酶基因的克隆及其表达与花青素量的相关性研究
目的 获取金荞麦花青素合成途径关键酶花青素合成酶(anthocyanins synthase,ANS)基因的全长序列,并进行序列分析;对花期金荞麦ANS基因在各组织中表达水平与花青素量的相关性进行分析.方法 利用同源克隆技术获得ANS基因cDNA序列;采用半定量RT-PCR对ANS表达量进行分析;采用分光光度法测量花青素量.结果 金荞麦ANS基因cDNA包含一个1 077 bp的ORF,编码358个氨基酸,命名为FdANS.生物信息学分析表明,该基因编码蛋白与其他植物ANS蛋白氨基酸序列同源率较高.FdANS在花期金荞麦不同组织中的表达量分析表明,其表达量花＞叶＞茎＞根,花青素量为花＞叶＞茎＞根.结论 在金荞麦中首次获得ANS基因的cDNA序列,编码蛋白具有ANS同源蛋白的典型特征.FdANS基因在金荞麦根、茎、叶和花中的表达量与花青素量具有相关性.
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CD44v6与肝细胞癌转移的关系
1991年Günthert等[1]采用针对大鼠转移性胰腺癌细胞表面糖蛋白的一种单抗,其相关抗原的cDNA序列与CD44同源,后证实为CD44v6,将这种单抗与肿瘤细胞同时注入裸鼠体内,可延缓甚至完全阻断其淋巴结和肺转移灶形成.他们早提出了CD44v6与肿瘤转移相关,而1998年李祖国等[2]首次证明在肝细胞癌(HCC)细胞中CD44v6可能通过细胞内羧基端结构影响细胞内骨架蛋白的构象和分布,从而影响肿瘤细胞的运动能力,促进肿瘤转移的发生.
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中华按蚊防御素基因 cDNA序列和基因组序列的克隆及鉴定
目的克隆中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,并对其进行鉴定和生物信息学分析.方法根据已发表的埃及伊蚊和冈比亚按蚊等的防御素基因序列设计引物,提取中华按蚊总RNA并构建其基因组文库,分别进行多轮RT-PCR和巢式PCR扩增,将所得片段进行克隆、测序,并应用相关生物信息学软件对序列进行鉴定和分析.结果从中华按蚊基因组文库中扩增出完整的防御素基因组序列(由两个外显子和一个内含子组成)以及5′端和3′端的非编码序列(UTR)片段,总长度为2 256 bp;从中华按蚊总RNA中扩增出大小为324 bp的cDNA片段,经测序证实为中华按蚊防御素基因全长cDNA序列,其开放阅读框共编码107个氨基酸,成熟肽部分具有40个氨基酸残基.结论首次克隆出中华按蚊防御素基因全长cDNA序列及基因组序列,为进一步的功能研究奠定了基础.
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IRM-2小鼠cDNA文库的全长cDNA序列分析
目的 分析IRM-2小鼠全长cDNA文库的cDNA序列.方法 根据IRM-2小鼠的21条EST,从IRM-2小鼠全长cDNA文库测定基于该21条EST序列PCR扩增的全长cDNA序列,通过与GenBank基因库同源序列信息比对,分析全长cDNA序列和性质.结果 根据21对引物PCR产物的拼接,获得5条全长cDNA序列,与小鼠已知基因不同源,而且得到了可能编码蛋白质的氨基酸序列和蛋白质的性质.结论 5条全长cDNA序列提示IRM-2小鼠体内可能存在辐射抗性相关基因,为进一步分离和鉴定辐射抗性相关基因奠定了基础.
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日本血吸虫精氨酸酶的cDNA序列分析
目的对获得的日本血吸虫(Schistosoma japonicum,Sj)精氨酸酶基因cDNA序列进行二级结构预测。方法采用生物信息学等技术对获得的Sj精氨酸酶编码基因序列进行开放读框(ORF)的寻找，编码氨基酸的推导，蛋白质同源性比较以及二级结构的预测。结果获得的cDNA序列为1 061bp，含有一个840bp的阅读框，编码279个氨基酸，属精氨酸酶家族，与国际蛋白质库中的酵母、蛙、人和大鼠精氨酸酶序列的同源性分别为44%，50%，51%，53%和54%。Sj精氨酸酶氨基酸序列的β转角、亲水性、平均可塑性和无规则卷曲的分布主要出现在N-末端AA残基30～50，70～90和180～200等3个区域，是潜在的抗原表位。结论推测Sj精氨酸氨基酸酶具有较好的抗原性。
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YKL-40在肿瘤中的研究进展
YKL-40又名人类软骨糖蛋白-39(HCgp-39),一项对新生骨蛋白的研究中发现在人骨肉瘤细胞系MG63的体外培养中发现一种蛋白的大量分泌,因为其一条肽链氨基端的起始3个氨基酸:酪氨酸、赖氨酸和亮氨酸的符号分别为Y、K和L,其相对分子质量约为40 000而被称为YKL-40.1993年,报道公布了人类软骨糖蛋白的完整氨基酸序列及cDNA序列,YKL-40含383个氨基酸,编码的蛋白序列与糖基水解酶相似,基于其氨基酸序列,发现YKL-40属于哺乳动物18糖基水解酶家族的成员.YKL-40结合不同长度的壳多糖的形式类似壳多糖酶18家族,但没有壳质酶活性.
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逆转录PCR(RT-PCR)实验操作要点
RT-PCR是将RNA的反转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增(PCR)相结合的技术.以RNA为模板,首先在依赖于RNA的DNA聚合酶的催化作用下体外合成cDNA的第一条链,以此条cDNA链为模板.又可继续进行PCR.RT-PCR技术灵敏而且用途广泛,可用于检测细胞中基因表达水平,细胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列.作为模板的RNA可以是总RNA、mRNA或体外转录的RNA产物.无论使用何种RNA,要得到理想的结果,关键是确保RNA中无RNA酶和基因组DNA的污染.而确保RNA中无RNA酶和基因组DNA的污染,关键是要做好实验前的准备,注意实验操作的一些细节.
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运用生物信息技术分析日本血吸虫Z88基因cDNA序列
目的通过基因序列分析,寻找日本血吸虫新的基因,为日本血吸虫病防治筛选新的候选疫苗抗原.方法从已构建的日本血吸虫成虫cDNA文库中挑取已知克隆(克隆号为Z88),测定其全长cDNA序列后,再运用生物信息学方法以及相关软件对此基因进行分析.结果通过测定以及分析可知此基因的cDNA序列为1 303bp,编码349个氨基酸,为DnaJ-相似蛋白,与果蝇、鲐、人及鼠的DnaJ-相似蛋白有一定同源性.二级结构分析预测提示其具有一定抗原性.结论 Z88基因为日本血吸虫DnaJ-相似蛋白基因,可能参与蛋白折叠、装配和运输等功能.
