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新生儿下呼吸道多重耐药鲍氏不动杆菌感染与环境同源性追踪分析
目的 查找新生儿下呼吸道多重耐药鲍氏不动杆菌感染与环境菌株的同源性,追踪可能的传播链,为下一步干预措施的制定提供科学依据.方法 对医院2017年6月-2017年12月培养出多重耐药鲍氏不动杆菌的下呼吸道感染患儿进行环境追踪,通过16S rRNA基因测序和系统进化树进行菌株鉴定,对分离到的鲍氏不动杆菌采用Eric-PCR和MLST进行基因同源性分析.结果 共采集多重耐药鲍氏不动杆菌感染患儿环境标本207份,其中阳性标本61份,占29.47％;16S rRNA基因同源性及系统进化分析显示,15株细菌属于鲍氏不动杆菌菌种;Eric-PCR得到A-I型9个型别,综合MLST分析结果显示,2号患儿痰液标本 、输液泵 、责任护士护士服,1号温箱表面与同期采样病房的电脑键盘,及3号患儿监护仪和责任护士手为同一ST2型别.其余型别为ST195,ST208,ST191,ST75,ST92,ST235.结论 通过对新生儿下呼吸道多重耐药鲍氏不动杆菌感染患儿环境追踪发现,与环境分离菌株具有同源性,说明有效控制环境污染有助于防控感染传播扩散.
关键词： 新生儿 多重耐药鲍氏不动杆菌 16SrRNA基因 环境追踪 同源性分析 -
38株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌同源性分析
目的 了解耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特点,进行同源性分析,为医院的MRSA防治提供依据.方法 采用重复序列-聚合酶链反应(rep-PCR)技术对医院不同病区及医院环境分离的38株MRSA进行同源性分析.结果 38株MRSA经rep PCR扩增后均见数量不等的条带,数量在6～8条,分型率达100.0％;用cross checker软件和spss软件进行聚类分析,可分为5型,各菌株之间遗传性状较为相似,型与型之间差异较小,其中Ⅰ型29株、Ⅱ型3株、Ⅲ型2株、Ⅳ型1株、Ⅴ型3株.结论 医院临床及医院环境中分离的MRSA存在rep-I型克隆传播,rep-Ⅰ型为医院主要流行株.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 重复序列-聚合酶链反应 同源性分析 -
经放射线照射后口腔链球菌的分子生物学鉴定
通过生理、生化试验可对口腔及咽喉部的97.9%的口腔链球菌分离株做出鉴定.但是对一些生长缓慢的细菌,或表型特征介于两个种之间的菌株,只靠生化试验不能明确鉴定到种.而分子生物学鉴定方法如16S rDNA序列同源性分析可将细菌准确、快速地鉴定到种.我们采用16S rDNA序列同源性分析的方法对放疗后生化试验表型发生变化的菌株进行了鉴定.
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复方桔梗麻黄碱糖浆(Ⅱ)的微生物污染状况分析及抑菌剂效力考察
目的 考察分析复方桔梗麻黄碱糖浆(Ⅱ)的微生物污染状况及抑菌剂(苯甲酸)的抑茵效力.方法 测定复方桔梗麻黄碱糖浆(Ⅱ)中抑菌剂含量采用C18色谱柱进行梯度洗脱,流动相为醋酸铵溶液和甲醇,检测波长:255 nm.抑茵效力及微生物限度等;通过VITEK2 Campact、MALDI-TOF-MS和16S rRNA测序技术鉴定污染茵,并对同一企业样品中的污染菌株进行同源性比对分析.结果 1家生产企业产品抑茵剂效力无法达到2015年版《中国药典》的要求,样品存在微生物超标及污染不均匀情况;部分企业产品抑菌剂使用量不合理.结论 生产企业应严格控制抑菌剂的使用量和生产工艺的稳定性,加强监测各生产环节的灭菌效果,提高产品质量.
关键词： 复方桔梗麻黄碱糖浆(Ⅱ) 肠膜明串珠菌 微生物鉴定 同源性分析 抑菌效力 -
长爪沙鼠Eef1a2基因的克隆与同源性分析
目的 长爪沙鼠真核蛋白延长因子1a2(eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 2,Eef1a2)基因的克隆,测序和同源性分析.方法 提取长爪沙鼠骨骼肌组织的mRNA,通过同源扩增和cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE)克隆Eef1a2 cDNA序列全长.通过DANSTAR软件比对长爪沙鼠和人类、大鼠、小鼠Eef1a2的cDNA和氨基酸序列,并分析其同源性.结果 长爪沙鼠Eef1a2 cDNA序列全长1812 bp,编码区(coding sequence,CDs) 1392 bp,编码463个氨基酸.其核苷酸序列与人类、大鼠和小鼠的同源性分别为88.6％,94.0％和93.8％;长爪沙鼠Eef1a2氨基酸序列与人类、大鼠和小鼠的同源性分别为100％,99.9％和99.9％.结论 长爪沙鼠Eef1a2的核苷酸序列和氨基酸序列均与人、大鼠、小鼠高度同源.因此,长爪沙鼠可能是一种人类Eef1a2基因研究的理想模型.
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人类及部分实验动物MHC-DRB3.2基因核苷酸序列同源性分析
目的 研究人类及部分实验动物DRB3.2基因核苷酸序列的同源性.方法 利用PCR技术扩增得到牛的DRB3.2基因片段,并测定其核苷酸序列;从GenBank中下载人类、猕猴、绵羊、山羊、猪的相应基因片段;利用DNAMAN软件进行碱基组成分析、同源性分析和构建分子进化树.结果 所分析的物种该基因片段大小为267bp,没有发现碱基的缺失以及插入现象;A、T、G、C四种碱基以及G+C的含量在不同物种之间相差较小.就某种动物来说,G的含量高,T的含量低,G+C的含量要明显高于A+T含量;人类与猕猴、绵羊、山羊、牛、猪的同源性分别为91.8%、82.8%、82.4%、81.3%、81.6%.结论 不同物种MHC-DRB3.2基因核苷酸序列的同源性都比较高;在研究人类有些疾病时,猕猴是其它实验动物不可替代的;DRB3.2基因是研究生物进化和系统发育分析的一个理想遗传标记.
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万古霉素耐药肠球菌的同源性及耐药机制分析
目的 探讨万古霉素耐药肠球菌(VRE)的同源性及主要耐药机制.方法 收集我院临床分离的9株VRE,采用E-test法检测其对万古霉素等10种抗菌药物的低抑菌浓度值,脉冲场凝胶电泳技术进行同源性分析,多重PCR技术扩增万古霉素耐药基因并测序.结果 9株VRE均为屎肠球菌,共分为6个克隆,耐药表型和基因型均为vanA型.结论 本院VRE为vanA基因型,VRE的增加与局部克隆传播、耐药基因的水平转移以及抗菌药物的选择压力有关.
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慢性B淋巴细胞白血病患者免疫球蛋白Fab段基因克隆及其可变区序列分析
目的分析慢性B淋巴细胞白血病患者外周血单个核细胞免疫球蛋白Fab段基因.方法提取慢性B淋巴细胞白血病患者外周血单个核细胞RNA,选用与Ig FR1 5′和CH1Cμ 3′或CL区(Cκ/Cλ)3′互补的多对引物,通过RT-PCR扩增Ig Fab段基因,进行克隆和序列测定,并通过DNAtools和计算机网络对其可变区基因同源性进行分析和基因家族归类.结果 7例患者中4例外周血单个核细胞扩增出轻链基因,3例扩增出重链基因.所扩增的4条轻链基因均属于κ轻链,3条重链均为μ链基因.利用DNAtools分析软件,对轻链和重链分别进行同源性比较,3条重链可变区基因差异较大,轻链可变区基因具有一定的同源性.对所扩增的Ig基因进行归类,结果4例患者的轻链均属于Vκ I 亚组;3例患者的重链中2例属VH3 家族,1例为VH5家族.结论慢性B淋巴细胞白血病患者存在独特的决定簇和相似决定簇.
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呼吸机相关性肺炎感染途径分子流行病学研究
目的 用分子流行病学方法研究呼吸机相关性肺炎(ventilator associated pneumonia,VAP)各种感染途径在其发病机制中的作用.方法 采集ICU置入人工气道行机械通气的患者下呼吸道标本、口咽分泌物、气囊上滞留物、胃液、呼吸机管路标本、空气标本,从护理人员手上采集标本进行细菌培养和表型分析;再通过脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)方法分析所分离菌株是否具有同源性.结果 48例患者中22例发生VAP,其下呼吸道标本细菌培养17例阳性,以G性菌为主,其中铜绿假单胞菌居首位,且为多重耐药菌;对9例患者来源菌株行PFGE分析,6例气囊上滞留物分离菌株与相应下呼吸道分离菌株为同一PFGE型,5例胃液分离菌株与相应下呼吸道分离菌株为同一PFGE型,3例呼吸机管路样品分离菌株与相应下呼吸道分离菌株为同一PFGE型,2例口咽部分泌物分离菌株与相应下呼吸道分离菌株为同一PFGE型.结论 VAP患者下呼吸道病原体与气囊上滞留物、胃液分离菌有很高的同源性,在感染源的防治上应列为重中之重.
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节旋藻（Arthrospira）3个样品镍铁氢化酶 hoxY基因的克隆与测序
目的：为鄂尔多斯高原碱湖节旋藻的多样性研究提供基础资料和理论依据。方法：本文对鄂尔多斯高原碱湖钝顶节旋藻( Arthrospira platensis)、乍得湖钝顶节旋藻( A. platensis)及极大节旋藻( A. maxima)的镍铁氢化酶小亚基hoxY基因进行了克隆与测序，并进行同源性及亲缘关系的分析。结果：3个节旋藻样品hoxY基因部分序列长均为479 bp。鄂尔多斯高原碱湖钝顶节旋藻 hoxY基因与不同来源的钝顶节旋藻的同源性高达99.5%，与极大节旋藻的同源性达99.9%。 A. maxima与非洲乍得湖A. platensis间的亲缘关系更近，而鄂尔多斯高原碱湖钝顶节旋藻与乍得湖钝顶节旋藻的亲缘关系相对远。结论：hoxY基因保守性高，属内不同样品间序列变化很小。同种不同来源的钝顶节旋藻由于不同环境条件等因素的影响导致基因序列上碱基发生一定的差异。
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鲍曼不动杆菌临床分离株的耐药性及同源性分析
目的 通过对重庆医科大学附属第二医院近4年临床分离的103株鲍曼不动杆菌的耐药性和同源性分析,了解该院鲍曼不动杆菌的耐药性特点及院内感染流行状况.方法 2008年至2011年间该院临床科室分离的103株鲍曼不动杆菌,进行药敏试验并对耐药性分析；提取细菌基因组DNA,以随机扩增DNA多态性(RAPD)方法进行基因分型.结果 药敏试验结果显示分离出的103株菌呈现出高耐药率及多重耐药率的特点,其中对左氧氟沙星和亚胺培南的耐药性低,分别为69.9％和57.3％.103株多重耐药鲍曼不动杆菌用RAPD分型共分为16种基因型:A～P,其中A型84株,为主要流行型别；B型3株；C型、G型各2株；其余12型各1株.结论 该院鲍曼不动杆菌具有多重耐药及高耐药率,可能存在以A型鲍曼不动杆菌克隆株传播方式的院内流行,临床上应加强对A型鲍曼不动杆菌的监控,采取有效的措施以预防院内感染的爆发流行.
关键词： 鲍曼不动杆菌 多重耐药 同源性分析 随机扩增多态性DNA -
鹅副粘病毒WF00G分离株HN蛋白基因的测序与序列分析
用鹅副粘病毒凤阳分离株WF00G做9～10日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF00G病毒的HN基因,获得了1条约1.8 kb的特异性条带.PCR产物回收纯化后测序.测序结果表明,扩增片段大小为1844 bp,含有1个1716 bp的开放性阅读框,编码571个氨基酸.核苷酸同源性分析表明:WF00G株与其他12株鹅副粘病毒的同源性为89.9%～99.2%,与国内外其他NDV HN基因的同源性为81.7%～95.7%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为84.7%,说明WF00G与国内外的传统毒株有较大变异.与Taiwan95株和NL/96株的同源性为94.3%和95.7%,说明WF00G与Taiwan95株和NL/96株亲缘关系较近,具有较高的相似性.
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鸭副粘病毒WF01D株F基因的测序与蛋白特性分析
用鸭副粘病毒凤阳分离株WF01D作9～10日龄SPF鸡胚的尿囊腔接种,成功增殖了该病毒,采用一步法RT-PCR技术扩增WF01D病毒的F基因,获得了1条长约1.7 kb的特异性条带.用PCR产物直接测序.测序结果表明,扩增片段大小为1782 bp,含有1个1662 bp的开放性阅读框,编码554个氨基酸.核苷酸同源性分析表明:WF01D株与国内外其他NDV F基因的同源性为84.5%～97.0%,其中与国内标准强毒株F48E9的同源性为86.6%,说明WF01D与国内外的传统毒株有较大变异.与Taiwan95株和J株的同源性为93.6%和97.0%,说明WF01D与Taiwan95株和J株亲缘关系较近,具有较高的相似性.F蛋白裂解位点的氨基酸顺序为112Arg-Arg-Gln-Lys-Arg-Phe117, 表明为NDV的强毒株.蛋白疏水性和抗原性分析表明与标准强毒F48E9株相比没有太大的变异.
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对虾白斑综合征病毒胸腺嘧啶核苷酸合成酶基因的系统进化分析
目的为了对对虾白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)中为保守的胸腺嘧啶核苷酸合成酶(WSV-TS)基因,进行该病毒的系统发育学研究.方法通过GenBankTM数据库和DNAMAN分析系统,对不同生物来源的胸腺嘧啶核苷酸合成酶进行同源性比较并构建了该基因的系统发育进化树.结果 :WSV-TS的氨基酸序列与来自高等生物,特别是同哺乳动物有着很高的同源性,而与多种病毒的同源性较低.结论 WSV-ts基因是WSSV基因组中为保守的基因,其进化树的构建对于理解WSSV的进化地位有重要的帮助.
关键词： 胸腺嘧啶核苷酸合成酶 对虾白斑综合征病毒 同源性分析 系统进化分析 -
α-2,3-唾液酸糖基转移酶ST3家族分子序列生物信息学分析
目的 比较探讨人类a-2,3-唾液酸糖基转移酶家族成员间的同源性,探讨其进化规律及其与功能相关性.方法 利用网上数据库和生物信息学软件对核酸及蛋白质序列进行同源比较、结构域分析和进化树绘制.结果 人类a-2,3-唾液酸糖基转移酶家族一级结构、二级结构均有较高的同源性,系统进化分析显示其各成员来源于同一祖先并在不同时期分野.结论 各成员来自于同一祖先的同一家族.其进化方式属于趋异性进化,家族中各亚型底物特异性可能与其糖基化位点相关.
关键词： a-2 3-唾液酸糖基转移酶 同源性分析 结构域 系统进化树 -
重症监护病房金黄色葡萄球菌分离株基因分型研究
目的：研究我院重症监护病房2011年1月-12月分离的金黄色葡萄球菌的耐药情况并进行同源性分析。方法收集2011年1月-12月大连医科大学附属一院重症监护病房分离金黄色葡萄球菌共41株，采用 MIC法检测其多种抗生素的耐药性和杀白细胞毒素（PVL）检测，利用脉冲场电泳技术（PFGE）进行同源性分析，使用 SPSS11．5软件进行数据分析；并对其中的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）采用多重PCR方法进行 SCCmec分型及多位点序列分型（MLST）。结果共分离金黄色葡萄球菌41株，甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌（MRSA）34株（34／41，82.9％），甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌（MSSA）7株（7／41，17．1％），MRSA对万古霉素，利奈唑胺全部敏感，对氯霉素，复方新诺明高敏感率，与 MSSA相比较P均大于0．05，没有显著性差异。对于β-内酰胺类，喹诺酮类，大多数氨基糖苷类抗生素均呈高耐药率，与 MSSA相比较，P≤0．05，具有统计学意义。脉冲场电泳（PFGE）共分为18个性别，以G型为主，共19株（19／41，46．3％）；R 型4株（4／41，9．8％），O，F 型各2株（2／41，4．9），其余型别各一株（1／41，2.4％）。；41株金黄色葡萄球菌分离到1株携带 PVL毒素；SCCmec分型以Ⅱ型为主，共20株（20／34，58．8％），Ⅲ型11株（11／34，32．4％），Ⅳ型2株（2／34，5．9％），未分型1株，无Ⅰ型分离；多位点序列分型（MLST）共分为9个型别，分别为 ST5，239，1，15，7，630，20，946，59，以 ST5型为主，共21株（21／34，61．8％），ST239 型4株（4／34，11．8％）， ST15型和 ST7型各2株（2／34，5．9％），其余型别各1株（1／34，2．9％）。结论 MRSA是2011年度金黄色葡萄球菌的主要分离株，PFGE分型以 G型为主；MRSA主要克隆株为 ST5-MRSA-SCCmecⅡ，具有独特的地理分布。
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一例人狂犬病病例的病毒分离及鉴定
目的 对2013年武汉市新发生的一例疑似狂犬病死亡病例的脑组织进行病毒分离及鉴定.方法 采用直接荧光抗体法(DFA)和ELISA法检测狂犬病病毒(rabies virus,RABV)抗原;提取病毒RNA,设计12对引物,分段扩增全基因组,克隆后测序,应用DNAStar软件包中的MegAlign模块对基因所编码的氨基酸进行对位分析;Clustal X 1.83软件和GENEDOC软件用于序列比对;MEGA 4.1软件以Kimura two-parameter模型邻位相连法(Neighbor-Joining,NJ)构建系统进化树(Bootstrap-1000),并与国内外疫苗株及近期湖北省及周边地区分离的代表性街毒株进行同源性分析.结果 分离的街毒株13WH10的RABV抗原呈阳性;13WH10街毒株基因组全长11 924 bp,属基因Ⅰ型狂犬病病毒;13WH10与湖北省及周边街毒株处于同一亚群,与CTN-1疫苗株及东南亚地区的街毒株同源性较高,高于欧美国家疫苗株.结论 成功对武汉市2013年新发生的一例疑似狂犬病死亡病例的脑组织进行了病毒分离及鉴定;CTN-1与RABV国内分离株同源性较高,系统进化关系较近,提示采用CTN-1疫苗株生产的狂犬病疫苗可有效预防中国狂犬病的流行.
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Agilent2100分析仪在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用
目的 Agilent 2100分析仪在基因组外非编码重复序列片段的聚合酶链反应(REP-PCR)同源性分析中的应用并评估该系统.方法 应用REP设计引物并进行PCR扩增,用Agilent2100分析仪DL7500 Labchip芯片进行产物分析.结果 51株碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌中,耐药菌株分为4大型别(A、B、C、D),其中A型共48株,分别为A1型33株,A2型13株,A3型和A4型各1株;B、C、D型各1株;18株碳青霉烯类敏感菌株中,有2株与A1型别一致,其他菌株型别都不一致.结论 基于REP-PCR的Agilent2100同源性分析具有快速、易于操作、高重复性和高分辨率、结果定量处理和多种形式输出等优点,可作为临床同源性分析鉴定和分型的一线工具.
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自动化DiversiLab System DNA指纹分型系统在白假丝酵母同源性分析中的应用
目的:探讨自动化DiversiLab System DNA指纹分型系统(DiversiLab系统)在白假丝酵母同源性分析中的应用,并评价该系统的作用.方法:应用标准化试剂盒进行白假丝酵母的PCR扩增,在微流控芯片电泳和Agilent 2100生物分析仪上收集扩增产物,并用DiversiLab系统分析软件进行DNA指纹分析.结果:35株从重症加强治疗病房患者中分离的白假丝酵母分为7个型别,其中A型13株,B型8株,C型6株,D型3株,E型2株,F型2株,G型1株.2株氟康唑耐药菌株属于B型,4株氟康唑剂量依赖敏感菌株为C型.结论:自动化DiversiLab系统有快速、简便、重复性和分辨率高的特点,且具建立数据库并行不同实验室间数据比对的优势,可作为临床同源性分析鉴定和分型的一线工具.
关键词： DiversiLab系统 白假丝酵母 重复序列聚合酶链反应 同源性分析 -
耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的耐药性及分子流行病学研究
目的 了解耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌(CRPA)对抗菌药物的耐药性及分子生物学特征.方法 收集2013年1-12月复旦大学附属华山医院住院患者临床分离的CRPA 104株,采用琼脂稀释法对菌株行药敏测定;脉冲场凝胶电泳(PFGE)行同源性分析.结果 104株CRPA对美罗培南、亚胺培南的耐药率分别为85.6％、98.1％,对阿米卡星、庆大霉素的耐药率分别为18.3％、40.4％,对头孢他啶和头孢吡肟的耐药率分别为26.9％和21.2％,对环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率分别为44.2％和50.0％,对哌拉两林-他唑巴坦、头孢哌酮-舒巴坦和替卡西林-克拉维酸的耐药率分别为19.2％、26.9％和52.9％,对氨曲南耐药率为26.9％,对黏菌素耐药率低,仅为5.8％.PFGE分析存在48个型别(3株未能分型),9个克隆.克隆A是主要流行株,占41.6％ (42/101),科室主要集中在神经外科、老年科及综合病房,其次为克隆B,占5.9％(6/101).结论 医院内存在耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌的多个克隆,应采取有效的感染控制手段,加强抗菌药物临床应用管理,延缓细菌耐药性产生并阻止耐药菌进一步播散.
