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我国维吾尔族妇女维生素D受体基因多态性与骨密度关系的研究
目的研究我国维吾尔族妇女维生素D受体(VDR)基因多态性分布和骨密度、骨质疏松的关系.方法采用聚合酶链反应限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术对30例维吾尔族妇女进行VDR基因分型.并进行双能X线骨密度(BMD)仪的检测.结果 VDR基因检出bb、Bb、BB,基因型分别为60%、33.3%、6.7%.bb、Bb、BB基因型的BMD分别降低为61%(11/18)、50%(5/10)、50%(1/2).结论就调查例数而言:中国维吾尔族妇女VDR基因多态性的分布频率以bb基因型多,其次为Bb型,BB型仅占6.7%.BMD检测显示BMD降低以bb型较显著、Bb型次之.
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大连地区HBV基因型分布及临床意义
目的:了解大连地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布情况,探讨HBV基因型与临床的相关性.方法:随机选择大连地区HBV-DNA阳性患者249例.用实时定量聚合酶链式反应(PCR)结合荧光探针技术测定HBV基因型.结果:大连地区慢性HBV感染者中,乙肝病毒基因型为B、C、B+C基因型.未见其他基因型.C基因型124例(49.8%),B基因型84例(33.7%),B+C混合基因型4l例(16.5%).在活动性肝病(CHB、HLC、HCC)中C基因型占优势(P＜0.01或P＜0.05),而ASC组则是以B基因型为主(P＜0.01).三组基因型之间HBeAg阳性率比较,差异有统计学意义(P＜0.01),C基因型组HBeAg阳性率高于其他两组(P＜0.01).结论:HBV感染的患者中,无症状携带者以B基因型多见,活动性肝病以C基因型多见,基因型与病情可能存在一定的相关性.
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继发不育男性泌尿生殖道解脲支原体基因分型鉴定及其临床应用研究
目的 了解继发不育男性患者泌尿生殖系解脲支原体(UU)的感染状况,探讨UU各基因型与临床病原学之间的关系.方法 根据UU多带抗原基因(MBA)与16S-rRNA基因和尿素酶基因结构设计10对引物,应用聚合酶链反应(PCR)技术,对继发不育男性患者572例泌尿生殖系感染的UU进行生物变种和基因型分型鉴定,并与培养结果比较.结果 UU培养阳性278例,阳性率48.6%;PCR基因扩增检测UU-DNA阳性311例,阳性率54.4%.其中生物变种1(biovar 1)212例,占37.1%;生物变种2(biovar 2)99例,占17.3%;基因分型结果:生物变种1血清变种1 71例,占12.4%;血清变种3/14 98例,占17.2%;血清变种6 43例,占7.5%.生物变种2亚型1(subtype 1)32例,占5.6%;生物变种2亚型2(subtype 2)51例,占8.9%;生物变种2亚型3(subtype 3)16例,占2.8%.结论 UU感染是男性继发不育的主要危险因素,多带抗原基因与16S-rRNA基因和尿素酶基因分型鉴定具有简便、快速、敏感、特异之优点.
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铅毒性的遗传易感性
环境铅污染对儿童健康的影响正日益受到重视.以往的流行病学研究发现,机体的易感性可能是铅毒性作用的重要决定因素.δ-氨基-γ-酮戊酸脱水酶基因、维生素D受体基因及血色素沉着病基因等遗传多态性可能造成儿童对铅毒性作用有不同的易感性,本文就此进行综述.
关键词： 铅中毒 δ-氨基-γ-酮戊酸脱水酶 维生素D受体 血色素沉着病 基因型 -
伴糖尿病牙周炎患者牙龈卟啉单胞菌rag基因型的检测
目的 分析牙龈卟啉单胞菌阳性率及其rag基因型在慢性牙周炎合并糖尿病患者唾液中的分布情况,探讨糖尿病参与并影响牙周炎发病的可能机制.方法 收集慢性牙周炎患者及合并糖尿病的慢性牙周炎患者各20例.采集受试者的唾液样本,PCR法定性检测唾液中牙龈卟啉单胞菌的检出率及其rag基因型,统计学分析两组受试者牙龈卟啉单胞菌及其rag基因型的检出差异.结果经16S rDNA PcR法检测,伴糖尿病的牙周炎患者唾液中牙龈卟啉单胞菌阳性检出率为[65％(13/20)]与慢性牙周炎组[70％(14/20)]相比无统计学差异(P>0.05),但rag-1基因型的检出率后者[45％(9/20)]显著高于前者[5％(1/20)],rag3在两组中均未检出,rag2和rag4在两组的检出未见差异.结论 慢性牙周炎患者比合并糖尿病的慢性牙周炎患者唾液中更易检出rag-1型的牙龈卟啉单胞菌,提示可能与糖尿病患者唾液流量及成分改变对菌群的影响所致.
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宫颈病变中人乳头瘤病毒基因型分布研究
目的 研究不同宫颈病变中人乳头瘤病毒(HPV)基因型的分布特点,探讨HPV感染与宫颈病变的临床关系.方法 以病理诊断为金标准,选取我院2014年10月至2017年12月宫颈病变患者300例,其中慢性宫颈炎45例,宫颈上皮内瘤变(CIN)I74例,CINⅡ65例,CINⅢ68例,宫颈癌48例.采用PCR-反向点杂交法检测HPV基因型别.结果 300例患者总体HPV阳性率为87.33％(262/300),CINI、CINⅡ、CINⅢ和宫颈癌各组HPV阳性率分别为91.89％、95.38％、97.06％和95.83％,高于慢性宫颈炎组的44.44％,差异具有显著性统计学意义(P<0.01),但HPV阳性率在CINI、CINⅡ、CINⅢ及宫颈癌各组间差异并无统计学意义(P>0.05).单一HPV感染率在慢性宫颈炎、CINI、CINⅡ、CINⅢ、宫颈癌组分别为37.78％、63.51％、69.23％、70.59％和81.25％,高危型HPV(HR-HPV)检出率在慢性宫颈炎、CINI、CINⅡ、CINⅢ、宫颈癌组分别为33.33％、71.62％、80.00％、92.65％及95.83％,五组的单一HPV感染率及HR-HPV检出率比较,差异均有显著性统计学意义(P<0.01);且HR-HPV感染率随着慢性宫颈炎、CINI、CINⅡ、CINⅢ及宫颈癌的病理组织学诊断升级而升高.宫颈癌及癌前病变中,在HPV阳性者共检出25种亚型:高危亚型15种,3种疑似高危型,低危亚型7种;其中低危亚型HPV6、61、83型未检出;居前5位的HR-HPV基因亚型别为HPV16(23.60％)、52(16.57％)、58(13.76％)、18(8.99％)、33(4.21％)型.结论 宫颈病变与HPV感染密切相关,以单一HPV感染和HR-HPV感染常见,HPV16、52、58、18和33型在深圳地区常见.HPV分型检测有利于宫颈病变的早期诊治,为判断宫颈病变程度以及宫颈癌防治提供参考依据,具有重要的临床应用价值.
关键词： 宫颈病变 人乳头瘤病毒(HPV) 基因型 -
内蒙古自治区结核分枝杆菌Spoligotyping分型及北京家族分析
目的 了解内蒙古自治区结核分枝杆菌临床分离株的基因型构成,及该地区北京家族菌株的分布特征.方法 从内蒙古自治区结核病防治研究所收集2011年全年临床分离的372株结核分枝杆菌菌株及其372例来源患者的背景资料,采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法和BioNumerics 5.0软件进行基因分型分析,将372株临床菌株Spoligotyping分型结果与SpolDB 4.0数据库进行比对.另外,采用NTF及LSP对北京家族菌株进行分析.来源患者中汉族和蒙古族分别为282例及84例,其他为回族4例,维吾尔族和满族各1例,例数过少,因此仅分析主要民族与北京家族的易感性.以SPSS 13.0软件进行统计学分析,x2检验分析不同民族与北京家族易感性.结果 372株临床菌株共分为48种基因型,其中24种基因型为新的型别.85.48％(318/372)为北京家族,同时存在T家族(仅次于北京家族的主要流行基因型)占4.84％ (18/372)、H家族(Haarlem)0.81％(3/372)、MANU家族(2004年先于印度Delhi发现)0.27％(1/372)和LAM家族(Latin American and Mediterranean,拉丁美洲和地中海家族)0.27％(1/372).汉族北京家族菌株占87.94％(248/282),非北京家族菌株占12.06％ (34/282),蒙古族北京家族菌株79.76％(67/84),非北京家族菌株20.24％ (17/84),差异无统计学意义(x2 =3.612,P=0.057).结论 内蒙古自治区结核分枝杆菌临床分离株基因具有多态性,且北京基因型为该地区主要流行株,而北京家族菌株与民族易感性间无关联.
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结核病患者N-乙酰基转移酶2基因型与异烟肼血药浓度关系的研究
目的 探讨结核病患者N-乙酰基转移酶2(NAT2)基因型与异烟肼(INH)血药浓度的关联性,为临床根据NAT2基因分型指导合理INH用药提供依据.方法 应用PCR结合限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对121例住院结核病患者NAT2基因型分布进行检测,同时应用液相色谱-串联质谱分析仪(LC/MS-MS)检测结核病患者服药2h后血浆INH浓度.所获数据采用单因素方差分析检测组间差异,进而采用Tamhane's T2法进行两两比较,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 121例结核病患者NAT2基因型中快速乙酰化型(RA,野生型)有55例,INH血药浓度为(1.86±1.28) μg/ml;慢乙酰化型(SA,纯合突变型)有17例,INH血药浓度为(5.86±2.10)μg/ml;中间乙酰化型(IA,杂合突变型)有49例,INH血药浓度(3.49±2.60)μg/ml.住院结核病患者整体INH血药浓度均值为(3.08±2.42)μg/ml.三型INH血药浓度比较,差异均具有显著统计学意义(RA与IA,P=0.001;RA与SA,P=0.002;IA与SA,P=0.000).结论 不同NAT2基因型人群对INH的代谢能力差异存在显著统计学意义,NAT2基因型分析对结核病患者INH用药具有重要指导意义.
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耐多药及广泛耐药MTB菌株对SQ109的耐药性及其与北京基因型的关系
目的 评价耐多药(MDR)及广泛耐药(XDR) MTB菌株对抗结核新药乙胺丁醇(EMB)类似物SQ109的耐药性,为SQ109的临床应用提供依据.方法 收集首都医科大学附属北京胸科医院2014年7月至2016年12月临床分离培养阳性的MTB菌株,共计223株,包括MDR菌株109株,XDR菌株114株.采用微孔板阿尔玛蓝显色法检测SQ109对菌株的低抑菌浓度(MIC),确定流行病学界值(ECOFF值);采用RD207基因作为北京基因型和非北京基因型的分离标准进行基因型鉴别,并比较不同基因型菌株耐药情况;根据临床药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果将菌株对EMB的耐药情况进行分类,并比较EMB耐药菌株和敏感菌株对SQ109耐药率的差异.结果 根据临床MTB菌株对于SQ109的MIC值频数分布情况,确定ECOFF值为1.000 mg/L.XDR菌株耐药率为4.4％(5/114),MDR菌株中无耐药菌株,两者耐药率差异无统计学意义(Fisher精确概率法,P＞0.05).109株MDR菌株中有8株非北京基因型,114株XDR中有10株非北京基因型.北京基因型菌株对SQ109耐药率为2.4％(5/205),非北京基因型菌株中未发现耐药菌株,两者耐药率差异无统计学意义(Fisher精确概率法,P＞0.05).223株菌株中共有138株EMB敏感菌株和85株EMB耐药菌株.EMB敏感菌株对SQ109耐药菌株数为1株,耐药率为0.7％(1/138);EMB耐药菌株对SQ109耐药菌株数为4株,耐药率为4.7％(4/85),两者耐药率差异无统计学意义(Fisher精确概率法,P＞0.05).结论 SQ109在体外药敏试验中表现出对MDR-MTB和XDR-MTB菌株具有良好的抑菌效果.北京基因型菌株与SQ109耐药性无相关性.菌株对EMB的耐药性与对SQ109的耐药性无相关性.
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耐多药结核分枝杆菌对环丝氨酸、对氨基水杨酸的耐药性及其与基因型关系分析
目的 评价耐多药结核分枝杆菌菌株对环丝氨酸(Cs)和对氨基水杨酸(PAS)两种二线抗结核药物的耐药性并分析耐药表型与基因型之间的关联,为我国耐多药结核病的治疗提供科学依据.方法 从2007年全国耐药基线调查点收集的菌株中选取196株耐多药结核分枝杆菌菌株,采用微孔板Alamar blue显色法分别测定对Cs和PAS的低抑菌浓度(MIC),并采用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)对其进行基因分型.北京基因型与非北京基因型对Cs和PAS耐药率比较采用卡方检验,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 196株耐多药结核分枝杆菌菌株中对Cs耐药为44株,耐药率为22.4％(44/196);对PAS耐药为34株,耐药率为17.3％(34/196).在耐Cs的耐多药结核分枝杆菌菌株中北京基因型为34株,耐药率为21.0％(34/162);34株非北京基因型菌株中耐Cs为10株,耐药率为29.4％(10/34);两者耐药率差异无统计学意义(x2=1.15,P＞0.05).在耐PAS的耐多药结核分枝杆菌菌株中北京基因型为26株,耐药率为16.0％(26/162);34株非北京基因型菌株中耐PAS为8株,耐药率为23.5％(8/34);两者耐药率差异无统计学意义(x2=1.10,P＞0.05).结论 我国耐多药结核分枝杆菌对二线抗结核药物Cs和PAS的耐药率处于较高水平.北京基因型家族是我国耐多药结核分枝杆菌中主要流行的菌株,北京基因型与非北京基因型的耐多药结核分枝杆菌菌株对Cs和PAS两种二线抗结核药物耐药率差异无统计学意义.
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结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行特征及其与耐药的关系——2007年全国结核病耐药基线调查资料分析
目的 探讨结核分枝杆菌北京基因型菌株的流行特征及其与耐药的关系.方法 2007年我国开展全国结核病耐药基线调查,调查覆盖除香港、澳门和台湾地区外的全国31省(自治区、直辖市),含70个调查点.本研究对来自基线调查的3861例涂阳结核病患者的分离菌株进行分析,采用比例法进行药物敏感性试验,以间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对结核病患者的分离株进行基因分型.采用Epi Info 3.5.1建立数据库,SAS9.1软件进行统计学分析,以卡方检验分析不同变量之间的关系,以P＜0.05为有统计学意义.结果 北京基因型菌株在我国广泛流行,占总分离菌株的63.97％(2470/3861).感染北京基因型菌株与年龄(＜30岁和≥60岁:OR=0.9604,95％CI=0.7995～1.1536;30～岁和≥60岁:OR=1.0620,95％CI=0.9071～1.2434,x2=0.3885,Ptrend=0.6977)、性别(OR=1.1526,95％CI=0.9973～1.3321,x2=3.7024,P=0.0543)无关;北京基因型菌株与抗结核药物INH(OR=0.9020,95％CI=0.766～1.0619,x2=1.5356,P=0.2153)、RFP(OR=1.0017,95％CI=0.8166～1.2288,x2=0.0003,P=0.9868)、Sm(OR=0.9406,95％CI=0.8139～1.08711,x2=0.6869,P=0.4072)、EMB(OR=0.9222,95％CI=0.7205～1.1804,x2=0.4140,P=0.5199)、Ofx (OR=0.9624,95％ CI=0.6923～1.3378,x2=0.0520,P=0.8196)和Km(OR=1.1666,95％CI=0.7624～1.7852,x2=0.5049,P=0.4774)任何耐药均无关联;与单耐INH(OR=0.9955,95％CI=0.7206～1.3753,x2=0.0007,P=0.9783)、RFP(OR=0.9615,95％ CI=0.4880～1.8944,x2=0.0129,P=0.9096)、EMB(OR=0.5533,95％CI=0.2023～1.5136,x2=1.3675,P=0.2422)、Ofx (OR=0.8445,95％CI=0.3965～1.7984,x2=0.1926,P=0.6608)、Km(OR=1.7779,95％CI=0.4440～7.1203,x2=0.6791,P=0.4099)也均无关联;与耐多药(MDR) (OR=0.9884,95％CI=0.7594～1.2284,x2=0.0110,P=0.9166)和广泛耐药(XDR)(OR=1.1502,95％CI=0.5372～2.4626,x2=0.1300,P=0.7185)均无显著性关联.结论 我国是北京基因型菌株的高流行区,感染北京基因型菌株与年龄、性别无关,北京基因型菌株与耐药无关.
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福建省耐多药结核分枝杆菌对吡嗪酰胺的耐药水平与基因型特征分析
目的 了解福建省耐多药结核分枝杆菌(MDR-MTB)对吡嗪酰胺(PZA)的耐药水平及基因型分布情况,分析PZA耐药水平及基因型之间的关系.方法 收集2007-2008年和2010-2011年福建省耐药监测点共119株MDR-MTB临床分离株,采用WHO推荐的方法进行耐药性检测,应用间隔区寡核苷酸分型技术(Spoligoty-ping)进行基因分型,对分型结果上传至SpolDB4.0数据库,并进行聚类分析.结果 119株MDR-MTB菌株对PZA的耐药率为36.97％(44/119).耐PZA菌株对链霉素(Sm)的耐药率为70.45％(31/44),高于PZA敏感菌株对Sm的耐药率[50.67％(38/75)],差异有统计学意义(x2=4.45,P=0.035);耐PZA菌株对乙胺丁醇(EMB)的耐药率为81.82％(36/44),高于PZA敏感菌株对EMB的耐药率[52.00％(39/75)],差异有统计学意义(x2=1.58,P=0.001).北京基因型菌株占67.23％(80/119);非北京基因型菌株占32.77％(39/119),共有16个基因型(含8个新发现的基因型),其中常见的是H家族(含H和H3)和T家族(含T1、T2、T3和T5).北京基因型菌株对PZA的耐药率(38.750,31/80)与非北京基因型菌株对PZA的耐药率(33.33％,13/39)间差异无统计学意义(x2=0.33,P=0.566).结论 福建省耐多药结核病患者临床分离株对PZA耐药的问题应引起重视,对PZA耐药与对Sm和EMB耐药有关;MDR-MTB菌株主要为北京基因型,北京基因型与非北京基因型菌株对PZA的耐药率未见差异.
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安徽省391株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究
目的 初步探讨安徽省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的分型及分布特征.方法 选取安徽省结核分枝杆菌391株临床分离菌株,常规培养、收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用BioNumerics 5.0软件.结果 经基因聚类分析,可分4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),分别为Ⅰ群占3.32％(13/391),Ⅱ群占3.07％(12/391),Ⅲ群所占89.00％ (348/391),Ⅳ群占4.60％(18/391)；共含183个基因型,其中149株为独特类型,余242株分为34簇,其中大的一簇包含64株(基因型为424343357333544)；研究显示明显的基因多态性,Mtub21和MIRU26位点显示较高多态性(h),分别为0.591和0.527; ETR-B、ETR-C、ETR-D和MIRU23显示较低多态性,h分别为0.125、0.08、0.124和0.137;基因群分布与药敏间的差异无统计学意义(x2值分别为0.22、0.00、0.01、0.07,P值均＞0.05).结论 初步证实安徽省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅲ型菌株为主,应加强对此型菌株流行的监控.
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重庆地区耐多药结核分枝杆菌对氟喹诺酮类药物耐药的相关基因特征分析
目的 分析重庆地区耐多药结核分枝杆菌对氟喹诺酮类(FQs)药物耐药的相关基因特征,以及与结核分枝杆菌基因型的相关性.方法 收集2015年1月至2017年6月重庆市39个区(县)967例耐多药结核病(MDR-TB)可疑患者的所有耐多药(MDR)结核分枝杆菌临床分离株229株,通过微孔板Alamar blue显色法检测4种FQs药物[氧氟沙星(Ofx)、左氧氟沙星(Lfx)、莫西沙星(Mfx)、加替沙星(Gfx)]的耐药性,用PCR测序方法对FQs药物耐药相关基因gyrA、gyrB进行分析,并采用实时荧光定量熔解曲线方法进行北京基因型鉴定.结果 在229株MDR菌株中,94株(41.0％,94/229)对任一FQs药物耐药.其中,Ofx耐药率高(41.0％,94/229);Lfx、Mfx耐药率居中,分别为31.4％(72/229)、30.6％(70/229);Gfx耐药率低(20.1％,46/229).94株对FQs耐药菌株中,81株(86.2％,81/94)发生gyrA基因突变,第94位密码子突变常见(60.6％,57/94);10株(10.6％,10/94)发生gyrB基因突变.7株gyrA基因双位点突变均显示为高水平耐药;9株gyrA与gyrB联合突变中,2株为高水平耐药.重庆地区对FQs耐药菌株中北京基因型80株(85.1％,80/94),其中,现代北京基因型占60.0％(48/80).结论 重庆地区MDR结核分枝杆菌对FQs耐药的菌株以现代北京基因型为主,其耐药相关基因突变主要发生于gyrA基因.
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荧光探针熔解曲线法检测结核患者N-乙酰基转移酶2基因型分布的应用评价
目的 评价荧光探针熔解曲线法检测结核病患者芳基胺N-乙酰基转移酶2(arylamine N-acetyl-transferases 2,NAT2)基因多态性的性能.方法 选取于2015-2016年到福州肺科医院和北京胸科医院确诊的初治结核病患者作为研究对象,分别为371例和355例.收集研究对象外周血标本.应用荧光探针熔解曲线法[分析NA T2基因rs1801280(341T→G)、rs1799929(481C→T)、rs1799930 (590G→ A)和rs1799931(857G→A)等4个单核苷酸多态性(SNP)]和DNA测序分析法[分析NAT2基因的rs1801279 (191G→A)、rs1041983 (282C→T)、rs1801280(341T→C)、rs1799929 (481C→T)、rs1799930 (590G→A)、rs1208 (803A→G)和1799931 (857G→A)的7个SNP位点]对研究对象进行NAT2基因型分析,并根据NAT2基因型进行NAT2代谢类型的推断分析.结果 荧光探针熔解曲线法分析4个SNP位点与DNA测序分析法分析7个SNP位点推断NAT2代谢类型的结果完全一致.荧光探针熔解曲线法从DNA制备、PCR扩增和熔解曲线分析的整个检测过程需要2.5h.共检测到NAT2*4/*4、NAT2*5/*4、NAT2*6/*4、NAT2 *7/*4、NAT2*5/* 11、NAT2*6/* 11、NAT2*7/* 11、NAT2*5/*6、NAT2*6/*7、NAT2*5/*5、NAT2*6/*6、NAT2*7/*7、NAT2*5/*7等13种NA T2基因型.福州肺科医院的结核病患者NAT2基因快乙酰化、中间乙酰化和慢乙酰化类型分别占37.20％(138/371)、42.32％(157/371)和20.49％(76/371);北京胸科医院的结核病患者中,快乙酰化、中间乙酰化和慢乙酰化类型分别占27.89％(99/355)、54.65％(194/355)、17.46％(62/355);两组人群的乙酰化类型分布差异有统计学意义(x2 =11.37,P=0.003).所有的快乙酰化代谢人群均携带NAT2*4/*4基因型[100.00％ (237/237)],而慢乙酰化代谢人群主要携带NAT2*6和NAT2*7的单倍型[90.22％ (249/276)].结论 荧光探针熔解曲线法分析4个SNP位点检测NA T2基因型具有结果判读简便、准确、快速的优点,适用于中国地区人群的NA T2基因型的检测.
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北疆地区结核分枝杆菌基因分型及耐药性分析
目的 对北疆地区结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型和耐药性检测,研究不同基因型在该地区的流行及耐药性.方法 收集北疆地区114株结核分枝杆菌临床分离株,采用间隔区寡核苷酸和多位点可变串联重复序列(VNTR)技术进行基因分型,应用NTsys 2.10e软件对结果进行聚类分析,比例法检测临床分离株的耐药性.结果 114株临床分离株,间隔区寡核苷酸分型结果和RD105缺失检测法结果共同显示北京基因型占62.28％(71/114)、非北京基因型占37.72％(43/114).分2大簇(A和B):A簇有34株,北京基因型占11.77％(4/34),非北京基因型占88.23％(30/34);B簇有80株,北京基因型占83.75％(67/80),非北京基因型占16.25％(13/80).耐药显示:总耐药率为40.35％(46/114),耐多药(MDR)率为19.30％(22/114);北京基因型耐药率为42.25％(30/71),非北京基因型的耐药率为37.21％(16/43),差异无统计学意义(x2=0.28,P=0.60).其中,北京基因型MDR耐药菌株占22.54％(16/71)结论 北疆地区北京基因型和非北京基因型的耐药率没有差异,但MDR菌株流行主要是由北京基因型引起的.
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结核分枝杆菌北京基因型菌株大片段的多态性研究
目的 揭示结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)北京基因型菌株的进化路径,在进化过程中产生的各个进化分支,以及每个分支的北京基因型菌株在人群中的流行情况.方法 收集2014年1月至2016年4月天津地区临床分离的567株MTB菌株,首先采用多重PCR试验分析菌株基因组中差异片段207(RD207)的缺失情况,以鉴定收集的菌株是否为北京基因型;然后分析所有的北京基因型MTB菌株基因组中差异区域RD105、RD181、RD150和RD142的缺失情况,以及菌株基因组NTF(noise transfer function)区中插入序列6110(IS6110)的存在情况.结果 567株临床分离的MTB菌株中,517株(91.2％)为北京基因型菌株.所有北京基因型菌株中,447株(86.5％)为NTF区含有IS6110的北京基因型现代株;70株(13.5％)为NTF区不含IS6110的北京基因型古代株.基于大片段的多态性分析,北京基因型菌株被分为5个亚型,其中RD181(+)的北京基因型菌株为22株(4.3％),且全部为北京基因型古代株.RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的北京基因型古代株分别为41株(7.9％)和7株(1.4％).447株现代菌株中,RD181(-)/RD150(+)和RD181(-)/RD150(-)的分别为404株(78.1％)和43株(8.3％).结论 MTB北京基因型中的现代株是天津地区的主要流行株;北京基因型MTB在人群传播流行中已经进化出5个分支,其中RD181(-)/RD150(+)的北京基因型现代株为主要的流行分支.
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结核性脑膜炎临床分离株的耐药性和基因型相关性分析
目的 了解结核性脑膜炎(tuberculous meningitis,TBM)的致病菌在耐药性和基因型方面的相关性.方法 从500例疑似TBM患者脑脊液标本中经MGIT(Mycobacteria growth indicator tube)960培养仪分离培养出25株结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb),对这25株Mtb分别进行间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)法基因分型、14种抗结核药物的药物敏感性试验、10个耐药基因测序.结果 20株为北京基因型,占80.0％(20/25);耐多药结核性脑膜炎(MDR TBM)有3株(3/25),都属于北京基因型;测序结果显示inhA、embB、gyrB、eis 基因未发生突变,katG、rpoB、gyrA、rrs-KAN、rpsL、gidB基因发生突变.结论 北京基因型在耐药TBM中所占比例高,尤其是MDR-TBM.耐药TBM临床分离株与相关耐药基因突变有关系.
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我国结核分枝杆菌gyrA不同突变类型对氟喹诺酮类药物耐药水平的相关性研究
目的 研究gyrA基因在我国耐氟喹诺酮类药物结核分枝杆菌菌株中的突变特征,以及不同突变类型与氟喹诺酮类药物低抑菌浓度(MIC)的关系.方法 2007年我国开展结核病耐药基线调查,调查选取了70个调查点,共分离结核分枝杆菌4017株,其中145株为对氧氟沙星耐药的结核分枝杆菌菌株,有7株菌株在传代中发生污染或传代失败,本研究共纳入138株对氧氟沙星耐药的结核分枝杆菌菌株.对上述菌株的氟喹诺酮类药物耐药相关基因(gyrA)进行测序,分析耐药相关基因突变的特征;用微孔板稀释法检测这些菌株对氧氟沙星、左氧氟沙星和莫西沙星的MIC,统计不同突变类型菌株对氟喹诺酮类药物耐药率的差别.采用SPSS 11.0统计软件进行统计学处理,同种突变类型对不同氟喹诺酮类药物耐药率的比较采用Fisher确切概率法进行检验,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 在138株氧氟沙星耐药菌株中,总计有90株(65.2％)检测到氟喹诺酮类药物耐药相关基因gyrA发生突变,其中常见的突变发生在第94位点(34.8％,48/138).gyrA基因第88、89和91这3个位点的突变菌株(分别为2株、3株和5株),除莫西沙星有2株在91位点表现为高水平耐药,其余均表现为对3种氟喹诺酮类药物低水平耐药;第94位点突变类型较多,导致不同的耐药水平,第94位点天冬氨酸突变为天冬酰胺时氧氟沙星、左氧氟沙星和莫西沙星的高水平耐药比例分别为80.0％(8/10)、30.0％(3/10)和100.0％(10/10);此外,1株第94位点天冬氨酸突变为半胱氨酸的菌株同时表现为对3种氟喹诺酮类药物的高水平耐药;而第94位点突变为丙氨酸时与低水平氟喹诺酮类药物耐药有关,其对氧氟沙星、左氧氟沙星和莫西沙星低水平耐药率分别为91.7％(11/12)、100.0％(12/12)和58.3％(7/12).结论 gyrA基因突变是我国人群对氟喹诺酮类药物耐药菌株主要的耐药机制,不同gyrA突变类型导致对氟喹诺酮类药物不同的耐药水平.
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结核分枝杆菌北京基因型亚型的流行及与耐药性的关系研究
目的 通过分析Mtb北京基因型基因组NTF(noise transfer function)区插入序列IS6110,揭示北京基因型在进化过程中所形成的古代株和现代株2个亚型在天津市的流行情况及其与耐药表型的关系.方法 收集2012-2014年天津市临床分离的816株Mtb菌株.采用PCR试验分析菌株基因组中差异区域(Region of difference,RD) RD207和RD105片段是否有缺失,以鉴定是否为北京基因型.通过检测北京基因型菌株基因组NTF区中IS6110插入序列的数目,了解北京基因型菌株中古代株和现代株所占的比例,并进一步分析这两种亚型与菌株耐药表型间的关系.计数资料采用卡方检验进行分析,以P＜0.05为差异有统计学意义.结果 在所分析的816株临床分离的Mtb菌株中,764 (93.63％)株为北京基因型菌株.764株北京基因型菌株中,110株(14.40％)为古代株,654株(85.60％)为现代株.现代株中仅有1株为北京基因型W株.在古代株和现代株中,耐异烟肼菌株分别占26.36％(29/110)和10.70％(70/654)(x2=20.47,P＜0.01);耐利福平菌株分别占14.55％(16/110)和6.57％(43/654)(x2=8.40,P＜0.01);耐乙胺丁醇菌株分别占8.18％(9/110)和3.21％(21/654),(x2=6.17,P＜0.05).此外,MDR-TB患者中古代株和现代株分别占13.64％(15/110)和4.74％(31/654)(x2=13.17,P＜0.01).结论 Mtb北京基因型中的现代株是天津市的主要流行株,但古代株与耐药结核病的关系更为密切,提示在天津市,对抗结核药物产生耐药并不是导致北京基因型广泛流行的主要因素.
