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安徽省391株结核分枝杆菌临床分离株MLVA基因分型研究
目的 初步探讨安徽省结核分枝杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)的分型及分布特征.方法 选取安徽省结核分枝杆菌391株临床分离菌株,常规培养、收集菌体,提取基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用BioNumerics 5.0软件.结果 经基因聚类分析,可分4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),分别为Ⅰ群占3.32％(13/391),Ⅱ群占3.07％(12/391),Ⅲ群所占89.00％ (348/391),Ⅳ群占4.60％(18/391)；共含183个基因型,其中149株为独特类型,余242株分为34簇,其中大的一簇包含64株(基因型为424343357333544)；研究显示明显的基因多态性,Mtub21和MIRU26位点显示较高多态性(h),分别为0.591和0.527; ETR-B、ETR-C、ETR-D和MIRU23显示较低多态性,h分别为0.125、0.08、0.124和0.137;基因群分布与药敏间的差异无统计学意义(x2值分别为0.22、0.00、0.01、0.07,P值均＞0.05).结论 初步证实安徽省结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,以Ⅲ型菌株为主,应加强对此型菌株流行的监控.
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结核性脑膜炎临床分离株基因型和耐药表型的特征分析
目的 了解导致结核性脑膜炎(TBM)的致病菌在基因型和耐药表型方面的特征.方法 利用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列(VNTR)分型法对25株TBM临床分离菌株进行基因分型；采用MGIT(mycobacteria growth indicator tube)960液体和比例法固体药敏试验分别对所选15种药物:异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)、链霉素(S)、卡那霉素(Km)、阿米卡星(Am)、卷曲霉素(Cm)、莫西沙星(Mfx)、氧氟沙星(Ofx)、左氧氟沙星(Lfx)、对氨基水杨酸(PAS)、乙硫异烟胺(Eto)、丙硫异烟胺(Pto)、环丝氨酸(Cs)进行药敏实验.结果 Spoligotyping分型法确定了在25株TBM临床分离株中有20株为北京基因型,占80.0％(20/25),2株为T1基因型,另外3株分别为T2型、LAM6型及未知型；VNTR有2株成一簇,基因型一样；25株TBM分离株中耐多药结核性脑膜炎(MDR-TBM)占12.0％(3/25),广泛耐药结核性脑膜炎(XDR-TBM)占4.0％(1/25),耐氟喹诺酮类的菌株占8.0％(2/25),都属于北京基因型；任意耐药的菌株占48.0％(12/25),其中83.3％ (10/12)为北京基因型；全敏感者占52.0％ (13/25),其中76.9％ (10/13)为北京基因型.结论 北京基因型在耐药TBM中所占比例很高,尤其是MDR-TBM,较其他基因型更易引起脑脊液生化的改变；耐氟喹诺酮类的菌株所占比例少,提示临床上氟喹诺酮类药物对治疗TBM会有很好的疗效.
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血小板膜糖蛋白Ⅰbα基因可变数目串联重复序列多态性分布及其与脑梗死的关系
目的 研究血小板GPⅠbα基因可变数目串联重复序列(VNTR)多态性在哈尔滨地区汉族人群中的分布状况及其与脑梗死的相关性.方法 采用PCR技术对正常对照组200名和脑梗死患者组200例进行检测,所得结果进行统计学处理.将脑梗死组进一步分为腔隙性脑梗死组(77例)和动脉粥样硬化血栓性脑梗死组(123例),分析GP Ⅰbα基因VNTR多态性与脑梗死的相关性.结果 血小板GPⅠbα基因VNTR多态性存在3种等位基因B、C、D,未见A等位基因.发现5种基因型BC、BD、CC、CD、DD,未见BB纯合子.脑梗死组及脑梗死各分组与正常对照组间GPⅠbα基因VNTR多态性基因型分布频率差异无统计学意义(P值分别为0.412和0.572).结论 哈尔滨地区汉族人群血小板GPⅠbα基因VNTR多态性等位基因以C、D为主,基因型CC、CD、DD多见.GPⅠbα基因VNTR多态性与脑梗死可能无相关性.
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多位点数目可变串联重复序列分析在北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用
目的 评价多位点MLVA的15位点组合在北京基因型结核分枝杆菌(MTB)基因分型研究中的应用价值.方法 采用MLVA(15位点)对来源于北京胸科医院的72株北京基因型MTB菌株进行基因分型,并将结果与金标准IS6110-RFLP的分型结果进行比较.结果 MLVA(15位点)分型后共得到59个类型,其中53个为独特类型,其总体分辨力为0.990,多态性较好的位点有Qub-11b、Mtub 21和QUB-26;IS6110-RFLP分型后共得到69个类型,其中66个为独特类型,分辨力高达0.999,并可对MLVA(15位点)中成簇的菌株进一步区分.结论 MLVA(15位点)在北京基因型菌株中具有较好的分辨能力,但成簇菌株仍需采用金标准IS6110-RFLP进一步细分.
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内皮型一氧化氮合酶基因第4内含子VNTR多态性与妊高征的相关性研究
目的探讨内皮型一氧化氮合酶(endothelial nitric-oxide synthase,eNOS)基因第4内含子27bp可变数目的短片段重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)的多态性现象与妊高征的相关性.方法应用PCR检测妊高征患者和健康孕妇的eNOS基因第4内含子多态性,并采用硝酸还原酶法检测孕妇血浆NO3-/NO2-浓度水平,根据基因型和基因频率分组进行比较.结果eNOS基因VNTR 4a等位基因频率在妊高征组明显高于对照组(16.00%和7.50%,X2=4.63,P＜0.05,比值比(OR)=2.35,95%可信度区间(CI):4.74～23.22);4a/4b+4a/4a基因型频率在妊高征组和对照组分别为28.00%和13.75%(χ2=5.08,P＜0.05,OR=2.69,95%CI:6.12～35.44),差异有显著性;各组中的4a/4b+4a/4a基因型患者血浆中NO3-/NO2-浓度分别明显低于各4b/4b基因型患者(P＜0.05).结论eNOS基因第4内含子VNTR与妊高征发生密切相关,并可能通过影响NO的产生在其发病机制中起到作用.
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胃癌与癌前病变复制差错的研究及BAT-26的作用
目的:探讨胃癌及癌前病变组织中微卫星不稳定性及复制差,在胃癌发生发展中的作用,及BAT-26在评价组织复制差错情况中的作用.方法:对包括BA-26在内的5个微卫星位点,采用PCR扩增、硝酸银染色法检测微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI)情况.结果:正常组、癌前病变组和胃癌组中MSI的发生率分别为0、26.1%(12/46)和51.2%(21/41);胃癌组明显高于正常组及癌前病变组,P＜0.05.肠型胃癌复制差错阳性(replication error,RER+)的发生率(40%)高于弥漫型胃癌(7.7%),P＜0.05.癌前病变组伴发胃癌的标本(癌旁组织)中MSI及RER+的发生率(81.8%,25%)均高于不伴癌性标本(0.04%,0.04%),P＜0.05.所有的MS¨H(RER+)组织均具有BAT-26的变异,MSI-L及微卫星稳定(microsatellite sability,MSS)则无发生变化.结论:微卫星不稳定性在胃癌的发生发展中具有一定作用;检测BAT-26变异可确定组织中复制差错情况;检测组织中RER情况可能成为预测肿瘤发生及生物学预后的重要内容.
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内皮型一氧化氮合酶基因内含子的数目可变串联重复多态性与糖尿病视网膜病变的相关性研究
目的 探讨内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因内含子的数目可变串连重复多态性(VNTR) 4a/b与糖尿病视网膜病变(DR)的相关性.方法 横断面研究.收集北京市德外社区2型糖尿病患者278例,其中DR组130例,无视网膜病变(DWR)组148例;DR组中增殖性DR(PDR)34例,非增殖性DR(NPDR)96例;收集同一地区非糖尿病志愿者223例作为同源非糖尿病对照人群.采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术检测eNOS基因的VNTR 4a/b基因型.采用R统计软件进行数据分析.采用卡方检验验证基因型分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律.组间年龄比较采用Studentt检验,性别比例、基因型和等位基因出现频率比较采用卡方检验或Fisher精确概率检验,比值比和95％可信区间根据Woolf等式计算.结果 eNOS基因VNTR 4a/b多态性的低频率等位基因a在DR组和DWR组频率分别为10.8％和11.5％,两组相比差异无统计学意义(x2=0.07,P=0.789).4a/b基因型分布DR组(bb 78.5％,ab 21.5％,aa 0.0％)与DWR组(bb 77.7％,ab 21.6％,aa 0.7％)相比差异亦无统计学意义(x2=0.88,P=0.643).该多态性的等位基因及基因型频率在糖尿病组与非糖尿病组之间的差异存在统计学意义(x2=8.75,10.39;P=0.003,0.006),但是在进行年龄、空腹血糖、胆固醇、血脂等因素校正后无意义(x2=0.97,1.25;P=3.224,0.812).在多因素回归分析模型中,纳入患者入组年龄、尿微量白蛋白定量、胰岛素使用、肌酐、糖化血红蛋白及血糖等变量后,VNTR 4a/b多态性与DR发病仍无相关性(OR=0.37,95％可信区间:0.15～0.95).结论 eNOS基因内含子重复序列4a/b多态性与2型糖尿病人群DR的发病无明显相关性.
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天津地区汉族人血小板膜糖蛋白Ⅰbα基因VNTR多态性的分析
目的:探讨血小板膜糖蛋白Ⅰbα基因VNTR多态性在天津地区汉族人群中的分布.方法:聚合酶链反应扩增目的片断,根据产物的长度判断VNTR基因型.结果:天津地区汉族人群等位基因A、B、C、D的频率分别为0.43%,3.33%,60.14%和36.10%.结论:天津地区汉族人群GPⅠbα基因VNTR多态性分布以等位基因C和D为主.
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广东汉族群体Y染色体DYF155S1基因座3′端多态性研究
[目的]揭示广东汉族人群 Y染色体小卫星 DYF155S1基因座 3′端多态性.[方法]采用 Amp- FLP和荧光 MVR- PCR方法扩增, PCR产物用 ABI377电泳或中性聚丙烯酰胺凝胶电泳-银染方法分析.[结果] 155例无关男性个体的 4型核心序列 MVR图谱第 1条 DNA片段大小均为 133 bp.155例共检出有 24种等位基因,有 7个等位基因仅出现 1次,频率高的为 9号等位基因, DNA条带数为连续的 13个,频率为 0.135 5;基因多样性( h)为 0.922 6.155人中有 3人表现为连续 DNA谱带中有 1个 DNA条带的缺失 ( null repeat),序列分析证明缺失的 DNA条带位置对应于 3型核心序列.[结论]揭示了 DYF155S1位点 3′端多态性及其等位基因频率,为群体遗传学研究及法医学应用提供了基础资料.
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中国汉族人群DYF155S1位点等位基因结构研究
[目的] 为建立一种简便、实用的DYF155S1位点多态性分析技术提供依据.[方法] 采用扩增片段长度多态性(Amp-FLP)方法,调查中国汉族人群155个无关男性个体DYF155S1位点长度的变异情况.PCR扩增产物用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,银染显示条带.用循环测序法对该位点的10个等位基因进行正向和反向序列分析.[结果] 以基因组DNA为模板,用一对引物可同时扩增出DYF155S1和DYF155S2 2个位点的等位基因.DYF155S1位点表现出有长度多态性,这些等位基因约1 500～2 500 bp.DYF155S2位点表现出有或缺失的二态现象,缺失率约为7.1%.发现有4种变异的核心序列,其中3种与文献报道一致,被命名为1型、3型和4型,另一种为新发现的变异核心序列,暂命名为7型.10 个等位基因具有相同的模块结构,在5′端表现为3型-1型-3型排列,在3′端则表现为4型-3型排列.[结论] 中国汉族人群DYF155S1位点5′端序列较3′端的多态性高.
关键词： 中国汉族人 MSY1(DYF155S1) 序列分析 小卫星重复
