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广东省肺结核临床分离菌株DNA指纹分析
目的构建结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱,从分子水平探讨广东省结核分支杆菌的特征.方法参照Van Embden推荐的结核分支杆菌 DNA指纹标准方法,构建标准菌株Mt14323和广东省的74株临床分离株的以RFLP为基础的结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱;经互联网与世界结核菌DNA指纹库进行相似性比较;应用Gel compar 4.1(Applied Maths,Kortrijk,Belgium)软件对上述菌株的指纹图谱进行聚类分析.结果 Mt14323标准菌株和74例临床分离菌株IS6110DNA指纹图谱结果与国外同类报道一致;其中24.3%(18/74)的结核菌株的IS6110 DNA指纹相似值在1～0.65之间,鉴定结果为它们均是北京家族结核分支杆菌;IS61100 1个拷贝和2个拷贝菌株较多(21/74).结论目前"北京家族"结核分支杆菌菌株一定程度上在广东地区流行.
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2008-2009年美国食源性鼠伤寒沙门菌病暴发情况简介
2008年9月1日至2009年2月17日,美国发生了由鼠伤寒沙门菌(Salmonella typhimurium)导致的食源性疾病暴发,44个州报告了642名实验室确诊病例,9人死亡.流行病学及实验室检测结果表明,致病食品为美国食品企业生产的污染了鼠伤寒沙门菌的花生酱.
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聚合酶链反应扩增指纹多态性快速分型技术在部队结核病分子流行病学研究中的应用
目的探讨南方部队结核病的分子流行病学规律.方法设计一对特异性IS6110外向性引物,应用聚合酶链反应(PCR)建立检测结核分支杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分支杆菌DNA多态性与流行病学的关系.结果共检测分析了154株结核分支杆菌DNA的指纹多态性.根据这些菌株的指纹多态性特征共分为8个类型,以Ⅰ型(36.4%)、Ⅱ型(31.8%)和Ⅲ型 (21.4%)为主,其余各型均少于4%.以20～29岁和30～39岁组在这三型中所占比例大,分别为31.8%和27.9%.驻城镇部队与驻乡村部队以及结核病患者有无卡介苗接种史,在这三型的分布差异无显著统计学意义(P＞0.05).但初治与复治患者分离菌株的PCR扩增指纹类型的分布差异有显著统计学意义(P＜0.05).所检测菌株是否具有耐药性,在这三型中的分布差异也有显著统计学意义(P＜0.05).菌株耐药主要为单耐异烟肼和利福平,耐药菌株在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中所占比例分别是44.4%、29.6%和14.8%.结论 PCR扩增指纹多态性分型技术是一种简便、快速、敏感、特异和重复性好的分型方法,可用于结核病的分子流行病学研究.南方部队结核分支杆菌的传播以Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型为主,应加强此三型菌株流行的监控.
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北京、广东、宁夏三地结核分支杆菌DNA指纹的应用研究
目的分析"北京家族"结核分支杆菌,从分子流行病学角度探讨北京、广东及宁夏三地结核分支杆菌的分布特征.方法采用Gel compare 4.1软件对来自三地的206株结核分支杆菌的插入序列IS6110 DNA指纹图谱进行数字化,经互联网与世界结核分支杆菌DNA指纹库进行相似性比较;同时应用该软件对上述菌株行聚类分析;构建标准的结核分支杆菌Spoligotyping(间隔区寡核苷酸分型法)DNA指纹方法;用χ2检验比较不同组别肺结核病人临床分离菌株成簇率的差别,同时计算相对危险度(OR).结果 206株结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱与DNA指纹图谱库相比较,未发现相同者.56.8%(117/206)的结核分支杆菌IS6110 DNA指纹相似值在1.00～0.65之间,且它们的Spoligotyping指纹图谱均与"北京家族"结核分支杆菌相一致;分组统计显示:男性组与女性组、年龄≥42岁组与＜42岁组成簇率之间差异有显著性(P＜0.05),OR值为男性4.43,95%CI:0.94～28.76;＜42岁为5.06,95%CI:1.00～34.34.其他各组之间差异无显著统计学意义(P＞0.05).结论 "北京家族"结核分支杆菌在三地呈较高水平的流行;结核分支杆菌在男性和＜42岁人群中的传播频率较女性和≥42岁人群为高,且男性和＜42岁可能是三地结核病近期传播的危险因素.利用结核分支杆菌的DNA指纹图谱和互联网技术,可以实现结核分支杆菌传染源全球范围的追踪.
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建立胃癌高发区胃癌血清蛋白指纹图谱诊断模型的探讨
目的 应用表面加强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术分析胃癌血清蛋白质指纹图谱,筛选胃癌特异性血清蛋白组合,建立胃癌诊断模型.方法 利用强阴离子交换芯片(Q10)分别对山东省临朐县胃癌高发区36例胃癌患者和46例浅表性胃炎患者的血清蛋白指纹图谱进行检测,采用ZUCIPDAS蛋白芯片数据分析系统,建立高发区胃癌血清蛋白指纹图谱诊断模型,并利用盲筛法验证模型的正确性.结果 通过对26例胃癌患者及37例浅表性胃炎患者血清蛋白指纹图谱进行检测,筛选出差异具有统计学意义的6个蛋白质峰,质荷比分别为8587、6945、8243、3899、7035和9943,并建立胃癌蛋白指纹图谱诊断模型,该模型诊断胃癌的灵敏度达88.5%,特异度达97.3%.在完成建模后,选择19例患者血清进行盲筛,其中胃癌患者10例,浅表性胃炎患者9例.通过盲筛验证,该模型诊断胃癌的灵敏度为80.0%,特异度为88.9%.结论 初步建立了胃癌高发区胃癌血清蛋白指纹图谱诊断模型,该模型诊断胃癌的灵敏度和特异度均达到80%以上,该方法为胃癌的诊断提供了新的思路.
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柑橘属药材乙酸乙酯提取物抑制黄嘌呤氧化酶作用的谱效关系研究
目的 阐明不同柑橘属药材乙酸乙酯提取物指纹图谱特征峰对黄嘌呤氧化酶抑制作用的贡献程度.方法 建立枳实、青皮、陈皮、橘红和香橼乙酸乙酯提取物指纹图谱,HPLC法测定黄嘌呤氧化酶-黄嘌呤反应体系尿酸生成量,评价各提取物对黄嘌呤氧化酶活性的影响,采用灰关联度分析法研究谱效关系,对照品比对法鉴定主要色谱峰.结果 谱效关系分析表明,各药材提取物的黄嘌呤氧化酶抑制活性是多成分共同作用的结果,各色谱峰所代表的化学成分对抑制黄嘌呤氧化酶活性的贡献大小顺序为圣草次苷＞柚皮苷＞柚皮素＞橙皮苷＞桔皮素＞川陈皮素＞新橙皮苷＞橙皮素.结论 不同柑橘属药材乙酸乙酯提取物指纹图谱特征峰与黄嘌呤氧化酶抑制作用有一定的对应关系.
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金精固体饮料的HPLC指纹图谱研究
目的：建立金精固体饮料的HPLC指纹图谱，为有效评价其质量提供参考。方法采用HPLC法对10批金精固体饮料样品进行测定，以Kromasil C18(4.6 mm×250 mm，5μm)为色谱柱，流动相为乙腈-0.1%磷酸溶液，梯度洗脱，检测波长327 nm，流速1.0 ml/min，柱温35℃。采用中药色谱指纹图谱相似度评价软件对结果进行评价。结果建立了金精固体饮料的 HPLC 指纹图谱，并标定了包括绿原酸在内的12个共有峰，10批样品的相似度均＞0.9。结论该法操作简便可靠，所建立的指纹图谱重现性良好，可作为控制和评价金精固体饮料质量的方法。
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十精丸血清药物化学研究
目的 利用中药血清药物化学的方法研究十精丸的入血成分.方法 建立口服十精丸后大鼠血清的HPLC指纹图谱,比较十精丸、缺味方、单味药及给药后的血清样品,确定口服十精丸后大鼠血中移行成分及来源生药.结果 十精丸给药后血中出现14个移行成分,4个为血中固有成分,7个为十精丸中原型成分,3个为代谢产物.结论 阐明了十精丸的部分入血移行成分,为进一步研究十精丸的药效物质基础提供参考.
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依赖利福平结核分枝杆菌的分子生物学研究
目的从分子生物学的角度研究依赖利福平结核分枝杆菌(依R菌).方法采用DNA自动测序仪,对菌株rpoB基因片段(319 bp)的序列进行分析;采用随机扩增DNA聚丙酰胺凝胶电泳(RAPD-PAG)指纹分型法,对菌株的DNA指纹进行分型;采用SDS聚丙酰胺凝胶蛋白电泳法,对菌株的菌体蛋白进行分析.结果 30株依R菌rpoB基因的突变率为 96.7%(29/30),37株耐利福平结核分枝杆菌(耐R菌)为 81.1%(30/37)( P<0.01),依R菌和耐R菌的突变高发位点均为531位 (37/59,63.2%;)密码子、突变,其次为516位(13/59,22.8%)和526位(7/59,12.3%);依R菌和耐R菌两组菌株的DNA指纹结果可分为5种类型,其中以Ⅱ型(31/67,46.2%)、Ⅰ型(20/67,29.9%)和Ⅲ型 (13/67,19.4%)为主;3种主要类型的指纹在两组菌株中的分布无明显特殊性;依R菌在含R管和对照管中的菌体蛋白电泳图谱有76.7%(23/30)的不同,其在含R管中菌体蛋白表达丰富,且在分子量 31 000～43 000间有一宽带;37株耐R菌其两管的菌体蛋白电泳图谱各自均相同.结论依R菌和耐R菌的基因型密切相关;依R菌的蛋白表达可依赖于R.
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结核分枝杆菌DNA指纹技术及其应用研究
目的 从分子流行病学角度探讨北京及其他地区结核分枝杆菌(结核菌)的分布特征。方法 构建以IS6110为基础的结核菌DNA指纹图谱，应用MINTS软件进行处理，并用χ2检验比较不同组别结核病人临床分离菌株成簇率的差别。结果 H37Rv、BCG两个标准菌株和62例结核病人临床分离菌株IS 6110 DNA指纹结果与国外同类报道一致；其中70%（44/62）的临床分离菌株IS6110 DNA指纹相似值在1.00～0.65之间；分组统计结果显示，男性组与女性组成簇率之间差异有显著性（P<0.05），其他各组之间差异无显著性（P>0.05）。结论 DNA指纹技术对结核菌在株水平的鉴定具有特异、灵敏等优点，可应用于结核流行病学研究。研究表明，北京及其他地区结核菌临床分离菌株多数遗传关系较近，且在基因水平上相关程度较强；结核菌在男性人群中的传播频率可能较女性更高。
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结核分枝杆菌随机扩增多态性DNA指纹分型技术及应用研究
目的探讨重庆地区结核病分子流行病学的发展趋势.方法建立随机扩增多态性DNA聚丙酰胺凝胶电泳(RAPD-PAGE)指纹分型法;采用1对随机引物对重庆地区287例肺结核患者416株结核分枝杆菌进行DNA指纹分型.结果 416株分离菌株其DNA指纹可分为7种类型,以Ⅰ型(35.5%)、Ⅱ型(29.3%)和Ⅲ型(22.6%)为主,其中20～39岁和40～49岁年龄组的初治患者在3型中分别占58.0%和46.2%.在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型中初治患者分别占52.0%、46.4%和58.5%,至少耐利福平和异烟肼(MDR)的初治患者又分别占的11.3%、35.9% 和24.3% ,至少耐利福平和其他药物的多重耐药株在3型中占21.7%(初治).结论 RAPD - PAGE指纹分型法,是一种简便、特异、敏感、重复性好的菌株分型方法,可用于结核病分子流行学的研究;以Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ型为主的结核分枝杆菌正在重庆及周边地区的人群中传播; MDR株和含利福平的其他多种耐药株的传播占有较高频率.
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肠杆菌基因间重复序列PCR指纹图谱技术分析结核分枝杆菌流行情况
目的 利用肠杆菌基因间重复序列为引物的聚合酶链反应(enterbacterial repetitive intergenic consensus-PCR,ERIC-PCR)分型技术分析我市结核分枝杆菌流行情况.方法 收集2003年9月至2006年5月门诊痰菌阳性标本,培养并提取DNA做ERIC-PCR指纹图,并利用RAPDPHYLIP及Treeview软件对其进行聚类分析.结果 122株临床分离株产生42种不同的指纹图,聚类分析结果显示可分为3簇,成簇率76.2%.指纹图谱与患者年龄、菌株的耐药性及耐药种类有关.结论 ERIC-PCR具有不需已知核酸序列,分辨效果好,简便快捷等优点,是进行分子流行病学调查的有效工具.我市结核病呈高水平传播,主要为耐药菌株并以中青年患者传播为主.
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炎症性肠病患者肠道菌丛结构特征的指纹图谱分析
目的 建立炎症性肠病(IBD)患者和健康人肠道细菌DNA指纹图谱以分析其肠道菌丛的整体差异.方法 应用肠杆菌基因间的重复共有序列(ERIC)-PCR技术建立10例IBD患者及10例正常对照者的肠道细菌DNA指纹图谱,分析IBD患者及正常对照者的肠道菌丛的整体差异.结果 IBD患者及正常对照者的肠道菌丛存在整体差异,正常对照组ERIC-PCR指纹图谱电泳DNA条带多,主带位置无统一趋势;IBD组ERIC-PCR指纹图谱电泳DNA条带较少,且所有样本主带分布非常一致,均出现在约1.1 kb处.结论 正常人肠道细菌种类多,IBD患者少.IBD组1.1 kb处主带可能为某一种肠道细菌中特有的序列,或为不同序列或几个序列的混合物.
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一起死亡事故中难辨尸体的个体基因识别
目的 对某地一起死亡事故中难辨认尸体进行个体基因识别.方法 从遇难者尸体取深部肌肉和软骨组织少许.对部分组织进行常规病理检查.从尸体组织提取基因组DNA,采用荧光多重PCR技术,扩增尸体基因组DNA的16个短串联重复序列(STR)基因座.将遇难者STR基因型与父母的STR基因型进行比对,确定遇难者的家庭归属.结果 常规病理检查示部分肌肉组织结构完全破坏,但软骨组织结构尚完整.肌肉组织基因组DNA的凝胶电泳呈3种类型:基本无降解、部分降解、完全降解.只有部分肌肉组织DNA可用于确定STR基因型,所有软骨的DNA样本均可用于STR-PCR.结论 以STR基因型分析为基础的亲子鉴定技术是确定事故遇难者身份的有效方法.对腐烂尸体的STR分析而言,尸体软骨组织是首选.
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几种肠道疾病患者肠道菌群结构特征的DNA指纹图谱分析
目的 建立肠道疾病患者肠道细菌的DNA指纹图谱,并分析其肠道菌群结构特征的整体差异.方法选取消化科37例经结肠镜确诊的肠道疾病患者,包括溃疡性结肠炎(UC)患者20例、肠易激综合征(IBS)患者6例、急性胃肠炎患者11例,另取11名健康成人作为正常对照.提取粪便标本细菌总DNA,应用肠杆菌基因间重复共有序列基因扩增技术(ERIC-PCR)建立肠道菌群的DNA指纹图谱并分析其整体差异.结果 UC患者样本DNA条带明显少于其他肠道疾病患者和正常对照,提示UC、急性胃肠炎、IBS和正常对照的肠道菌群存在整体差异.17例UC患者标本DNA主带出现在0.7kb处,11例急性胃肠炎患者样本在0.8kb和1.1kb处显示2条DNA主带,而正常对照和IBS患者样本DNA主带均无统一趋势.结论 UC可能存在较单一的肠道优势菌群,其发病机制可能与特定的肠道细菌感染有关.
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致病性小肠结肠炎耶氏菌DNA多态性
探讨致病性小肠结肠炎耶氏菌(简称:耶氏菌)DNA分子遗传特征.用聚合酶链反应( PCR)、DNA序列分析、随机扩增多态性DNA(RAPD)检测致病及非致病性耶氏菌10株.耶氏菌0∶3、0∶9、0∶5,27血清型均含有致病基因粘附侵袭位点(ail),DNA指纹图谱也极其相似,与非致病型耶氏菌完全不同.然而,非致病性耶氏菌0∶22血清型也含有ail基因,DNA指纹图谱在分子构像上部分与致病血清型相似.致病性耶氏菌具有相似的分子遗传特征,并表现为多态性.0∶22血清型与致病性耶氏菌存在较近缘的种系进化关系.可能存在潜在致病性.
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FAFLP技术及其在细菌学研究中的应用
荧光素标记的选择性扩增片段长度多态性(fluorescent amplified fragment length polymorphism, FAFLP)分析是一种用荧光素标记引物扩增已知酶切位点和接头DNA片段的指纹图技术,具有快速、简便、价廉、分辨率高、重复性好和污染少的特点.该方法已被成功地应用于植物学、动物学、法医学、微生物学等领域,是目前微生物流行病学调查、鉴定、分型和遗传分析中较为理想的分子生物学方法.本文主要介绍了FAFLP技术的原理、方法及其在微生物学中的应用.
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兔荧光扩增片段长度多态性分析体系的建立
目的:建立兔荧光扩增片段长度多态性(fluorescent amplification fragment length polymorphism,fAFLP)分析方法并对其在实验动物科学中应用进行探讨.方法:本实验以5个品种(系)兔为实验材料,对DNA提取、预扩增和选择性扩增等步骤进行优化并对结果进行检测.结果:5个品种(系)兔的扩增片段数均在120条以上,各品种(系)特异性条带均能找出,5个品种(系)兔能据此进行区分.结论:fAFLP是一种以PCR为基础的DNA指纹技术,为兔的指纹分析提供了一种快速高效的方法,可用于兔的遗传质量检测.
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DNA指纹技术在近交系小鼠遗传监测中的应用
目的:建立利用DNA指纹技术对近交系小鼠进行遗传监测的方法及其应用的可行性和准确性初步探讨.方法:利用DNA指纹法,以JL-02多位点探针,Southern杂交技术对5个品系的近交系小鼠(BALB/c、C57、615、DBA/2、ICR)建立DNA指纹图谱进行分析.结果:不同品系近交系小鼠的DNA指纹图差异很大,其相似系数为0.196±0.86;而同一品系的近交系小鼠的DNA指纹图相一致,其相似系数为1.0±0.0;同一窝母鼠与仔鼠间的DNA指纹图也基本一致,相似系数为0.982±0.015.结论:利用DNA指纹技术完全可以反映出近交系小鼠的遗传质量,可以应用于对近交系小鼠进行遗传质量监测,从而从分子水平上对近交系实验动物进行遗传监测奠定了基础.
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2000年中国结核病流行病学抽样调查菌株分子流行病学特征
目的从分子流行病学角度探讨中国结核分支杆菌的分布特征.方法样本的获得采用全国范围等比例分层整群随机抽样;构建以IS6110 RFLP DNA指纹方法和以DR为基础的Spoligotyping DNA指纹方法;采用Gel compare4.1软件对DNA指纹图谱进行数字化,比较其相似性;同时应用该软件行聚类(cluster)分析;用χ2检验比较不同组别结核分支杆菌培养阳性的分离菌株成簇率(clustering)的差别,利用公式1和2计算影响结核病近期传播的危险因素(OR值).结果共获得402株可进行DNA指纹分析的结核分支杆菌;其中50.75%(204/402)为"北京基因型"菌株;发现3簇指纹图谱相同的菌株,其中1簇对应的病人来源于同一家庭;分组统计显示:男性组与女性组、年龄≥40岁组与<40岁组成簇率之间差异有显著性(P<0.05),近期传播的危险因素男性为OR1:2.04 95%CI(1.07～3.96), OR2:4.96 95%CI(2.77～9.00); <40岁为OR1:1.68 95%CI(1.01～2.80), OR2:0.3 95%CI(0.2～0.44),其它各组之间差异无显著性(P>0.05).结论北京基因型结核分支杆菌在中国呈较高水平的流行;男性和年长(≥40岁)可能为结核病近期传播的危险因素.利用结核分支杆菌的DNA指纹图谱,可以实现结核分支杆菌传染源的追踪.
