半巢式PCR法在鉴定风疹病毒标本基因型中的应用

目的在无法成功分离风疹病毒的前提下鉴定风疹病毒阳性标本的基因型,从而全面完整地了解河北省风疹病毒基因型的特征.方法采用半巢式PCR法,将盲传三代风疹病毒核酸检测为阴性而咽拭子标本风疹病毒核酸检测为阳性的风疹疑似病例咽拭子标本进行核酸扩增、序列测定和分析.结果检测的11份风疹疑似病例咽拭子标本中有6份为2B基因型风疹病毒,5份为1E基因型风疹病毒,11份标本与相应的各基因型参考株同源性高,重要抗原位点未发生变异.结论使用半巢式PCR法能够成功地鉴定出盲传为阴性的风疹病毒基因型,丰富了风疹病毒基因库,并为更全面地了解河北省风疹病毒分子流行病学提供依据.

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.

2016—2017年深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点

目的 分析深圳市龙华区诺如病毒疫情流行特征及病原学特点.方法 选取2016年10月—2017年9月期间深圳市龙华区共6个街道(观湖、民治、龙华、大浪、福城和观澜)29起聚集性胃肠炎疫情中的317例疑似病例作为研究对象.收集研究对象肛拭子标本,共计317份,采用荧光定量PCR方法对样品进行诺如病毒检测,阳性样本进一步用逆转录PCR法同时对聚合酶区-衣壳区进行基因扩增,并进行测序和进化分析以鉴定其基因型.结果 317例疑似病例中,实验室确诊156例,其中5岁以下儿童99例(63.46%,99/156).29起聚集性胃肠炎疫情报告单位主要为幼儿园,占75.9%(22/29).在317份标本中,156份为诺如病毒GⅡ核酸阳性,阳性率为49.21%.未检出诺如病毒GI.对156份诺如病毒GⅡ核酸阳性的标本进行聚合酶区-衣壳区序列逆转录PCR扩增,共82份阳性,获得82株毒株序列.系统发生树构建结果发现,2016年10月—2017年9月期间,引起深圳市龙华区诺如病毒疫情的基因型有4种,包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012、GⅡ.P17-GⅡ.17和GⅡ.P12-GⅡ.3.其中,GⅡ.P16-GⅡ.2引起的有18起,占62.1%(18/29). 结论 深圳市龙华区应进一步加强诺如病毒聚集性疫情监测,重点关注幼儿园5岁及以下儿童,并且要重点监测是否有变异株出现.

济南市手足口病患者肠道病毒71型的分离与鉴定

目的 从13例2008年、2009年济南市HFMD患者的粪便标本中分离获得EV71病毒并对其基因型进行鉴定.方法 按照中国疾病控制预防中心<手足口病标本采集及检测技术方案>的规定对标本中的病毒进行分离和鉴定,对VP1编码基因的部分核苷酸序列进行测序分析.结果 分离到6株EV71病毒,均与EV1 C4亚型处于同一进化树分支上,与C4亚型的核酸同源率均大于96%.结论 济南地区流行的EV71主要为C4亚型,与2008年中国流行的C4亚型EV71相比并未出现明显突变,引起重症的毒株与未引起重症的毒株相比,在VP1蛋白部分片段上没有发现明显的氨基酸差异.

医院环境中甲型流感病毒气溶胶检测及其HA基因特征分析

目的 了解甲型流感病毒气溶胶在医院环境中的存在情况,分析甲型流感病毒的HA基因变异特征. 方法 选择江苏省淮安市综合性医院(医院A)及儿童专科医院(医院B)各1家,利用BIO Capturer-5仪采集医院门诊输液中心4个位点(入口、出口、中央走廊、输液台附近)的环境气溶胶;医院A和医院B分别采集气溶胶样本16份,共计采集32份;并分别采集到发热门诊就诊的7份病人咽拭子标本,共计14份.以实时荧光RT-PCR及巢式RT-PCR法分别进行流感病毒的快速检测及甲型流感病毒HA基因扩增、测序及构建系统发生树并进行HA基因特征分析. 结果 医院A环境中检测到1份H3N2流感病毒气溶胶,在病人咽拭子中检测到6份H3N2流感病毒和1份甲型H1N1流感病毒;医院B环境中检测到1份甲型H1N1流感病毒性气溶胶,在病人咽拭子中检测到3份H3N2流感病毒和2份甲型H1N1流感病毒.H3N2流感病毒气溶胶样本A/Environment-air/Huai'an/A1/2017与咽拭子样本A/Huai'an/TA1/2017的核苷酸同源性高,为99.8%;甲型H1N1流感病毒气溶胶样本A/Environment-air/Huai'an/B1/2017与咽拭子样本A/Huai'an/TA7/2017的核苷酸同源性高,为100.0%. 结论 医院环境中易存在甲型流感病毒污染,对医院环境中气溶胶进行流感病毒监测有助于了解流感病毒在人群中的流行情况;与甲型H1N1流感病毒相比,H3N2流感病毒分离株的HA基因存在基因多样性.

乙型肝炎病毒基因型研究进展

乙型肝炎是世界上危害极大的传染性疾病,有关乙型肝炎病毒基因型的研究近年来得到充足的发展,其对乙型肝炎的转归、对药物治疗的敏感性、预后等均有一定的影响.

乙型肝炎病毒基因型分型方法研究进展

乙型肝炎是由乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)引起的危害严重的传染病,HBV基因型与其危害程度有一定的相关性.目前有多种HBV基因型分型方法,包括核酸测序、聚合酶联反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)、单克隆抗体ELISA法、型特异性引物-PCR法、PCR微板核酸杂交-ELISA法、线性探针分析(Line probe assay,LiPA)基因分型法、实时定量PCR-解链曲线分析(Real-time PCR and melting curve analysis)等.这些基因分型方法在HBV的临床诊断和流行病学调查应用中各有优缺点.

乙型肝炎病毒基因型的临床意义研究进展

根据病毒基因组序列的同源性,可将乙型肝炎病毒(HBV)分为至少8种不同的基因型,分别命名为基因型A至H.近来的研究显示,不同的HBV基因型之间在致病性和病毒特性上可能存在差异,并且由此可能影响病毒的致病过程和治疗的疗效或预后状况.因此,确定慢性乙型肝炎患者体内HBV的基因型对于HBV感染后疾病进展的风险预测和治疗方案的选择具有一定的意义.本文对HBV基因型与HBeAg的血清转换、HBV感染后疾病严重程度、HBV感染后的慢性化以及抗病毒疗效之间的关系进行了综述.

HIV-1表型耐药检测方法的研究进展

高效抗逆转录病毒疗法(HAART)的使用显著提高了HIV感染者和艾滋病人的存活率[1].然而,耐药性的产生却严重降低了治疗效率.因此,采用合适的HIV耐药检测方法,及时了解患者的HIV耐药性,对于治疗艾滋病患者和控制整个艾滋病疫情都有十分重大的意义.目前常用的耐药检测方法有基因型和表型耐药检测.基因型耐药检测是通过检测耐药相关基因序列的改变来判断毒株的耐药情况.由于该方法花费少、简便快捷[2]对检测条件和人员的要求比较低而被广泛应用.但是,基因型检测只是间接的耐药检测方法,只针对已被证实的突变位点,不能检测尚未被发现的潜在耐药突变位点,不能有效的解释多种耐药突变位点的协同、拮抗效应[3].能直接检测HIV耐药的表型耐药检测方法,可以克服以上的不足,更加准确的检测HIV病毒的耐药性.本文主要介绍了HIV-1表型耐药检测的基本原理,常用方法进展以及相对于基因型耐药检测方法的优缺点,并提出对其未来应用的展望.

轮状病毒分类与命名

轮状病毒(rotavirus,RV)是不含囊膜、有三层壳体、基因组为11个片段的双链RNA病毒,是人类、哺乳类和鸟类急性胃肠炎的重要病原体.RV结构复杂,成员众多,建立一个能区分不同病毒株及其基因型(血清型)的分类与命名系统,对深入研究RV生物学、免疫学性质及其分子遗传进化和亲缘关系,促进国际学术交流和有效预防与控制RV感染,具有重要的意义.

人类札如病毒流行概况

1976年英国学者Madeley CR等[1]使用电镜首次在人粪便标本中观察到直径约30nm的猫杯状病毒样颗粒,呈“大卫”星(star ofDavid)状.此后其他研究者也有类似的发现.1979年Chiba S等[2]对日本札幌市的一起急性胃肠炎暴发疫情进行调查,在患者粪便标本中也发现类似的病毒颗粒,实验室检测结果和流行病学证据证实了该病毒在入急性胃肠炎中的致病作用.1998年国际病毒分类委员会(the international committee on taxonomy of viruses,ICTV)将其命名为札幌样病毒(“Sapporo-like viruses”),2002年重命名为札如病毒(Sapovirus,SaV)[3].ICTV 2009年将杯状病毒科分为5个属:诺如病毒(Norovirus,NoV)、札如病毒(Sapovirus,SaY)、囊病毒(Vesivirus,VeV)、兔出血热病毒(Lagovirus,LaV)和Nebovirus(NeV)[4].其中,NoV和SaV主要感染人,二者合称为人类杯状病毒(human calicivirus,HuCV),其它三种则感染动物.

先天巨细胞病毒感染致畸机制研究进展

人巨细胞病毒(human cytomegalovirus,HCMV)是导致小儿先天畸形的重要因素之一.HCMV的先天感染可引起流产、早产、死胎、胎儿宫内发育迟缓及智力低下,视力、听力损害等后遗症.HCMV先天感染可通过多种机制影响正常胚胎形成,不利于优生优育以及人口素质的提高.目前,先天HCMV感染致畸机制仍处于研究阶段,为进一步探讨HCMV致畸机制,本文对近年来先天HCMV感染致畸机制的研究报道从以下几个方面进行综述:①HCMV对遗传物质的直接损伤作用;②HCMV对胎盘结构和功能的直接影响;③HCMV感染通过机体免疫变化导致胎儿先天畸形;④HCMV感染引起细胞凋亡;⑤同源盒基因(homoboxgene,HOX)异常表达;⑥不同HCMV病毒株与胎儿畸形的关系.

HBV基因型的研究现状

乙型肝炎基因型的研究是目前乙型肝炎国内外研究的热点.乙型肝炎基因型与乙型肝炎病情的进展、临床表现、治疗、预后有密切的关系.本文就近几年HBV基因型的研究进展作一综述.

07 H基因型:中美洲新发现的美洲印第安人乙型肝炎病毒基因型

HBV基因型与拉米夫定疗效相关性的研究

根据聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)基因型分型法,目前已将前S基因分为A、B、C、D、E和F六种基因型.本文就HBV基因型分型方法,基因型与疾病的关系以及与拉米夫定抗病毒疗效相关性的研究作一综述.

HCV基因分型研究进展

HCV基因型无论是对HCV的基础研究、临床治疗还是预防,都有着重要的意义.HCV的基因分型方法有很多,但都不是完善的,唯一的参比标准是HCV基因组测序.但各种方法对不同HCV领域的工作仍是必要的,目前HCV可分为11个基因型,80多个基因亚基.

一起甲型病毒性肝炎暴发疫情的病原学诊断与基因分析

目的 查明引起2004年宁波局部地区甲型病毒性肝炎(甲肝)暴发疫情的病原并分析其基因特征.方法 用酶联免疫吸附试验检测血清中的甲肝病毒IgM抗体(HAV IgM)和戊型肝炎病毒IgM抗体(HEV IgM),利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测粪便样品中的HAV核酸(RNA)并扩增VP1基因,测序结果利用DNA star软件进行比对分析.结果 172份血清样品中HAV IgM均为阳性,HEV IgM均为阴性.172份粪便样品中共检测到HAV RNA阳性样品74份,占43.0%.选择5份样品进行HAV VP1基因扩增并测序,测序结果经过比对后发现4株宁波株(NB2004-10、NB2004-11、NB20IM-51和NB2004-71)的VP1基因是完全一致的;NB2004-75与以上4株的核苷酸的同源性为99.9%,氨基酸的同源性为99.7%;宁波株与HAV各基因型标准株比较,与IA亚型毒株AH2的核苷酸和氨基酸的同源性高,分别为98.9%和99.7%～100.0%;与中国其他地区流行株比较,核苷酸和氨基酸的同源性波动于89.4%～96.7%和97.0%～100.O%.结论 引起这次肝炎暴发疫情的病原是甲肝病毒,其基因型为LA亚型,与日本株AH2、AH3亲缘关系近,与中国其他地区流行株处于不同的进化簇上.

丙型病毒性肝炎病毒基因型与病毒载量及疾病进展的相关性分析

目的 分析丙型病毒性肝炎(丙肝)病毒(HCV)的基因型与病毒载量及肝脏疾病进展的相关性.方法 选择2010年2月至2013年4月在宁波市第二医院北郊院区就诊的慢性HCV感染者,分别采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法和基因芯片法检测HCV RNA和HCV基因型.结果 107例标本中,共检出7种亚型,其中1a型4例(3.74％),1b型52例(48.60％),2a型15例(1 4.02％),3a型10例(9.35％),3b型9例(8.41％),6型16例(14.95％),1b +2a混合型1例(0.93％);男女慢性HCV感染均以1型为主要基因型,但男性6型的构成比高于女性(x2=4.336,P =0.049);各年龄组间HCV基因型的构成及各基因型的年龄构成差异均无统计学意义;6型的病毒载量高,其次为1型,2、3型的病毒载量明显低于6型和1型(P＜0.01);终末期肝病患者和伴存免疫缺陷患者的病毒载量均高于慢性丙肝患者,且终末期肝病患者以基因1型(主要为1b)为主(P =0.016).结论 本地区HCV基因型同样以1b型为主,且1b型感染者的病毒载量较高,疾病进展较快;6型的感染率较高,应重视对基因6型HCV感染者的研究.

浙江省湖州市柯萨奇病毒A组16型分离株VP1区序列测定及系统进化分析

目的 了解浙江省湖州市引起手足口病(HFMD)的柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)分离株的VP1区基因特征.方法 采用荧光定量反转录聚合酶链反应方法,对2011-2012年湖州市538份HFMD临床标本进行肠道病毒核酸检测;采用RD、Hep2细胞对Cox A16核酸阳性的标本进行病毒分离.选取17株具有代表性的Cox A16分离株进行VP1区的序列测定和分析.结果 2011-2012年湖州市HFMD的主要病原为Cox A16和肠道病毒71型(EV71);湖州地区Cox A16分离株VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.5％～100％和99.3％～100％.与Cox A16的B1基因亚型代表株核苷酸同源性高,在系统进化树上与B1亚型代表株相聚在一起,并且同时存在B1a和Bib两个进化分支.结论 湖州市的Cox A16分离株与国内其他地区类似,同属于B1基因亚型,并且有B1a和Bib两个进化分支共同进化和循环.

2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化研究

目的 通过定点监测了解2009-2015年福建省福州市急性腹泻儿童中诺如病毒基因多样性及动态变化趋势.方法 采集2009-2015年福州市儿童医院因急性腹泻入院的5岁以下儿童的粪便标本,应用实时荧光定量聚合酶链反应(Real-time PCR)筛查诺如病毒阳性标本.应用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增完整的VP1区和部分RdRp区并测序,应用在线基因分型工具和种系进化分析方法了解福州市5岁以下儿童中诺如病毒基因型/亚型的分布.结果 在随机抽取的93份标本中,Real-time PCR法检测阳性有91份;共获得其中73份完整VP1区和72份部分RdRp区基因序列.在完整的VP1分型中,GⅡ.4_2006b型43份,GⅡ.4 Syndeny_2012型16份,GⅡ.3型10份,GⅡ.4 NewOrleans_2009型2份,GⅡ.12型l份,GⅡ.7型l份.在部分RdRp区分型中,共发现GⅡ.P4_2006b型43份,GⅡ.Pe型16份,GⅡ.P12型10份,GⅠ.P4型1份,GⅠ.Pa型1份,GⅡ.P21型1份.结论 应用双命名系统分型的方法,发现2009-2015年福州市急性腹泻儿童中诺如病毒具有遗传多样性,其中2009-2012年流行的优势毒株为GⅡ.P4_2006b/GⅡ.4_2006b型,2013-2015年流行的优势毒株为GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney_2012型.此外,GⅡ.P12/GⅡ.3为福州市持续流行的型别.