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重庆市结核分枝杆菌临床分离株的基因分型及相关耐药性分析
目的 对重庆市结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,研究不同基因型在重庆的流行情况,并分析基因型与耐药表型的关系.方法 收集2011年1-12月重庆市结核病防治所分离的113株结核分枝杆菌临床分离株,采用比例法进行药物敏感性检测；应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)和PCR方法对113株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型.结果 在113株结核分枝杆菌临床分离株中,可分为北京家族和非北京家族,分别占77株(68.1％,77/113)和36株(31.9％,36/113);北京家族菌株中现代型为48株(62.3％,48/77),古代型为29株(37.7％,29/77);非北京家族菌株中,T1型高达13株(36.1％,13/36),发现9种新基因型.北京家族菌株耐药率为24.7％(19/77),非北京家族菌株耐药率为38.9％(14/36),差异无统计学意义(x2=2.40,P＞0.05).现代型北京家族菌株耐药率为27.1％(13/48),古代型北京家族菌株耐药率为20.7％(6/29),差异无统计学意义(x2=0.39,P＞0.05).结论 重庆地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行基因型为北京家族,其中北京家族中主要为现代型；北京家族菌株、非北京家族菌株均与耐药性无明显相关性.
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利福平和异烟肼结核分枝杆菌药敏表型和基因型的关系
目的 对利福平(RFP)和异烟肼(INH)进行药敏检测,分析相应的结核分枝杆菌药敏表型与基因型的关系.方法 对2009年至2012年深圳市第三人民医院结核病门诊和住院的137例结核病患者晨痰标本进行结核分枝杆菌培养,利用膜基因芯片法检测结核分枝杆菌耐药基因的突变情况(基因型检测),同时以绝对浓度法进行异烟肼和利福平药敏试验(表型检测),计算两种方法检测结果间的符合率,验证膜基因芯片方法的准确性,用Kappa检验分析两种方法的一致性.结果 137株结核分枝杆菌标本,表型检测利福平和异烟肼耐药率分别为27.01％(37/137)和22.63％(31/137);基因型检测利福平和异烟肼耐药率分别为26.28％(36/137)和23.36％(32/137);以绝对浓度法药敏结果为金标准,膜基因芯片检测利福平耐药的敏感度为83.78％(31/37),特异度为94.06％(95/101),符合率为91.97％ (126/137),Kappa值为0.79,P＜0.05;异烟肼耐药的敏感度为80.65％(25/31),特异度为94.29％(99/105),符合率为90.51％(124/137),Kappa值为0.73,P＜0.05;两种药物药敏结果总符合率为91.24％(250/274).结论 结核分枝杆菌耐药性基因型检测和表型检测结果高度一致,且基因型的检测方法能快速准确地检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼的耐药性,有望在临床治疗中广泛应用.
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复发与治疗失败患者结核分枝杆菌基因型分析
目的 分析复发和治疗失败患者结核杆菌基因型并进行病原学探讨.方法 以2000年1月-2007年12月在北京市结核病胸部肿瘤研究所2次住院相邻时间间隔至少在6个月以上、有分离菌株的肺结核病患者作为研究对象.应用结核分枝杆菌基因分型方法 对患者初次和第2次治疗的菌株进行分型并比较.结果 24例结核病患者入选本研究.在完成初次治疗的5人中,其前后分离株的基因型均相同;在另19例患者(8例丢失、11例治疗失败)中,有2例(10.5%)患者其分离株的基因型与第1次不同;其余17例(89.5%)患者前后2次分离株的基因型相同.结论 内源发病是复发的主要原因,失败和丢失病例中少数存在再感染情况.
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采用分子流行病学和传统调查相结合分析嘉祥县某中学结核病聚集性疫情
目的 分析2007-2008年山东省济宁市嘉祥县某中学一起结核病聚集性疫情的情况.方法 以线索病例为依据,对该校3254名学生进行PPD试验和症状筛查.对分离培养的Mtb进行24位点分枝杆菌散在重复单位可变数目串联重复序列(Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat,MIRUVNTR)基因分型分析.采用logistic回归分析法,分析菌阳患者暴露程度和确诊为活动性结核病患者(active tuberculosis,ATB)或潜伏感染者(LTBI)的关系.结果 筛查该中学学生的Mtb潜伏感染率为28.8％,共确诊10例活动性肺结核患者,其中3例培养阳性.24位点MIRU-VNTR基因分型3株菌株结果显示,2株菌株基因型成簇,1株菌株位点Mutub4、Mtub21和QUB-26拷贝数不同.logistic回归分析结果显示与菌阳患者同班级或同年级是被诊断为ATB或LTBI的危险因素.结论 该次结核疫情中,3位菌阳患者在学校引起了一定程度的传播,可能导致了另外7例ATB的暴发.因此对学生结核病患者的及时确诊和有效治疗,以及对学生及时进行结核病筛查对控制学校结核病暴发具有重要意义.
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宁夏回族自治区结核分枝杆菌基因分型及与耐药性关系的研究
目的 利用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)方法对宁夏回族自治区(简称“宁夏”)结核分枝杆菌流行株进行分型研究,并分析北京基因型与耐药性的相互关系.方法 搜集宁夏结核分枝杆菌临床分离株115株,应用Spoligotyping方法进行基因分型研究,采用BioNumerics软件将分型结果进行基因聚类分析.应用比例法药物敏感性试验对115株结核分枝杆菌进行检测,后将药敏结果结合基因型及流行病学资料进行分析.采用卡方检验比较不同组间结果的差异.结果 在分离培养的115株菌株中,具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株90株,占78.3％(90/115),25株为非北京基因型,占21.7％(25/115).90株北京基因型菌株中,41株为古代基因型(45.6％,41/90),任意耐药株为16株(17.8％,16/90);49株为现代基因型(54.4％,49/90),任意耐药株为33株(36.7％,33/90),两者间差异无统计学意义(x2=1.27,P＞0.05).结论 宁夏结核分枝杆菌以北京基因型流行为主,结核分枝杆菌北京基因型与耐药性之间无明显相关性.
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结核性脑膜炎临床分离株基因型和耐药表型的特征分析
目的 了解导致结核性脑膜炎(TBM)的致病菌在基因型和耐药表型方面的特征.方法 利用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)和数目可变串联重复序列(VNTR)分型法对25株TBM临床分离菌株进行基因分型；采用MGIT(mycobacteria growth indicator tube)960液体和比例法固体药敏试验分别对所选15种药物:异烟肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)、链霉素(S)、卡那霉素(Km)、阿米卡星(Am)、卷曲霉素(Cm)、莫西沙星(Mfx)、氧氟沙星(Ofx)、左氧氟沙星(Lfx)、对氨基水杨酸(PAS)、乙硫异烟胺(Eto)、丙硫异烟胺(Pto)、环丝氨酸(Cs)进行药敏实验.结果 Spoligotyping分型法确定了在25株TBM临床分离株中有20株为北京基因型,占80.0％(20/25),2株为T1基因型,另外3株分别为T2型、LAM6型及未知型；VNTR有2株成一簇,基因型一样；25株TBM分离株中耐多药结核性脑膜炎(MDR-TBM)占12.0％(3/25),广泛耐药结核性脑膜炎(XDR-TBM)占4.0％(1/25),耐氟喹诺酮类的菌株占8.0％(2/25),都属于北京基因型；任意耐药的菌株占48.0％(12/25),其中83.3％ (10/12)为北京基因型；全敏感者占52.0％ (13/25),其中76.9％ (10/13)为北京基因型.结论 北京基因型在耐药TBM中所占比例很高,尤其是MDR-TBM,较其他基因型更易引起脑脊液生化的改变；耐氟喹诺酮类的菌株所占比例少,提示临床上氟喹诺酮类药物对治疗TBM会有很好的疗效.
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耐多药结核分枝杆菌耐药相关基因突变特征分析
目的 分析耐多药结核分枝杆菌不同基因型构成以及耐药相关基因突变特征.方法 2007年全国耐药基线调查共收集结核分枝杆菌临床分离株4017株,经比例法药物敏感性试验鉴定获得376株耐多药菌株纳入本研究.采用RD105缺失基因检测法鉴定北京基因型菌株和非北京基因型菌株.对所有耐多药菌株利福平耐药相关基因(rpoB)和异烟肼耐药相关基因(katG,inhA和oxyR-ahpC)进行测序,分析耐药相关基因突变的特征.结果 在376株耐多药菌株中,有261株(69.4％,261/376)属于北京基因型,其余115株(30.6％,115/376)属于非北京基因型.北京基因型菌株中氧氟沙星耐药率(31.8％,83/261)和前广泛耐药率(30.7％,80/261)明显高于非北京基因型菌株的氧氟沙星耐药率(17.4％,20/115)和前广泛耐药率(15.7％,18/115),差异均有统计学意义(x2值分别为8.33和9.32,P值均＜0.05).比较北京基因型菌株和非北京基因型菌株不同位点的突变频率,发现北京基因型菌株rpoB基因第531位点(67.4％,176/261)和katG基因(66.3％,173/261)的突变频率明显高于非北京基因型(rpoB:54.1％,62/115,x2=6.28,P=0.010;katG:50.4％,58/115,x2=8.46,P=0.000),而非北京基因型菌株未发生rpoB基因突变的菌株比例(14.8％,17/115)明显高于北京基因型菌株(1.1％,3/261),差异有统计学意义(x2=29.46,P=0.000).结论 北京基因型耐多药菌株与氧氟沙星耐药高度相关,与非北京基因型耐多药菌株相比,rpoB基因的第531位点和katG基因突变更多发生于北京基因型菌株中.
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结核分枝杆菌对吡嗪酰胺耐药的检测方法研究与进展
吡嗪酰胺(pyrazinamide,PZA)是重要的一线抗结核药物之一,对细胞内的结核分枝杆菌具有独特的杀菌作用,因此成为结核病短程化疗的基石.同时,鉴于目前治疗耐多药结核病新药的缺乏,WHO建议全程使用PZA治疗耐多药结核病.结核分枝杆菌对PZA耐药的相关基因mcA及其启动子区的突变位置分散且类型繁多,使一般的分子学诊断方法不易进行操作与检测.作者对现有的PZA耐药性检测方法的原理及新检测方法的研究进行综述与展望.
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北京家族结核分枝杆菌鉴定方法的研究进展
结核病仍是严重威胁人类健康的全球公共卫生问题之一.北京家族结核分枝杆菌是我国大部分地区流行的主要菌株.作者论述了插入序列IS6110限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)、长序列多态性(LSP)以及单核苷酸多态性(SNP)等多种北京家族结核分枝杆菌分型技术,并讨论了各技术的优缺点,以便对北京家族结核分枝杆菌的鉴定提供可靠依据.
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脓肿分枝杆菌复合群的研究进展
脓肿分枝杆菌复合群(Mycobacterium abscessus complex,MABC)是可引起人体致病的重要非结核分枝杆菌(non-tuberculous Mycobacteria,NTM),它由脓肿分枝杆菌、马赛分枝杆菌和Mycobacterium bolletii 3个菌种组成.多靶位基因测序为MABC准确可靠的菌种鉴定方法.克拉霉素是MABC感染所致疾病治疗的基石,近年来,MABC研究较大的进展就是红霉素核糖体甲基化酶(41)[erythromycin ribosome methytransferase,erm(41)]基因的发现,erm(41)与克拉霉素诱导耐药相关.脓肿分枝杆菌和M.bolletii均携带完整的erm(41)基因,而马赛分枝杆菌erm(41)基因有2个片段缺失.脓肿分枝杆菌28位碱基具有多态性,T28序列型可诱导耐药,C28序列型不诱导耐药.为检测脓肿分枝杆菌是否对克拉霉素诱导耐药,建议培养时间由3d延长至14d.另外,已有证据表明MABC可能在人与人之间传染,有必要研究MABC的基因分型技术.
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北京基因型结核分枝杆菌的研究
结核分枝杆菌,尤其耐药结核分枝杆菌已对公众健康造成了严重危害,给结核病的防治带来了更大的挑战.其中,北京基因型结核分枝杆菌达到全球分离结核菌株的13%[1],全世界有1/3的结核病由北京基因型结核分枝杆菌引起.该菌株已在世界很多地区传播.因此,北京基因型结核分枝杆菌的研究已成为结核相关研究的热点课题之一.
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MIRU-新的结核分枝杆菌基因型分型方法简介
结核病目前仍然是危害人类健康的重要传染病之一.由于结核病具有潜伏感染的特点,传统的流行病学方法不能很好地揭示其传播规律.分子生物学与流行病学研究方法相结合产生的分子流行病学在这方面有着不可替代的优势.
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成都双流国际机场蝇类携带致病肠杆菌分离及耐药性检测
目的 了解成都双流国际机场口岸蝇类携带致病肠杆菌耐药性及耐药基因携带情况.方法 通过布放蝇笼捕捉蝇类,使用添加有头孢菌素(20 μg/ml)的麦康凯平板从捕获的蝇类中分离其携带的致病肠杆菌,对分离株进行耐药性实验、超广谱β内酰胺酶(ESBL)测试及耐药基因型测定.结果 从2011年4月至2011年9月捕获的蝇类中分离到致病肠杆菌48株,其中大肠杆菌37株,肺炎克雷伯菌6株,铜绿假单胞菌3株,嗜水气单胞菌2株.对分离到的48株肠杆菌进行抗生素耐药性实验,对阿莫西林、替卡西林、头孢噻吩和头孢呋辛耐药,对美罗培南和亚胺培南不耐药.所有菌株均对8种或8种以上的常见抗生素耐药.分离的大肠杆菌(n=37)和肺炎克雷伯菌(n=6)均产ESBL,对头孢噻肟的耐药率98.1％,对头孢他啶耐药率11.5％.对产ESBL菌株进行耐药基因测试,TEM型为常见型(67.4％),SHV型(16.3％)多见于肺炎克雷伯菌,未发现同时产生ESBL和AmpC的-超广谱层内酰胺酶(SSBLs)菌株.结论 从双流国际机场口岸环境内蝇类分离到致病肠杆菌多重耐药,且携带有产ESBL的耐药基因.
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GⅡ.17型诺如病毒流行及进化特征的研究进展
人诺如病毒(Human Norovirus,HNoV)是单链正股RNA病毒,属于杯状病毒科诺如病毒属,是引起非细菌性急性胃肠炎的主要病原.近几十年来,GⅡ.4基因型诺如病毒是全球主要的流行基因型,而GⅡ.17基因型很少报道.2013年以来,GⅡ.17基因型诺如病毒引起的感染增多,并在我国及日本等亚洲国家和地区引起暴发流行.研究显示此次GⅡ.17基因型诺如病毒的暴发流行是因其基因进化形成新的变异株导致,变异株在衣壳区P2结构域发生的突变导致其抗原性及组织血型抗原结合特性发生了重要变化.本文主要通过回顾GⅡ.17基因型诺如病毒的相关研究文献,对其流行及进化特征进行了综述.
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苏州市丙型肝炎病毒基因型分析
目的 了解苏州市丙型肝炎病毒(HCV)基因型的分布特征,为丙型肝炎防控提供参考.方法 收集112份HCV抗体阳性血清样本,通过核酸液相芯片法进行基因分型,分析HCV基因型的组成及其与性别、年龄和地域的关系.结果 苏州市HCV基因型有1a、1b、2a、3a、3b、6a和1b+2a混合感染,1b型占32.20％,其次为2a型占25.00％,未见4型和5型;男性明显高于女性组,差异有统计学意义(P＜0.01).结论 苏州地区HCV基因型呈多样性,以1b型为主.
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福建地区269对同型地中海贫血基因携带者夫妇产前基因诊断结果分析
目的:了解同型地中海贫血(简称地贫)基因携带者夫妇胎儿基因诊断情况,为遗传咨询提供依据.方法:2008年5月～2014年12月在本院确诊均为同型地贫基因携带者夫妇269对(同为α地贫基因携带者177对,同为β地贫基因携带者87对,其中一方为复合α、β地贫携带者5对),通过胎儿绒毛、羊水、脐血获取胎儿标本提取DNA,应用Gap-PCR和PCR结合反向斑点杂交技术等方法进行α、β地贫基因诊断,胎儿标本同时行染色体核型分析.产前诊断后1年随访妊娠结局.结果:177对α地贫基因携带者夫妇产前基因诊断结果为46例(26.0％)正常;68例(38.4％)杂合子;63例(35.7％)严重型地贫基因,其中55例巴氏水肿胎(51例东南亚缺失型纯合子,4例少见泰国缺失型α地贫1和东南亚型双重杂合子),8例HbH病.87对β地贫基因携带者夫妇产前基因诊断结果为23例(26.4％)正常;39例(44.8％)杂合子;25例(28.7％)严重型地贫基因,其中9例纯合子及16例双重杂合子.5对一方为复合α、β地贫携带者夫妇中产前基因诊断结果正常1例,地贫杂合子2例,α、β复合地贫1例,β地贫双重杂合子1例.266例胎儿细胞染色体核型分析正常,3例胎儿核型异常,分别为21三体1例、13三体1例、45,X1例.63例严重类型α地贫胎儿、26例严重类型β地贫胎儿、3例染色体异常胎儿均在孕期引产.结论:同型地贫基因携带者夫妇胎儿基因诊断可检出Hb Bart's胎儿水肿综合征、Hb H病等重中型α地贫胎儿,以及β地贫纯合子、双重杂合子重型β地贫胎儿,应重视罕见突变基因型的检测,检测地贫基因同时应行染色体检查以排除染色体病.
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青海省26622名临床就诊妇女宫颈人乳头瘤病毒感染情况及亚型分布
目的:分析青海省妇女宫颈人乳头瘤病毒(HPV)感染情况及亚型分布.方法:采用医用核酸分子快速导流杂交基因芯片技术,对青海省26 622名临床就诊妇女宫颈脱落细胞标本进行HPV基因分型检测.结果:26 622名妇女共检出HPV阳性4 451名,感染率为16.72％;21种HPV亚型均被检出,其中排名前5位的亚型为HPV16、58、52、53、18.高危型HPV感染率为14.78％(3 935/26 622),其中单一高危型、单一低危型和复合感染率分别为13.56％(3 611/26 622)、1.22％ (324/26 622)、1.94％ (516/26 622).感染者年龄存在两个高峰,第一个高峰在＜25岁组,第二个高峰在≥55岁组.结论:青海省妇女宫颈以高危型HPV感染为主,常见亚型是HPV16,其次为HPV的58、52、53、18型,低危和复合感染率低,低危型主要是HPVcp8304.
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广东省惠州地区基于医院水平的地中海贫血基因突变谱分析
目的:调查惠州地区地贫基因携带率、基因型分布特征,探讨产前筛查与诊断的临床意义.方法:随机抽取本院2000例血液学结果,评估地贫筛查阳性率;对其中540例血液学筛查阳性样本行血红蛋白电泳分析,结果异常样本行基因诊断,诊断为同型地贫基因夫妻行产前诊断.结果:血液学地贫筛查阳性率45.60％(912/2000),血红蛋白电泳阳性率78.70％(425/540),基因阳性率84.71％(360/425).估算基于医院水平该地区人群基因携带率30.40％(608/2000).共检出35种基因型,检出率高为α地贫(53.18％),其次为β地贫(26.35％)、复合型地贫占5.18％.包括罕见型β地贫CD113/N和SEA-HPFH/N.对携带同型基因夫妻进行评估,所有基因诊断可能会生育中重型地贫的妇女行羊膜腔穿刺术,羊水中地贫基因检出率66.67％(24/36),重型胎儿占29.17％.结论:惠州市是地贫高发区,做好预防和监控对控制和降低地贫的发病率及重型患儿的出生率非常重要.
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α地中海贫血不同基因型携带(患)者红细胞参数的差异性研究
目的:探讨α地中海贫血(简称地贫)不同基因型携带(患)者红细胞参数的差异性.方法:回顾性分析深圳市宝安区妇幼保健院2012～2016年确诊的1610例女性α地贫携带(患)者红细胞参数,对照组为1849例非地贫健康妇女.采用PCR-反向斑点杂交法检测3种非缺失型α地贫,采用Gap-PCR凝胶电泳法检测3种缺失型α地贫,采用Beckman Coulter LH750血细胞分析仪测定红细胞数量(RBC)、血红蛋白浓度(Hb)、平均红细胞体积(MCV)、平均红细胞血红蛋白含量(MCH)和平均红细胞血红蛋白浓度(MCHC).结果:对照组、静止型α地贫、标准型α地贫和HbH病Hb、MCV、MCH和MCHC依次递减(P＜0.05);对照组、静止型α地贫和标准型α地贫RBC依次增高(P＜0.05),但HbH病RBC数量较标准型α地贫降低(P＜0.05).静止型α地贫αQSα/组较其它4型(αCSα/、αWSα/、-α3.7/和-α4.2/)RBC增高(P＜0.05),MCV和MCH降低(P＜0.05).标准型α地贫α0-杂合组RBC比α+-纯合或双重杂合组增高(P＜0.05),MCV和MCH降低(P＜0.05).HbH病αWS α/--SEA、-α3.7 /--SEA或-α4.2 /--SEA、αCS α/--SEA或αQS α/--SEA3组Hb依次降低(P＜0.05),-α3.7 /--SEA或-α4.2/--SEA组MCV和MCH比其他两组降低(P＜0.05),αCS α/--SEA或αQSα/--SEA组RBC比其它两组降低(P＜0.05).结论:α地贫携带(患)者随着缺失或突变基因数量的增加,Hb、MCV、MHC和MCHC降低,RBC增高,但部分严重贫血的基因型RBC会降低;各组内不同基因型红细胞参数变化各有特点,突变型引起的贫血重于缺失型,但αWS α/--SEA型贫血轻于其他类型HbH病.
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畲族人群感染乙型肝炎病毒基因型及相关调查
目的:了解丽水地区畲族人群乙型肝炎病毒基因型的分布并比较本地区汉族人群感染该病毒基因型分布的差异,并进-步了解畲族人群乙型肝炎病毒感染者不同基因型对肝脏的损害程度以及乙肝血清标志物的表达.方法:用实时荧光PCR结合S基因测序的方法检测研究对象中HBV DNA阳性感染者,判定其基因型;运用全自动生化分析仪检测其肝功能指标ALT及AST;用酶联免疫吸附试验检测乙肝血清标志物.结果:共检测了1744份畲族标本,筛查到HBV DNA阳性173例,其中B型基因78例,C型基因92例,B/C混合型3例;B和C型中HBV DNA拷贝数的平均对数值分别为4.596±1.814和5.364±2.189;B和C型中转氨酶升高的分别为13和15例;B和C型中HBeAg阳性的分别为11和26例;平行检测了相当数量的本地区汉族人群作为对照.结论:丽水地区畲族人群感染HBV以B和C型为主,其中C型基因占的比例大于B型,与同一地区的汉族人群相比具有显著差异;就丽水地区畲族人群而言,B型感染者较C型感染者HBV DNA拷贝数低,HBeAg阳性率低,预示B型感染者较C型感染者的病毒活动性弱,肝脏损害轻,预后好.
关键词： 肝炎病毒 乙型 基因型 实时荧光聚合酶链反应 畲族
