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新疆北疆部分地区硬蜱伯氏疏螺旋体基因型研究
目的 调查和鉴定新疆北疆石河子市、沙湾县、伊宁县和察布查尔县媒介蜱,并确定其携带的莱姆病螺旋体的基因型.方法 选择4县市6个牧区为调查点,采集羊源寄生硬蜱,结合形态学与16S rRNA进行蜱种鉴定；采用BSK-H培养基对莱姆病螺旋体分离培养,并用硝酸银染色和巢式PCR法进行病原检测,阳性产物测序结果比对,并与11种GenBank参考序列比对,确定莱姆病螺旋体的基因型.结果 6个调查点共采集寄生硬蜱900多只,经形态学与16S rRNA鉴定分别为图兰扇头蜱、刻点血蜱、亚洲璃眼蜱和边缘革蜱；从中分别选取样本硬蜱共102只,分24管,分离培养后结合巢式PCR和硝酸银染色共获得16管阳性培养物.5S ～ 23S rRNA基因间隔区测序比对分析表明,所有菌株为伯氏疏螺旋体与国际报道的B.burgdorferi Sensu Stricto(B31)基因型具有高度同源性,同源性为98.6％ ～ 99.5％; OspC基因型分析与上述结果一致.结论 4县市分离获得伯氏疏螺旋体,基因型为B.burgdorferi Sensu Stricto,且存在生物多样性.从图兰扇头蜱中分离到伯氏疏螺旋体为我国首次报道.
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上海市1997-2012年戊型肝炎流行特征和基因分型研究
目的 系统分析1997-2012年上海市戊型肝炎(戊肝)的流行特征、血清学和基因分型特点.方法 利用国家法定传染病报告数据；采用ELISA检测社区健康人群戊肝病毒(HEV)-IgG抗体,计算标化阳性率；使用巢式RT-PCR、基因测序和GenBank数据构建上海市HEV基因数据库.结果 16年间上海市戊肝以散发为主,发病率呈季节性和周期性,总体略呈下降趋势.男性发病率显著高于女性,患者以30 ～ 65岁年中老年人为主.2001-2012年4次社区健康人群抗体水平监测,共采集血清标本3979份,人群HEV-IgG抗体标化阳性率分别为22.32％、18.56％、10.22％和34.43％,抗体阳性率与监测对象的年龄组别和地区分布呈显著关联.对2004-2008年上海市新发现的73株HEV同源性和进化树分析显示,HEV以基因Ⅳ型为主,包含4个已知基因亚型(4a、4d、4h和4i)；人病毒株序列与猪基因Ⅳ型病毒株序列(GU188851、DQ450072和EF570133)的核苷酸同源性分别为83.09％～ 97.96％、85.87％～97.26％和83.80％～ 95.10％；不同区县来源的HEV分离株中,同源性＞99％的序列有59对.结论 戊肝仍是上海市需长期重点防治的急性传染病之一.其人畜共患命题还有待进一步探索.
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北京地区丙型肝炎患者的丙型肝炎病毒基因分型
研究旨在了解近年来北京地区丙型肝炎病毒(HCV)流行株的基因型别,探讨基因型与肝病程度,HCV RNA病毒载量的关系.
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青海省藏族人群乙型肝炎病毒感染者基因型及基因突变的观察
乙型肝炎病毒(HBV)在青海省藏族人群的感染较为严重,经多次血清学调查,同德地区为该人群中乙型肝炎高流行区,对其HBV的基因型等基本状态的分析,有助于对该人群的乙型肝炎防制提供策略.
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GGⅠ诺如病毒致胃肠炎饮水型暴发的调查
诺如病毒是引起人类急性胃肠炎的重要病原体,其感染基因型包括GG Ⅰ、GG Ⅱ和GGⅣ[1].调查显示我国人群诺如病毒感染十分普遍[2],尽管如此,国内报道的诺如病毒基因型多为GGⅡ[3-5],而GGⅠ特别是多区域人群暴发的研究较少涉及.2008年3月杭州市某区发生一起GG Ⅰ诺如病毒的暴发疫情,调查结果如下.
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安徽省吸毒人群戊型肝炎流行因素及病毒基因型特征分析
戊型肝炎(戊肝)在卫生条件和卫生设施差的国家或地区占散发性病毒性肝炎的50％以上,其死亡率在0.5％ ～3.0％之间[1].研究显示戊肝病毒(HEV)除粪-口途径外,血液传播也是可能的传播途径[2].由于吸毒人群具有共用注射器、多性伴等高危行为因素,易发生丙型肝炎和艾滋病等传染病流行,而吸毒人群是否也存在戊肝的高流行,相关研究较少,为此2009年本研究在安徽省某地开展了此项调查.
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江苏省东台地区临床急性肝炎患者中戊型肝炎流行病学调查
戊型肝炎(HE)主要经过消化道传播,其主要病原体为戊型肝炎病毒(HEV)[1,2].本研究目的是调查东台地区临床急性肝炎患者中,HEV的流行情况,并根据随访病例的系列样本,探讨HEV IgM、IgG、抗原和核酸等检测指标相互关系.
关键词： 戊型肝炎病毒 基因型 抗-HEV IgM抗体 抗-HEV IgG抗体 -
深圳地区2006年诺如病毒分子流行病学研究
诺如病毒是世界范围内引起急性胃肠炎的主要病原体,1990年首次证实我国也存在该病毒引起的感染[1],此后北京、长春、河北、兰州、广州、福州等地均发现存在诺如病毒感染,表明我国急性胃肠炎病例诺如病毒感染亦相当普遍.本研究对2006年深圳地区急性胃肠炎中诺如病毒进行分子生物学研究.
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武汉市美沙酮门诊治疗者丙型肝炎病毒混合基因型感染的研究
了解武汉市美沙酮门诊的毒品滥用者HCV混合基因型感染的状况.1.对象与方法:研究对象均为武汉市2006年底某美沙酮门诊的入组患者,户口均为武汉市,年龄20～58岁.
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昆明地区2006年秋冬季节婴幼儿轮状病毒腹泻基因分型研究
对昆明地区婴幼儿A组轮状病毒(RV)腹泻进行P和G基因型的分子流行病学研究.研究对象为2006年10月至2007年1月在昆明医学院第一附属医院儿科门诊和住院的腹泻患儿共973例,收取粪便标本60份,临床诊断标准参照文献[1],收集每例腹泻患儿临床资料.进行RV的RNA提取及VP7和VP4血清型分型实验.
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上海市16个冷却塔水中军团菌脉冲场凝胶电泳分型及基因型监测
目的 研究上海市公共场所16个空调冷却塔水中军团菌的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,并连续监测该菌基因型变化.方法 2007年5-10月连续6个月以每月1次的频率采样,从16个公共场所空调冷却塔水中分离军团菌,经血清学凝集试验、胶乳凝集试验分型后,使用PFGE技术对酶切后的军团菌全染色体DNA进行电泳获得指纹图谱,利用BioNumerics软件进行聚类分析.结果 16个冷却塔水中共分离出131株军团菌,包括嗜肺军团菌、博杰曼军团菌、米克戴德军团菌和茴香军团菌,分为52个PFGE型别,其中37个PFGE型别(71.15%)仅分布于1个冷却塔中,即为该冷却塔所特有;15个PFGE型别(28.85%)分布于2个或以上冷却塔中.16个冷却塔具有2个或以上的PFGE型,13个冷却塔(81.25%)中多次出现相同的PFGE型别.2007年6-10月连续5个月从6个冷却塔中分离出18株PFGE型为LPAs.SH0078型的军团菌.结论 冷却塔水中的军团菌基因型具有多样性和复杂性,81.25%的冷却塔水中PFGE型具有持续性,且LPAs.SH0078型广泛分布,可能为优势PFGE型.
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北京市郊区八种动物戊型肝炎病毒抗体流行率调查及病毒基因型研究
目的 调查北京地区与人密切接触的猪、牛、羊、马、驴、犬、鸡、鸭8种动物血清中戊型肝炎病毒(HEV)抗体流行率及该地区猪HEV基因型和亚型.方法 收集8种动物的血清标本及幼猪粪便标本,用双抗原夹心ELISA法检测血清中抗-HEV;用巢式反转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)检测HEV RNA;对部分PCR产物进行克隆和测序,并对测序结果进行基因分型.结果 在8种动物中抗-HEV阳性率分别为猪80.43%(481/598),其中成猪(>6月龄)为87.86%(369/420),幼猪(2～3月龄)为62.92%(112/178);牛15.02%(52/346);马14.29%(40/280);驴0(0/26);羊9.88%(33/334);犬0(0/21);鸭3.03%(7/231);鸡2.53%(8/316).RT-nPCR检测3月龄以下猪粪便标本HEVRNA阳性率为66.67%(74/111).HEV RNA阳性的标本测序后可归为6株(分别命名为bjsw1、bjsw2、bjsw3、bjsw4、bjsw5和bjsw6),6株HEV开放读码框2(ORF2)部分核苷酸序列的相似性为94.5%～99.6%,与1、2、3、4型HEV的相似性分别为75.6%～78.6%、75.6%～76.2%、77.1%～80.7%和83.7%～94.5%.6株HEV与人HEV 4d亚型的同源性高,为90.0%～94.5%.结论 北京市郊区猪、牛、马、羊、鸭、鸡中均存在HEV感染,其中猪抗-HEV流行率高,驴、犬抗-HEV的流行率低;6株猪HEV属于基因4型、4d亚型.
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北京地区2006-2008年肠道病毒71型VP1区基因特征分析
目的 了解2006-2008年北京地区分离的不同来源肠道病毒71型(EV71)VP1区基因特征.方法 从手足口病例、急性弛缓性麻痹病例和健康儿童的粪便、咽拭子和疱疹液标本中分离EV71病毒株,选取其中9株EV71分离株,采用RT-PCR扩增VPl区全长基因片段并进行序列测定、系统发生树构建、核苷酸同源性及组内和组间进化距离分析.结果 9株EV71在系统发生树上与C基因型中的C4亚型代表株属同一分支;在核苷酸同源性分析中,9株分离株与C4亚型代表株的同源性达到92.1%～93.9%,明显高于与C1、C2、C3亚型代表株的同源性(分别为88.8%～89.5%、89.4%～90.0%和88.4%～89.3%);三种不同来源的分离株病毒之间具有较高的同源性(95.9%～100.0%),但与1998年分离的C4亚型代表株的同源性却较低(分别为93.3%～93.9%和92.1%～92.9%).在进化距离的分析上,C4亚型内各组间距离较大,尤其是亚型代表株与分离株之间距离大(D=0.052～0.071).结论 2006-2008年北京地区流行的EV71仍然是C4亚型,在同一时间不同地区、不同来源、不同疾病状态卞分离的EV71在VP1区全长基因序列上无明显差别;但是随着时间推移,核苷酸变异的不断积累,出现新亚型的概率也在不断增加,因此有必要加强分离株的监测以掌握EV71的变异趋势.
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杭州地区2014-2015年急性胃肠炎患者感染诺如病毒的流行病学特征分析
目的 了解2014-2015年杭州地区急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学特征.方法 收集1 109份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便样本,采用一步法双重荧光RT-PCR对样本中诺如病毒(GⅠ、GⅡ型)进行初筛,然后随机选择诺如病毒阳性的样本核酸进行多重RT-PCR扩增,对产物进行测序分析.结果 1 109份的粪便样本中,诺如病毒检出率为26.87％(298/1 109),以GⅡ亚型为主,占25.52％(283/1 109),GⅠ亚型占1.35％(15/1 109);不同性别人群诺如病毒检出率差异无统计学意义(P＞0.05);不同年龄组人群中诺如病毒检出率分别为16.94％(＜5岁)、19.45％(5～18岁)和32.26％(≥18岁);全年均可检出诺如病毒感染,高发季节为12月至次年3月,阳性率为29.67％～ 37.08％.序列分析显示,GⅡ基因亚型中以GⅡ-4/Sydney株为主(46.43％,13/28),其次为GⅡ-4/2006b株;GⅠ基因亚型中以GⅠ-1亚型为主(55.56％,5/9).结论 诺如病毒是导致2014-2015年杭州地区急性胃肠炎的主要病原之一,GⅡ基因亚型特别是GⅡ-4/Sydney变异株和GⅡ-4/2006b变异株是该地区流行的优势毒株.
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在鲍曼不动杆菌儿童分离株中发现bla ADC的一种新亚型
目的 检测28株儿童临床分离的鲍曼不动杆菌(AB菌),研究其产生bla ADC型的头孢菌素酶的基因型.方法 收集2006年分离自儿科临床的28株AB菌,采用VITEK-32全自动微生物鉴定仪GNI和GNS卡进行细菌鉴定和药敏试验.bla ADC基因检测用聚合酶链反应(PCR)方法及序列分析确定其基因型.结果 检测的28株AB菌有3株呈多重耐药性,阳性率10.71%,bla ADC检出17株,阳性率60.71%,28株菌对头孢西丁均耐药,bla ADC阳性菌株中对氨苄西林/舒巴坦均敏感,哌拉西林/他唑巴坦只有1株耐药,而对氨苄西林/舒巴坦和哌拉西林/他唑巴坦耐药的菌株中并未分离出bla ADC.2号株的bla ADC序列与GenBank中的gi|7258342|emb|CAB77444.1|相比在第4位、第242位、第342位、第376位氨基酸发生了改变.结论 儿童临床分离的AB菌60%以上携带bla ADC,在所携带的bla ADC中随机抽取1株进行了核苷酸序列分析,发现与目前在GenBank中登录的国内外型别均不同,为新亚型.
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昆明市静脉注射吸毒人群丙型肝炎病毒基因型分析
目的 研究云南省昆明市静脉注射吸毒人群(IDUs)中丙型肝炎病毒(HCV)基因型的流行特点.方法 2014年4-7月在昆明市连续收集276份IDUs的血浆,其中199份样品为HCV抗体阳性,提取RNA后用巢式PCR对E1E2基因和NS5B基因的部分片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,所得序列通过构建系统进化树确定HCV的分子亚型.结果 结合2个基因片段,共有125份样品获得了分型结果,3b为主要的亚型,占48.8％(61/125);其他亚型按照比例依次为3a(30.4％,38/125)、6n(14.4％,18/125)、6a(3.2％,4/125)和1b(3.2％,4/125).各HCV亚型按性别、婚姻、民族和HIV-1抗体是否阳性差异无统计学意义,按年龄分布差异有统计学意义,45岁以下组亚型多样化.分别计算不同亚型在E1E2和NS5B基因区的基因距离,结果显示3a、3b和6a亚型的基因距离大于1b和6n亚型的基因距离.3a、3b、6a 3种亚型中3b亚型毒株的基因距离大于3a亚型毒株.结论 昆明市IDUs人群中HCV存在5种亚型,3b和3a是主要毒株且在该人群中具有较长的流行时间.
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北京地区流行性腮腺炎野病毒与疫苗病毒基因特征比较
目的 比较北京地区流行性腮腺炎病毒流行株和疫苗株的基因特征,初步分析疫苗效果不佳的原因.方法 通过病例免疫史分析、病毒分离鉴定、SH基因序列分析,与其他基因型参考株进行同源性比较及血凝素-神经氨酸酶(HN)基因氨基酸关键位点变异分析.结果 病毒分离阳性病例共38例,其中IgM阴性7例.在2007和2008年,病毒分离率、RT-PCR阳性率、IgM抗体阳性率都有明显下降,同时有免疫史的病例增多.实验证明无免疫史的病例病毒分离和IgM抗体阳性率更高.38株病毒均属于F基因型,疫苗株属于A基因型.SH基因流行株之间核苷酸大差异为5.6%,与疫苗株的差异为16.0%～18.1%.部分北京株SH蛋白中保守的疏水性氨基酸发生变化,如第8位:6株L→F.各流行株之间FIN蛋白氨基酸序列大差异为2.3%,与疫苗株差异为4.2%～5.3%.在HN上决定交叉中和能力的氨基酸位点,北京株与疫苗株存在差异,如在354位和356位,所有北京株与疫苗株都不同.北京株在HN上的N-糖基化位点也和疫苗株存在差异,如在464～466位置上为NCS,疫苗株为NCR.另有18个未知功能的氨基酸位点,所有北京株与疫苗株不同.结论 近年北京地区流行的腮腺炎病毒优势株为F基因型,未发现基因型间变异,已存在较大型内差异.北京株和疫苗株在SH和HN蛋白上都存在较大差异.
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山东省某地屠宰场猪肝内戊型肝炎病毒感染状况研究
目的 研究商品猪肝脏内戊型肝炎(戊肝)病毒(HEV)的检出状况及其基因分型.方法 采集35份山东省某个人屠宰场和某城镇大型屠宰场内的猪肝,处理后采用逆转录-巢式聚合酶链反应(nested RT-PCR)方法检测HEV RNA.并与GenBank中登录的HEV全长序列进行同源性分析.结果 35份猪肝标本中共有3份检出HEV RNA,阳性率为8.57%.同源性分析显示这3株病毒均为Ⅳ型HEV.结论 即将上市的商品猪肝脏内存在HEV感染,其基因型与中国大陆HEV流行株相同,均为基因Ⅳ型.
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新疆地区2003-2004年麻疹野病毒分离株基因特征分析
目的 了解新疆地区流行的麻疹野病毒基因型和亚型特征.方法 对2003-2004年用健康产要儿脐带血单个核细胞分离的麻疹野病毒进行分子流行病学分析.采用逆转录-聚合酶链反应对麻疹病毒N基因C末端676个核苷酸片段进行扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测定.通过分析C末端450个核苷酸序列构建基因亲缘关系树,并分析毒株变异情况.结果 2003年和2004年各分离麻疹病毒3株(XJ03-26、XJ03-27、XJ03-74、XJ04-146、XJ04-150、XJ04-152),除XJ03-26株与沪191株核苷酸差异＜1%,属疫苗相关株A基因型外,其余5株均为H1基因型.其中XJ03-27、XJ03-74、XJ04-150和XJ04-152与H1a参考株China9322的核苷酸差异为0.5%～1.6%,同属于H1a亚型;XJ04-146与H1b参考株China9475的核苷酸同源性为98.7%,属于H1b亚型.4株H1a毒株分属两组(即XJ03-27与XJ04-150,XJ03-74与XJ04-152),每组内毒株N基因碳末端450个核苷酸序列几近相同无差异,但两组间毒株却存在较大变异,核苷酸差异达6.1%(27个核苷酸差异).结论 新疆地区2003-2004年流行的麻疹病毒以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型.
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华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒携带率和基因分型分析
目的 了解华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒(HEV)的携带率和基因分型.方法 2007-2009年收集华东和华南地区5家屠宰场商品猪胆汁600份,应用巢式RT-PCR方法检测HEVRNA,测序后做系统进化分析.结果 600份猪胆汁中有47份(7.83%)分离出HEVRNA.基于HEV ORF2区域内150-nt序列的系统进化分析结果,分离的47份HEV病毒株均属于Ⅳ型,与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型参考病毒株的核苷酸同源性分别为75.0%～83.4%、75.0%～84.6%、71.9%～80.7%和88.1%～91.5%,且大部分病毒株按采样地区来源表现出地区聚集性.结论 HEV在华东和华南地区的商品猪中广泛存在,应加强对商品猪食用安全问题的关注.
