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乙型肝炎病毒基因型和血清亚型在我国部分地区的分布及其特点
目的研究乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)基因型和血清亚型的分布特点及其基因的相关性.方法湖南、广西、河南和河北4省(区)25个县(市)280例慢性HBV携带者,应用聚合酶链反应(PCR)扩增和脱氧核糖核酸(DNA)序列分析,确定HBV基因型和血清亚型.结果HBV基因型B、C和D均有分布,分别占29.3%、67.9%和2.9%,其中B和C为优势基因型.adr、adw2、ayr、ayw1、ayw2和ayw3等6种血清亚型均有分布,其中adr和adw2为优势血清亚型,分别占64.3%和31.4%.基因型B与adw2血清亚型,基因型C与adr血清亚型有非常密切的基因相关性.280例HBV携带者表面抗原基因序列每100个核苷酸的平均置换频数为2.94.基因型B(adw2血清亚型)毒株核苷酸置换频数为5.63(5.48),而基因型C(adr血清亚型)仅为1.6(1.51).结论HBV基因型和血清亚型的分布均有明显的地区性;基因型B及相对应的adw2血清亚型毒株的基因可变性明显高于基因型C及相应的adr血清亚型.
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中国经血传播人群中艾滋病病毒-1与丙型肝炎病毒亚型分布研究
目的了解中国部分地区静脉吸毒人群和不洁献血人群中艾滋病病毒-1(HIV-1)与丙型肝炎病毒(HCV)亚型分布的相关性及其流行模式.方法以聚合酶链反应(PCR)技术扩增HIV-1 gag的p17区和env的C2V3区,HCV5'NCR区和E1/E2区,并对扩增产物进行测序.采用ClustalW软件对所得序列进行基因树分析.结果共检测了239例HIV-1感染者,其中HCV阳性率为56.9%(136/239).在136例HIV-1/HCV混合感染者中,96.3%是通过静脉吸毒(IVDU)和不洁献血途径而感染的.IVDU(感染者主要来源于新疆、云南和广西)的HIV-1亚型主要为C型,其HCV基因型为1b、3a、3b和4型.而不洁(输)献血人群的HIV-1主要为B型,其HCV基因型以1b和2a为主.结论中国发现多种HIV-1亚型和HCV基因型,提示这两种病毒的流行是多种途径感染的结果,序列同源性程度之高提示这两种病毒感染是在相当近的一段时间内爆发感染的.不洁献血者HIV-1和HCV病毒株不同于IVDU的病毒株,说明传播方式的重要性要远远大于地域分布的重要性.
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乙型肝炎病毒基因型和前C及基本核心启动子突变与乙型肝炎疫苗阻断母婴传播的关系
目的 探讨乙型肝炎(乙肝)病毒(HBV)基因型和前C及基本核心启动子(BCP)突变与乙肝疫苗阻断母婴传播的关系.方法 采集江苏省16对乙肝疫苗阻断失败的母婴血清样本32份,以及88对阻断成功的母婴血清样本176份.以型特异性引物PCR法检测16对乙肝疫苗阻断失败的母婴和88例阻断成功的母亲血清样本中HBV基因型,用PCR产物直接测序法检测HBV前C/BCP突变,采用Clustal W 1.8软件进行序列分析.结果 在16例阻断失败的母亲中,15例(93.8%)为HBeAg阳性,且均为C型(15/15,100%);88例阻断成功的母亲中,51例(58.0%)为HBeAg阳性,其中C基因型占45.1%(23/51).在HBeAg阳性母亲中,阻断失败组的C基因型检出率明显高于阻断成功组(χ2=14.3,P=0.003).但在C基因型HBeAg阳性母亲中,阻断成功组与失败组的T1762/A1764突变率差异无统计学意义(分别为13.3%和33.3%,P=0.4),且均无A1896突变.结论 感染HBV基因C型的母亲可能更易导致乙肝疫苗阻断失败,而前C/BCP基因突变与阻断母婴传播无关.
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中国11城市乙型肝炎病毒慢性感染者中乙型肝炎病毒基因型分布
目的 了解中国乙型肝炎病毒(HBV)慢性感染者中HBV基因型的分布情况.方法 收集北京、清远、深圳、石家庄、汉川、南京、长春、济南、聊城、宁波和温州市共1214份HBV DNA阳性的慢性HBV感染者血清样本,用型特异性引物聚合酶链反应法(PCR)进行基因型测定,并对其中部分样本以PCR产物直接测序验证.结果 在1214份血清中,检测到A基因型9例,占0.7%;B基因型345例,占28.4%;C基因型709例,占58.4%;B、C混合基因型(B+C)151例,占12.4%.未检测到其他基因型.北方地区(长春、北京、石家庄市等)慢性HBV感染者中,C基因型比例较高,分别为58.2%、67.5%和63.6%,山东省聊城和济南市的C基因型比例分别高达90.2%和87.9%.随地理位置南移,B基因型比例逐渐增加,广东省清远和深圳市的B基因型比例分别为71.4%和63.6%.结论 HBV基因型分布有明显地区差异.在中国慢性HBV感染者中,HBV C和B基因型为主要流行株.北方地区以C基因型为优势株,而南方地区则B基因型较为多见.
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中国HIV-1基因亚型分布及流行趋势
目的：分析我国HIV-1基因型的分布及变化趋势。方法计算机检索中国医院知识总库（CHKD，1994-）、万方数据资源系统（1998-）、中国生物医学文献数据库（CBMDisc）以及PubMed数据库，并结合文献追溯的方法，收集我国HIV-1基因分型的相关文献，提取符合标准的文献信息，对相同的HIV-1亚型分别按地区、研究时间、研究人群分组，并进行数量合并，计算百分比。结果共纳入175篇文献，包含285条记录。我国HIV-1流行广泛的毒株为CRF01_AE、CRF07_BC重组型，以及B’亚型，但不同地区基因亚型存在差异。北方地区流行毒株比较单一，且流行较稳定。南方地区HIV-1毒株的亚型分布较为复杂，存在多种亚型及流行重组型，同时存在一定比例新的独特重组亚型流行。我国早期HIV-1以B’及C亚型流行为主，近年来，尤其是2007年以后，CRF01_AE重组型逐渐增高，成为我国优势毒株，同时存在一定比例的CRF07_BC、CRF08_BC重组型和B’亚型流行。结论我国HIV-1基因型地区分布、人群分布差异较大，且随着时间的推移，基因型分布产生较大的变化，流行更为复杂。
关键词： 人类免疫缺陷病毒-1 基因型 系统综述 -
拉米夫定早期疗效与乙型肝炎病毒基因型的关系
目的研究拉米夫定早期疗效与乙型肝炎病毒(HBV)基因型的关系.方法选取2001至2002年拉米夫定治疗12个月的595例慢性乙型肝炎患者作为研究对象,分别对HBV基因型和DNA(HBV DNA)、HBeAg/抗Hbe及治疗12个月后的酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸(YMDD)变异进行检测,应用SPSS软件分析数据.结果 595例慢性乙型肝炎患者中,A型8例(1.4%),B型53例(8.9%),C型360例(60.5%),BC混合型112例(18.8%),AC混合型14例(2.4%),AB混合型15例(2.5%),ABC混合型6例(1.0%),未分型者27例.拉米夫定治疗12个月后HBV DNA阴转率:B型87.2%,C型89.51%,BC型93.04%,三者比较,差异无统计学意义;HBeAg血清转换率:B型11.65%,C型20.64%,BC混合型18.57%,三者比较,差异无统计学意义;治疗12个月时HBV DNA出现反跳的病例中,69例发生了YMDD变异,其中C型46例(15.38%),B型9例(16.98%),BC混合型14例(13.86%),差异无统计学意义.结论拉米夫定早期疗效与HBV基因型、HBeAg血清转换率、HBV DNA水平及YMDD变异未见直接关系.
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2017年河南省登革热疑似病例的实验室诊断与分子溯源
目的 对2017年河南省报告的登革热疑似病例进行实验室确诊,从分子水平追踪其来源.方法 血液标本(3～5 ml)来源于2017年河南省传染病监测网络直报系统中上报的8例登革热疑似病例,按照《全国登革热监测方案》对病例进行个案调查.血液样本分离血清后,通过检测血清中登革病毒非结构蛋白1抗原(NS1)、IgM和IgG抗体以及病毒RNA进行实验室确诊;对于登革病毒RNA检测阳性的样本进行荧光PCR分型诊断和E基因序列扩增,阳性扩增产物测序后进行同源性比对.结果 8个登革热疑似病例中6例确诊为登革热实验室诊断病例,均为境外输入;其中5例病例登革病毒RNA检测阳性,经分型检测发现,登革病毒1型为1例,2型和3型各2例;对1例登革病毒2型和1例3型病例成功进行了分子溯源,其中由巴基斯坦输入的登革病毒2型病例核酸序列属于cosmopolitan基因型,与巴基斯坦2013年登革病毒2型KJ010186一致性高,为99.0%;由马来西亚输入的登革病毒3型病例核酸序列属于Ⅰ型基因型,与2014年新加坡登革病毒3型KX224276一致性高,为99.0%.结论 2017年河南省登革热病例经实验室诊断和分子溯源证实均为输入性病例,未引起本地流行.
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2009—2016年上海人冠状病毒OC43分子流行病学研究
目的 分析上海2009年11月至2016年4月人冠状病毒(HCoV)流行特征,以及HCoV-OC43基因型分布和变异变迁规律.方法 收集2009年11月至2016年4月期间上海7家哨点医院感染科急性呼吸道感染患者的临床资料和呼吸道样本,包括咽拭子、痰、鼻咽抽吸物和肺泡灌洗液,共6059例.采用HCoV通用引物对患者样本进行检测并测序分型.HCoV-OC43阳性样本进一步采用特异性引物对刺突蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶(RDRP)和核衣壳蛋白全基因进行扩增和测序,并通过全基因序列构建进化树对HCoV-OC43进行基因分型和进化分析.结果 共检出HCoV 63株(1.04%),其中HCoV-OC43检出数多,为34株,其后依次是HCoV-229E和HCoV-HKU1,检出数分别为18和10株,而HCoV-NL63、重症急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)均未检出.29例HCoV-OC43阳性样本获得刺突蛋白、RDRP和核衣壳蛋白全基因序列,根据进化树分析显示,其中27例为D型,2例为B型,而其他基因型E、F、G均未检出,其中D型为主导基因型.进一步分析与HCoV-OC43进入宿主和中和抗体产生相关的刺突蛋白发现,刺突蛋白重要的功能结构域——N端结构域(NTD)和受体结合结构域(RBD)含有较多氨基酸变异和阳性选择位点,并伴有氨基酸插入/缺失.13个阳性选择位点均位于NTD或RBD,其中10个位于NTD,3个位于RBD.结论2009—2016年,上海流行的HCoV主要为HCoV-OC43,其中D型为优势基因型.刺突蛋白的NTD区和RBD区是HCoV-OC43进化过程中的高变区域,伴有氨基酸替换、氨基酸插入/缺失.
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青海高原鼠疫病原生态学研究
目的 分析青海高原鼠疫病原生态学特征.方法 以青海省内1954-2012年不同地区、宿主、媒介体内分离的952株鼠疫菌作为研究对象,采用分子生物学技术与常规技术及地理信息系统(GIS)对其进行表型特征、质粒谱、基因组分型、宿主及媒介感染谱等分析,并从病原生态学角度对青海高原鼠疫病原学特征、地理分布、主要宿主、主要媒介等方面特征进行了探讨.结果 青海高原鼠疫菌的生态型为青藏高原型占91.49％ (871/952)、祁连山型占6.41％(61/952)、青海田鼠型占1.26％(12/952).83.6％(796/952)的鼠疫菌4种毒力因子检测均为阳性(荚膜抗原、鼠疫杆菌素Ⅰ、毒力抗原因子、色素沉着因子),93.26％(367/392)的鼠疫菌毒力检测结果显示为强毒菌.725株分离自青海高原鼠疫自然疫源地的鼠疫菌共携带有9种质粒,其中喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地分离的713株菌包含9种质粒,相对分子质量(Mr)分别为6×106、7 ×106、23×106、27×106、30×106、45×106、52 × 106、65×106和92×106.青海田鼠鼠疫疫源地的12株菌只携带3种质粒,Mr分别为6×106、45×106、65×106.携带大质粒(Mr分别为52×106、65 × 106和92×106)的鼠疫菌独自规律地分布在特定的地理位置,具有分类属性.青海高原两类鼠疫自然疫源地的841株菌株共发现有11个基因型,其中喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地以5、8型为主,共611株,8型菌株占56.00％(471/841),5型菌株占23.07％(194/841);还发现了3个新的基因型,即新1(62株)、新2(52株)、新3(48株)型;青海高原青海田鼠鼠疫疫源地12株鼠疫菌基因型为14型.结论 青海疫源地内主要宿主和传播媒介直接影响鼠疫流行的空间分布规律及病原体特征,且鼠疫生态地理景观多态性导致了鼠疫菌基因型的复杂性.
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杭州市2004-2011年戊型肝炎流行特征及病原学分析
目的：分析杭州市2004-2011年戊型肝炎（简称戊肝）的流行特点以及戊肝病毒基因分型特点。方法利用中国疾病预防控制信息系统《疾病监测信息报告管理系统》，收集2004-2011年杭州市戊肝的发病情况及患者的基本信息。于2011年在杭州市定点传染病医院，采用随机数字表法选取实验室已确诊的戊肝患者65例，采集其血液标本60份及粪便标本18份；在全市范围内采用随机整群抽样的方法选取杭州市1个城区及2个周边县区，选取该区生猪定点屠宰场及农户作为采样点，采集猪胆囊标本52份，采集散养猪和兔子的粪便分别为30和15份。对标本进行戊肝病毒检测，并进行基因提取和基因序列分析，将测得的核酸序列与GenBank数据库中戊肝病毒毒株的基因序列进行比对，并绘制进化树。对2004-2011年杭州市戊肝发病流行特征进行描述，分析杭州市各年份及性别间戊肝发病率的差异。结果2004-2011年杭州市累计报告戊肝患者3490例，死亡3例，年平均发病率为5.79/10万（3490/60276338）。不同年份间发病率呈上升趋势（χ2＝52.38，P＜0.01），其中2011年高，为8.10/10万（705/8700373），2005年低，为4.19/10万（304/7259008）；男性[8.12/10万（2474/30450990）]高于女性[3.46/10万（1016/29384491）]（χ2＝558.45，P＜0.05）。采集确诊患者血液及粪便标本共78份，检出阳性标本16份，阳性率为21％，采集猪胆、猪粪便、兔子粪便标本共97份，检出2份兔子粪便阳性标本，阳性率为2％。杭州市分离的戊肝病毒基因以Ⅳ型为主，同源性为91.8％～100％；与人戊肝病毒Ⅳ型毒株同源性为84.6％～96.7％；与猪分离的戊肝Ⅳ型病毒株同源性为82.6％～95.2％。结论杭州市戊肝发病年呈逐年上升趋势，戊肝病毒基因型以Ⅳ型病毒株为主，在人群中与猪群中存在高度同源性。
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云南省271株结核分枝杆菌分离株基因分型研究
目的 分析云南省6州(市)结核分枝杆菌分离株的基因分型情况.方法 实验菌株来源于2014年1—12月在云南省6个州(市)疾病预防控制中心保存的结核分枝杆菌临床分离菌株,共271株.采用Spoligotyping和12个VNTR位点的多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA),对上述结核病分枝杆菌分离株进行基因分型,Spoligotyping分型结果与SITVITWEB数据库进行比较确定菌株的基因家族,MLVA结果采用BioNumberics 5.0软件进行聚类分析.结果271例结核病患者年龄为(41.9±15.1)岁,男性为196例(72.32%);其中普洱市来源的菌株数多,共94株(34.69%).Spoligotyping分型:271株菌可分为40个基因型,包括16个基因簇和24个独立基因型;其中北京基因型菌株为151株(55.72%),非北京基因型为120株(44.28%).MLVA分型:分位2个基因群,包括207个基因型(30个基因簇,177个独立基因型),成簇率为23.62%;其中Ⅰ群为120株,成簇率为16.67%;Ⅱ群为151株,成簇率为29.14%.12个VNTR位点在全部MTB中的总分辨力为0.993,北京基因型和非北京基因型菌株中的总分辨力分别为0.982和0.995.结论 云南省结核分枝杆菌主要流行株仍以北京基因型为主,结核分枝杆菌基因型存在明显多态性分布,部分地区可能存在北京基因型的近期传播,应开展早期快速诊断和治疗,切断传播链,防止结核病疫情暴发.
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湖北省新分离的二株乙型脑炎病毒全基因组序列特征分析
目的 对2008年湖北省新分离的2株乙型脑炎(简称乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,了解当地乙脑病毒株的分子生物学特性.方法 病毒复苏鉴定后,使用覆盖乙脑病毒全基因组的16对特异性引物,RT-PCR法扩增乙脑病毒HBZG08-09株和HBZG08-55株的全基因组片段,直接测序拼接获得全基因组序列.使用ClustalX 1.83、MegAlign、Mega 4和Genedoc 3.2等生物学软件进行序列比对、核苷酸和氨基酸同源性分析、系统进化分析及氨基酸位点差异分析.结果 新分离的2株乙脑病毒基因组全长均为10 965个核苷酸,从97位到10 392位为开放阅读框,编码3432个氨基酸,2株间的全基因组核苷酸和氨摹酸间源性分别是98.2%和99.7%.进一步的基因型研究显示HBZG08-09株和HBZG08-55株均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.2株病毒与我国近年来在河南及浙江的乙脑病毒分离株进化关系近.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2相比较,HBZG08-09株全基因组共存在82个氨基酸差异,HBZG08-55株存在84个氨基酸差异.但影响毒力或抗原的关键氨基酸位点未发生改变.结论 新分离的2株乙脑病毒均属于基因Ⅰ型,与疫苗株相比关键氨基酸位点未见变异.
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石棉作业对工人血浆中谷胱甘肽S转移酶活性的影响
目的探讨接触石棉是否会影响工人体内的谷胱甘肽S转移酶(GST)活性及GSTM1基因型对体内GST活性的影响.方法选择94名石棉作业工人及51名对照工人作为研究对象,通过问卷调查收集每人的一般情况和职业史等.采集静脉血分离血浆和淋巴细胞,血浆用于GST活性测定,淋巴细胞用于提取DNA进行GSTM1基因型分析.结果石棉作业工人血浆中的GST活性(23.0±6.9) U/L,明显低于对照组工人的(32.6±11.8) U/L,且随着石棉作业工龄的延长及累积石棉接触剂量的增加,工人血浆中的GST活性呈逐渐下降的趋势.用GSTM1基因型对两组工人进行分层后发现,携带GSTM1+/+和GSTM1-/-基因型的石棉作业工人,其血浆中的GST活性分别为(24.0±6.1) U/L和(22.5±7.3) U/L,均低于同种基因型的对照组工人,对照组分别为(38.1±13.2) U/L和(26.8±6.6) U/L.同时还发现,携带GSTM1-/-的对照组工人血浆中的GST活性明显低于携带GSTM1+/+者,而石棉作业工人组虽也有类似趋势,但差异无统计学意义.结论接触石棉可明显降低体内GST的活性.在对照人群中,GST活性受GSTM1基因型的影响,而在石棉作业工人中,这种影响不明显.
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郑州市男同性恋中HIV-1 gp41基因亚型分析
目的 了解郑州市男同性恋人群HIV-1流行株的亚型分布情况.方法 于2011年3-4月采集郑州市30例男同性恋HIV-1感染者的血样,应用逆转录及巢式PCR方法扩增HIV-1gp41基因并进行测序,应用BioEdit软件对序列进行校对编辑,应用美国洛斯阿拉莫斯国家实验室HIV核酸序列库和美国国立生物技术信息中心提供的在线分析工具进行比对分析,确定其基因亚型,应用MEG 3.1软件构建系统进化树,并对不同亚型gp41基因扩增区的基因离散率进行分析.结果 在30例男同性恋HIV-1感染者的血样中,共获得18个HIV-1 gp41基因序列,分别为CRF15-01B[50％ (9/18)]亚型、CRF01- E亚型[22％ (4/18)]、CRF07-BC亚型[22％ (4/18)]和B亚型[6％(1/18)].各亚型毒株均与各自的参考株聚集,CRF15-01B、CRF01- E、CRF07-BC亚型的组内基因离散率分别为0.050±0.007、0.052±0.009和0.082±0.012.结论 郑州市男同性恋人群HIV-1流行株亚型分布较复杂,重组型毒株已成为优势流行株.
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2015年浙江省HIV-1新重组型毒株分子亚型特征分析
目的 了解浙江省HIV-1新重组型毒株的分子亚型特征和重组结构.方法 于2015年4—6月,按照感染途径,采用分层随机抽样的方法抽取浙江省新报告的现住址为本省,且经实验室确诊、未接受抗病毒治疗的302例HIV感染者(不包括艾滋病患者)为调查对象.采用调查问卷收集调查对象的性别、户籍地、婚姻状况、传播途径和报告地区等信息.采集HIV感染者至少8 ml静脉血,运用RT-PCR和巢式PCR扩增感染者HIV-1毒株pol区基因序列,通过系统进化树筛选新流行重组型(CRF)毒株和独特重组型(URF)毒株,并对其进行分子亚型分析和重组分析.结果302例感染者中,发现18例感染了新CRF毒株或URF毒株,其中男男性行为传播为15例(83.3%),异性性传播途径为3例(17.7%);感染新CRF毒株为8例(44.4%),分别是CRF55_01B亚型为5例(27.8%)、CRF67_01B亚型为2例(11.1%)和CRF69_01B亚型为1例(5.6%);感染URF毒株为10例(55.6%),其中6例在pol区序列为CRF01_AE亚型和CRF07_BC亚型组成的两段重组毒株,3例在pol区序列为该两种亚型组成的三段重组毒株,另外1例尚不能准确判断其重组结构.重组来源分析的结果显示,浙江省2015年新发现的重组毒株与广东、安徽、河北、云南、辽宁等省份检测发现的毒株有较高同源性,序列相似度为94.4%~98.0%.结论 浙江省新型重组毒株主要为CRF毒株和以CRF01_AE和CRF07_BC为重组结构模式的URF毒株,且均为外地流行传播引进,跨地区形成传播链.
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2012年河南省丙型肝炎病毒感染状况及基因型分布调查
目的 调查2012年河南省丙型肝炎病毒(HCV)感染状况和基因型分布.方法 采用多阶段随机抽样的方法,于2012年3-6月在河南省抽取1～74岁常住人群32 203名,对其进行问卷调查,收集一般人口学信息、既往病史以及危险因素的暴露史等.采集5 ml静脉血,经ELISA和巢式RT-PCR法分别进行HCV抗体和HCV RNA检测；并对HCV RNA阳性样本进行非结构蛋白5区(NS5B)基因扩增和测序,对所测序列进行系统进化树分析和基因分型；分析不同特征调查对象抗-HCV、HCV-RNA阳性率及HCV基因亚型分布的差异.结果 在32 203名调查对象中,抗-HCV和HCV RNA阳性率分别为0.48％ (153/32 203)和0.24％ (78/32 203),其中男性分别为0.42％ (65/15 634)和0.23％ (36/15 634),女性分别为0.53％ (88/16 569)和0.25％ (42/16 596),性别间阳性率差异均无统计学意义(x2值分别为2.26和0.18,P值均>0.05).NS5B基因分型与分子进化分析结果显示,在71份HCV RNA阳性样本中,共有6种亚型,分别为lb、6a、3a、2a、3b和1a,所占比例分别为56.3％ (40/71)、19.7％(14/71)、11.3％ (8/71)、8.5％ (6/71)、2.8％(2/71)和1.4％(1/71)；感染者HCV基因亚型主要集中在lb和6a这两个分支上,两种亚型的Bootstrap值均为0.95.结论 2012年河南地区HCV流行处于较高水平,基因型亚型以1b和6a型为主.
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2001至2005年广州地区霍乱弧菌主要致病相关基因特征分析
目的应用多重聚合酶链反应(PCR)检测方法和测序研究近5年广州地区分离的霍乱弧菌的4种致病相关基因的携带情况及霍乱肠毒素基因ctxA的变异情况.方法针对霍乱肠毒素A亚单位基因(ctxA)、小带联结毒素基因(zot)、辅助霍乱肠毒素基因(ace)、毒素共调菌毛亚单位A基因(tcpA)设计引物,将多重PCR方法应用于广州地区分离的276株霍乱弧菌的致病相关基因的检测.对ctxA基因的PCR扩增产物进行核苷酸序列测定,探讨ctxA扩增产物的同源性.结果近5年广州地区分离的276株霍乱弧菌中,人源株中93.9%为致病相关基因A型(ctxA+tcpA+ace+zot+型)菌,其余6.1%为致病相关基因C型(ctxA-tcpA-ace-zot-型)菌,临床分离的致病相关基因A型菌分离自轻、中、重型病例和带菌者,其中有68.5%分离自轻型病例,21.9%分离自带菌者,临床分离的致病相关基因C型菌中有63.6%分离自轻型病例,36.4%分离自带菌者,C型菌引起带菌者的比例高于A型菌;78株环境分离株中9.0%为致病相关基因A型菌,35.9%为致病相关基因B型(ctxA-tcpA-ace+zot+型)菌,55.1%为致病相关基因C型菌.霍乱肠毒素基因ctxA变异较小.结论多重PCR方法揭示了广州地区霍乱弧菌致病相关基因模式的多态性,为深入研究人源和环境来源霍乱菌株致病相关基因的演化提供了有效手段,并对本地区霍乱的预防、控制和预警具有重要的指导意义.
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1954—2011年青海高原鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及地区分布
目的 研究青海高原鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的CRISPR基因型(类群)及其地区分布.方法 选取1954—2011年间青海高原境内各县/市从人鼠疫患者、宿主动物及媒介昆虫体内分离的鼠疫菌102株,采用传统的十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取鼠疫菌DNA.分别对YPa、YPb和YPc等3个CRISPR位点进行PCR扩增、测序,然后将所测得CRISPR序列与文献新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库检索比对,以鉴定CRISPR spacer阵列.后根据CRISPR spacer阵列的多态性对青海高原鼠疫菌进行基因分型,并描绘其地区分布特征.结果 102株鼠疫菌共发现40种spacer,包括YPa 22种、YPb 13种、YPc 5种,其中有5种新spacer,分别为a1'、a103、a104、b4'和b4';Ypa、Ypb和Ypc分别鉴定出16、10和5种不同的spacer阵列,新发现的spacer阵列为11种.102株鼠疫菌可被分为24个基因型,共归为9大CRISPR类群,分别为Cb4、Cb4'、Cb2、Ca37、Ca7、Ca7'、CaΔ5'、Ca35'和Cc3',其中Ca7、Ca7'、CaΔ5'、Ca35'呈现出显著的聚集性特征:Ca7主要分布在玉树、囊谦、称多、杂多、治多和曲麻莱;Ca7'分布于循化、同仁、泽库、同德、玛沁和贵南;CaΔ5'集中在祁连、刚察、门源、大通;Ca35'分布在湟源、海晏、刚察、天峻、德令哈、乌兰、都兰、兴海、共和和贵德.结论 青海高原鼠疫菌CRISPR种群结构复杂,Ca7、Ca7'、CaΔ5'和Ca35'是流行普遍的主要种群,这些种群呈现显著的地区分布特征,可以利用CRISPR分型技术加强该地区鼠疫检测和防控工作.
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浙江省分离到基因Ⅲ型乙型脑炎病毒
目的 分析1982-1983年浙江省媒介蚊虫中流行性乙型脑炎病毒(JEV)的分子特征与基因型别.方法 于1982-1983年从浙江省定海区和义乌市采集蚊虫样本3188只,用于病毒分离.应用C6/36细胞分离病毒,血凝抑制试验鉴定分离株.于2011年对JEV分离株活化,应用空斑形成单位( PFU)法测定病毒滴度;进行乳鼠脑内接种实验；对病毒PrM和E基因区扩增、测序,用生物信息软件将分离株与JEV疫苗株S 14-14-2和浙江2007-2010年JEV进行序列分析比较、并构建进化树.结果 从捕获的3188只蚊虫中,分离出1 1株可以引起C6/36细胞规律病变的病毒,病变时间为72 h,病毒滴度为2.5～6.47 lg PFU/ml,乳鼠脑内接种病毒后72 h死亡.病毒PrM区和E基因基因分型分析显示,浙江1982-1983年分离株属于JEV基因Ⅲ型,而浙江2007-2010年分离株则属于JEV基因Ⅰ型.对5株分离株E基因进行分析,病毒间核苷酸同源性在98.9％以上,氨基酸同源性在99.8％以上,5株病毒与疫苗株S 14-14-2之间核苷酸同源性在97.7％以上,氨基酸同源性为99.2％,共有10个共同的氨基酸差异位点,与2007-2010年浙江省JEV相比,核苷酸同源性为87.7％～ 87.9％,氨基酸同源性在98.8％以上.结论 1982-1983年从浙江省定海和义乌蚊虫中分离到的JEV属于基因Ⅲ型毒株.
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2012年北京市儿童来源A组链球菌耐药性及大环内酯类抗生素耐药基因特征
目的 了解2012年北京市儿童来源A组链球菌(GAS)的耐药性和大环内酯类抗生素耐药基因携带情况.方法 于2012年5-7月,从北京市36家医院收集GAS 199株.全部菌株均来自咽拭子标本.采用VITEK-2全自动微生物分析系统及GPS-67药敏测定卡检测菌株对10种抗生素(青霉素、氨苄西林、红霉素、克林霉素、四环素、左氧氟沙星、替加环素、万古霉素、利奈唑胺和链阳霉素)的小抑菌浓度(MIC值)；PCR方法检测大环内酯类抗生素耐药基因(ermA、ermB、mefA)；双纸片法(D实验)检测大环内酯类抗生素耐药表型.结果 199株GAS中,包括郊区101株(50.8％),城区98株(49.2％);111株(55.8％)分离自猩红热患者,88株(44.2％)分离自咽部感染患者.菌株对青霉素和氨苄西林敏感率均为100.0％ (199/199)；对红霉素、克林霉素和四环素耐药率较高,分别为96.5％ (192/199)、95.5％ (190/199)和92.0％ (183/199),对左氧氟沙星、替加环素、万古霉素、利奈唑胺和链阳霉素全部敏感.菌株对红霉素、克林霉素和四环素耐药率在不同地区、年龄和临床诊断间的分布差异无统计学意义(P＞0.05).全部菌株中,耐药基因ermB检出率为98.5％ (196/199),仅检测到5株携带ermA基因,未检测到mefA基因.全部菌株表现为固有型耐药,未检测到诱导型耐药.结论 2012年北京市儿童来源A组链球菌对克林霉素耐药率较高,对大环内酯类抗菌药物的耐药水平较高,以ermB基因介导的固有型耐药为主.
