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湖北省新分离的二株乙型脑炎病毒全基因组序列特征分析
目的 对2008年湖北省新分离的2株乙型脑炎(简称乙脑)病毒进行全基因组序列测定和分析,了解当地乙脑病毒株的分子生物学特性.方法 病毒复苏鉴定后,使用覆盖乙脑病毒全基因组的16对特异性引物,RT-PCR法扩增乙脑病毒HBZG08-09株和HBZG08-55株的全基因组片段,直接测序拼接获得全基因组序列.使用ClustalX 1.83、MegAlign、Mega 4和Genedoc 3.2等生物学软件进行序列比对、核苷酸和氨基酸同源性分析、系统进化分析及氨基酸位点差异分析.结果 新分离的2株乙脑病毒基因组全长均为10 965个核苷酸,从97位到10 392位为开放阅读框,编码3432个氨基酸,2株间的全基因组核苷酸和氨摹酸间源性分别是98.2%和99.7%.进一步的基因型研究显示HBZG08-09株和HBZG08-55株均属于基因Ⅰ型乙脑病毒.2株病毒与我国近年来在河南及浙江的乙脑病毒分离株进化关系近.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2相比较,HBZG08-09株全基因组共存在82个氨基酸差异,HBZG08-55株存在84个氨基酸差异.但影响毒力或抗原的关键氨基酸位点未发生改变.结论 新分离的2株乙脑病毒均属于基因Ⅰ型,与疫苗株相比关键氨基酸位点未见变异.
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2008年甘肃省新分离乙脑病毒的分子生物学特征
目的 对2008年甘肃省新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行序列测定和分析,明确新分离病毒的基因型别并对E基因序列的分子特征进行分析.方法 对新分离乙脑病毒的PrM和E基因区段进行PCR扩增并测定序列.使用ClustalX2.09、MegAlign和Mega4软件对核苷酸和氨基酸序列进行分析并绘制系统发生树.结果 系统进化分析结果显示6株病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,并且与2001和2002年越南分离株、2004年日本分离株及2004年我国四川省分离株进化关系较近.新分离株与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,E基因核苷酸同源性为87.5%～87.9%,氨基酸同源性为96.8%～97.2%.新分离株与疫苗株在E基因区段存在11处共同位点的氨基酸差异.结论 2008年甘肃省分离的乙脑病毒均为基因Ⅰ型乙脑病毒,新分离株E基因氨基酸序列与疫苗株相比有部分差异,但均不属于决定抗原性的关键位点.
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2008年辽宁省乙脑病毒分离株全基因组特征分析
目的 对2008年分离自辽宁蚊虫的乙脑病毒株进行全基因组序列测定和分析,了解其全基因组特征.方法 使用针对乙脑病毒全基因组测序引物,RT-PCR扩增片段,完成对病毒全基因组序列的测定.应用Chstal X(1.83)、ATGC(V4)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件完成全基因组核苷酸和氨基酸序列分析及病毒的系统进化分析.结果 乙脑病毒LN0828株基因组全长10 965个核苷酸,其中从97位到10 392位为开放读码框,编码3432个氨基酸.与GenBank中的32株乙脑病毒在全基因组水平的核苷酸总体差异率为1.6%～16.4%,氨基酸总体差异率为0.3%～5.1%.与减毒活疫苗株SA14-14-2相比,编码区共存在1186个核苷酸差异,86个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示LN0828株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 与该地区2002年和2007年乙脑病毒分离株高度同源,关键位点氨基酸未见变异.
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山东省新分离乙脑病毒(SD08-10株)全基因组序列特征
目的 对山东省新分离乙脑病毒SD08-10株进行全基因组序列测定和分析,全面了解其基因组特征.方法 设计乙脑病毒全基因组序列扩增引物,RT-PCR扩增片段,PCR产物直接测序,拼接后获得全基因组序列.采用Clestal X(1.8)、DNAStar、GENEDOC(3.2)、Mega(4.0)等生物学软件进行核苷酸序列及氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒SD08-10株基因组全长10 965个核苷酸,从97位到10 392位,共10 296个核苷酸编码一个开放阅读框,编码3432个氨基酸.与GenBank登录的所有59株乙脑病毒全基因组序列比较发现,其核苷酸总体差异率为0.7%～18.9%,氨基酸总体差异率为0.1%～5.2%.与目前使用的减毒活疫苗株SA-14-14-2株相比较,全基因组共存在1253个核苷酸差异,82个氨基酸差异.全基因组序列系统进化分析显示SD08-10属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒SD08-10株属于基因Ⅰ型,与2007年中国分离株SH17M-07进化关系接近.
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乙脑病毒基因Ⅰ、Ⅲ型特异性全基因组引物
目的 为构建高通量乙脑病毒全基因组序列测定平台,设计两套分别针对基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组的型特异性引物.方法 根据GenBank公布的乙脑病毒全基因组序列为参考信息,设计了两套基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒的基因型特异性扩增测序引物.并由其测定本研究室采集并分离得到的121株乙脑病毒全基因组序列,含63株基因Ⅲ型乙脑病毒,58株基因Ⅰ型乙脑病毒.结果 设计得到基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组扩增测序引物17对,基因Ⅰ型乙脑病毒型特异性扩增测序引物16对.使用两套引物完成121株乙脑病毒全基因组序列的测定.测定完成的基因Ⅰ型乙脑病毒全基因组序列平均值为40.037,基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组序列平均质量值为40.857.结论 本研究设计的两套型特异性引物能高效特异地完成基因Ⅰ型和基因Ⅲ型乙脑病毒全基因组序列的扩增,为构建高效稳定的乙脑病毒全基因组序列测定平台奠定了基础.
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浙江省基因Ⅰ型乙脑病毒全基因序列的测定及分析
目的 为了获得浙江省乙脑病毒基因组详尽的资料,研究基因Ⅰ型乙脑病毒的分子特征及变异程度,为乙脑病毒分子流行病学及其基因研究提供科学依据.方法 设计特异性引物、RT-PCR分段扩增XJ69和XJP613株全基因,PER产物纯化后克隆于T载体并进行序列测定.通过生物学软件进行核苷酸序列和氨基酸序列分析和病毒的系统进化分析.结果 新分离乙脑病毒XJ69和NJP613株全基因组全长均为10 964个核苷酸,含有一个开放阅读框架,编码3432个氨基酸.与GenBank中选择的32株乙脑病毒全基因序列比较发现,其核苷酸同源为83.5%～99.2%,氨基酸总体同源性为97.5%～99.7%.通过PrM/C区段、E区段及全基因序列进行系统进化分析均显示该毒株属于基因Ⅰ型乙脑病毒.结论 新分离的乙脑病毒XJ69和XJP613株属于基因Ⅰ型,与上海三带喙库蚊分离株SH17M-07关系为接近.
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云南省虫媒病毒的分离鉴定
目的了解云南省部分地区虫媒病毒的存在及流行情况.方法2002年和2004年从云南省5个县市采集蚊虫,经研磨、细胞接种分离病毒,通过实时荧光PCR、免疫荧光试验等方法进行鉴定,并对病毒的分子生物学特性进行分析.结果采集到4810只蚊虫,分离到12株致BHK细胞病变的病毒,经实时荧光PCR、免疫荧光试验等鉴定为乙脑病毒.新分离病毒DL-0437属于基因Ⅲ型乙脑病毒.结论2002年和2004年在云南5个县市采集4810只蚊虫中分离到12株乙脑病毒,是近年来在云南省首次分离到基因Ⅲ型乙脑病毒.
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森林脑炎病毒(TBEV)实时定量TaqMan PCR检测方法的建立
目的 建立快速检测TBEV的实时定量TaqMan PCR方法 .方法 根据GenBank发表的TBEV全基因组序列资料,在其C基因和NS5基因区段设计TBEV的特异探针和引物,在E基因区段设计普通PCR引物.以MDJ01株作为待检毒株,黄病毒属的另外7株病毒用来评价检测体系的特异性.测定病毒的TCID50值并制备病毒拷贝数标准品,分别用于制作病毒滴度和拷贝数标准曲线.与常规PCR方法进行了灵敏度比较,并建立了病毒感染小鼠的检测模型.结果 该检测方法的灵敏度可达到100拷贝/反应或0.1 TCID50,是常规PCR方法的十倍.作为对照的黄热病毒疫苗株17D、登革1～4型病毒、日本脑炎病毒、西尼罗病毒Chin-01株结果均为阴性,证明该体系具有良好的特异性.经过多批次、不同浓度样品的重复检测,批内和批间变异系数均小于5%,表明该体系具有较好的稳定性和重复性.结论建立了一种灵敏、特异、简便易行的TBEV的TaqMan实时定量PCR检测方法 ,为TBEV的预防控制和诊断提供了一种技术手段.
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WHO关于蜱传脑炎疫苗的意见书
此文介绍了目前国际上使用的奥地利、德国和俄罗斯制造的蜱传脑炎疫苗的免疫原性和效果、保护作用持续时间、加强免疫、安全性、交叉保护作用和成本效益等,以及WHO对使用该疫苗的政策.
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日本脑炎病毒蛋白与宿主蛋白的相互作用
日本脑炎病毒(JEV)隶属于黄病毒科黄病毒属,所致的日本脑炎为经蚊虫传播的人畜共患疾病,主要累及中枢神经系统,病死率高,因其致病机制复杂,至今尚无特异治疗方法.近年研究表明,JEV蛋白与宿主细胞蛋白的相互作用对病毒复制、嗜神经毒力、神经细胞增殖/凋亡、IFN抵抗及诱导宿主保护性免疫等方面可产生重要影响.此文重点从JEV基因结构、病毒结构和非结构蛋白及其功能等层面,对JEV主要编码蛋白与宿主细胞蛋白相互作用与影响作了综述.
