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绍兴市60株非结核分枝杆菌的耐药性检测
目的:分析绍兴市1997-2003年非结核分枝杆菌(NTM)耐药情况.方法:对60株NTM进行菌种鉴定及药敏试验.结果:NTM对对氨柳酸呈高度耐药,对链霉素、异烟肼、利福平和乙胺丁醇的耐药性较高,对阿米卡星、乙硫异烟胺较为敏感.堪萨斯分枝杆菌对抗结核药物较敏感,瘰疬、鸟-胞内、偶发分枝杆菌对抗结核药物耐药性较高.结论:绍兴市NTM引起肺病所占比例小,仅为2.8%,明显低于全国水平,NTM高耐药率应引起重视,有待解决的是研制新药与更有效的治疗手段.
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综合性医院非结核分枝杆菌临床分离株的菌种分布特征分析
目的 了解上海市当前流行的非结核分枝杆菌(NTM)病原谱,研究临床分离NTM的菌种分布特征,提高NTM的诊断水平,为指导和有效防治NTM感染提供参考.方法 收集复旦大学附属华山医院2008年至2013年临床分离分枝杆菌阳性菌株,经热灭活处理抽提基因组DNA并采用16SrDNA、hsp65和rpoB 3个靶基因测序综合比对进行菌种鉴定.结果 2008年1月至2013年12月,分枝杆菌分离培养的阳性率为4.1％(411/10 015),对剔除重复后的253株阳性菌株鉴定发现140株属于结核分枝杆菌复合群,102株NTM,以及11株奴卡菌,分别占55.3％、40.3％和4.4％.其中NTM的阳性率从2008年的25.0％持续增长至2 013年的42.7％,2012年高(54.9％).进一步分析NTM菌种,菌种分布多达16种,其中数量多的主要是脓肿分枝杆菌28株、海分枝杆菌18株、鸟-胞内分枝杆菌复合群17株,以及偶发分枝杆菌10株,分别占27.5％、17.6％、16.7％和9.8％.结论 综合性医院临床分离NTM菌株数量及阳性率均呈上升趋势,NTM感染相关病例逐年增多,以脓肿分枝杆菌,以及海分枝杆菌、鸟-胞内分枝杆菌复合群和偶发分枝杆菌等为主.
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两种多位点聚合酶链反应技术在结核分枝杆菌复合群鉴定中的价值
目的：评价多位点聚合酶链反应(PCR)在儿童结核分枝杆菌复合群鉴定中的临床价值。方法收集经初步鉴定为结核病分支杆菌的临床分离株，分别经传统PNB/TCH鉴定，以及选择7基因位点16SrRNA、Rv0577、IS1561、Rv1510、Rv1970、Rv3877/8及Rv3120，及4基因位点ropB、RD1、RD8(present)、RD8(deleted)，采用聚合酶链反应(PCR)对其进行扩增和鉴定。结果共收集204株临床分离菌株，传统PNB/TCH鉴定结果为，结核分枝杆菌199株，牛结核分枝杆菌3株，非结核分枝杆菌2株。4位点PCR鉴定结果为，结核分枝杆菌196株，牛结核分枝杆菌2株，卡介苗3株，非结核分枝杆菌3株。7位点PCR鉴定结果为，结核分枝杆菌191株，牛结核分枝杆菌2株，卡介苗3株，非洲分枝杆菌Ⅰ型4株，山羊分枝杆菌和田鼠分枝杆菌各1株，非结核分枝杆菌2株。结论两种PCR方法均较传统方法简便快捷，且均可较快的鉴定结核分枝杆菌复合群更多的亚种。7位点能鉴定出除非洲分枝杆菌Ⅱ型以外的所有儿童结核分枝杆菌复合群的亚种。4位点在鉴定卡介苗菌株中更加迅速简便。
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苏州市肺结核可疑耐药患者非结核分枝杆菌检出分析
目的 了解苏州市肺结核可疑耐药患者的非结核分枝杆菌(NTM)感染情况.方法 对苏州市2012-2016年肺结核可疑耐药患者进行痰培养、菌型鉴定及药敏检测,并将检出的NTM患者与结核分枝杆菌(MTB)患者进行特征比较.结果 苏州市2012 2016年可疑耐药患者的NTM检出比例为12.9％,5年间差异无统计学意义(x2=1.277,P=0.865).检出NTM患者与MTB患者在性别、年龄构成上差异均有统计学意义(x2值分别为23.082、13.928,P值分别为0.000、0.003),有肺部空洞者所占比例差异无统计学意义(x2=0.943,P=0.332),可疑耐药患者和普通患者肺部空洞比例的差异有统计学意义(x2=103.885,P=0.000).结论 苏州市2012-2016年各年可疑耐药患者中检出NTM所占比例比较稳定.要大力发展鉴定NTM的新技术,建议每例肺结核患者都进行培养及菌型鉴定,以减少误诊及延误治疗.
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应用基因芯片检测分枝杆菌在关节结核早期诊断中的临床应用
目的 探讨基因芯片技术对关节结核的早期临床诊断价值.方法 抽取关节疾病108例患者的关节积液,应用基因芯片技术对关节积液进行分枝杆菌的检测及其菌种鉴定,并将结果与传统的抗酸染色法进行比较.结果 108例关节疾病中,确诊为结核性关节炎59例.基因芯片法显示结核分枝杆菌阳性51例,阳性率86.44％ (51/59)；非结核分枝杆菌感染8例,阳性率7.41％ (8/108)；2例复合阳性.抗酸染色显示阳性5例,阳性率8.47％(5/59),该5例基因芯片法也阳性.基因芯片法和抗酸染色法的结核分枝杆菌阳性检出率有统计学差异(P＜0.01).非关节结核49例基因芯片法检测结核分枝杆菌均阴性,特异度为100％.结论 基因芯片技术对鉴别结核分枝杆菌及非结核分枝杆菌分型具有快速、敏感、特异性高的特点,在关节结核早期诊断和治疗上具有重要临床价值.
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ITS基因测序分析对89株病原真菌鉴定的应用评价
目的 探讨内转录间隔区(ITS)基因扩增测序技术在病原真菌鉴定中应用价值.方法 应用通用引物ITS1和ITS4对收集的89株真菌(包括酵母菌标准菌株6株,室间质评菌7株,临床分离的酵母样真菌42株和丝状真菌34株)进行PCR扩增和基因测序.测序成功的ITS序列在CBS数据库(http://www.cbs.knaw.nl/Collections)进行序列比对,结合Mycobank(http://cn.mycobank.org/)分类信息以获得其菌种鉴定信息.结果 89株不同种类的真菌均成功扩增到ITS靶基因,经测序,89株真菌均获得扩增的全序列.序列比对结果显示,6株酵母菌标准株中,5株鉴定到种,1株鉴定到属;7株室间质评株中,1株酵母菌鉴定到种,6株丝状真菌中2株鉴定到种,1株鉴定到属,3株鉴定到复合群;42株临床分离的酵母样真菌中,39株鉴定到种,3株鉴定到属;34株临床分离的丝状真菌中,10株鉴定到种,18株鉴定到属,6株鉴定为复合群.结论 通用引物ITS1和ITS4广谱性强.ITS基因序列扩增和测序分析可快速、有效鉴定临床疑难真菌,但仍存在数据分析过程烦琐和结果解释困难的问题.
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基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用
目的 对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌(编号Wenzhou1)进行菌种鉴定.方法 采用Illumina二代测序平台2000/miSeq系统对实验菌株进行高通量测序,MicrobeTrakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接.在GenBank数据库中,对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列进行NCBI BLAST分析,获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息.Java 8运行环境,OrthoANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列NCBI BLAST搜索和全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析.结果 测得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因组大小为1.96×106 bp,含74个重叠群(contigs).基因组G+C mol％为32.1％,与其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致.GenBank数据库NCBI BLAST分析结果显示,Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列与西班牙弗朗西斯菌FSC454和“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523为近缘.ANI分析显示,实验菌株Wenzhou1与西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI为97.8％,与“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523的ANI在97.5％～97.6％之间,而与土拉弗朗西斯菌的4个亚种的ANI在91.3％～91.5％之间.结论 基于全基因组序列的ANI分析是一种准确和有效的菌种鉴定方法.Wenzhou1可明确鉴定为西班牙弗朗西斯菌.
关键词： 西班牙弗朗西斯菌 平均核苷酸一致性分析 菌种鉴定 -
抗酸分枝杆菌菌种鉴定的快速、微量、直视方法
目的 创建一种经济、适用、快速、微量、直视的抗酸分枝杆菌菌种鉴定系统(以下简称"本法").方法 利用对硝基苯甲酸(PNB)对结核分枝杆菌有抑菌作用而对非结核分枝杆菌无抑菌作用的原理,对分枝杆菌标准菌株及,临床分离菌株进行PNB抑菌试验,以改良罗氏法(L-J法)对照,确定药敏试验适的PNB应用浓度.利用自行研制的电脑控制无级连续超倍放大、微量培养和图象采集系统,建立分枝杆菌菌种快速、微量、直视鉴定系统.结果 本法PNB的应用浓度为400μg/L;检出时间平均5.6 d.每实验孔仅需培养基100μl.本法结果与L-J法结果符合率达94.6%.结论 本法明显缩短了分枝杆菌鉴定的报告时间,节省试剂,简单、经济、实用.
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MPB64免疫胶体金快速检测法在分枝杆菌菌种鉴定中的应用
目的 研究MPB64免疫胶体金快速检测法在分枝杆菌菌种鉴定中的应用价值.方法 用MPB64免疫胶体金快速检测法对7种分枝杆菌标准菌株和分枝杆菌快速荧光培养法培养阳性标本进行菌种鉴定,并同时与传统的PNB改良罗氏(L-J)法鉴定结果进行比较.结果 结核杆菌标准菌株H37Rv、牛结核杆菌MPB64胶体金法与L-J法均为阳性,其余5种非结核分枝杆菌均为阴性;40株临床分离菌株两法结果符合率为100%.MPB64胶体金法在培养结果报告的当天即可作出鉴定结果,较传统方法提前了28 d.结论 MPB64免疫胶体金法在分枝杆菌菌种鉴定中能快速有效地区分结核杆菌与非结核分枝杆菌.
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26株马红球菌鉴定及药敏分析
Rhodococcus equi(马红球菌)于1923年首次发现并命名为Corynebacterium equi( 马棒状杆菌).后经细胞壁结构分析,发现本菌与棒状杆菌属有较大差异,因此将其归属为马红球菌.马红球菌是一种需氧、革兰阳性的多形性杆菌 ,对人类为机会致病菌,但近年来常有感染报道.本院从门诊和住院患者的标本中分离出26株马红球菌 .现将其鉴定及药敏结果报告如下.
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应用形态学及生理生化学的特征鉴定马拉色菌
马拉色菌(Malassezia)是寄生在人类皮肤上的正常菌群,其在特定的条件下可与花斑癣、脂溢性皮炎、银屑病、特应性皮炎及龟头炎等常见皮肤病的发病有关.目前马拉色菌鉴定主要依靠其在培养基中嗜脂性,菌落形态、孢子形态、生理生化特征和分子生物学来鉴定.但一般实验室均不具备分子生物学技术.我们以标准株作对照用传统微生物表型鉴定方法(形态学及生理生化学特征),将254株来源于皮肤科门诊就诊者的马拉色菌进行菌株鉴定,旨为不具备分子生物学鉴定水平的临床实验室能常规开展,寻找较为简单而行之有效的鉴定方法.
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南昌地区浅部真菌分布调查分析
我们对2001年在我院门诊就诊的浅部真菌病患者进行了真菌培养及菌种鉴定,以进一步观察了解南昌地区浅部真菌的分布情况.
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伊曲康唑治疗马尔尼菲青霉菌感染指甲1例报告
患者女,33岁,工人,4年前双手掌部外伤伴感染,给予大量抗生素治疗后,每年夏季双手脱屑,糜烂,冬季有所好转.2年前,右手食指及中指指甲变暗,甲板增厚,1年前左手中指、食指、小指受累;于2001年9月来我科就诊,作病甲真菌学检查,发现菌丝及孢子;甲屑真菌培养,菌种鉴定为马尔尼菲青霉菌.
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皮肤型孢子丝菌病致耳廓缺损二例
例1 女,32岁.因左耳廓斑块、破溃1年于2007年5月10日就诊于我科,病史不详.皮肤科检查:左耳廓浸润性暗红斑块,边界清楚,其上有一豆大浅溃疡、结痂,左耳轮边缘缺损.取皮损分别行组织病理检查及真菌培养.病理示真皮内弥漫性炎细胞浸润,主要为中性粒细胞、浆细胞、淋巴细胞及上皮样细胞,PAS染色阴性.真菌培养在沙氏培养基上见黑褐色酵母样菌落,菌种鉴定见特征性梅花状分生孢子及与菌丝呈直角的分生孢子柄.诊断:孢子丝菌病.患者失访,治疗情况不详.
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新疆喀什地区头癣分离菌株的鉴定及RAPD分型研究
为了解近10年来新疆南疆地区头癣致病菌的种类,我们于2001年对新疆南疆喀什地区确诊头癣患儿88例的病发标本,采用改良的KANE/FISCHER鉴定系统结合镜下形态,进行菌种鉴定,并与10年前头癣流行菌种比较,了解病原菌的变迁情况.并进一步将上述头癣分离菌中的31株紫色毛癣菌采用RAPD方法进行DNA分型,分析新疆地区紫色毛癣菌的DNA型特点,探讨其流行病学规律,为进一步防治打下基础.
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大连地区红色毛癣菌表型与皮肤癣菌病相关性分析
红色毛癣菌从形态学分5型[1],对表型及其致病性的研究报道不多.本科2002年1月至2003年10月,对在我科门诊就诊的红色毛癣菌病临床分离培养出的274株红色毛癣菌的表型以及与临床所致疾病的关系进行了初步分析.一、临床资料1.菌株来源:红色毛癣菌感染浅部真菌病274例中女80例,男194例.体癣69例,股癣126例,手癣18例,足癣15例,甲癣45例,皮肤坏死1例.2.真菌培养及鉴定:采用SDA培养基,用传统方法[2]进行菌种鉴定及分型,无色素菌株用脲素琼脂基再进行鉴定.
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男性非淋菌性尿道炎患者尿道中念珠菌的分离及药敏分析
非淋菌性尿道炎(NGU)病因复杂,通常认为主要由衣原体和支原体感染尿道引起,但是近年来随着广谱抗生素的广泛应用,男性NGU患者中念珠菌感染也有逐渐增多的趋势[1,2].为了解我国STD门诊中念珠菌感染引起男性NGU的比例、致病性念珠菌的种类及其对常用抗真菌药物的敏感性,我们对我院STD门诊162例男性可疑NGU患者进行了真菌培养,并对阳性标本进行菌种鉴定及药物敏感试验.
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用拓扑异构酶Ⅱ基因区巢式PCR法鉴别常见皮肤癣菌
皮肤癣菌病在人群中有较高的发病率,其临床表现、治疗效果等根据不同的病原真菌而有所不同,而且往往表现为一定的地域流行趋势[1,2],因此临床上快速准确地鉴定病原菌种对皮肤癣菌病的治疗和流行病学研究都显得相当重要.目前用于真菌菌种鉴定的分子生物学方法很多,用于分类研究的真菌基因包括编码核糖体的rDNA、某些蛋白质的编码基因、全基因组等[3,4].
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海洋放线菌WBF16的分类鉴定
鉴定抗菌活性放线菌WBF16的分类地位;通过观察其培养特征、生理生化特性,以及对其细胞壁组分和16S rDNA序列的分析,将该菌鉴定到种;该放线菌为链霉菌属假浅灰链霉菌的一个新菌株.
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南极放线菌菌株N-1抗菌活性物质的初步研究及其菌种鉴定
对一株从南极海泥样品中分离出的放线菌菌株N-1分泌的抗菌活性物质进行初步研究,并对该菌进行菌种鉴定.通过纸片法对其发酵液进行体外抗菌活性研究；将其发酵液调至不同pH用不同极性的有机溶剂萃取,研究该活性物质的酸碱性和极性；将调至不同pH值的发酵液按不同时间温度梯度做加热处理,研究该活性物质的稳定性；并通过形态学观察、培养特征、生理生化特征及16S rDNA分析方法对其进行系统发育分析和菌种鉴定.结果表明该菌株发酵液对耐青霉素G、苯唑西林、四环素、莫西沙星、氯洁霉素、红霉素等抗生素的葡萄球菌、无乳链球菌等有明显抗菌作用,其抗菌活性物质在酸性条件下有良好的热稳定性,碱性条件下易于被氯仿等有机溶剂萃取；菌种鉴定数据表明该菌归属于生金链霉菌(Streptomyces aureofaciens).研究确定南极放线菌菌株N-1为生金链霉菌,其代谢产生的抗菌活性物质稳定性好,大部分为极性中等的弱碱性化合物,对多重耐药菌有良好的抑制作用,有很好的研发价值.
