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VNTR检测技术
可变数串联重复序列(Variable Number of Tandem Repeat,VNTR)通常由二个核甘酸组成的单元如"胞嘧啶+腺嘌啉"(CA)经过若干次重复组成,由于重复的次数(即n值)是可变的,因而构成一种多态类型.在非严格定义的情况下,也称为微卫星重复多态,然而VNTR是从多态自身的结构特点来命名的,而微卫星重复多态是从此类DNA在梯度离心分离时所表现的特性提出来的.VNTR是近年提出的概念,因其在基因组中分布极为丰富,故应用日趋广泛.就某一VNTR而言,通常重复单元可以表现出几次到几十次不同的重复,并由此决定不同的长度类型,因而其蕴含的多态信息量(PIC)较大.
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血液系统疾病端粒长度研究进展
端粒是染色体末端的重要组成部分,是由500～2000个TTAGGG组成的串联重复序列[1].细胞进行有丝分裂时,端粒不能被完全复制,随着细胞分裂次数增多逐渐缩短.正常人外周血单个核细胞的端粒随年龄缩短的速度大约是50 bp/年[2],经过60～80次的复制分裂,端粒缩短到一定程度,细胞就不能继续增殖,继而发生衰老、凋亡[3].一旦细胞逃脱了凋亡途径而继续增殖、分裂,致端粒过度缩短失去保护染色体的功能,染色体容易发生末端溶解、异位、片段丢失,还可能启动肿瘤基因,导致肿瘤发生.
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粘蛋白MRC1及MUC2与胃肠道肿瘤的相关性研究进展
粘蛋白(MUC)是由体内多种上皮细胞分泌的大分子量的糖蛋白,迄今已发现有13种(MUC1-MCR13)[1,2].其分子由肽核心和糖链组成,其中糖链约占其重量的50%～90%,肽核心富含苏氨酸、丝氨酸和脯氨酸残基,糖链多以O型糖苷键与肽核心的苏氨酸、丝氨酸残基连接,其显著的共同特点是它们均有数目不等的串联重复序列.但各种粘蛋白又有其独特结构,重要区别在于内部核心蛋白区域的特异性及外周糖链的变异[3].粘蛋白在正常人体内主要存在于胃肠道、呼吸道、卵巢及乳腺等多种上皮组织中,其通常在上皮细胞表面分泌,并存在于上皮细胞的极性面,对正常的上皮起润滑和保护作用.而在肿瘤组织中MUC多出现异常表达,表现为量和质的改变.因此,检测MUC的表达可能作为一种新的标志物成为上皮肿瘤诊断的客观标准,并为临床的治疗及判定预后提供依据.
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雄激素受体基因多态性与雄激素代谢紊乱疾病的相关性
雄激素受体(AR)基因上的2个三核苷酸多态性重复位点(CAG)n及(GGN)n的片段长度多态性的争议一直很多,多数研究显示,这2个位点的多态性与某些雄激素代谢紊乱相关的病理状态有关,但不同种族人群的研究结果差异也较大.介绍AR结构及功能、AR基因组学、AR基因多态性与某些疾病的相关性,如前列腺癌、男性不育、多囊卵巢综合征,这些疾病中的AR基因多态性与雄激素代谢紊乱相关.
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嵌合体的动态定量检测在异基因造血干细胞移植中的应用
目的建立荧光标记的多重PCR扩增短串联重复序列(STR-PCR)结合毛细管电泳,定量检测供体细胞(DC)嵌合率的方法,并探讨该方法的连续定量检测对异基因造血干细胞移植(allo-HSCT)后转归的预警作用.方法采集31例接受骨髓移植(BMT)或非清髓外周血干细胞移植(NST)患者移植前、移植后不同时段的外周血或骨髓.DNA样本用ProfilerPlus商品化试剂盒扩增后,用ABI 310遗传分析仪进行毛细管电泳,确定基因位点及峰面积,根据供受体基因型的差异选择嵌合率计算公式.结果31例患者中15例(48.4%)为性别相合移植,只能通过STR-PCR进行嵌合体的定量分析;性别不合移植患者用STR-PCR和荧光原位杂交两种方法定量测得的DC嵌合率一致;31对供受体中能区别出供受差别的STR位点有6.7(2～10)个,所有患者均在移植后7天(+7天)出现供体来源的细胞,BMT组+7天、+14天和+1个月DC中位数均明显低于NST组,而在移植中后期无显著性差异.+21天时BMT和NST患者均达稳定嵌合,DC在92%以上;中位随访17(3.5～29.0)个月,26例患者DC≥90%,均获得持久植入,至今均为无白血病生存.另有5例患者出现不稳定混合嵌合(MC)状态(DC为27.3%～62.7%),其中4例复发,1例出现移植物被排斥.上述5例患者均在出现临床症状前发生DC下降;供体细胞完全嵌合(FDC)组移植物抗宿主病(GVHD)的发生率明显高于MC组.结论动态定量检测DC可用于移植动力学研究,对移植物早期植入或被排斥、本病复发以及GVHD均有预警作用,对实施临床干预治疗有指导价值.
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FLT3基因表达水平及内部串联重复突变与急性髓系白血病的关系及临床意义
目的 研究FLT3基因表达水平及内部串联重复(internal tandem duplication,ITD)突变与急性髓系白血病(AML)的关系及临床意义.方法 采用实时定量RT-PCR技术检测129例AML患者治疗前后共152份骨髓标本单个核细胞FLT3 mRNA,应用RT-PCR技术检测其中75例初发未治AML患者的FLT3/ITD突变.结果 80例初发未治AML患者FLT3 mRNA表达水平为0.1041(0～33.8736),10名正常人骨髓FLT3 mRNA表达水平为0.0020(0.0006～0.0040),差异有统计学意义(P=0.001).75例初发未治AML患者检出FLT3/ITD突变者11例,突变率14.7%,FLT3/ITD突变组的FLT3 mRNA表达水平为0.2200(0.0297～33.8736),与FLT3/ITD阴性组[0.0975(0～26.2200)]比较,差异无统计学意义(P=0.093).在M,患者中,FLT3/ITD阳性者缓解率显著低于FLT3/ITD阴性者(P=0.015).FLT3/ITD阴性的非M3患者中FLT3 mRNA高表达组(表达水平>0.04)患者的化疗缓解率(37.5%)显著低于低表达组(缓解率100%).追踪观察20例患者,完全缓解组的FLT3 mRNA表达水平迅速或缓慢下降至少1个对数级,未缓解组的FLT3 mRNA表达水平无明显变化.结论 AML患者FLT3 mRNA的表达量及FLT3/ITD突变,可作为评价AML患者治疗效果、估计预后的指标,为微量残留病监测、观察AML患者病情变化提供有用工具.
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非清髓异基因造血干细胞移植患者早期造血细胞嵌合体检测及其临床意义
目的研究非清髓异基因造血干细胞移植(NAST)早期造血细胞嵌合体变化规律,探讨分子植入(ME)与造血恢复、移植排斥的关系.方法应用短串联重复序列(STR)-PCR技术检测6例血液病患者NAST后外周血及骨髓中造血细胞嵌合体.结果NAST后5例早期移植成功的病例其外周血造血细胞嵌合体变化特点为:移植后1天(+1天)供者造血细胞嵌合比例为13%～60%,+7天嵌合比例均＞50%,+14天达到完全供者造血嵌合(FDC),+21～+28天嵌合比例稳定在80%～100%.这5例ME时间平均为+6天,较造血恢复时间提前5 d(P＞0.05).而1例在+7天嵌合比例＜50%,+14天为完全受者细胞,但其在+14天亦恢复自身造血.结论NAST早期造血细胞嵌合体检测及确定ME对判断植入、预测移植排斥具有重要意义.NAST后如+7天供者造血细胞嵌合比例＜50%、+14天仍未达到ME,预示着发生移植排斥的可能性较大.
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唐氏综合征产前基因诊断的初步研究
目的:探讨应用2l号染色体上D21S1411和D21S1413 STR基因座进行唐氏综合征基因诊断及产前基因诊断的可行性.方法:采用PCR复合扩增体系对34例细胞遗传学确诊的唐氏综合征患者和65例羊水标本、60例绒毛标本进行基因诊断,将基因诊断结果与细胞遗传学结果进行比较.结果:34例唐氏综合征患者基因诊断率为85.3%.65例羊水标本中检测出1例唐氏综合征胎儿;60例绒毛标本基因诊断未发现唐氏综合征胎儿,但染色体核型分析发现1例易位且有嵌合的唐氏综合征胎儿.结论:D21S1411和D21S1413 STR基因座复合扩增体系可以快速、简便地进行唐氏综合征的基因诊断及产前基因诊断.
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内皮型一氧化氮合酶基因多态性与原发性高血压的关系研究
目的:探讨天津市汉族人群内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因G894T和27 bp数目可变的串联重复序列(VNTR)多态性与原发性高血压的关系.方法:对500例研究对象根据血压分为原发性高血压组350例和对照组150例,采用PCR-RFLP对2组eNOS第7外显子G894T及第4内含子VNTR进行基因多态性分型.分析不同基因型与高血压发病的关系.结果:(1)2组eNOS G894T位点2组基因型和基因频率差异无统计学意义(P＞0.05).(2)高血压组eNOS第4内含子VNTR aa+ab基因型及a等位基因频率高于对照组(P＜0.05).(3) eNOS基因G894T和第4内含子VNTR对高血压的发生无协同作用.结论:eNOS基因G894T多态性与原发性高血压无关,而第4内含子VNTR多态性与原发性高血压存在相关性,两者无协同作用.
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天津汉族群体D21S11、D21S1440和Penta D STR基因座遗传多态性的研究
目的:研究天津汉族群体21号染色体上D21S11、D21S1440和Penta D 3个短串联重复序列(STR)基因座遗传多态性,为唐氏综合征(DS)基因诊断和产前基因诊断提供实验依据.方法:收集天津无亲缘关系的汉族个体332例,定量荧光PCR(QF-PCR)扩增STR基因座,ABI PRISM 377测序仪检测PCR扩增产物.根据3个STR基因座的基因型分布进行Hardy-Weinberg平衡检验.计算3个STR基因座的基因型频率、观察杂合度(Ho)、多态信息量(PIC)、个体识别率(DP)、非父排除率(PE)等群体遗传学数据.结果:D21S11、D21S1440和Penta D 3个STR基因座分别检出6、4、8个等位基因,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律.3个基因座的Ho分别为0.617、0.705、0.867,PIC分别为0.755、0.596、0.795,DP分别为0.916、0.794、0.931,PE分别为0.312、0.436、0.730.结论:D21S11、D21S1440和Penta D STR基因座在天津汉族群体杂合度高,是21号染色体良好的遗传标记,对DS的基因诊断有指导意义.
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天津汉族女性人群HPRTB、DXS6803、DXS6809 STR基因座遗传多态性研究
目的：研究天津汉族女性人群HPRTB、DXS6803和DXS6809 STR基因座的遗传多态性，为快速产前诊断X染色体数目异常提供实验依据。方法收集150例无亲缘关系天津汉族女性外周血样本，应用QF-PCR扩增HPRTB、DXS6803和DXS6809 STR基因座、毛细管电泳检测扩增产物、ABI Prism GeneMapper v3.0软件分析数据，从每个基因座中挑选2个纯合子进行测序、命名。采用χ2检验验证3个STR基因座基因型分布是否符合Hardy-Wein?berg平衡定律。用PowerStatsV12软件分析STR基因座的群体遗传学数据。结果150例样本均在24 h内扩增成功。HPRTB、DXS6803和DXS6809 STR基因座分别检出10、6、10个等位基因和22、12、29种基因型，其常见等位基因分别是14、13、14，出现频率高的基因型分别是14-14、12-13和13-14。基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律（χ2分别为10.554、5.783和15.355，均P＞0.05）。3个基因座的He分别为0.748、0.649、0.806，Ho分别为0.607、0.700、0.713，PIC分别为0.706、0.599、0.775，PD分别为0.894、0.814、0.931，PE分别为0.299、0.428、0.449。结论 HPRTB、DXS6803和DXS6809 STR基因座在天津汉族女性人群具有高杂合度、高遗传信息量，是X染色体良好的遗传标记，可用于X染色体数目异常的快速产前诊断。
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天津汉族胎儿D18S53、D18S59和D18S4883个STR基因座遗传多态性研究
目的：利用定量荧光PCR（QF-PCR）技术研究天津汉族胎儿18号染色体上D18S53、D18S59和D18S4883个短串联重复序列（STR）基因座遗传多态性，为18-三体综合征（ES）的产前基因诊断提供实验依据。方法收集天津地区64例绒毛和374例羊水样本，利用QF-PCR扩增STR基因座，4%聚丙烯酰胺凝胶电泳，ABI PRISM 377自动测序仪扫描电泳图，GeneScan软件分析荧光信号定量。根据3个STR基因座的基因型分布进行H-W平衡检验。计算3个STR基因座基因型频率、观察杂合度（Ho）、多态信息量（PIC）、个体识别率（DP）、非父排除率（PE）等群体遗传学数据。结果 D18S53、D18S59和D18S4883个STR基因座分别检出15、13、15个等位基因，基因型分布均符合H-W平衡定律。3个基因座的Ho分别为0.797、0.847和0.792；PIC分别为0.81、0.75和0.73；DP分别为0.944、0.901和0.881；PE分别为0.593、0.689和0.585。结论 D18S53、D18S59和D18S4883个STR基因座是18号染色体良好的遗传标记，对ES的产前基因诊断有指导意义。
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罕见的母亲串联易位(14;15)致畸1例
染色体着丝粒融合的罗伯逊易位导致胎儿畸形临床常见,但由串联易位致畸的病例罕见,现报告1例.
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抑郁症患者多巴胺转运体基因可变串联重复序列多态性研究
目的：探讨抑郁症患者多巴胺转运体（ DAT）基因3′非翻译区域的40 bp可变串联重复序列（ VNTR）多态性。方法选取2011年10月—2014年3月就诊于青岛大学附属医院和青岛市精神卫生中心住院及门诊的抑郁症患者116例作为抑郁组，同期选取青岛大学附属医院体检健康者172例作为对照组。应用聚合酶链反应-VNTR多态性分析技术行DAT基因VNTR多态性检测。结果共检测出520、480、440、380、360 bp 5种等位基因，分别为DAT基因的VNTR 多态性11、10、9、7.5、7次重复序列。6种基因型分别为：480 bp／480 bp、480 bp／440 bp、520 bp／480 bp、480 bp／380 bp、480 bp／360 bp、440 bp／440 bp。抑郁组和对照组的基因型分布和等位基因频率符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律（抑郁组：χ2＝1.380， P＝0.848；对照组：χ2＝0.051， P＝0.990）。抑郁组与对照组基因型分布比较，差异有统计学意义（ P＜0.05）；其中两组480 bp／480 bp和480 bp／440 bp基因型比较，差异有统计学意义（χ2＝24.375， P＜0.001；χ2＝4.976， P＜0.05）。两组等位基因频率比较，差异有统计学意义（ P＜0.05）。结论 DAT基因VNTR多态性可能与抑郁症的发病相关，为进一步的临床研究提供了借鉴。
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X染色体STR基因座在法医鉴定中的应用
目的 通过探讨太原地区汉族人群位于X染色体上的短串联重复序列DXS6804的遗传多态性,分析X染色体STR基因座在法医鉴定中的利与弊,以促进X染色体STR基因座在法医学实践中的应用.方法 随机抽取太原无血缘关系汉族个体静脉血500 μL,采集50例两代家系血进行突变观察;采集同一例健康男性尸体的心脏、肝脏、肌肉组织等进行同一性测定.乙二胺四乙酸抗凝,酚一氯仿法提取DNA.聚合酶链反应扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型.基因座的等位基因频率采用直接计算法,与其他人群比较采用X2检验.结果 共检出5种不同的等位基因,基因多样性为0.7024.与不同地区及不同民族的等位基因频率分布进行了比较均有明显的差异.同一尸体血液,器官组织检测结果分型一致.50例两代家系观察未见突变.结论 DXS6804基因座在太原地区汉族人群中有较好的多态性,X染色体SrR基因座在法医鉴定中具有重要价值.
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山西汉族群体D2S441基因座的遗传多态性研究
目的 研究短串联重复序列(STR)基因座D2S441在山西地区的遗传多态性,获得相应的群体遗传学数据,探究在法医学应用中的意义.方法 在山西地区随机抽取120名无血缘关系汉族个体,提取静脉血DNA,应用聚合酶链反应(PCR)技术和聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳(PAGE)分型.结果 山西地区汉族群体D2S441基因座发现7个等位基因及11种基因型,其基因型分布符合Hardy-Weiberg平衡(P>0.05).其个人识别能力(DP)和非父排除率(PE)为0.896和0.360,其重复序列为[TCTA]n.结论 D2S441基因座在群体遗传学研究和法医学个人识别中有较高的应用价值.
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山西汉族群体D2S441基因座的遗传多态性研究
目的 研究短串联重复序列(STR)基因座D2S441在山西地区的遗传多态性,获得相应的群体遗传学数据,探究在法医学应用中的意义.方法 在山西地区随机抽取120名无血缘关系汉族个体,提取静脉血DNA,应用聚合酶链反应(PCR)技术和聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳(PAGE)分型.结果 山西地区汉族群体D2S441基因座发现7个等位基因及11种基因型,其基因型分布符合Hardy-Weiberg平衡(P>0.05).其个人识别能力(DP)和非父排除率(PE)为0.896和0.360,其重复序列为[TCTA]n.结论 D2S441基因座在群体遗传学研究和法医学个人识别中有较高的应用价值.
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河南地区汉族85份无关个体6个短串联重复序列基因座的遗传多态性调查
目的:调查河南汉族人群中DNA遗传标记-6个短串联重复序列的基因多态性.方法:调查于2004-12/2005-06进行.采集85份无关个体抗凝血样本,均为3代以上居住于河南省的汉族群体,所有受试者均签署知情同意书.应用聚合酶链反应和变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染技术检测结果.统计D2S1338,D3S1358,D5S819,D8S1178,D13S317和D18S51等6个短串联重复序列的等位基因的基因频率,用SPSS11.0软件包对基因型分布作χ2检验,检测是否符合Hardy-Weinberg平衡.根据所得基因频率和基因型频率,分别计算各基因座反映遗传标记的多态性程度及其应用价值的杂合度、个人识别能力、非父排除率和多态性信息值(一般杂合度高,个人识别能力＞0.8、非父排除率＞0.5,多态性信息量＞0.5,属于高度多态性遗传标记,具有高度的可提供信息量).结果:85人的数据全部进入结果分析.①得到D2S1338,D3S1358,D5S819,D8S1178,D13S317和D18S51等6个基因座各等位基因的基因频率范围分别为0.008～0.072,0.008～0.258,0.008～0.154,0.008～0.096,0.008～0.117,0.008～0.138,经检验,基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).②6个短串联重复序列基因座平均杂合度＞0.7、个人识别能力＞0.8、非父排除率＞0.5、多态性信息量＞0.7.结论:此6个短串联重复序列基因座具有具有较高的杂合度和多态性信息含量,是较理想的遗传标记.
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人端粒保护蛋白
端粒是真核细胞线性染色体的末端结构,由简单的DNA串联重复序列和一系列相关的蛋白质组成.端粒的DNA序列是高度保守的,在人和脊椎动物是都TTAGGG.
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朝鲜族人群DXS9898基因座遗传多态性研究
[目的]探讨延边地区朝鲜族群体短串联重复序列(STR)基因座DXS9898的遗传多态性分布,获取相应多态性的群体遗传学数据.[方法]随机抽取294名延边地区无血缘关系的朝鲜族个体,其中男性为187名,女性为107名,采集静脉血,提取DNA,行PCR扩增,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染显色,行遗传基因多态性分析.[结果]在DXS9898基因座中检测出7个等位基因和15个基因型,基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律;杂合度高于0.5234,多态信息含量高于0.5400,女性组个人识别力为0.7800,男性组单倍型多样性为0.6109.[结论]DXS9898基因座具有较高的多态信息量和个人识别力,是较理想的遗传标记系统.
