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关于全基因组关联研究的自动化元分析初探
随着自然语言分析、文本挖掘等技术高速发展,元分析中数据提取工作逐渐从人工手动提取向计算机自动提取转变.本文以基因关联研究(Genome-Wide Association Study,GWAS)研究为例,通过预先对纳入研究中感兴趣的数据元素进行定位并明确注意事项,来制定元分析的数据自动提取策略方案,使计算机通过搜索少量文献即可快速准确地提取完整的研究数据.以阿尔兹海默疾病的GWAS研究的元分析为例,将纳入的研究按照上文提出的方法进行搜索并提取数据.结果显示,本研究有效缩短了搜索、提取数据的时间,同时提取数据的成功率和准确度可以保持在90%以上.本文为GWAS研究自动提取数据提供了一种有效的策略和向导作用,对于元分析向大数据时代发展有着推进作用.
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结核菌潜伏感染的治疗依从性:美国和加拿大研究的系统综述
背景:人们重新关注成功治疗结核菌潜伏感染对降低结核病总体影响的主要作用.然而,结核菌潜伏感染治疗的依从性在工业化国家(例如美国和加拿大)一直处于较低水平.目的:系统回顾美国和加拿大的相关研究,分析结核菌潜伏感染治疗依从性的测量和治疗完成率,以及结核菌潜伏感染治疗依从性的预测指标和依从性干预.方法:全面搜索了PubMed,Medline和PsycINFO电子数据库中发表于1997--2007年的定量研究.为了进行数据提取,对研究方法和严谨性进行了严格的审查和全文评估.本综述展示了78个研究的结果.结果:无论治疗方案如何,结核菌潜伏感染的治疗依从及治疗完成率在高风险人群中均不理想.不同研究所发现的依从性与病人因素、医疗机构,以及治疗特点的相关性不尽相同.在美国和加拿大,制定了很多改善依从性的干预措施,但没有一个干预措施显示出一贯的有效性.结论:要想实现消除结核病的目标,结核菌潜伏感染者必须得到有效的治疗.关键是应用连续的测量和改进依从性的方法.发现依从性和治疗完成的障碍将有助于制定有效的、适当的干预措施,一刀切的办法不可能在所有的情况下取得成功.创新的方法能够激励将来采取更加有效的干预措施,并对目前结核菌潜伏感染规划和病人所面临的困难提出解决方案.
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HRS数据库的申请及数据提取方法与流程
老龄化带来的问题严重威胁了人们的生命健康和生活质量,受到社会及医学界的广泛关注.HRS数据库是1990年美国密歇根大学在国家老龄研究所和社会保障管理支持下成立的关于健康和退休研究的调查,收集了50岁以上具有代表性的约20 000名美国人关于身心健康,保险,经济、劳动力市场状况、家庭支持系统和退休计划的相关资料,提供了越来越多的宝贵的多学科数据,研究人员可以使用它来解决关于老龄化面临挑战和机遇的重要的问题.该数据库通过HRS网站向研究人员和分析师免费提供数据进行相关研究.本文旨在对该数据库的申请方式以及公开数据的提取方法进行介绍.
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SEER数据库的申请及数据提取方法与流程
肿瘤一直是严重威胁人类生命和社会发展的重大疾病之一,受到医学界长期且广泛的重视.SEER数据库是美国国立癌症研究所于1973建立的北美具代表性的大型肿瘤数据库之一,收集了美国部分州县肿瘤患者的发病率、患病率、死亡率及其它相关数据,为广大的利益相关者提供了宝贵的肿瘤疾病相关的资料.该数据库是一个开放的状态,感兴趣的研究者可以申请其中的数据进行相关研究,本文旨在对该数据库的申请方式以及肿瘤数据的提取方法进行介绍.
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射频消融术治疗小肾癌证据质量的系统综述
目的:对已发表的关于射频消融术治疗小肾癌的文献进行报告质量和方法学批判性评估.材料和方法:在PubMed和EMBASE上进行系统性检索关于射频消融术治疗小肾癌的文献,并确认所有文献是从1936年1月至2010年3月期间发表的原创性研究.6位研究人员相互独立地分为3组,根据"加强流行病学观察性研究报告质量声明(SROBE)"的标准实施重复性数据提取,并在单独的样品中进行预实验.
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配送中心商品这样分类
商品存储货位,可以按照商品在某一时段内(比如6 ～12个月内不等)的单品日均调拨频次占总调拨频次的比例大小,依次分成ABC三类后,再开展货位规划.现以广东某医药公司配送中心2012年1 ～10月份调拨数据提取和处理,举例说明具体的操作流程.
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患者地域来源数据提取方法的分析与实现
目的:掌握患者地域来源及人次数,为医院管理和决策提供参考依据.方法:介绍患者地域来源数据抽取整合的思路和方法.结果:梳理总结各种患者地域来源数据抽取方法的适用范围、执行效果和选择的优先级.结论:数据质量的好坏直接影响到数据提取的过程和统计分析的结果,建议从数据采集录入的源头开始,抓好数据质量的全流程管控.
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基于非结构化电子病历的脑卒中数据挖掘管理系统设计和实现
基于非结构化电子病历的脑卒中数据挖掘管理系统，以信息化手段从不同医院电子病历数据库里提取关键要素数据，通过病患就医的原始数据采集、积累、分析，终建立脑卒中电子病历数据检索分析综合管理系统，同时建立一个有关脑卒中患者信息的资料仓库，将数据提取技术应用在医学领域，为脑卒中数据挖掘做数据准备，有助于医生识别出其潜在的疾病，也有助于患者及时发现疾病、早期诊断、早期治疗。
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WONCA研究论文摘要汇编(五)——抗抑郁药效果与抑郁症严重程度(病人水平荟萃分析)
背景 抗抑郁药用于严重抑郁症得到充分肯定,但很少有证据表明抗抑郁药相对于安慰剂,对不太严重的抑郁症病人是否有特异药理效应.目的 对确诊为抑郁症初始症状严重度不同病人,采用药物治疗与安慰剂对照方法,对与药物相关的获益做评估.研究选择 挑选严重或轻度抑郁症病人作为被试者,用美国食品药品管理局认可的抗抑郁药,随机-安慰剂对照试验.涵括的研究:他们的作者提供了必要的原始数据,要包括成人门诊病人,包括用某种药物疗法并与安慰剂做了对照至少达6周,排除洗脱期用安慰剂的病人,使用了汉密尔顿抑郁量表.包括来自6项研究的数据(718例病人).数据提取 从研究作者获取病人个体数据.结果 药物与安慰剂比较,差异有很大变化.汉密尔顿抑郁量表得分＜23分的病人中,对用药和安慰剂之间的差异做Cohen d效应量评估为＜0.20(属低效应标准).药物的优势超过安慰剂的强度随着基线抑郁严重度增加而增加,美国临床优化协会定义了所涵括阈值,将有临床显著差异定为基线汉密尔顿抑郁量表得分为 25分.结论 与安慰剂比较,抗抑郁药获益程度随着抑郁症状严重度增加而增大,而对轻度或中度抑郁症状病人获益很小或不存在或一般.对非常严重的抑郁症病人,用药的获益程度明显超过了安慰剂.
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卫生信息资源(二)
3卫生信息资源领域3.1卫生信息网络卫生信息网络(HIN)是在国家或地区层所实现的医药卫生信息基础结构的主要网络之一,其要求是:以安全方式识别、关联、存储、查找文件,并在多个系统和不同地区以及各种规模的卫生保健服务机构之间传输医疗卫生文件;改进卫生保健区域的内部(地域网或广域网)、外部(应用Internet)的通信,如应当建立电子邮件E-mail系统;以机读数据代替传统自动登记,减少书面工作(如:通过自动数据提取,传输到登记处),并减少其他管理任务;改进质量,减少耗费.
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如何利用电子病历提取数据进行医疗统计
本文报告了利用电子病历系统以及医院HIS系统的对接,实现与医院医疗组护理组的信息共享,经过及时审核与甄别后,取得精确的原始数据,终汇总出各种期限的各类医院统计报表,改革传统的数据提取方式,实现与医疗组和护理组的信息资源共享,做到数据提取路径的不间断探索与严格审核,使医疗信息统计变得高效、便捷、准确.
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信息化在规范护理敏感质量指标提取中的应用
目的 利用信息系统规范护理敏感质量指标的提取.方法 分别通过完善及应用护理质量管理系统、医院信息网络系统(hospital information system,HIS)、蓝蜻蜓系统、"问卷星"在线调查工具4个信息系统采集变量,采集过程中进行质量控制.结果 得出不同指标提取的相应信息渠道,规范各指标获取方法.结论 利用信息系统进行护理敏感质量指标变量采集,保证了指标的可测量性、客观性、有效性和及时性.
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多种IncRNA可影响黑色素瘤的发生和发展
目的:通过生物大数据挖掘,探讨长链非编码RNA(long noncoding RN,lncRNA)与黑色素瘤发生发展的关系.方法:从基因表达综合数据库中的黑色素瘤mRNA表达谱数据集GSE15605中提取出一些lncRNA的表达信息,并分析这些lncRNA与黑色素瘤的关联关系.结果:LINC01213,PGM5-AS1,LINC01133和LOC284578共4个lncRNA与黑色素瘤的发生和转移显著相关,其中LINC01213,LINC01133和LOC284578的表达可被BRAF基因突变影响,而PGM5-AS1的表达能被NRAS基因突变影响.利用这4个lncRNA的表达值构建的预测模型可较好地区分正常样本、初发黑色素瘤样本和转移性黑色素瘤样本.结论:LncRNA可能在黑色素瘤的发生和转移中起重要作用.
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一种ROC曲线数据提取方法并用于miRNA-122诊断慢性病毒性肝炎的Meta分析
目的 提供一种数据提取方法并用于mieroRNA-122对慢性病毒性肝炎的诊断性Meta分析.方法 计算机检索CBM、CNKI、VIP、EMBASE、PubMed数据库,对检索文献进行筛查,纳入符合标准的文献,并汇总文献中有关microRNA-122对丙型肝炎病毒/乙型肝炎病毒的受试者工作特征曲线诊断的结果;对于未正式报道敏感性数值和特异性数值的文献,采用数据提取软件GetData Graph Digitizer 2.24获取文献中相关敏感性和特异性数值,用于microRNA-122鉴别健康人和慢性肝炎病毒(乙型/丙型)感染患者,通过Stata 12软件等进行分析,结果以敏感性、特异性以及对受试者工作特征曲线进行汇总.结果 终纳入6篇文献,其中3篇是关于丙型肝炎病毒感染患者的诊断,另外3篇为乙型肝炎病毒感染患者的诊断;共有321名慢性病毒性肝炎感染者(包括112名丙型肝炎患者、209名乙型肝炎患者)以及191名健康对照者被纳入研究;应用我们提取数据的方法表明,通过软件提取的敏感性和特异性数据与原文数据保持一致.数据提取汇总后的敏感性、特异性分别为0.91(95％可信区间0.83～0.96)、0.87(95％可信区间0.80～0.92),受试者工作特征曲线下面积为0.94(95％可信区间0.92～0.96).结论 以GetData Graph Digitizer软件创建的提取受试者工作特征曲线中数据的方法具有很好的真实性和可重复性,以提取的数据汇总分析表明,血清microRNA-122可很好地用于鉴别健康人与慢性肝炎感染患者,并且对慢性乙型肝炎病毒感染的诊断具有更高的灵敏性.
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EpiData 软件在定量系统评价数据提取中的应用
目的：介绍EpiData软件实现定量系统评价数据提取的方法。方法通过对EpiData软件制作文献提取数据库的演示，介绍该软件的使用。结果通过EpiData软件可实现定量系统评价的数据提取，方法易掌握且能实现双录入核查比对功能。结论通过EpiData软件可以作为定量系统评价数据提取的一种方法，可以弥补传统方式的不足之处。
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基于EXCEL软件的诊断性Meta分析中缺失数据的提取方法
诊断性Meta分析逐渐成为循证医学研究中的一种重要分析方法,但是,实际上因许多文献中数据提供不全,常导致文献无法纳入而降低诊断性Meta分析的效能.本文总结几种常见的诊断性Meta分析中数据不全的情形,应用实例数据,以Excel软件为平台,提供一种纳入文献数据给出不全的解决方案.
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诊断准确性试验Meta分析四格表数据的提取方法
诊断试验Meta分析需要获取纳入诊断性试验的真阳性、假阳性、假阴性、真阴性的受试者例数.当原始文献无法直接获得这些指标,又无法取得原始数据时,可对数据进行深度提取.本文介绍3种对诊断试验的数据进行深度提取的方法,并通过实例分析展示操作过程.
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Meta分析中连续性数据的深度提取方法
连续性数据的Meta分析需要获得各组数据的样本量、均数、标准差.无法从文献中直接获取均数、标准差时,可对数据进行深度提取.本文介绍8种对数据进行深度提取的方法,并通过2项实例分析示范其应用过程.
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纳入研究的质量评价:数据提取形式的新建议
纳入研究的方法学质量评价是Cochrane系统评价不可或缺的组成部分之一.目前,
对分配隐藏的评价提出了具体的指导意见(分为"充分"、"不充分"或"不清楚"),且这些评价结果可直接进入RevMan.但对于其它方面的质量,如盲法和意向治疗分析的使用,却是由不同的系统评价小组以不同的方式在阐述.Cochrane协作网指导小组出资开展了一项质量改进计划,旨在设计一个可向所有Cochrane系统评价作者推荐的普遍适用的质量评价工具[1]. -
对卫生保健干预措施不良反应的评价(续)
上接2007,7(9):697-6995 提取数据5.1 术语我们建议在评价某治疗的有害效应时,将术语"不良作用"、"药物不良反应"、"副作用"、"有害效应"和"不良事件"等涵盖下的信息均视为可能适用于数据提取.
