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基于实时荧光定量PCR技术检测阿克苏市健康人群脑膜炎奈瑟菌携带状况
目的 了解新疆维吾尔自治区阿克苏市健康人群脑膜炎奈瑟菌(Nm)的携带情况,分析菌群结构特征,为防控流行性脑脊髓膜炎(流脑)疫情提供理论依据.方法 按照分层整群随机抽样的方法,将调查对象分为6个年龄组,采集研究对象1份咽拭子标本,共250份,运用实时荧光定量PCR(real-time PCR)方法进行血清群鉴定.结果 阿克苏市健康人群Nm带菌率为34.40％,其中B群占37.21％,X群占27.91％,C群占17.44％,Y群占5.81％,未分群占11.63％;不同年龄组、不同人群及不同流脑疫苗接种剂次人群的带菌率均不同,且差异有统计学意义.其中6～10岁年龄组人群带菌率高,为54.39％,学生、无接种免疫史的人群带菌率分别为46.40％和39.78％.结论 阿克苏市健康人群Nm的带菌率高,菌群结构复杂,存在流脑流行的风险,应继续加强健康人群带菌率的监测,针对易感人群接种流脑疫苗,结合疫情分析,制定防控措施,防止流脑暴发流行.
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黄腻苔舌面菌群门与属水平上的差异性研究
目的:利用Illumina Miseq测序技术探究病理黄腻苔、生理黄腻苔及健康薄白苔之间舌苔菌群门与属水平上的差异性.方法:采集病理黄腻苔、生理黄腻苔和健康薄白苔样本各50例,归为3组.对3组舌苔样本提取总DNA,并筛选出12份病理黄腻苔样本、12份生理黄腻苔样本及11份健康薄白苔样本,共35份,以Illumina Miseq PE300为测序平台进行高通量测序,并对测序数据进行处理和分析.结果:对35份样本的测序数据进行统计后共得到1 282 089条优质序列,全部样本的平均序列读长为443.35bp.与数据库进行比对后确定分属于12个门、23个纲、39个目、66个科、133个属、246个种的细菌.3组样本的群落构成有一定相似性,在门水平上有厚壁菌、变形菌、梭杆菌、放线菌和拟杆菌5种相同优势菌门;在属水平上有普雷沃菌-7、奈瑟氏菌、韦荣球菌和链球菌等13种优势菌属.但3组样本在门、属水平上优势菌群组成存在差异.结论:变形菌、放线菌、奈瑟氏菌、韦荣氏菌和嗜血杆菌可能是导致黄腻苔形成并区别于健康舌苔的菌群,同时变形菌、奈瑟氏菌、韦荣球菌可能是区分生理与病理黄腻苔的关键菌种,而生理黄腻苔与健康舌苔在群落结构上无显著差异.
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长角血蜱雌雄个体间共生菌多样性比较
目的 了解长角血蜱雌雄个体间共生细菌多样性的差异. 方法 采用QIAamp DNA Stool Mini Kit基因组提取试剂盒提取长角血蜱总DNA,PCR扩增16S rDNA V3和V4区.构建基因文库,利用Illumina MiSeq测序技术对未吸血雌、雄成蜱的共生细菌情况进行测序分析. 结果 基于399只长角血蜱的分析结果表明,变形菌门(Proteobac teria)在雌、雄蜱标本丰度为94.0％,其次为厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacte roidetes).柯克斯体属(Coxiella)在雌雄个体中所占比例均＞90％.雌、雄蜱组间比较菌群多样性差异有统计学意义(R=0.01,P＜O.05).雌、雄个体中均检测出埃立克体属(Ehrlichia)、包柔氏螺旋体(Borrelia)和无形体属(Anaplasma)3种人兽共患病原体. 结论 雌、雄长角血蜱共生细菌组成和多样性上均有显著区别,雌蜱的共生菌群多样性低于雄蜱.
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乙肝肝硬化与乙肝肝硬化合并糖尿病患者肠道菌群结构初步探讨
目的 研究乙肝肝硬化与乙肝肝硬化合并糖尿病患者肠道菌群结构是否存在差异性.方法 收集9例乙肝肝硬化和6例乙肝肝硬化合并糖尿病患者粪便标本,提取粪便DNA,进行PCR扩增(上游引物:5'CCATCTCATCCCTGCGTGTCTCCGACTCAGACACGACTCCTACGGGAGGCAGCAG-3',下游引物:5'CCTATCCCCTGTGTGCCTTGGCAGTCTCAGACGAGCTGACGACARCCATG-3')并对产物进行纯化,利用Roche454高通量测序平台对两组患者的粪便菌群16SrDNA的V3-V6区域进行测序及生物信息学分析.结果 乙肝肝硬化及乙肝肝硬化合并糖尿病两组间的多样性参数(OTU数、chaol指数、simpson指数、shannon指数)均无统计学差异.后者肠道中的变形菌门明显多于前者(P＜0.05),拟杆菌门与厚壁菌门的比例无明显差异;纲的水平上,γ-变形菌纲在后者明显较多(P＜0.05),其余纲水平未见差异;目的水平上,后者伯克氏菌目较前者明显增多(P＜0.05),而脱硫弧菌目明显减少(P＜0.05),其余无统计学差异;科的水平上,韦荣球菌科、产碱菌科在后者的肠道菌群中的比例明显增多(P＜0.05),而链球菌科、梭菌科在前者肠道中占优势(P＜0.05),其余的在科水平中无统计学差异;属的水平上,Parabacteroides、Roseburia、韦荣氏球菌属、萨特氏菌属在后者的肠道菌群中的比例较多(P＜0.05),而Faecalibacterium、链球菌属在前者肠道中更占优势(P＜0.05),其余未见明显差异.结论 乙肝肝硬化与乙肝肝硬化合并糖尿病患者的肠道菌群结构具有相似性但又存在各自的特异性,某些菌群的差异有可能成为治疗乙肝肝硬化合并糖尿病的新靶点.
关键词： 乙肝肝硬化 乙肝肝硬化合并糖尿病 16SrDNA 菌群结构 -
黄连素或通过调节菌群结构防治糖尿病
很多中药的成分不进入血液,但是却有确切的疗效,其机制困扰学术界很多年.现在,一种新的观点开始受到重视:很多慢性病的发生发展与肠道菌群结构失调有密切关系,这些中药有可能是通过改善肠道菌群结构来发挥疗效的.如今,小檗碱开始成为一个被研究得比较清楚的例子.上海交通大学赵立平教授的研究团队历时4年对小檗碱预防代谢综合征的机理进行了研究.
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1例肝移植术后多器官真菌性脓肿的护理
肝病病人抗感染能力弱,而肝移植术后免疫抑制剂的使用更降低了机体的抵抗力,同时又使用人工气道或各种侵入性操作,广谱抗生素等的应用这些因素易破坏机体防御机制,易改变病人正常菌群结构,引起菌群失调.
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婴幼儿与肠道菌群失调
微生态平衡是指正常微生物群与其宿主的相互制约、相互依赖的动态的生理性动态平衡状态.个体肠道从出生时的无菌,经过3年～4年的随机的、动荡的不稳定过程建立起以双歧杆菌为主的专性厌氧菌占绝对优势的菌群结构,从而维持肠道微生态平均,发挥佳的生理效应.而引起微生态失调的因素很多,常见的是溢用抗生素,有时仅用1d～3d即可出现菌群失调,我们在工作中遇到几例,现报告如下:
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两种粪便保存方法对肠道菌群结构研究的影响
目的 比较2种粪便保存方法(室温法和Invitek公司的粪便稳定剂保存法)对菌群结构研究的影响.方法 应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(PCR-DGGE)方法,对用2种方法保存的3位志愿者粪便样品进行菌群结构的分析.结果 室温法保存粪便样品24 h后,S1个体菌群结构与原始样品的菌群结构相似度为83%,S2和S3的菌群结构与其原始样品的相似度仅为77%.而使用粪便稳定剂保存1 d,期间各时间点样品菌群结构与原始样品相比变化较小,相似度在80%～90%.结论 粪便稳定剂具有一定的稳定样品菌群结构的作用,在新鲜粪便样品不能立刻进行深冻的情况下,使用粪便稳定剂是一种较好的样品保存方法.
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PCR-DGGE分析酸菜发酵液中菌群的动态变化
目的 PCR-DGGE方法分析酸菜发酵液中微生物群落的动态变化.方法 收集自然发酵2、4、6和8周的酸菜发酵液50 mL,提取基因组DNA,应用PCR-DGGE获得菌群图谱,进行相似性、多样性和优势条带的序列分析.结果 清酒乳杆菌和植物乳杆菌是酸菜自然发酵过程中的优势菌型,明串珠菌存在于发酵初、中期,发酵后期呈减少趋势.随着发酵周期的延长,丰富度指数和多样性指数均有显著性的增大(P＜0.01),酸菜发酵液菌群结构呈现出丰富的多样性.结论 PCR-DGGE技术可以分析酸菜发酵液菌群的动态变化,明确优势菌型,为控制酸菜发酵进程、实现酸菜标准化生产提供理论依据.
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人粪样中雌马酚含量调查及其与菌群结构相关性研究
目的 调查人粪样中大豆素和雌马酚的含量及其与年龄和性别的关系；了解人粪样中雌马酚含量高低与菌群结构的关系.方法 采用高效液相色谱(HPLC)对来自杭州的125份粪样进行大豆素和雌马酚含量检测,并使用生物统计学软件SPSS进行统计学分析；使用PCR-DGGE对粪样中雌马酚含量的高低与菌群结构的关系进行初步研究.结果 HPLC检测结果表明,尽管粪样中雌马酚含量的高低与性别关系不大,但却与年龄大小存在很大的相关性,41 ～50岁年龄组的粪样中雌马酚含量明显高于其他年龄组.PCR-DGGE结果表明,粪样中雌马酚含量的高低与菌群结构无明显相关性.结论 人粪样中雌马酚含量的高低与年龄大小有很强的相关性.
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肝硬化和微生态失调：下一代测序的新见解
在中国汉族的肝硬化患者中，Qin等［1］进行了广泛的微生物群研究，大约100位肝硬化患者的结肠微生物菌群结构同健康汉族对照组进行比较，主要发现肝硬化患者大便微生物含量不同于健康对照组。虽然这一研究应用了非常复杂的分析技术，但它并不是第一个显示肝硬化与肠道菌群失调相关的研究。事实上，这一观点可以追溯到20世纪50年代，当时Sherlock及其同事［2］发现肝硬化患者回肠含有过量的大肠菌群。在随后的几十年间，随着生物鉴定技术日益精准，大量研究证明了肝硬化患者小肠和结肠细菌含量的改变［3］。近，鼠类试验显示微生物群的构成可能是慢性炎症引起的肝纤维化发展的致病因素［4］。
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婴幼儿期肠道正常菌群演变及影响因素
正常菌群是宿主在长期进化过程中形成的,是宿主在一定生理时期、特定解剖部位所定植的有益于宿主、或为宿主生存所必不可少的微生物群落.它的构成较为复杂,除原籍菌外,还包括共生菌、外籍菌和环境菌群.肠道正常菌群种类繁多,数量庞大,与人体健康息息相关,它可以促进宿主的生长发育;参与物质代谢、营养转化和合成;构成防止外袭菌入侵的生物屏障;作为抗原刺激物使宿主产生免疫.所以肠道正常菌群结构的平衡、稳定和协调是儿童健康的标志.
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新发胃癌患者舌苔类型与舌苔菌群的相关性分析
目的 探讨舌苔形成的微生态学机制.方法 新发胃癌患者47例作为病例组,健康体检者42例作为对照组,年龄性别匹配,基于16S rRNA基因进行454高通量焦磷酸测序检测舌苔菌群,统计分析苔色、苔质与舌苔菌群的相关性.结果 在病例组和对照组中,不同舌苔的菌群丰富度、多样性均无显著差异.病例组和对照组分别有31个(1纲、6目、9科和14属)和10个(1目、3科和6属)分类单元具有苔色显著差异(P＜0.05),然而仅有5个(1目、1科和3属)和2个(1科和1属)分类单元具有苔质显著差异(P＜0.05).其中,黄苔慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)和代尔夫特菌属(Delftia)相对丰度均显著高于白苔(P＜0.05).舌苔菌群共生关系显示,苔色、苔质组间比组内拥有更高比例的显著负相关.基于舌苔菌群进行功能预测,胃癌黄苔患者嘌呤代谢显著高于白苔患者(P＜0.05),与血清尿酸水平一致;对照组厚苔人群脂质代谢显著高于薄苔人群(P＜0.05),与血清总胆固醇水平一致.结论 舌苔菌群结构与苔色相关,菌群共生关系可能反映了中医舌苔辨证的科学内涵.
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宫颈菌群结构 、免疫微环境在宫颈癌筛选中的临床价值研究
目的 :探讨宫颈菌群结构以及免疫微环境在宫颈癌筛选中的临床价值.方法 :选取2013年5月～2017年5月,在某院妇科门诊就诊的50例宫颈癌患者为试验组,另外选取50例正常妇女作为对照组,都对其进行问卷调查并进行标本的采集,对所有患者进行菌群分析以及阴道微生态监测,后采用流式细胞术检测对所有患者外周血中T reg细胞占CD4+T细胞的比例进行比较分析.结果 :试验组患者的pH值以及白细胞分度与试验组相比,均具有统计学差异;试验组患者与对照组相比,阴道乳杆菌数量明显增加,其余各菌数量均呈下降趋势,差异具有统计学意义(P<00.5).结论 :宫颈癌患者一般都会出现明显的pH值、白细胞以及肠道菌群结构改变,且宫颈癌患者外周血中调节性T细胞比例明显升高,但其在宫颈癌的发生发展过程中的价值还需要进行进一步的研究.
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外阴阴道假丝酵母菌病的阴道菌群结构分析
目的 分析比较单纯性外阴阴道假丝酵母菌病(vvc)和复发性外阴阴道假丝酵母菌病(RVVC)阴道细菌菌群结构的差异.方法 采集VVC患者5例、RVVC患者5例及健康育龄期女性2例的阴道后穹窿分泌物,提取样品中细菌总DNA,扩增16SrRNA V4区基因,比较三组的菌属构成、alpha多样性、beta多样性.结果 与健康组相比,VVC患者乳杆菌属比例显著降低,加德纳菌、普氏菌属、双歧杆菌等菌属相对丰富度升高,菌群Alpha多样性也明显增加(P＜0.05).RVVC患者乳杆菌属主要以惰性乳杆菌为优势菌,约占80％.结论 VVC组阴道菌群乳杆菌属比例降低,加德纳菌、普氏菌属、双歧杆菌等菌属丰富度增加.RVVC组以惰性乳杆菌为优势菌.
关键词： 外阴阴道假丝酵母菌病 菌群结构 16S rRNA -
多环芳烃诱导的菌群结构变化研究
环境中的微生物生态变化是理解污染物降解行为的关键.本研究探讨了添加混合的多环芳烃后盐沼底泥中的多环芳烃降解菌群的动态过程.通过平板培养法和种群特异性变性梯度凝胶电泳分析,发现样品中存在多样化的降解菌.其中鞘氨醇假单胞菌属和分支杆菌属分别在三环以及四环多环芳烃的降解中发挥重要作用.
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过敏性紫癜患儿肠道菌群结构及多样性研究
目的 探讨过敏性紫癜(HSP)患儿的肠道菌群结构及多样性变化和粪便菌群与黏膜菌群结构及多样性的差异.方法 收集47例过敏性紫癜患儿粪便样本和其中7例腹型患儿的结肠黏膜样本,以11例健康儿童粪便样本为对照,采用试剂盒提取法提取样本DNA并进行高通量测序,对测序结果进行生物学信息分析.结果 HSP患儿与健康儿童粪便菌群存在结构差异,在门水平两组均以厚壁菌门(47.10%、57.75%),变形菌门(23.04%、10.13%),拟杆菌门(22.81%、21.74%)为主要优势菌群,在科水平,均以肠杆菌科(17.60%、8.72%)、拟杆菌科(18.90%、21.65%)、瘤胃菌科(16.44%、28.93%)、毛螺菌科(11.55%、10.74%)有较高的丰度.HSP患儿粪便菌群中变形菌门、欧文氏菌属(从目到属)、拟杆菌属-uniformis种、巨单胞菌属、肠球菌属(从科到属)丰度高于对照组健康儿童,而双歧杆菌属(从目到属)、链球菌属(从目到属)、普拉梭菌种(从科到种)丰度低于对照组健康儿童.腹型患儿粪便菌群多样性高于黏膜菌群;在门水平,粪便菌群以厚壁菌门(53.64%)、变形菌门(33.65%)、拟杆菌门(9.24%)丰度较高,黏膜菌群以变形菌门(88.13%)丰度高,在科水平,粪便菌群以肠杆菌科(27.18%)、瘤胃菌科(15.58%)、毛螺菌科(12.31%)为优势菌科,黏膜菌群以肠杆菌科(87.19%)为优势菌科;粪便菌群以双歧杆菌属(从门到属)、链球菌属(从门到属)、动性球菌科(从门到科)、丹毒丝菌科(从门到科)、梭菌科(从门到科)、瘤胃菌科(从门到科)、毛螺菌科(从门到科)为主要特征差异细菌种类,结肠黏膜菌群以欧文氏菌属(从门到属)为主要特征差异细菌种类.结论 HSP患儿粪便菌群病原菌或机会致病菌增多而有益菌减少,腹型HSP患儿黏膜菌群与粪便菌群存在结构和多样性差异.
