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中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中单核苷酸多态性位点分析
目的分析中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点特征.方法选择18株炭疽芽胞杆菌,采用PCR方法扩增炭疽芽胞杆菌致死因子基因、测序,并进行SNP位点分析.结果实验中所用中国炭疽芽胞杆菌致死因子基因中第895位核苷酸均为G,与国外菌株不同.中国不同地区(包括新疆、广西、北京、内蒙古等地区)、不同年代和不同来源(包括土壤、牛、羊、骡、狗、患者等)分离的菌株,具有相同的SNP位点特征.结论致死因子基因中第895位核苷酸均为G的SNP位点特征很可能是中国炭疽芽胞杆菌的共同特征.
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基因多态性与疾病易感性的分子流行病学研究:问题与对策
传统流行病学研究表明,在相同的环境暴露下,不同个体对疾病的易感性存在差异.研究表明,单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)在阐明疾病的发生发展过程,个体对环境危险因素的易感性与耐受性等方面都起着重要的作用.与基因多态性相关的分子流行病学研究将促进在分子水平上探讨环境-基因交互作用在疾病发生发展中的影响.有关基因多态性与疾病易感性的分子流行病学研究近年来在我国也已逐步展开并渐深入,虽然在数量和质量上均无法与国外相比,但也有自己的特色和优势,即中国人群不同的环境暴露特点和中华民族有别于其他种族的遗传背景特征.本文主要讨论和分析目前基因多态性在疾病分子流行病学研究中存在的主要问题,并希望能对将来的研究有所裨益.
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安徽汉族人群PDCD1基因单核苷酸多态性与系统性红斑狼疮易感性分析
目的探讨程序性细胞死亡基因(PDCD1)单核苷酸多态性(SNP)对安徽籍汉族人群系统性红斑狼疮(SLE)患者易感性的影响.方法利用病例对照研究方法,收集122例SLE确诊患者和143名正常对照的血标本,用酚-氯仿-蛋白酶K提取法提取基因组DNA,用DNA单向测序法进行SNP因子检测和筛查.结果PDCD1基因7809位点的基因型全部为G/G型,PDCD1基因7872位点存在C和T 2种多态性,PDCD1基因8162位点存在G和A 2种多态性,在两组中分布差异有统计学意义(x2=8.55,x2=11.85,P＜0.05).PDCD1基因7872位点,病例组C/C、C/T、T/T基因型频率分别为36.1%、41.8%、22.1%,对照组分别为51.7%、35.0%、13.3%,两组间基因型分布差异有统计学意义(x2=7.411,P＜0.05);PDCD1基因8162位点病例组G/G、G/A、A/A基因型频率分别为50.1%、20.3%、28.6%,对照组分别为57.6%、20.8%、22.6%,两组间等位基因型分布差异有统计学意义(x2=7.547,P＜0.05).PDCD1-7872杂合型、PDCD1-8162杂合型可能具有阻止汉族人发生SLE的作用(OR=0.583,OR=0.485).结论安徽籍汉族人群PDCD1基因7809位点不呈现SNP,7872和8162位点SNP与SLE的易感性相关.
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中国汉族和维吾尔族艾滋病病毒感染者与未感染人群中CX3CR1基因多态性的分布
目的调查艾滋病病毒1(HIV-1)亚型辅助受体CX3CR1的V249I和T280M基因突变,在汉族和维吾尔族(维族)普通人群、HIV-1高危人群和感染者中的分布,探讨I249-M280单倍型与HIV-1感染和艾滋病(AIDS)病程的关系. 方法分别选择汉族和维族的普通人群、HIV-1高危人群和感染者,共6组,采取聚合酶链反应/巢式聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析方法,确定249和280密码子是否发生基因突变.采用行列表χ2检验及u检验进行统计学分析,分析同一民族不同人群之间是否存在差异. 结果维族人群I249和M280基因频率分别为16.1%和13.3%,汉族人群分别为3.3%和2.4%,其中感染者高于普通人群,普通人群高于高危人群,但三组之间差异无显著性.CX3CR1的I249和M280之间存在明显的连锁关系(P≈0.0).结论中国维族I249-T280单倍型频率(2.8%)明显低于高加索人(12.5%),I249-M280单倍型频率(13.3%)与高加索人接近(15.8%),汉族则两者都低得多(0.9%和2.4%).I249-M280单倍型与HIV-1易感性的关系应进一步研究.
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PTPRD rs2279776及其与HBV变异的交互作用对肝细胞癌风险的影响
目的 探讨PTPRD遗传多态性rs2279776及萁与HBV变异的交互作用和肝细胞癌(HCC)发生风险的关联性.方法 采用实时定量PCR对1012例健康对照(对照组)、990例非肝细胞癌HBV感染者(非癌HBV感染组)及1021例乙型肝炎后肝细胞癌患者(HCC组)进行PTPRDrs2279776多态性检测,应用PCR测序法分别测定HBV核心启动子区及前S区变异.采用多因素logistic回归分析rs2279776、HBV变异及它们之间的交互作用和HCC发生风险的关联性.结果 rs2279776基因型和等位基因频率的分布在HCC组与对照组之间、HCC组与非癌HBV感染组之间以及HCC组与非癌组(非癌HBV感染组+对照组)之间的差异均无统计学意义.而rs2279776GC基因型与HBV变异T1753V和preS缺失的交互作用显著增加女性HBV感染者患HCC的风险.rs2279776 GC基因型与HBV G1896A变异的交互作用可以降低HBV基因型B感染者患HCC的风险;CC基因型与HBV A1652G变异的交互作用可以显著降低基因型CHBV感染者息HCC的风险.结论 PTPRD rs2279776与HCC易感性无直接相关性,但可通过与HBV变异的交互作用对HCC发生风险产生影响.
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CD36基因多态性与急性冠脉综合征关联性的研究
目的 探讨新疆地区汉族、维吾尔(维)族人群CD36基因多态性与急性冠脉综合征(ACS)的关联性.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法,对522例ACS患者和1 215名健康体检者CD36基因单核苷酸多态性(SNP)进行基因型鉴定.结果 在汉族和维族人群中,ACS组和对照组rs1722505的基因型及等位基因分布差异均有统计学意义(P值均＜0.05).在汉族人群ACS组中rs17154181的A等位基因频率明显低于对照组(P=0.034).logistic回归分析在调整混杂因素后,在汉族和维族人群中rs 1722505的AA+AG基因型者患ACS风险明显高于GG基因型者,汉族(OR=1.436,95％CI:1.047 ～ 1.970,P=0.025),维族(OR=1.589,95％CI:1.009～2.473,P=0.046).汉族人群rs17154181的AA+AG基因型者患ACS风险明显低于GG基因型者(OR=0.667,95％CI:0.494～0.900,P=0.008).结论 CD36基因多态性在新疆地区汉族和维族人群间存在差异,且CD36基因可能与两族人群ACS的发生相关,rs1722505的AA+AG基因型可能是汉族和维族人群ACS的危险因素,rs18154181的AA+AG基因型可能是汉族人群ACS的保护因素.
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ATP2B1基因单核苷酸多态性及基因-吸烟交互作用与原发性高血压的关联研究
目的：探讨ATP2B1基因单核苷酸多态性及基因-吸烟交互作用与原发性高血压的关联性。方法以医院资料为基础采用病例对照方法，分析哈尔滨医科大学附属第二医院1280例原发性高血压住院患者和1010名当地汉族健康体检对照者。使用德国QIAGEN公司试剂盒提取人血全基因组DNA，应用Snapshot技术检测ATP2B1基因rs17249754位点和对照位点rs6253单核苷酸多态性，利用SPSS 19.0统计软件进行数据分析。结果 ATP2B1基因rs17249754位点等位基因G的频率在病例组和对照组间的差异有统计学意义（OR＝1.223，95%CI：1.083～1.381，P＝0.001），调整性别、年龄、BMI、吸烟、饮酒后，差异有统计学意义（OR＝1.212，95%CI：1.070～1.373， P＝0.003）。对照位点rs6253等位基因频率在两组间的差异无统计学意义。在不同的生物学模式下，基因型频率的分布均表现出显著差异性：加性模型OR＝1.469，95%CI：1.121～1.925，P＝0.005；显性模型OR＝1.324，95%CI：1.029～1.704，P＝0.029；隐性模型OR＝1.123，95%CI：1.031～1.223，P＝0.008。病例组中，吸烟者所占的比例显著高于对照组（P＝0.005）。调整性别、年龄、BMI、饮酒后，基因位点rs17249754和吸烟的交互作用对原发性高血压的影响无统计学意义（OR＝1.024，95%CI：0.614～1.707）。结论 ATP2B1基因rs17249754位点单核苷酸多态性与北方汉族人群原发性高血压的易感性显著关联；基因与吸烟的交互作用未发现与原发性高血压相关联。
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甲硫腺苷磷酸化酶基因单核苷酸多态性与汉族人群心肌梗死的关系
目的 探讨甲硫腺苷磷酸化酶(MTAP)基因单核苷酸多态性(SNP)与中国汉族人群心肌梗死(MI)的关系.方法 选取432例初发MI患者及430例同期住院的外科对照患者.选取MTAP基因9个标签SNP,采用PCR-SNP Stream技术对所选标签SNP位点进行分型.并对分型结果进行统计学分析.结果在总体样本中未发现所选SNP位点与MI患病存在关联,经性别分层后,在男性组rs7027989位点的G等位基因在MI组分布频率增高,差异有统计学意义(P=0.003);在显性遗传模型中,GG基因型较AG+AA基因型的男性对象患MI的风险增加了26%,差异有统计学意义(P=0.005),经校正混杂因素后其统计学显著性仍然存在.结论 MTAP基因同汉族人群MI患病相关.
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细胞间黏附分子-1基因K469E多态性与新疆维吾尔族人群冠心病的相关性研究
目的 探讨细胞间黏附分子-1基因K469E位点在新疆维吾尔(维)族人群中的分布特点及与冠心病的相关性.方法 应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法对新疆地区维族245例冠心病患者和377例健康受试者细胞间黏附分子基因-1第6外显子K469E位点进行基因型分析.结果 冠心病组与对照组基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).冠心病组与对照组中3种基因型分布的差异有统计学意义(P=0.039),K与E等位基因分布的差异也有统计学意义(P=0.031)；在男性亚组中冠心病组与对照组3种基因型分布的差异有统计学意义(P=0.029),等位基因分布差异均有统计学意义(P=0.025)；在女性亚组中基因型及等位基因分布的差异均无统计学意义.经调整混杂因素后,logistic回归分析提示KK基因型为维族男性人群冠心病发生的危险因素(OR=2.389,95％CI:1.458～3.915,P=0.001).结论 细胞间黏附分子-1基因第6外显子K469E基因多态性和新疆维族男性冠心病的发生具有相关性,KK基因型是冠心病发生的危险因素.
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IFN-γ+874基因多态性与慢HBV和/或HCV感染及不同临床转归的关系
目的 研究HBV和/或HCV感染及其不同临床转归者干扰素-γ(IFN-γ)+874基因多态性(SNP),探讨其免疫遗传机制.方法 对河北省赵县某农村HBV和/或HCV感染者及对照共277人采集空腹静脉血,用ELISA检测抗-HBV、抗-HCV生物标志物,筛选出HBV重叠HCV感染79例、单纯HBV感染69例、HCV感染55例和对照74例.用RT-nPCR检测HCV RNA,Beckman LX-20全自动生化仪检测肝功能丙氨酸氨基转移酶(ALT),用PCR-SSP检测IFN-γ+874 T/A SNP,分析IFN-γ+874 T/A SNP与HBV和/或HCV感染、不同临床转归、ALT和HCVRNA表达的关系.结果 (1)不同感染类型即单纯HBV、HCV感染和重叠感染者+874 AA频率明显高于对照,+874 TA频率明显低于对照(X~2=16.15,P=0.01),OR值及95%CI分别是3.22(1.43～7.25)、2.70(1.24～5.92)、4.02(1.88～8.55),各感染类型间差异无统计学意义(X~2=1.97,P=0.73);+874 T/A等位基因频率在各组间差异无统计学意义(X~2=4.87,P=0.18);(2)不同临床转归即轻型、中重型肝炎和肝硬化组+874 AA频率明显高于对照组、+874 TA 频率明显低于对照组(X~2=14.17,P=0.03),OR值(95%CI)分别是3.09(1.51～6.33)、3.85(1.70～8.70)、3.14(1.08～9.17).+874 T/A等位基因频率与不同临床转归无统计关联(X~2=6.07,P=0.11);(3)IFN-γ+874SNP与HCV病毒复制无统计学关联(X~2=2.36,P=0.31),与ALT水平无统计学关联(X~2=0.15,P=0.93).结论 IFN-γ+874 T/A SNP与HBV和/或HCV感染者慢性化及不同临床转归有一定关联,IFN-γ+874 AA能增加HBV和/或HCV感染及其临床转归的危险,+874 TA则减低其感染和临床转归风险.
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醛固酮合成酶基因单核苷酸多态性与心房颤动的关系
目的 探讨醛固酮合成酶(CVP11B2)基因的单核苷酸多态性与中国汉族人群非家族性心房颤动(房颤)的关系.方法 采用1:1配对的病例对照研究方法,选择297例住院房颤患者作为病例组,同时期、同病房的297例非房颤患者作为对照组.应用GenomeLab~(TM) SNPstream基因分型系统,对CYP11B2基因的两个标签单核苷酸多态位点(tSNPs-rs4545、rs3802228)进行多态性检测.结果 两位点多态性的分布均符合Hardy-Weinberg平衡.病例组患者左心房直径(LA)显著高于对照组(P<0.0001),两个tSNPs的基因型频率及等位基因频率分布在病例组和对照组的差异均无统计学意义,但在病例组3'端非编码区(3'UTR)的rs3802228位点中,具有GG基因型患者的LA显著高于其他型者.多元logistic回归模型在校正年龄、吸烟、BMI、高血压之后,未发现CYP11B2基因两位点基因多态性与房颤发病相关联.两个位点间也不存在连锁不平衡.结论 CYP11B2基因的rs4545tSNPs位点多态性可能与房颤无相关性,位于3'端非编码区的rs3802228tSNPs位点可能与心房结构重构有关.
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遗传关联性研究Meta分析之遗传模型的选择:贝叶斯无基因模型法
近年来,遗传关联性研究的Meta分析受到越来越多的学者关注.设计遗传关联性研究的Meta分析时,传统做法是将各基因模型的结果全部计算出来,这样不仅增加了假阳性结果的概率,也使得Meta分析的结果难以进一步分析.因此,在设计遗传关联性研究的Meta分析时,一个重要的步骤是如何选择恰当的基因遗传模型.本文旨在介绍贝叶斯无基因模型法的原理,以期帮助读者在设计遗传关联性研究的Meta分析时应用此方法.
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中国北京汉族人群和日本东京人群ROR2基因单核苷酸多态性比较
目的 比较中国北京汉族人群(CHB)和日本东京人群(JPT)受体酪氨酸激酶样孤立受体2(ROR2)基因单核苷酸多态性(SNP)的异同.方法 收集国际人类基因组单体型图计划(HapMap)公布的CHB及JPT的ROR2基因SNP数据,利用Haploview和SPSS 13.0软件区分纯合与非纯合基因型SNP,以基因型测定率＞80％、H-W平衡(P＞0.01)、MAF＞0.01且无性别差异(P＞0.05)为标准,在非纯合基因型SNP中确定合格SNP；标签SNP根据r2≥0.8或对数优势比(LOD)≥3进行确定；并比较合格SNP及标签SNP的MAF、单体域及单体型频率.结果 CHB和JPT的ROR2基因SNP在两人群中名称相同且均为404个,其中纯合基因型SNP为101个.两人群共有257个名称相同的合格SNP,其中224个(87.2％) SNP在两人群中的微效等位基因亦相同.257个合格SNP在CHB和JPT中分别形成18和27个单体域,除2个为JPT独有外,其余单体域在两人群完全或部分重叠.两人群中名称相同的标签SNP为50个,分别占CHB和JPT各自标签SNP的64.9％和70.4％.结论 通过分析HapMap数据可避免将纯合基因型SNP纳入遗传易感性研究,CHB和JPT的ROR2基因SNP及单体域特征以共性为主,与人群的地域和种族属性一致.
关键词： 受体酪氨酸激酶样孤立受体2 单核苷酸多态性 -
精神分裂症多基因遗传位点的筛检
精神分裂症(精分症)是人类常见的精神性疾患之一.在中国,精分症的终身患病率高达0.7%左右,不仅给家庭和社会带来沉重的经济负担,而且还严重威胁社会的安全与稳定.可见,确定其病因从而达到防治是医学界乃至整个社会需迫切解决的问题.遗传流行病学研究证实,精分症与遗传因素有密切关系,但不符合经典的孟德尔单基因遗传规律,属于多基因遗传病或人类复杂疾病.人类基因组系统扫描发现,除19号、21号和Y染色体以外,其余的染色体上都可能含有精分症易感基因.但是,能获得较好重复性的染色体区域至少有6个,包括1q21-22、5q22-23、6p24-21、8p22-21、13q14-33和22q11-12[1-7].本研究工作以中国汉族精分症患者和健康父母双亲组成的核心家系为研究对象,拟在22号染色体长臂一区一带(22q11)和6号染色体短臂二区一带(6p21)染色体区域构建单核苷酸多态性(SNPs)连锁不平衡图,以筛检精分症易感基因和决定疾病易感性的SNPs.此项研究工作是后基因组时期功能基因组学研究的前沿课题,将有助于阐明精分症的分子遗传学机制,并具有潜在的经济与社会效益.
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microRNA合成通路基因SNP与头颈鳞癌发病风险的关联研究
目的 探讨microRNA合成通路基因单核苷酸多态性(SNP)与头颈鳞癌发病风险的关联.方法 采用病例对照研究设计,纳入年龄(±5岁)、性别频数匹配的576例头颈鳞癌患者和1 552名健康对照.应用Illumina Infinium BeadChip平台检测microRNA合成通路上DICER1、GEMIN3、PIWIL1的8个潜在功能性SNP位点.通过单因素和多因素logistic回归模型分析不同基因型与头颈鳞癌间的关联.结果 PIWIL1 rs1106042(G＞A)的等位基因频率在病例组和对照组中的差异有统计学意义(P=0.011);在调整年龄、性别、吸烟和饮酒等因素后,携带rs1106042A等位基因的基因型个体发生头颈鳞癌的风险降低(相加模型:aOR=0.73,95％CI:0.57 ～ 0.93,P=0.011);分层分析显示,rs1106042A等位基因在年龄≥60岁、女性、非吸烟、非饮酒、口腔癌亚组中具有降低肿瘤发病风险的效应(P＜0.05).结论 PIWIL1基因的潜在功能SNP位点可能与中国人群头颈鳞癌的发病风险相关.
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汉族人群RANTES基因多态性与艾滋病病毒-1感染关系的初步研究
目的分析RANTES启动子和内含子等位基因在中国汉族健康人群和艾滋病病毒-1(HIV-1)感染者人群的分布特点.方法用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)法和DNA测序法对中国汉族HIV-1感染者以及健康人群的538份血液样品的RANTES启动子-403、-28和300份样品的内含子In1.1等位基因进行检测.结果汉族的健康人群-403、-28等位基因具有6个基因表型,AC/AC、AC/AG、AC/GC、AG/GC、GC/GC、AG/AG,比例分别是12.4%、3.5%、29.2%、10.9%、42.1%、1.5%.从单倍型看,以GC高为62.7%,AC为28.7%,AG为8.6%.与AC/AC比较,AC/AG、AC/GC、AG/GC、GC/GC的OR值显示有轻度的保护作用.汉族HIV-1感染者和汉族健康人群间RANTES等位基因频率无统计学差异;RANTES内含子In1.1等位基因T/T、C/T和C/C分别为71.0%、19.9%和9.1%;其中RANTES In1.1T为81%,RANTES In1.1C为19%.男性感染者和健康人等位基因分布差异有显著性,RANTES In1.1C比例与健康人比显著增高,显示RANTES In1.1C是HIV-1感染的危险因素;但是女性人群比较差异不显著.三个单核苷酸多态性(SNP)位点之间存在严重的连锁不均衡.结论本项研究证实了在中国汉族人群中存在RANTES启动子-403、-28和内含子In1.1突变.内含子In1.1C与增加HIV易感性有关.与基因表型AC/AC比较,AC/AG、AC/GC、AG/GC、GC/GC的OR值显示都有不同程度的保护作用.
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乳腺癌全基因组关联研究的现状及其应用价值的分析方法
乳腺癌是全球女性发病率和死亡率高的恶性肿瘤[1].2012年全球女性新发乳腺癌167万例,死亡52万例.乳腺癌的疾病负担预期在发展中国家,包括中国在内,均有一个明显的增加趋势1].虽然随机对照研究系统综述结果显示:乳腺钼靶筛查后20年,相对于未筛查组,筛查组乳腺癌死亡率下降20％[2],但是由于钼靶筛查成本相对较高,即使是在经济水平相对较高的国家和地区,钼靶普查的卫生经济学评价也并未取得预期的成本效果[3-4].因此,寻找合适的高危人群进行乳腺癌筛查,即高危人群筛查策略成为乳腺癌防控领域关注的热点.全基因组关联研究(GWAS)为寻找合适的高危筛查策略提供了良好的基础.为此本文将阐述乳腺癌GWAS的现状,并基于GWAS发现的单核苷酸多态性(SNP)位点,探讨这些SNP的潜在应用价值.
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基于常见遗传变异和传统风险因素的中国南方汉族人群结直肠癌风险预测模型研究
目的 基于结直肠癌全基因组关联研究(GWAS)发现的易感位点,联合传统风险因素建立中国南方汉族人群结直肠癌风险预测模型.方法 对1 066例结直肠癌患者和3 880例健康对照的21个GWAS候选位点进行基因分型,分析其与结直肠癌易感性之间的关联.通过遗传风险评分(GRS)和加权遗传风险评分(wGRS)计算显著候选位点的联合效应.以不同方式组合遗传风险评分和传统风险因素,构建结直肠癌风险预测模型,并绘制受试者工作特征曲线评价模型优劣性.结果 7个候选位点与结直肠癌易感性显著相关.随着风险评分的升高,人群患结直肠癌的风险也随之升高(GRS:P=0.002 6,wGRS:P＜0.000 1),相比于四分位分组中低一组,GRS和wGRS高的一组OR值分别为1.33 (95％CI:1.12～1.58,P=0.001 0)和1.76 (95％ CI:1.45 ～ 2.14,P＜0.000 1).联合传统风险因素和wGRS的模型为优模型,其曲线下面积为0.593(95％CI:0.573～ 0.613).结论 结直肠癌易感位点间存在显著的联合作用.相比于传统风险因素模型,传统风险因素结合加权遗传风险评分模型能更好预测结直肠癌的患病风险.
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MTHFR和MTRR基因多态性与新疆维吾尔族女性自然流产的相关性研究
目的 探讨MTHFR和MTRR基因多态性与新疆维吾尔族女性自然流产的相关性.方法 选取某院2016年因不明原因流产的维吾尔族女性患者70例为病例组,同期产科正常生育、无不良孕产史的维吾尔族女性70例为对照组.取静脉血样本,采用PCR-芯片杂交法和荧光PCR-熔解曲线法检测MTHFR C677T、A1298C位点,MTRR A66G位点单核苷酸多态性,分析MTHFR和MTRR基因多态性与维吾尔族女性自然流产之间的关系.结果 病例组MTHFR C677T位点纯合突变TT以及TT+CT基因型频率均较对照组明显升高,且TT相对于CC+CT,及TT+CT相对于CC的自然流产具有强相对危险度,且病例组T等位基因频率较对照组明显升高,T相对于C等位基因的自然流产同样具有强相对危险度.病例组MTHFR A1298C位点CC以及CC+AC基因型频率与对照组相当,差异均无统计学意义,且两组C等位基因频率差异亦无统计学意义.病例组MTRR A66G位点GG基因型频率与对照组差异无统计学意义,但GG+AG基因型频率明显高于对照组,且GG+AG相对于AA基因型的自然流产同样具有强相对危险度,同时病例组G等位基因频率较对照组明显升高,且G相对于A等位基因的自然流产具有较强的相对危险度.结论 新疆维吾尔族女性MTHFR C677T及MTRR A66G位点的基因多态性与自然流产的发生密切相关,对受检者发生流产的可能性具有一定的预判价值.
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基质金属蛋白酶-2和基质金属蛋白酶2组织抑制剂基因多态性与胃癌遗传易感相关性
目的 探讨中国福建地区汉族人群基质金属蛋白酶2(MMP2)-1306C/T、基质金属蛋白酶2组织抑制剂(TIMP2) 2379C/T、TIMP2 303G/A单核苷酸多态性(SNP)与胃癌遗传易感性的关系.方法 本研究为病例-对照研究.选取福建地区组织学确诊的胃癌患者479例及年龄和性别等频数匹配的对照健康体检人群469名,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)法进行MMP2-1306C/T、TIMP2 2379C/T、TIMP2 303G/A多态性检测,应用非条件logistic回归进行分析以评估不同基因型与胃癌发病风险及病理特征的关系.采用似然比检验分析MMP2和TIMP2基因之间的交互作用.结果 TIMP2 303G/A在病例组中GG、AG、AA分布的频率分别为55.9%(267/478)、38.7%(185/478)、5.4%(26/478),对照组中分别为53.1%(243/458)、36.9%(169/458)、10.0%(46/458),两者差异有统计学意义(χ2=7.0,P=0.03).携带G等位基因(GG+GA)的患者发生胃癌的风险是携带AA基因型的1.94倍(OR=1.9,95%CI:1.2～3.2).TIMP2 303A/G在肌层组中GG+AG、AA基因型分布频率分别为87.5%(70/80)、12.5%(10/80),而其在浆膜及浆膜外层组中分别为96.0%(382/398)、4.0%(16/398),两者差异有统计学意义(χ2=9.31,P=0.002);携带G等位基因(GG+AG)的患者发生肿瘤浸润的风险是携带AA基因型者的3.4倍(OR=3.4,95%CI:1.5～7.8).TIMP2 2379C/T在淋巴结无转移组中CC+CT、TT基因型分布频率分别为93.4%(113/121)、6.6%(8/121),而其在淋巴结转移组中分别为98.6%(349/354)、1.4%(5/354),两者差异有统计学意义(χ2=9.16,P=0.002);携带C等位基因(CC+CT)的患者发生淋巴结转移的风险是携带TT基因型者的4.9倍(OR=4.9,95%CI:1.6～15.3).MMP2-1306C/T的基因型分布与肿物大小、组织分化、组织浸润及淋巴结转移均未见相关性(χ2肿物大小=0.05,P=0.98;χ2浸润深度=1.87,P=0.39;χ2组织分型=0.55,P=0.76;χ2淋巴结转移=0.44,P=0.80;χ2TNM=2.6,P=0.28).MMP2-1306C/T的SNP与TIMP2 303A/G、TIMP2 2379C/T间无明显的交互作用(χ2值分别为0.98、0.80,P值分别为0.81、0.85).结论 TIMP2基因多态性与胃癌的发生及侵袭转移密切相关,有可能成为胃癌预后的新分子指标.
