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阿司匹林抵抗的研究进展及中西医结合研究方向
阿司匹林是经典的抗血小板药物,以其优异的效价比,在人类心脑血管病防治方面发挥着重要作用,然而其抗血小板作用个体差异很大,约25%～40%存在阿司匹林抵抗(aspirin resistance,AR),严重影响了其干预效果,已成为一个备受关注的临床问题.笔者认为,从长期服用抗血小板剂量阿司匹林的心脑血管病患者中筛选AR患者,从线粒体基因组单核苷酸多态性(MtSNP)寻找其基因差异位点,可为临床及早预测AR并制定合理干预策略奠定基础;同时运用均匀设计优化方法,对AR患者的血小板进行体外干预,探索防治AR抗血小板中药的佳配伍组合和配比关系,发挥中药复方多靶点干预特点,可为临床研发防治AR的有效复方中药制剂提供新的思路.
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ABCB1和ABCC2基因多态性与中国汉族儿童抗结核药物致肝毒性易感性的相关性研究
目的 探讨ABCB1和ABCC2基因多态性与中国汉族儿童抗结核药物致肝毒性(anti-tuberculosis drug-induced hepatotoxicity,ATDH)易感性的相关性.方法 在中国汉族结核病患儿中,采用病例对照研究,利用高通量的MassARRAY平台,对于ABCB1和ABCC2基因的16个标签单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点展开基因分型,并采用logistic回归分析以上SNP位点等位基因和基因型频率在ATDH病例组和ATDH对照组中的分布差异.结果 本研究共纳入41例ATDH病例以及189例对照.ABCB1和ABCC2基因SNP位点的等位基因以及基因型在两组间频率分布差异均无统计学意义(P＞0.05).SNP位点分别按照显性遗传模型和隐性遗传模型分析,各位点基因型在两组间频率分布差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 ABCB1和ABCC2基因多态性可能与中国汉族儿童ATDH的发生并无相关性.
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内皮固有型一氧化氮合酶基因单核苷酸多态性与冠心病的相关性研究
探讨内皮固有型一氧化氮合酶(ecNOS)基因的单核苷酸多态性(SNP)与冠心病(CAD)的相关性.提取107例CAD患者和132名健康对照者外周血有核细胞DNA,应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测ecNOS基因的2个标签SNP(tag SNP)rs7830和rs3918188.结果发现CAD组rs7830的CC基因型频率和C等位基因频率明显低于健康对照组(P＜0.05).两组rs3918188的基因型频率及等位基因频率无统计学差异(P＞0.05).通过对2个SNP进行单倍型分析发现,CAD组和健康对照组的单倍型频率具有统计学差异(P<0.05).结果提示ecNOS基因 rs7830多态性变异及由rs7830和rs3918188构建的CA、AA单倍型是CAD的遗传危险因素.
关键词： 内皮固有型一氧化氮合酶 冠心病 单核苷酸多态性 单倍型 -
FTO rs8050136多态性与黑龙江地区汉族人群2型糖尿病的相关性
目的 探讨FIO基因rs8050136单核苷酸多态性与2型糖尿病(T2DM)的相关性.方法 采用病例对照研究:病例组为500例,对照组为500例.利用SNaPshot方法检测基因型.研究FTO基因rs8050136等位基因、基因型和显性模型与T2DM的关系.结果 FTO基因SNP rs8050136等位基因A与C相比,在T2DM组和对照组间的分布频率有统计学意义(P ＜0.05,0R:1.28,95％CI:1.12 ～1.54);与CC基因型相比,CA基因型和显性模型CA +AA在两组间的比较有显著差异(P＜0.05,OR:1.25,95％ CI:1.03～1.59;P ＜0.05,OR:1.29,95％ CI:1.13～1.47).结论 FTO基因SNPrs8050136增加我省人群患T2DM的风险.
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血清脂蛋白(a)水平及LPA基因SNPrs3798220与冠心病的相关性研究
目的 研究血清脂蛋白(a)[Lp(a)]水平及人载脂蛋白a基因SNP rs3798220(LPA SNP rs3798220)与冠心病的相关性.方法 以200例冠脉造影证实为冠心病的患者为冠心病组,以200名健康者为对照组,采用高分辨熔解曲线分析方法(HRM)分析LPA SNP rs3798220与冠心病的相关性,并测定Lp(a)水平.结果 冠心病组T/C+C/C型频率、C等位基因频率均高于对照组(P＜0.05).Logistic回归分析发现,LPA SNP rs3798220 T/C+ C/C型与冠心病正相关(OR:2.878,95.0％ CI:1.306～6.339,P＜0.05),Lp(a)水平与冠心病的发病呈正相关(OR:1.068,95.0％ CI:1.041-1.095,P＜0.05).结论 载旨蛋白a基因SNP rs3798220 T/C+C/C型可能是冠心病的易感基因型,血清Lp(a)水平可能是冠心病的一个危险因素.
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HLA-DQB1基因多态性与中国汉族人群系统性红斑狼疮的相关性
目的 探讨HLA-DQB1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)与汉族人群系统性红斑狼疮(systemic lupus erthematosus,SLE)遗传易感性的相关性.方法 通过聚合酶链式反应-连接酶检测反应(polymerase chain reaction-ligase detection reaction,PCR-LDR)技术对908例SLE患者和961例健康对照rs3129716(HLA-DQB1)位点进行基因分型,同时结合临床表现分型,分析该位点与疾病及临床表型的相关性.分型结果用PLINK1.07软件进行统计分析.结果 rs3129716(HLA-DQB1)位点等位基因频率和基因型频率在SLE疾病组和对照组的分布差异无统计学意义(P＞0.05).三种遗传模型下的分析显示,两组间差异无统计学意义(P＞0.05).将SLE患者按血清学指标及临床表现分型,未发现相关性.结论 rs3129716(HLA-DQB1)与中国汉族人群SLE患者遗传易感性不相关.
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健康人补体受体1基因单核苷酸多态性位点与其红细胞表面分子水平的相关性
目的 探讨健康人补体受体1(complement receptor type 1,CR1)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)位点与红细胞表面CR1分子水平的相关性.方法 采用多重PCR-荧光标记单碱基延伸-标签微阵列杂交基因分型技术,检测215例受试者CR1基因5个标签SNP,并采用流式细胞术测定其中81例样本红细胞CR1分子水平.采用Arlequin3.11软件对各SNP位点基因型频率进行哈温平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)检验,采用SPSS 13.0软件对健康人CR1基因SNP位点基因型及等位基因分布的性别差异、不同基因型人群红细胞CR1分子水平差异和影响红细胞CR1分子水平的单因素和多因素进行统计学分析.结果 健康人CR1基因SNP位点基因型及等位基因分布性别间的差异无统计学意义(P＞0.05);健康人红细胞CR1几何平均荧光强度比值(the geometric mean fluorescence intensity ratio of CR1,CR1-GMFIR)为3.36±1.26.rs11118167T＞C和rs9429945C＞T位点各基因型组对应的红细胞CR1分子水平总体比较,差异具有统计学意义(分别为P＜0.01和P＜0.05),两两比较时,rs11118167T＞C位点TC、CC基因型携带者低于TT基因型者,rs9429945C＞T位点CT、TT基因型携带者低于CC基因型者(P值均＜0.01).在年龄、性别、5个标签SNP位点各基因型中,CR1-GMFIR与rs4844600G＞ A(GG/GA/AA)、rs9429945C＞ T(CC/CT/TT)、rs1 1118167T＞C(TT/TC/CC)均呈负相关(分别为P＜0.05,P＜0.01,P＜0.01),影响CR1-GMFIR的主要因素为rs11118167T＞ C(P ＜0.01),其次为rs9429945C＞ T(P＜0.01).结论 rs11118167T＞C和rs9429945C＞T是红细胞CR1分子水平的主要影响因素.
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2型糖尿病患者肝脂肪酶基因标签单核苷酸多态性与血脂水平分析
观察汉族人群肝脂肪酶(HL)基因2个标签单核苷酸多态性(SNP)与2型糖尿病(T2DM)及血脂代谢的相关性.应用荧光标记单碱基延伸分型技术及寡核苷酸微阵列芯片杂交技术检测HL基因rs 12462668和rs10426971多态性.用全自动生化分析仪检测CHO、TG、HDL-C、LDL-C、载脂蛋白Al( ApoAl)及载脂蛋白B(ApoB).结果表明:T2DM组rs12462668的AA、GG基因型频率、等位基因频率及由2个SNP构建的单倍型频率与对照组比较差异有统计学意义.T2DM组的TG和ApoB显著高于对照组,HDL-C和ApoA1显著低于对照组.组间各基因型血脂水平比较结果显示,2个SNP与TG、HDL-C和ApoAl代谢紊乱有关.组内各基因型间血脂水平比较结果显示,T2DM患者的HDL-C水平与rs12462668多态性有关,而TG水平与rs10426971多态性有关.这提示HL基因的2个标签SNP与T2DM的发生密切相关,并可影响血脂的代谢.
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BARD1在神经母细胞瘤基因研究中的进展
神经母细胞瘤是常见的儿童实体瘤,占儿童肿瘤相关死因的12％.近年全基因组关联研究显示,BARD1单核苷酸多态性在神经母细胞瘤的发生发展中起重要作用.BARD1的功能可分为BRCA1依赖性和BRCA1非依赖性.BARD1-BRCA1二聚体具有泛素化酶、调节转录及DNA修复的作用.BARD1重要的剪切变异体为BARD1β,与高危型神经母细胞瘤的发生、发展有一定相关性.
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BARD1单核苷酸多态性与汉族儿童神经母细胞瘤相关性的研究
目的 探讨BARD1单核苷酸多态性与汉族儿童神经母细胞瘤的相关性.方法 采用病例对照研究,收集242例汉族神经母细胞瘤患儿及301例汉族健康儿童的外周血,通过PCR方法扩增目的DNA,应用Sequenom massarray对所扩增的DNA进行基因分型.以x2检验及logistics分析比较不同组基因型与神经母细胞瘤的关系.结果 BARD1的21个标签SNPs位点均符合Hardy-Weinberg平衡,BARD1的21个SNPs等位基因频率在患者组与对照组之间差异均无统计学意义(P＞0.05).结论 未发现BARD1单核苷酸多态性与汉族儿童神经母细胞瘤有相关性.
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组学大数据环境下的基因变异信息并行处理与分析
随着第二代测序技术的发展与应用,其产生的测序数据也呈现快速的增长趋势,如何有效、快速、稳定地对海量测序数据进行分析成为生物研究领域迫切的需求.目前许多传统的测序数据分析软件仅支持单一功能,并不具备完整的数据分析能力,应对海量的测序数据时其处理能力也显著不足.为了应对上述问题,本文设计了一款基于Hadoop框架的测序数据分析软件,整合了现今生物研究领域内常用的多款序列分析软件,从而实现了对测序序列数据的自动化分析.该软件输入原始的测序数据后,经过碱基质量控制、序列比对、SNP位点信息提取、突变基因信息生成等几个过程,终输出详细的突变基因信息报告.该软件实现了自动化的数据分析,提高了数据分析的效率,极大减轻了数据分析人员的工作量.
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单核苷酸多态性JSON文件的转换
目的 对SNP原始文本格式转换成规范JSON格式,便于计算机软件分析人类的基因.方法 利用Node.js流函数pipe对庞大的SNP原始文本文件进行分段读取进内存并转换成规范的JSON格式,后分段地写入到一个终结果文件中去.结果 针对不同基因测序厂商提供的检测结果,提供了一种相对规范的JSON格式,开发出了转换工具包.结论 采用JSON文件格式可以较好、较简单地对多厂商的SNP原始文本文件进行规范的表达,使用Node.js开发的转换工具效率较高.
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汉族人群血管紧张素原基因的新单核苷酸多态性位点
应用改进的PCR-SSCP技术、多种聚丙烯酰胺凝胶电泳和PCR产物直接测序等方法,分析人的血管紧张素原(AGT) 基因启动子区5＇远侧端的单核苷酸多态性(SNP).在非变性胶上,发现不同样品的PCR产物(双链DNA分子)电泳迁移率不同;而在变性胶上,对应的单链DNA分子电泳迁移率相同;PCR产物直接测序的结果表明,在同一PCR扩增片段中同时存在两个SNPs位点(G-1074T, A-1179G);通过476个不同样品的实验结果,进一步证实两个SNPs位点处于完全的连锁不平衡关系.GenBank同源性比较结果显示: A-1179G为中国汉族人群所特有.
关键词： 单链构象多态性 单核苷酸多态性 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 -
中国北方人群NBN基因外显子SNPs分布及其与乳腺癌的关系
目的 探讨NBN基因与中国北方人群乳腺癌的相关性.方法 对188例正常人及205例乳腺癌患者NBN基因的16个外显子进行直接测序.结果 在中国北方人群乳腺癌样本中未发现NBN基因突变.对基因频率大于5％的NBN基因SNPs进行分析,发现rs709816(D399D,A＞G)的AG基因型较AA基因型发生乳腺癌的风险增加2.34倍,有显著的统计学差异,提示该SNP与乳腺癌的发生相关.结论 NBN基因第10外显子内SNP rs709816(A＞G)可能与中国北方人群乳腺癌发生相关.
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藏族人群原发性高血压易感基因全基因组关联分析
目的 通过全基因组关联分析(GWAS)发现并鉴定与藏族高血压关联的遗传变异.方法 结合高通量芯片分析和高效DNA混合池策略的SNP-MaP方法,对藏族原发性高血压(EH)患者与藏族正常对照进行了全基因扫描.筛选出有显著差异的位点后,用直接测序和PCR-RFLP的方法,进行群体验证,鉴定出各个基因型和相应等位基因的频率.结果 在全基因组的遗传标记中,5个标签位点的等位基因频率在患者组与对照组之间存在显著差异(P＜9.2×10-8).用直接测序和PCR-RFLP的方法进行群体验证,发现rs17136827和rs1866525两个位点的基因型和等位基因频率分布在两组间均无差异;rs9865108、rs12541835和rs4547758的基因型频率和等位基因频率在两组间的差异显著,携带C等位基因个体具有较高的EH发病风险.结论 证实affymetrix Human SNP芯片和高效混合池策略结合的SNP-MaP能够有效地大范围分析人类EH易感基因.rs9865108、rs12541835和rs4547758与藏族EH易感相关.
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中国北方汉族人群HBV携带者和慢性乙肝患者TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性分析
目的探讨在中国北方汉族人群中TNF-α基因启动子区单核苷酸多态性(SNPs)及其单倍型是否与HBV感染结局相关联.方法以212例无症状HBV携带者和207例慢性乙肝患者为研究对象,应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和序列特异性引物-PCR(SSP-PCR)方法对TNF-α基因启动子区5个位点,进行基因分型,用EPI和EH等软件分析各位点等位基因、基因型、单倍型频率及其组间差异.结果 TNF-α基因-238GG基因型和-863CC基因型是HBV感染后个体发生乙型肝炎慢性化的易感因素(P=0.05,P＜0.01).5个位点组成的单倍型GGCCT在慢性肝炎组的频率显著低于无症状携带组(P＜0.05),单倍型GGCAT和GGTAT在慢性肝炎组的频率显著高于无症状携带组(P＜0.05).结论 TNF-α基因启动子区多态性可能是影响HBV感染结局的重要宿主遗传因素之一.
关键词： 乙型肝炎病毒 肿瘤坏死因子-α基因 单核苷酸多态性 -
CYP4A11基因多态性与心肌梗死相关
目的 研究在不同性别中CYP4A11基因多态性与心肌梗死的关系.方法 166例心肌梗死患者和158例对照组,选择CYPA11基因的3个SNPs(rs9332978、rs3890011和rs1126742),应用TaqMan SNP基因分型法进行基因分型,并应用病例对照的研究方法进行相关性分析.结果 rs3890011的基因分型在心肌梗死组和对照组之间的分布存在明显差异(P＜0.05),心肌梗死组携带GG基因型(GG vs CC+ GC)高于对照组(P＜0.05),在排除吸烟、高血压、糖尿病等混杂因素后,仍存在显著性差异(95％ CI:1.138～2.432,P＜0.01).结论 CYP4A11基因的rs3890011多态性与心肌梗死相关,rs3890011的GG基因型可作为心肌梗死易感基因标记.
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人BLCAP基因单核苷酸多态性与宫颈癌的相关性
人膀胱癌相关蛋白(BLCAP)基因是本研究室从细胞原癌、抑癌基因分类芯片中筛选并克隆的宫颈癌候选抑癌基因.为检测该基因调控区的单核苷酸多态性(SNP)及其不同基因型与宫颈癌的相关性,采用病例-对照研究方法及动态等位基因杂交(DASH)技术,对30例原发性宫颈癌患者和60例正常人BLCAP基因调控区的2个SNP位点进行了检测.结果显示:位于BLCAP基因下游调控区的SNP rs3795147位点存在AA、AC和CC 3种基因型,且与宫颈癌发病存在显著相关性(P＜0.01).SNP rs3795147处在BLCAP基因下游调控区域,其多态类型可能在某种程度上影响BLCAP基因的表达调控,从而进一步支持了:BLCAP基因与宫颈癌的发生、发展可能存在密切关系.
关键词： 单核苷酸多态性 人膀胱癌相关蛋白基因 宫颈癌 -
has-miR-27a和has-miR-124a基因单核苷酸多态性与妊娠期糖尿病的相关性
目的 探讨has-miR-27a基因rs895819位点和has-miR-124a基因rs531564位点单核苷酸多态性(SNP)与妊娠期糖尿病(GDM)发病的相关性.方法 共纳入1 719例孕妇,其中GDM 839例;糖耐量正常和50 g葡萄糖负荷试验阴性者880例,作为对照组.采用TaqMan探针法检测两组孕妇SNP位点基因型,比较两组孕妇各SNP位点等位基因和基因型频率差异,以及不同基因型间临床生化指标的差异.结果 1)rs895819位点CC、CT和TT基因型频率在GDM组分别为3.1％、39.3％和57.6％,对照组分别为7.1％、37.6％和55.3％,CC基因型频率显著低于对照组(P＜0.05);隐性模型(CC vs CT +TT)中两组差异仍具有显著性[P=0.001;OR0.435(0.270,0.702)];GDM组C等位基因频率(22.8％)低于对照组(25.9％)(P＜0.05).2)rs895819 CC基因型孕妇空腹血糖低于CT +TT基因型孕妇(P＜0.05).结论 has-miR-27a基因rs895819位点与GDM相关,C等位基因降低GDM的发病风险.
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山东地区汉族人 HLA-DPB1基因单核苷酸多态性
使用第十一届国际组织相容性会议提供的HLA-DPB1引物序列,由PCR技术扩增人HLA-DPB1基因第二外显子.产物纯化后,直接核酸序列分折确定个体的HLA-DPB1外显子核酸序列.使用基因定型软件与由国际上公布的HLA-DPB1核酸序列构建的基因型核酸序列数据库进行比较,确定个体的基因型别、确定等位基因类型.研究结果提示中国人HLA-DPB1第二外显子基因序列与国际上公布的序列基本一致,但有不同之处, 多处存在单核苷酸多态性(SNP),提示存在有新的等位基因.对51例个体研究显示,出现频率高的等位基因是DPB1*02012.
