首页 > 文献资料
-
2010-2015年福建省乙型流感病毒血凝素基因特征分析
目的 了解2010-2015年福建省乙型流感病毒血凝素(HA)基因特征,明确流行株对疫苗的匹配情况.方法 从2010-2015年福建省流感网络实验室保存的乙型流感毒株中随机抽取BVictoria系和Yamagata系流感病毒,通过RT-PCR方法扩增HA基因,测序获得其全长序列,然后利用生物信息学软件分析HA基因特性.结果 与疫苗株相比,2010-2015年B Yamagata系流感病毒HA基因变异程度较大,主要有116、150、165、196和202这5个涉及抗原决定簇的氨基酸位点变异,且随时间的推移变异位点逐渐增多,尤以2010年、2014年和2015年变异较为明显;然而,Victoria系流感病毒HA基因的变异较小,且没有明显随时间累积的趋势.2010年和2015年两个年份WHO推荐的Yamagata系疫苗株对福建省的乙型流感保护效果不佳,其余年份的Yamagata系疫苗株对人群保护作用尚可,而Victoria系疫苗株仍具有较好的保护效果.结论 随着时间的推移,乙型流感病毒已经逐渐发生变异,部分年份的Yamagata系毒株与疫苗株的匹配效果不佳,且出现了抗原漂移现象.今后需进一步加强流感病毒基因监测,以及时发现新的变异株,为流感防控提供依据.
-
辽宁省首例D8基因型麻疹病毒的分离与鉴定
目的 分离并鉴定辽宁省首次监测到D8基因型麻疹病毒.方法 本研究采用Vero/Slam细胞对该病例的咽拭子标本进行病毒分离,应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)分别扩增麻疹病毒(MEV)血凝素(hemagglutinin,H)基因全长和N基因羧基末端的450个核苷酸,对扩增产物序列进行分析.结果 辽宁D8基因型麻疹病毒分离株和世界卫生组织D8基因型参考株Mvi/Manchester.GBR/30.94在基因亲缘性关系树上同属一个分支,N基因和H基因核苷酸同源性均为98.9％.从GenBank上下载的D8基因型病毒序列进行比对,结果表明本研究分离的D8基因型麻疹病毒与2018年在哥伦比亚分离的MVi/LosPatios.COL/11.18/D8株病毒和2012-2016年在中国香港流行的D8基因型麻疹病毒核苷酸同源性为100％.结论 麻疹D8基因型病毒的检出,对积累辽宁省麻疹分子流行病学基线数据具有重要的意义,有助于全国及全球麻疹病毒的传播及溯源研究.
-
河北省儿童病毒性脑炎和脑膜炎患者埃可病毒6型VP1基因特征分析
目的 阐明河北省儿童病毒性脑炎/脑膜炎患者中埃可病毒6型(Echovirus 6,ECHO6)分离株的基因特征及与国内外其他流行株的进化关系.方法 对河北省2013-2015年间儿童病毒性脑炎/脑膜炎病例中鉴定为肠道病毒阳性的157份脑脊液标本进行毒株分离,通用引物分段扩增毒株VP1基因获得序列;BLAST比对确定ECHO6毒株,并与来自中国9个省和其他国家的175株ECHO6病毒VP1基因序列进行同源性及亲缘关系分析.结果 获得19株ECHO6分离株;我国ECHO6流行株属于C及D基因型,本研究中19株河北分离株分属C及D9c基因亚型.19株分离株间VP1基因核苷酸同源性为79.3％-100％,氨基酸同源性为95.8％-100％,与原型株(D'Amori)核苷酸和氨基酸同源性分别为76.2％-78.3％和92.3％-95.1％.VP1基因的序列分析显示,19株ECHO6分别与我国云南、浙江和山东的ECHO6分离株存在较高核苷酸和氨基酸同源性.结论 2013-2015年间引起河北省儿童病毒性脑炎/脑膜炎的ECHO6病毒流行株主要为C及D9c基因亚型,同时存在多个传播链.
-
胃黏膜标本中幽门螺杆菌克拉霉素常见耐药位点PCR直接检测分析
幽门螺杆菌（ Helicobacter pylori， HP ）是定植于人类胃部的螺杆状革兰氏阴性菌，人群感染率超过50％。 HP感染与胃炎、消化性溃疡及胃黏膜相关淋巴组织淋巴瘤等疾病密切相关。克拉霉素是根除HP应用广泛的抗生素之一，耐药率的不断增高严重影响着含克拉霉素 HP 根除治疗方案的成功率［1］。现已证实，23 S rRNA V 区的点突变（ A2142 G／C， A2143 G）是引起HP产生克拉霉素耐药的主要因素［2］。本研究通过23 S rRNA V区PCR产物测序方法直接检测胃黏膜组织中HP相关基因特征从而快速获得克拉霉素耐药情况，并分析与相关菌株耐药表型测定（ E-test 药敏方法）结果的一致性。
-
2014—2016年福建省H3 N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析
目的 了解2014—2016年福建省H3N2亚型流感病毒血凝素( HA)基因特征及其变异情况.方法 随机选取44株病毒,对病毒的HA基因进行扩增和测序;然后利用生物信息学软件和在线分析网站对序列进行拼接、校对、相似性与差异性比较以及基因进化树构建等基因特征分析.结果 44株H3N2亚型流感病毒HA基因核苷酸相似性在97. 3% ～100. 0%之间,2014年、2015年与2016年流行株与对应疫苗株之间的平均基因差异分别为0. 012、0. 008和0. 009. 2014年流行株的基因型为3C. 3a,与疫苗株3C. 1不同,2015年与2016年流行株与疫苗株的基因型相同,但其抗原表位、受体结合位点和糖基化位点发生了变异.结论 2014—2016年福建省H3N2亚型流感病毒逐年发生变异,显示出逃避疫苗免疫作用的能力,应加强流感监测,以及时发现变异情况,为流感防控提供科学依据.
关键词： H3N2亚型流感病毒 血凝素 基因特征 变异 -
2013年山东省聊城市柯萨奇病毒 A 组16型基因特征分析
目的：分析2013年聊城市手足口病（ hand foot and mouth disease， HFMD）病原构成及柯萨奇病毒A组16型（coxsackievirus A16， CVA16）VP1区基因特征。方法采集聊城市2013年1—12月监测点医院手足口病患儿的粪便和咽拭子标本，采用RT-PCR方法对HFMD疑似病例标本进行病原鉴定，选取CVA16核酸阳性标本，使用RD细胞和Vero细胞进行病毒分离。对9株CVA16病毒阳性的分离物进行VP1区基因扩增及核苷酸序列测定，与其他各基因型及亚型的代表株序列构建亲缘进化树，并进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果2013年聊城市共检测手足口病病例标本961份，阳性者747份，阳性率77．73％。其中人肠道病毒71型（ enterovirus 71， EV71）74份，占阳性标本的9．91％，CVA16130份，占17．40％；其他肠道病毒543份，占72．69％。应用 BioEdit 和 MEGA 4软件分析发现，9株CVA16彼此间VP1核苷酸和氨基酸水平同源性较高，分别在97．7％～100％和99．3％～100％之间。亲缘进化树分析显示山东聊城CVA16分离株与B2b基因亚型的代表株处于同一分支，属于B2b基因亚型。结论2013年引起聊城市手足口病的主要病原体以其他肠道病毒为主，兼有CVA16和EV71参与，而CVA16属于B2b亚型。手足口病的病原谱正发生改变，应加强EV71、CVA16及其他肠道病毒的分子流行病学监测，了解其基因特征，对预防和控制手足口病具有重要意义。
关键词： 柯萨奇病毒A组16型 基因特征 手足口病 B2 b亚型 -
7株B亚属人腺病毒纤维基因特征分析
目的 了解本实验室2004-2006年分离的7株B亚属腺病毒(adenovirus,Ad)的纤维基因特征,并与日本、韩国腺病毒分离株的纤维基因进行比较.方法 2004-2006年间,本实验室从上呼吸道感染儿童散发或暴发病例中分离到7株腺病毒毒株,首先对六邻体蛋白基因扩增和序列分析进行基因分型,随后用PCR扩增纤维蛋白基因,进行序列测定,构建亲缘性关系进化树,并对其基因特征进行分析.结果 7株腺病毒分离株均属于B亚属,其中有3株为Ad3型,所测定的纤维蛋白基因的核苷酸同源性为98.9%～100%,与2003年中国广州分离株DQ099432和2003年韩国分离株AY224416的同源性为100%;3株为Ad7型,纤维蛋白基因核苷酸同源性为97.6%～100%,与2006年日本分离株AB243119的同源性为97.4%,与2000年韩国分离株AY921620的同源性为100%;1株为Ad11型,与GenBank序列号为L08232的1993年瑞典分离株纤维蛋白基因同源性为100%.结论 2004-2006年,北京地区上呼吸道感染散发病例,Ad3和Ad7纤维基因核苷酸变异不大,同时证实本研究用纤维基因片段,与六邻体基因分型具有相同的结果.
-
手足口病例中埃克病毒11型河南株分子流行病学研究
目的分析埃克病毒11型（ Echo11）河南分离株的分子流行病学特征。方法对2010-2012年河南手足口病监测系统中采集的粪便标本，采用RD、Hep2细胞进行病毒分离，对阳性分离物进行VP1区扩增、测序，生物学软件分析测序结果，BLAST比对后确定病毒基因型；扩增10株Echo11河南分离株VP1完整编码区序列，与国内外其他Echo11病毒株进行同源性分析并构建VP1区全基因亲缘进化树，分析其进化来源及不同基因型的流行范围。结果2010-2012年河南手足口病标本共分离出184株非EV71/CA16型肠道病毒，其中Echo1110株，占5．43％。 Echo11河南株VP1区全长共876个核苷酸，编码292个氨基酸；10株Echo11河南株VP1区之间核苷酸同源性为93．1％～100％，氨基酸同源性为97．3％～100％；与原型Gregory株之间核苷酸同源性为77．8％～78．8％，氨基酸同源性为90．8％～91．8％。结论 Echo11也是引起河南省手足口病的主要病原体，河南省存在Echo11病毒A基因型的流行。
-
引起病毒性脑炎 Echo25型肠道病毒龙岩分离株基因特征分析
目的：对从龙岩市病毒性脑炎患者脑脊液（CSF）标本中分离的 Echo25型 VP1区序列进行分析。方法收集龙岩市某医院2012年诊断为病毒性脑炎或中枢神经系统感染的住院病例CSF 标本进行肠道病毒（EV）的分离鉴定，4株经血清中和鉴定为 Echo25型 EV，测定4株分离株的VP1编码区序列，与 GenBank 上已发表的 Echo25型病毒 VP1区进行同源性比较及遗传进化分析。结果4株龙岩分离株 VP1区片段核苷酸序列长度为498 bp，编码166个氨基酸。同源性分析的结果显示，4株龙岩分离株中的3株 VP1区核苷酸相似性为100%，另一株与其他3株相似性为97%。与2010年的北京分离株 KJ957190和2008年的河南分离株 HM031189相似性较高。遗传进化分析显示，4株 Echo25毒株均为 B1基因亚型。结论 Echo25是2012年龙岩市病毒性脑炎病原之一，且出现了不同传播链，提示应加强 EV 的监测，及时掌握 Echo25病毒的遗传变异情况，为相关疾病的防控提供科学依据。
-
水痘暴发疫情中突破性病例病毒基因特征研究
目的：分析明确上海市闵行区2013—2014年水痘突破性病例致病水痘-带状疱疹病毒流行株的基因特征。方法采集闵行区2013—2014年水痘暴发点水痘罹患者水痘疱疹液,提取水痘病毒基因组DNA,对其ORF22和ORF62区域进行测序,并利用生物信息学方法对ORF22和ORF62序列特征进行分析。结果上海市闵行区2013—2014年水痘暴发疫情中采集并测序成功的24份样本经分析表明均为野生型水痘病毒株,其中23株与亲本株( P-Oka)和疫苗株( V-Oka)同源性较高,推测为野生型J基因水痘病毒株,1株基因型介于M型和E型间,与mosaic(M)CA123株(M1)同源性更高,推测其可能为野生型M1基因水痘病毒株。结论上海市闵行区流行的水痘病毒株主要为野生型J基因病毒株,也有M基因型和其他基因型局部流行。同为J基因型的不同野生型病毒株的基因间也存在一定变异。这些非疫苗保护基因型水痘病毒株的存在及流行可能是水痘突破病例产生的原因之一。
-
云南省健康儿童中1株肠道病毒新毒株EV-C99的分离及其基因特征分析
目的 对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒(enterovirus,EV)新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析.方法 按世界卫生组织( World Health Organization,WHO)推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离,提取该病毒RNA并对其VP1区基因进行RT-PCR和基因测序,用Sequencher 5. 0软件对序列进行编辑和拼接.所得序列在GenBank进行" BLAST"搜索,得到初步结果,再用MEGA5. 2软件计算与原型株的核苷酸和氨基酸同源性,按目前肠道病毒测序定型标准确定病毒终型别并进行基因特征分析.结果 该病毒能被494/496和495/497引物扩增,经Sequencher 5. 0软件拼接和编辑后得到约1 200 bp的序列,该序列在GenBank进行" BLAST"搜索,初步结果为新型肠道病毒EV-C99.与EV-C99病毒的原型株BAN00-10461(基因库编号:EF015008)对比分析后得到该病毒VP1区完整序列为909 bp,与原型株的核苷酸( nucleotide,nt)同源性( identity)为77.05%,氨基酸(amino acid,aa)同源性为90.04%,按肠道病毒测序定型标准,确定该病毒为EV-C99,是人类肠道病毒C组中的一种新型病毒.结论 2016年云南省健康儿童肠道病毒带毒调查中分离到一株肠道病毒新毒株EV-C99,是国内第3次报道该病毒.基因进化分析表明,云南分离株与新疆分离株、山东分离株都为B基因型,但3个省的分离株位于不同的进化分支,该病毒具有基因多样性特点.
-
四会市地区鼻咽癌患者微肿瘤组织的病理特征与基因特征联合研究
目的 观察四会市地区鼻咽癌(NPC)患者微肿瘤组织的病理特征与基因特征.方法 回顾分析2006年1月至2012年12月广东省四会市人民医院收治的174例NPC肿瘤患者资料及50例非肿瘤性鼻咽部组织患者.结果 174例NPC患者中,颈部有淋巴结转移患者124例,无淋巴结转移患者50例.非肿瘤性鼻咽部组织KAI1/CD82蛋白的阳性表达率明显高于NPC组织[78.0％(39/50)比52.4％ (65/124),P＜0.05].患者NPC组织中KAI1/CD82蛋白的表达与其性别、年龄、病理类型、原发部位(T分期)等临床指标均无相关性(均P＞0.05),但与淋巴结转移(N分期)相关,且随着N分期的进展,KAI1/CD82蛋白阳性表达率进一步降低.结论 NPC患者淋巴微肿瘤的病理特征和基因特征具有一些地域分布特征应联合诊断分析.
-
人感染H7N9禽流感病毒的研究进展
人感染H7N9禽流感是一种新型禽源性流感病毒,于2013年3月底在上海和安徽两地率先发现,并短时间内在我国迅速蔓延,感染导致较高的发病率和病死率,引起人们的担忧和恐慌,并引发全球范围的广泛关注.对患者体内分离的H7N9病毒基因分析显示,该病毒与人类呼吸道上皮细胞的唾液酸 α-2,6型受体的亲和力较高.目前,人感染H7N9禽流感病毒的散发病例仍时有报道,冬春季相对高发.该文就近年来国内外H7N9禽流感感染患者的临床特点、流行病学及病毒基因特征的研究进展做一综述,为人感染H7N9禽流感的有效防控提供科学依据.
-
工业B2C的路径选择
不能不做,不能乱做,成为工业企业面对电子商务不可回避的现实问题.综合考虑工业企业的基因特征,在建设B2C的过程中必须抱持更加审慎的态度,棋错一着,满盘皆输,将成为工业企业做B2C的真实写照.行至岔路工业做电商,很累!一则要注重品牌的连贯性,一则要注重“供应商”和“经营商”角色的平衡.在从传统向互联网转型的过程中,工业企业相比零售企业需要面对更多的二难选择,行至岔路,如不能正确抉择,将使得设计初衷谬之千里.
-
HIV相关神经认知紊乱患者配对组织来源的HIV-1 env基因特征分析
目的：探讨人类免疫缺陷病毒相关神经认知紊乱（HIV associated neurocognitive disorder, HAND）患者不同组织中HIV-1 env基因的变异进化特征。方法通过国际HIV痴呆量表筛选出HAND患者，获得其血浆及脑脊液来源的HIV-1 env基因核苷酸序列，回顾性分析遗传多样性、氨基酸长度、潜在糖基化位点（PNGS）、辅助受体利用以及特征性氨基酸的特点及组织间差异。结果本研究纳入4例HAND患者共57条HIV-1 env基因V3-C4序列（血浆来源29条，脑脊液来源28条）。脑脊液中的HIV-1遗传多样性高于血浆来源毒株，差异有统计学意义（遗传多样性变异度中位数分别为0.053和0.007，P=0.043）。3例患者脑脊液与血浆来源的毒株均使用CCR5辅助受体，其中2例患者脑脊液（患者D 158 bp，患者F 158 bp）中的HIV-1 V3-C4区氨基酸长度中位数明显长于血浆来源（患者D 156 bp，P=0.017；患者F 157 bp，P=0.003）。脑脊液与血浆中HIV-1 env基因序列相比共有16个氨基酸位点存在明显差异，62.5%（10/16）分布在V4区。结论 HAND患者脑脊液和血浆中的HIV-1 env基因特征存在差异，脑脊液中的HIV-1准种遗传多样性更高。
-
2014-2015年北京市密云区H3N2流感病毒的血凝素基因特征分析
目的 了解2014年10月1日-2015年9月31日北京市密云区甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究.方法 采集哨点医院收集的678份流感样病例样本和50份疫情样本,进行病毒分离培养.选取15株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定.采用生物信息软件进行序列比对和进化分析.结果 2014-2015年流感监测季期间,总共分离出87株甲型H3N2毒株.病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ2个明显分支,均有R140I,V186G,F219S氨基酸变异.另外分支Ⅱ的毒株序列均出现A128T、S138A、G142R、N144S、S159Y、N160T、Q311H、R326K的氨基酸变异,涉及A、B2个抗原决定簇.结论 2014年10月-2015年9月期间,密云区甲型H3N2流感病毒活动活跃,并且其毒株呈现出2个明显不同的进化分支,其中1个分支毒株的血凝素基因发生了改变.
-
2016年北京市门头沟区流行性腮腺炎病毒基因特征
目的 了解北京市门头沟区腮腺炎病毒(Mumps Virus,MuV)的基因特征.方法 采集腮腺炎患者咽拭子标本分离病毒,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增小疏水蛋白(small hydrophobic protein,SH)基因片段,对扩增产物进行序列测定和基因分型.结果 门头沟区MuV分离株属于F基因型,与2011年香港流行株为接近.北京不同年代的MuV流行株分散在亲缘关系树不同的进化分支上,无明显的时间和地理分布趋势.与F基因型参考株比对,与浙江株核苷酸的同源性为97.2％,氨基酸的同源性为93.1％;与中国疫苗株JERYL-LYNN核苷酸差异达到19.0％.结论 该分离株为F基因型腮腺炎病毒,与北京近年流行株隶属不同的传播链.SH蛋白氨基酸一些保守位点已发生变异,因此应加强MuV基因型监测.
-
女人与男人的差别
科学研究显示,女人与男人各方面的差别很大,现列举如下:(1)出生时女婴比男婴成熟4～6倍,女人的青春期比男人提前两年到来.(2)在女人的每个脑细胞中所呈现的遗传基因特征,比男人多133种.(3)女人大脑里对童年的记忆比男人多.
-
基因组学研究多药耐药鲍曼不动杆菌生物被膜的基因特征
目的 基因组学研究细菌生物被膜独特的存在方式和独特的基因表达特征.方法 选取多药耐药鲍曼不动杆菌菌株,研究同一菌株在不同生长状态、浮游细菌状态和生物被膜状态下,两个样本间基因组的表达差异;分析细菌生物被膜状态下独特的基因表达.结果 我们发现,不同生长状态下两个样本间存在基因表达差异.相对于浮游状态菌,生物被膜菌株有198个基因出现表达差异;其中106个基因表达上调,92个基因表达下调.结论 细菌生物被膜状态下的菌体,有着自己独特的基因和蛋白质表达.菌体生理生化特性、致病力和对药物敏感性都与浮游菌状态显著不同.这些表达差异的基因中,主要集中于外膜蛋白和调控因子相关基因的表达.
关键词： 基因组学研究 多药耐药鲍曼不动杆菌 生物被膜 基因特征 -
河南省HIV-1 B/C亚型毒株的鉴定与分析
艾滋病病毒(HIV)在我国的传播经历了传入期和播散期,自1995年后进入快速增长期.90年代初,我国一些地区出现了地下采血(浆)现象[1],并于1995年在部分市、县有偿献血员中发生HIV感染流行[2].随着经济发展与人员往来的增加,将带来HIV-1各亚型跨地区的交叉传播.不同的传播途径和传染来源形成了某些人群和地区的特异亚型分布.在河南省进行的流行病学调查表明,有偿献血员中HIV-1流行株为B-Thai亚型[3],而未见其它亚型报道.本文报告了在河南省发现的1例HIV-1 B/C亚型感染者,并对其病毒基因特征进行了初步分析.
