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  • 1例人感染腺病毒55型病原体的分离鉴定及进化分析

    作者:曹孟婵;张其威;金爱武;刘敏鸿;李贤相;徐四清

    目的 对1例人感染腺病毒55型病原体进行分离鉴定及进化分析.方法 选取2015年5月安庆市某流感监测哨点医院采集的一例被诊断为急性上呼吸道感染患者的咽拭子标本作为研究样本,提取标本总核酸,采用人腺病毒通用引物进行real-time荧光定量PCR检测.将检出的阳性标本感染Hep-2细胞进行病毒分离.对成功分离的腺病毒毒株进行六邻体基因的扩增、 纯化并测序.测序结果提交GeneBank上Blast,同源分析确定型别、制作系统进化树以及分析六邻体基因和氨基酸序列. 结果 对咽拭子标本中的病毒核酸进行荧光定量PCR 检测,结果显示,腺病毒核酸DNA检测呈阳性(Ct<24).同源比对结果显示,该株的六邻体(Hexon)基因与辽宁株、江苏株、河北株、山西株、安庆株(GenBank号分别为KP896483、KX289874、KP896478、FJ643676、KP279748)的同源性可达100%,与安徽株(KC551973)可达99.96%,存在一个核苷酸C→T的无义突变.进一步的分析显示,该株与参考株在系统发生树上处于同一进化分支,Hexon蛋白氨基酸的同源性为100%. 结论 此ADR标本由人腺病毒55型感染引起,其Hexon蛋白氨基酸没有出现变异.

  • 四川省2007-2014年急性弛缓性麻痹病例中埃可病毒6型的基因特征分析

    作者:陈娜;马小珍;童文彬;李伟;余倩

    目的 描述四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中埃可病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征.方法 对四川省2007-2014年AFP病例中分离到的11株E6进行全VP1区逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增和核酸序列测定,进行序列比对和构建进化树.结果 从2889份AFP病例的粪便标本中分离出11株E6病毒.经测序鉴定为C2基因亚型10株,C4基因亚型1株.来源病例的临床诊断分别为:肠道病毒感染6例,周围神经炎l例,格林巴利综合征2例,肌炎2例.C4亚型与10株C2亚型VP1区核酸序列同源性为83.9%-85.2%,氨基酸同源性为96.5%-97.2%;10株C2亚型VP1区核酸序列同源性为94.0%-100.0%,氨基酸同源性为98.9%-100%.结论 2007-2014年四川地区AFP病例中分离到的E6为C2和C4基因亚型,其中以C2基因亚型为主.

  • 昆明市登革热输入性病例的调查及C/PreM基因序列分析

    作者:杨卫红;黄瑛;冯云;陈海云;章域震;张海林

    目的 调查云南省昆明市登革热输入性病例分布状况及病原分子特征.方法 收集登革热病例资料,采集本病急性期病人血清标本,用ELISA法检测登革病毒(DENV) IgM抗体,RT-PCR法检测DENV核酸,核酸阳性者进行DENV-C/PreM区的基因核苷酸序列测定和分析,采用MEGA5软件的邻接法构建进化树.结果 2010-2013年在昆明市第三人民医院住院病人中采集到登革热临床诊断病例血清标本13份,经检测DENV-IgM抗体均为阳性,DENV核酸阳性2份.根据流行病学史、临床表现和实验室检测结果,这13例病人均被诊断为登革热.获得了两株病毒(YNH8和YNH12)的C/PreM区基因核苷酸序列,进化分析表明YNH8和YNH12株均为登革Ⅰ型病毒.其中YNH8株与南亚地区印度流行株进化关系为接近,而YNH12株与泰国、缅甸、柬埔寨和越南等东南亚国家流行株具有较近亲缘关系.结论 昆明市登革热患者均为输入性病例.流行病学史和分子流行病学研究证实,YNH8和YNH12病例与印度和缅甸流行株具有较近亲缘关系.

  • 2017年珠海市暴发流行麻疹病毒遗传进化研究

    作者:李红霞;魏泉德;林树婉

    目的 分析2017年广东省珠海市麻疹暴发流行期间麻疹病毒基因组序列和可能的传播来源. 方法 分段扩增2017年珠海市的第1株和后1株麻疹病毒毒株全基因组并测序,通过末端重叠序列拼接组成病毒全基因组序列并上传至GenBank.参考已公布的麻疹病毒全基因组序列,对病毒进行进化分析.结合流行病学调查,推测病毒的可能来源及传播途径.通过核苷酸序列推导病毒氨基酸序列,比对疫苗株Shanghai191,分析病毒氨基酸变异的意义. 结果 拼接后的麻疹病毒MVs/Zhuhai.CHN/10.17/2[H1](GenBank序列号:MG972194)基因组全长15894个核苷酸,编码6个结构蛋白和2个非结构蛋白.序列进化分析表明,病毒属麻疹病毒H1型.遗传距离上,与2007年分离自浙江的KJ755987.1的核苷酸同源性高,达99%(15783/15894).病毒N、P、V、C、M、F、H、L蛋白氨基酸序列与疫苗株Shanghai191的一致性分别为96.6%(507/525)、98.2%(498/507)、97.7%(292/299)、96.8%(180/186)、99.1%(332/335)、96.6%(534/553)、98.5%(08/617)和99.3%(2168/2183).结论 2017年珠海市麻疹病毒可能由浙江省的感染者传播并导致珠海本地暴发流行.病毒N、P、L和V蛋白的氨基酸变异可能使其在复制和转录功能、致病力、诱导宿主T细胞免疫功能及细胞体液免疫平衡方面与疫苗株Shanghai191出现差异.

  • 北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株全基因组序列分析

    作者:李伟红;高志勇;严寒秋;刘白薇;田祎;贾蕾;王全意

    目的 对北京市GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒变异株进行全基因组序列扩增及进化分析,了解其基因遗传变异特征.方法 采用一步法反转录聚合酶链反应,对2017年北京发现的两株GⅡ.P16-GⅡ.2诺如病毒进行全基因组序列分段扩增及测序,利用DNAStar 7.0、BioEdit进行序列拼接,采用Mega 5.05软件以大似然法构建进化树,采用SimPlot软件进行相似性分析,并分析其组织血型抗原结合位点及附近氨基酸变异情况.结果 全基因组及衣壳蛋白区进化树分析显示,北京市2017年发现的两株诺如病毒与其他2016-2017年出现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒单独形成一个分支.聚合酶区进化树分析显示,这两株病毒与其他2016-2017年的GⅡ.P16-GⅡ.2型、2015-2016年的GⅡ.P16-GⅡ.4 Sydney 2012型混合形成一个分支.与2016年以前的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒相比,衣壳蛋白区及聚合酶区序列进化树分析提示,GⅡ.P16-GⅡ.2 2016-2017与201 1年该型诺如病毒分离株进化距离更近.氨基酸序列比较发现,两株病毒组织血型抗原结合位点附近的氨基酸与其他该型别诺如病毒相比,各有一处点突变.结论 北京市2017年发现的两株诺如病毒经全基因分析证实为GⅡ.P16-GⅡ.2型重组株,并且有可能是从2011年发现的GⅡ.P16-GⅡ.2型诺如病毒进化而来.

  • 我国首例输入性裂谷热病例病毒全基因组测序分析

    作者:潘阳;崔淑娟;陈丽娟;吕燕宁;卢桂兰;孙玉兰;李洁;窦相峰;李锡太;黎新宇;王全意

    目的 对我国首例输入性裂谷热病例病毒进行全基因组测定,分析其进化来源及潜在变异.方法 提取样本核酸,非特异性反转录扩增病毒基因组RNA,使用Ion Torrent二代测序仪进行病毒全基因组测定.对获得的基因组数据进行序列拼接、比对、进化树构建和关键位点分析.结果 通过测定获得了病毒全基因组11 979nt,该测定病毒属E基因分支,序列与先前南非分离株Kakamas相似度高(>98%).病毒Gn蛋白C端信号肽区存在1个氨基酸突变.结论 本研究分析测定的裂谷热病毒全基因组与目前非洲流行株高度相似,病毒基因特征未出现明显变异.

  • 河北省首次实验室确诊恙虫病东方体Kawasaki感染病例

    作者:陆苗;王春艳;邵建伟;余竹梅;张永振

    目的 对2017年7月13日恙虫病疑似病例进行实验室检测和分析,了解河北省恙虫病基因型的流行情况.方法 对疑似病例进行流行病学调查,详细询问其病史情况;采集入院时的急性期血清以及2周后的恢复期血清,使用间接免疫荧光法检测血清中的IgG抗体滴度,进行血清抗体滴度分析;提取血液总DNA,采用PCR方法进行基因型鉴定,运用大似然法构建系统进化树,确定该恙虫病东方体基因型.结果 病例血清中汉坦病毒、新型布尼亚病毒、登革热病毒、伤寒和副伤寒杆菌、无形体、埃立克体以及立克次体抗体均为阴性;急性期血清中抗恙虫病东方体IgG滴度为1∶64,恢复期血清中的滴度为1∶256;PCR扩增获得目的片段测序比对结果显示与恙虫病东方体Kawasaki型序列相似度高,达到99%;该毒株与已知恙虫病东方体Kawasaki具有近亲缘关系.结论 河北省首次实验室确诊存在恙虫病东方体Kawasaki基因型.

  • 江西省赣州市两株冠状病毒的全基因组遗传特征分析

    作者:管晓庆;廖勇;李建华;王文;陈志海

    目的 分析江西省赣州市2株亚洲鼩鼱携带冠状病毒的全基因组遗传特征.方法 用反转录-聚合酶链式反应及RACE方法从亚洲鼩鼱粪便中扩增其全基因组;利用MegAlign软件进行序列同源性分析;利用phyML软件构建系统发育树.结果 全基因组的同源性分析表明毒株GZ01、GZ02与已知的亚洲鼩鼩携带冠状病毒的序列具有很高的同源性(88.6% ~92.1%).系统发育分析表明毒株GZ01、GZ02与上述序列有近的亲缘关系.结论 赣州市亚洲鼩鼱携带α属冠状病毒,与已知的毒株为同一种冠状病毒,系统发育分析发现亚洲鼩鼱在冠状病毒的起源与进化过程中起着重要作用.

  • 2015年云南省临沧市登革热暴发的流行病学调查

    作者:李华昌;潘虹;冯云;邓伟;杨贵荣;杨平;施靖;张海林

    目的 阐明云南省中缅边境地区临沧市2015年登革热(dengue fever,DF)流行病学特征及登革病毒血清型.方法 收集DF病例资料,采集患者急性期血清标本,用反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)法检测登革病毒核酸,并进行登革病毒C/PreM区核苷酸序列测定和分析.结果 2015年临沧市共报告登革热病例211例,其中本地感染病例100例(47.39%),输入性病例111例(52.61%;缅甸输入110例,泰国输入1例).本地流行地区为耿马县孟定镇,该流行区中埃及伊蚊为优势种,流行月份为7-11月.年龄分布以20 ~ 59岁组为主,小2岁,大81岁.男女性别比为1.37∶1.职业分布以农民(45.02%)和商业服务(19.43%)居多.211例DF病例从发病到诊断的时间间隔中位数为2.75 d.经登革病毒核酸检测和序列测定,从患者血清中获得7株病毒的C/PreM区基因核苷酸序列.进化分析表明,这7株病毒均为登革1型病毒(本地感染5例,缅甸输入2例),均与2014年云南省瑞丽市登革1型病毒以及缅甸、泰国和柬埔寨的登革1型病毒具有较近的亲缘关系.结论 2015年临沧市发生了输入性和本地感染并存的DF流行,临沧市和缅甸均存在登革1型病毒的流行,来自缅甸北部的DF输入性病例是引起DF本地流行的主要原因.加强输入性病例的监测和管理以及蚊虫控制是防止本病再次流行的关键措施.

  • 2012-2015年云南省狂犬病病毒糖蛋白基因进化特征分析

    作者:杨卫红;冯云;章域震;潘虹;张云智;韩茜;周济华;袁庆虹;张海林

    目的 了解云南省2012-2015年35株狂犬病病毒(RABV)糖蛋白(G)基因的进化特征及流行病学特点.方法在云南省狂犬病流行区采集可疑犬脑组织以及狂犬病患者脑组织和唾液标本,用直接免疫荧光法进行病毒抗原检测,阳性标本提取病毒核酸,通过反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增RABV的G基因序列,用MEGA 5.0软件邻接法(NJ)进行系统进化树分析.结果 经RT-PCR和序列测定获得2012-2015年云南省35株RABV的G基因序列,并与2006-2011年获得的云南省11株RABV及邻省和东南亚地区的15株RABV的G基因序列进行系统进化分析.结果 表明,云南省46株RABV中,除2006年的Tc06株属于China-Ⅵ进化群外,其他45株均属于China-Ⅰ进化群.云南省China-Ⅰ进化群流行株在2006-2015年间每年均有分布,其中,2006-2011年10株,2012-2015年35株,分布于云南省10个州(市)并与来自四川、贵州和湖南省的China-Ⅰ进化群病毒株的进化关系为接近.China-Ⅵ(Tc06)则与缅甸、老挝和越南的东南亚进化群病毒株亲缘关系近.结论2012-2015年,RABV China-Ⅰ进化群在云南省狂犬病流行区广泛分布,属云南省主要进化群并具较强的传播速率,期间云南省未再发现China-Ⅱ、China-Ⅲ和China-Ⅵ等进化群病毒株的流行.

  • 北京市丰台区诺如病毒暴发疫情的实验室鉴定及基因特征分析

    作者:秦萌;陆翌禹;封会茹;杨军勇;武庆瑞;余红;王兆娥;董晓根;李洁

    目的 对北京市丰台区2014年5-6月发生的3起诺如病毒急性胃肠炎暴发疫情进行病原体鉴定及基因分型.方法 采用实时荧光定量-聚合酶链反应法对62份病例标本进行诺如病毒核酸检测,阳性标本经反转录-聚合酶链反应扩增RNA多聚酶区部分序列,使用BioEdit及Mega 6.0软件对扩增序列进行同源性及进化分析.结果 36份标本中检出GⅡ型诺如病毒,阳性率为58.06%;序列分析表明幼儿园为GⅡ.7型,学校1为GⅡ.8型,学校2为GⅡ.6型.结论 诺如病毒是引起丰台区急性胃肠炎暴发疫情的主要病原体,丰台区流行的诺如病毒基因型存在多样性.

  • 应用人胚肺成纤维细胞MRC-5培养分离寨卡病毒研究

    作者:李幸乐;李懿;王若琳;苏佳;康锴;郭大城;许汴利;黄学勇

    目的 应用人胚肺成纤维细胞MRC-5培养并分离鉴定寨卡病毒.方法 收集寨卡病毒病确诊病例的精液样本并在MRC-5细胞中进行培养,观察致细胞病变效应(CPE).采用实时荧光PCR (real-time PCR)方法鉴定培养,同时对培养物进行序列测定和比对分析.结果 病例精液样本经MRC-5细胞盲传3代,未观察到明显的特异性致CPE,MRC-5细胞3代培养物寨卡病毒经real-time PCR检测结果呈阳性.毒株命名为Henan/001/2016,GenBank编号为MF593625,属于亚洲基因簇系.Henan/001/2016与Natal RGN株的亲缘关系为接近,在E基因区段的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.7%和100%.结论 MRC-5细胞适用于寨卡病毒的分离、培养和鉴定.

  • 2014年云南省瑞丽市登革1和2型病毒流行的分子流行病学研究

    作者:刘永华;冯云;尹小雄;杨召兰;李萍;张智萍;尹正留;张海林

    目的 阐明云南省中缅边境的瑞丽市2014年登革热流行的登革病毒血清型及分子流行病学特点.方法 收集登革热病例资料,采集患者急性期血清标本,用RT-PCR法检测登革病毒核酸,并进行登革病毒C/PreM区核苷酸序列测定和分析.结果 2014年6-12月,瑞丽市共确诊登革热病例292例,其中本地感染病例139例(47.77%),输入性病例153例(52.23%;缅甸输入152例,广州输入1例).2014年瑞丽市登革热本地感染病例发病率为72.77/10万.主要流行地区为瑞丽市城区、姐告开发区和勐卯镇.经登革病毒核酸检测和序列测定,从患者血清中获得65株病毒的C/PreM区基因核苷酸序列,其中本地感染40例,缅甸输入25例.进化分析表明,登革1型病毒53株(本地感染31例,缅甸输入22例),2型11株(本地9例,缅甸输入2例),4型1株(缅甸输入病例),它们均与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系.结论 2014年瑞丽市发生了输入性和本地感染并存的登革热流行,缅甸木姐市和中国瑞丽市均存在登革1和2型病毒的共同流行,来自缅甸木姐市的登革热输入性病例是引起瑞丽市登革热本地流行的主要原因.

  • 2016年云南畹町口岸地区登革热疫情的病原学和流行病学调查

    作者:帕岩回;胡挺松;张海林;曾玲;鲁秀红;余静;张富强;范泉水

    目的 阐明2016年云南省畹町口岸地区登革热流行特征和登革病毒血清型、基因型及传播来源.方法 收集登革热病例资料,采集患者急性期血清样本,用RT-PCR法检测登革病毒核酸,并进行登革病毒C/PrM基因核苷酸序列测定和进化分析.用布雷指数法监测伊蚊幼虫密度.结果 2016年畹町地区共确诊登革热病例36例,其中缅甸输入性病例34例(94.44%),本地感染病例2例(5.56%).流行时间为5-12月,主要为10和11月(27例).布雷指数5-9月为3.33~8.55,其他月≤2.25.从患者血清中获得11株登革病毒的C/PrM基因核苷酸序列,进化分析表明,9株为登革病毒血清型1型(DENV-1)中的基因Ⅰ型(Genotype-Ⅰ,G-I),1株为登革病毒血清型2型(DENV-2)的美洲基因型(American genotype,AMG),1株为登革病毒血清型4型(DENV-4)的G-I.DENV-1和DENV-4均与近几年云南省瑞丽市、临沧市和缅甸同型流行株具有较近的亲缘关系,DENV-2与墨西哥和柬埔寨流行株亲缘性较近.结论 2016年畹町口岸地区存在DENV-1G-I、DENV-2 AMG和DENV-4G-I的流行,应加强中缅边境地区登革热跨境传播的防控.

  • 长沙市家禽市场污水来源H9N2亚型禽流感病毒NS基因进化分析

    作者:张如胜;欧新华;宋克云;陈田木;刘如春;孙边成

    目的 对长沙市家禽市场污水来源的H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进行进化和分子特征分析,探讨其传播风险.方法 从家禽市场收集1份H9N2 AIV样本(C09055049)进行NS基因PCR扩增和TA克隆测序,测序结果利用Lasergene和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 序列分析表明,NS基因核苷酸序列全长890bp,分别编码NS1(217个氨基酸)和NS2(121个氨基酸)两个蛋白,进化树显示本研究中的NS基因属于A等位基因群的A/ Chicken/ Shanghai/F/1998-1ike,起源于国内早的分离株A/Chicken/Beijing/1/94;NS基因与进化树不同分支代表株氨基酸比对显示,NS1与A/Chicken/Shanghai/F/98同源性高(96.3%),NS2与A/Chicken/ Beijing/1/1994和A/ Chicken/ Shanghai/ F/ 1998同源性高(96.7%).H9N2 AIV的NS1蛋白第92位D氨基酸,且NS1蛋白C-端缺失13个氨基酸,表现为低致病性的分子特征.结论 家禽市场污水来源的H9N2 AIV的NS1蛋白缺乏高致病性及感染人的分子特征,传播至人的风险较小.

  • 2010-2011年北京市儿童甲型H3N2流感病毒的血凝素基因特征和遗传进化分析

    作者:卢桂兰;刘医萌;彭晓旻;梁慧洁;张代涛;张莉;吴双胜;杨鹏;王全意

    目的 了解2010年9月1日~2011年8月31日北京市儿童甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究.方法 采集哨点医院收集的1 040份儿童流感样病例样本和14份疫情样本,进行MDCK细胞分离病毒.选取26株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定.采用生物信息软件进行序列比对和进化分析.结果 2010-2011年流感监测季期间,总共分离64株甲型H3N2毒株,占分离毒株构成的65.31%.病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ两个明显分支,均有S214Ⅰ氨基酸变异.另外,分支Ⅰ的毒株序列还均出现P162S、R261Q氨基酸变异;分支Ⅱ的毒株序列均出现D53N、K62E、Y94H、K144N、T212A、I230V氨基酸变异,涉及A、C两个抗原决定簇,并新增1~2个糖基化位点.结论 2010年9月~2011年2月期间北京市儿童甲型H3N2流感活动活跃,并且其毒株呈现出两个明显不同的进化分支,其中一个分支毒株的血凝素基因特性发生了明显改变.

  • 手足口病患儿柯萨奇病毒A4的鉴定及其5'UTR-VP4-VP2区序列分析

    作者:吉彦莉;王永全

    目的 分析2009年北京市西城区手足口病患儿柯萨奇病毒A4 (CoxA4) 5'UTR VP4-VP2区进化特征,探讨其与国内外其他地区CoxA4分离株的关系.方法 提取病毒RNA,进行半巢式RT-PCR扩增肠道病毒(EV) 5'UTR-VP4-VP2区.通过测序和Blast比对确定EV型别;并对其进行序列和进化分析.结果 共鉴定出两株CoxA4,Genbank登录号为JQ429434和JQ429435.进化分析表明,CoxA4包括3个进化树分支:原型株AY421762位于独立的分支,其余CoxA4构成两个基因型(Ⅰ型和Ⅱ型),每个基因型包括两个亚型(A和B).在5' UTR-VP4-VP2区,两株CoxA4核苷酸序列同源性为96.00%;它们与原型株、基因Ⅰ型及Ⅱ型毒株序列同源性分别为87.00%~88.00%,85.00%~87.00%,92.00%~98.00%.两株CoxA4与其他中国株均位于基因Ⅱ型分支上.结论 北京市西城区CoxA4株与我国近年CoxA4流行株在5'UTR-VP4 VP2区具有较高的同源性,且进化关系密切.

  • 云南边境地区登革1型病毒非结构蛋白编码区序列测定及进化分析

    作者:苑述友;蔡学敏;张富强;邱薇;李刚山;刘华;尹革芬;李作生;郑颖;王双印;张海林;范泉水

    登革病毒有4个血清型,可引起登革热和登革出血热/登革休克综合征.登革病毒包括5'和3'非编码区(UTR)及一个单一的开放阅读框(ORF),该ORF编码一个聚蛋白前体,经蛋白酶裂解加工成3种结构蛋白(C、PrM和E)和7种非结构蛋白(NS1、NS2A、NS2B、NS3、NS4A、NS4B和NS5)[1].

  • 中国南方四省区流行的HIV-1 CRF01_AE病毒株基因特征研究

    作者:程春林;冯毅;何翔;林鹏;梁淑家;易志强;贺健梅;胡园园;邢辉;范雁;吴士良;邵一鸣

    目的 分析中周南方四省区HIV-1感染者中流行CRF01 AE病毒株的遗传特征.方法 从广东、广西、江西和湖南省(自治区)2006年新报告HIV-1感染者的血浆样本中提取病毒RNA,用反转录/巢式PCR方法扩增gag和env基因片段,对获得的CRF01 AE病毒株核酸序列进行系统进化分析,并通过计算基因距离和Entropy核苷酸多态性差异方法分析毒株的遗传特征.结果 从210例CRF01_AE病毒株感染者中,发现四省区流行的CRF01 AE病毒株存在2个主要的流行簇.流行簇Ⅰ共有123例样本,未发现与之直接相关的国际参考毒株.流行簇Ⅱ共有57例样本,与越南CRF01 AE病毒株关系密切,且存在不同时间样本的混杂.gag和env基因遗传距离分析结果表明,流行簇Ⅰ内基因遗传多样性均明显小于流行簇Ⅱ;核苷酸多态性分析结果显示,在gag基因片段42个位点核苷酸组成具有显著差异,env基因片段40个位点核苷酸组成存在显著差异;流行簇Ⅰ相对于流行簇Ⅱ多态性减少的位点上有61个,多态性增加的位点有21个.结论 在中国南方四省区流行的CRF01 AE病毒株中首次观察到2个独立的流行簇.流行簇Ⅰ病毒株为该地区主要的CRF01 AE病毒株,其流行时间相对较短,在人群中所占比例较多,可能是病毒在流行过程中形成的具有传播优势的病毒株.流行簇Ⅱ病毒与来自于越南的CRF01 AE病毒株有较高同源性,且存在与越南病毒株间的多次传播.

  • 上海市浦东新区注射吸毒者HCV的进化分析与正选择位点研究

    作者:王郁;吴红岩;赵希畅;朱渭萍;万千;陆一涵;姜庆五

    目的 了解上海市浦东新区注射吸毒者分离的HCV的基因分型,分析其病毒种群的增长演化过程与选择压力.方法 采集美沙酮门诊注射吸毒者血清200份,扩增HCV NS5B377-nt核苷酸片段.结合同期当地的志愿献血者、MSM、法定报告丙型病毒性肝炎(丙肝)病例的分离序列,使用BEAST软件包分析主要基因型的进化速率和种群演变过程.采用Datamonkey在线软件包对注射吸毒者分离序列分析选择压力,并与直接抗病毒药物(Direct-acting antiviral,DAA)结合位点进行比对.结果 美沙酮门诊注射吸毒者HCVRNA阳性检出率19.5%(39/200),其中基因分型分为3a亚型(14份)、3b亚型(13份)、1b亚型(7份)、6a亚型(4份)和6n亚型(1份).注射吸毒者分离序列与其他人群序列同源性均较高.进化分析表明,HCV 1b亚型的理论感染人数于20世纪90年代开始增加且增速较快,3a与3b亚型则从90年代中期呈逐渐上升趋势.选择压力分析显示,注射吸毒者NS5B 377-nt片段确认有2个正选择位点,在7个DAA结合位点的突变率为2.2%.结论 HCV 3a和3b亚型是上海浦东注射吸毒者丙肝感染的主导基因型.而1b亚型在各人群中普遍分布,进化速率较快,其导致的感染数将持续上升.注射吸毒者HCV NS5B基因片段的DAA结合位点突变率低,预计药物结合效果较好.

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