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空间记忆不良的雌性大鼠肠道菌群多样性研究
目的:研究空间记忆不良的雌性SD 大鼠的肠道菌群多样性和正常对照之间的差别和变化.方法:应用Morris水迷宫实验方法对40 只成年未孕雌性SD 大鼠进行空间记忆学习能力的评估,筛选出空间记忆先天不良的SD 雌性大鼠,并提取其与正常雌性大鼠的粪便DNA 进行16S rRNA 测序,并对测序结果进行比较和分析.结果:空间记忆不良的雌性SD 大鼠在Morris 水迷宫中的定位航行实验第5 天找到平台的平均时间为(49.95±10.98) s,明显长于正常对照组(19.73±13.12) s(P=0.000).空间记忆不良的雌性SD 大鼠在空间探索试验实验中穿越目标象限次数(2.06±1.14)次,明显低于正常对照组(6.84±2.02)次(P<0.000 1).空间记忆不良的雌性SD 大鼠较正常对照的肠道菌群多样性减少,其中厚壁菌门丰度减少,拟杆菌门丰度明显增加,放线菌门丰度明显减少.相关性分析显示,放线菌门丰度和雌性SD 大鼠空间记忆不良的程度呈显著负相关.结论:空间记忆不良的雌性SD 大鼠肠道菌群构成较正常对照有明显变化,且这种变化可能参与了雌性SD 大鼠生长发育过程中的脑部能量代谢和慢性炎症应激免疫应答过程.肠道菌群多样性研究可能成为筛选空间记忆不良的SD 雌性大鼠的新的辅助评估方法和治疗干预的新靶点.
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降钙素原淀粉样蛋白A 16S rRNA在自发性腹膜炎诊断中的应用
目的 探讨降钙素原(PCT)、淀粉样蛋白A(SAA)、16S rRNA在自发性腹膜炎(SBP)患者中的早期诊断价值.方法 肝硬化腹水患者121例,包括52例SBP患者(观察组)和69例非SBP患者(对照组),在使用抗生素前检测患者血清PCT、SAA水平和腹水16S rRNA基因序列.结果 SBP组血清PCT、SAA水平和16S rRNA阳性率明显高于对照组(P<0.05).PCT诊断SBP的敏感性90.38%,特异性82.61%;SAA诊断SBP的敏感性为88.46%,特异性为79.71%;16S rRNA诊断SBP的敏感性82.69%,特异性98.55%.PCT的ROC曲线下面积0.888(95%CI0.821~0.955),SAA的ROC曲线下面积0.868(95%CI0.796~0.939),16S rRNA的ROC曲线下面积0.906(95%CI0.842~0.970).结论 联合检测血清PCT、SAA和腹水16S rRNA可以为SBP患者提供一个满意的早期诊断指标.
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胆固醇结石患者胆囊细菌感染的研究
目的 比较胆固醇类结石患者和非胆石症患者胆道细菌感染情况.方法 用不依赖细菌培养的半定量PCR和16SrRNA序列对照法,检测76例胆固醇类结石患者胆囊黏膜、胆汁和胆石中细菌DNA,与34例非胆石患者对照.结果 胆石组和非胆石组胆汁细菌DNA阳性率分别为77%和67%,胆囊黏膜细菌DNA阳性率分别为64%和69%,两组间差异均无统计学意义(P＞0.05).胆石组细菌种类主要为大肠杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、不动杆菌、链球菌、鞘氨醇单胞菌、脆弱类杆菌和痤疮丙酸杆菌,胆石组菌种比非胆石组丰富,非胆石组菌种基本上均能在胆石组中找到.结论 胆固醇结石与非胆石症患者胆道细菌感染率相似,胆固醇结石中存在细菌不足以证明细菌参与胆固醇结石的形成.
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16SrRNA实时荧光定量PCR检测肠道菌群的研究
目的:应用细菌的16SrRNA序列设计双歧杆菌(Bifidobacterium)、乳酸杆菌(Lactobacillus)、大肠杆菌(E.coli)、肠球菌(Enterococcus)的引物并对肠道的这4种细菌菌属进行定量测定,绕过分离培养环节,以微生物rRNA/rDNA基因作为种属鉴别序列,确定肠道菌群的情况.方法:采用腹腔注射链脲菌素(STZ)的方法建立小鼠糖尿病模型,分别检测小鼠肠道主要的菌群.结果:造模成功小鼠血糖升高(>12.3mmol/L,P<0.05)时,肠道益生菌(双歧杆菌,乳酸杆菌)数量降低(P<0.05),而大肠杆菌、肠球菌数量增加(P<0.05).结论:小鼠糖尿病模型可引起肠道菌群失调,荧光定量PCR是一种特异性高、敏感性强的定量方法,可正确定量肠道中的细菌菌群数量.
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2例肺部奴卡菌感染分析
目的 观察基因测序与质谱分析,在奴卡菌菌种鉴定方面的作用.方法 收集2例肺部奴卡菌感染患者的奴卡菌病原体,经过纯分培养,均同时进行了质谱检测和16S rRNA以及hsp65基因测序.结果1例患者质谱分析以及基因测序均证实为盖尔森基兴奴卡菌;另1例患者的质谱分析提示为盖尔森基兴奴卡菌,但16S rRNA以及hsp65基因测序则均证实为脓肿奴卡菌.结论 奴卡菌作为一种重要的机会致病菌,传统微生物学检测耗时费力,新型质谱分析( MALDI-TOF MS)有助于鉴定菌种,但基因测序仍是奴卡菌菌种鉴定的金标准.
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两株红树林根际土壤放线菌的鉴定和抗菌活性研究
目的 对分离自广西北仑河口红树林根际土壤的两株放线菌(B200、B205)进行抗菌活性研究及鉴定.方法 观察两株放线菌的形态特征;通过PCR扩增、测定并比对16S rRNA基因序列,采用邻接法构建系统发育树并进行分析;通过液体发酵、萃取等方法,分别获得发酵液水相、发酵液酯相和菌丝丙酮浸提液三类样品;样品通过纸片扩散法进行抗菌活性测定.结果 从红树林根际土壤分离的两株放线菌,其发酵液具有较强的广谱抗菌活性,菌株的16S rRNA基因序列对比结果显示,菌株B200和B205分别与有效发表菌株Agromyces subbeticus DSM16689T的相似率为98.01% 和Micromonospora rosaria DSM 803T的相似率为99.73%, 菌株B200可能为壤霉菌属潜在新种,B205初步鉴定是小单孢菌Micromonospora rosaria DSM 803T的变种.结论 分离自广西北仑河口红树林根际土壤的两株放线菌其次级代谢产物有较强抗菌活性,具有从中发现新抗生素的潜力.
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DNA转化和共培养研究淋球菌对大观霉素的耐药机制
目的 通过DNA转化和共培养研究淋球菌(NG)对大观霉素的耐药机制.方法 将3株大观霉素耐药环丙沙星敏感的供体NG[大观霉素小抑菌浓度(MIC)512 mg/L]与大观霉素敏感环丙沙星耐药的受体NG共培养,并将耐药菌株的DNA转化至大观霉素敏感的受体菌中.分别将供体菌、受体菌及共培养和DNA转化得到的NG的16sRNA基因扩增并测序,分析可能导致大观霉素耐药的基因突变.结果 共培养后和DNA转化得到耐大观霉素的NG株(大观霉素MIC 512 mg/L),PCR扩增和DNA测序分析发现所有大观霉素耐药的NG均发现16sRNA基因胞嘧啶(C)1192胸腺嘧啶(T)突变,大观霉素敏感的受体菌未发现突变.结论 共培养和DNA转化可以用于NG耐药机制研究,NG16SrRNA基因C1192T突变导致大观霉素对NG耐药.
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产丙酮酸棒状杆菌的鉴定及微生物学性状研究
目的 对临床分离于皮脂腺囊肿标本中的菌株进行表型和基因型鉴定,描述该菌株的生物学特性及致病性,为临床诊断提供准确地病原学依据.方法 对分离菌株进行革兰氏染色等,并使用VITEK 2 Compact全自动微生物分析仪进行鉴定.采用K-B法进行药敏试验.提取分离菌株DNA,采用通用引物对16S rRNA基因进行PCR扩增并测序,将测序结果与GenBank中收录的16S rRNA基因序列进行BLAST同源性对比.结果 分离菌株经VITEK 2 Compact鉴定为玫瑰色库克菌,后经16S rRNA序列测定方法鉴定,分离菌株为产丙酮酸棒状杆菌.药敏试验显示该菌株对四环素、万古霉素、利福平敏感,对青霉素、红霉素、克林霉素、环丙沙星、左氧氟沙星、复方新诺明、头孢吡肟、亚胺培南、庆大霉素等均耐药.结论 对于表现型不易鉴定或鉴定不准确的细菌,采用16S rRNA序列测定的方法进行鉴定是准确的.产丙酮酸棒状杆菌是引起患者疾病的致病菌.在完善产丙酮酸棒状杆菌生化反应信息的同时,探索出有效可行的生物学鉴定方法.
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猪链球菌长沙分离株的鉴定与16S rRNA系统进化分析
目的 对2株猪链球菌(Streptococcus suis,SS)长沙分离株进行分离培养和分子鉴定,并对其16S rRNA基因进行测序,阐明其系统进化关系.方法 利用分离培养法对2株 SS进行分离鉴定,同时对分离株16S rRNA 基因进行PCR扩增和核苷酸序列测定,将测序结果提交GenBank,通过在线Blast同源性分析进行菌株鉴定,并与传统培养鉴定方法进行比较,利用Mega4.0软件构建SS长沙分离株系统进化树.结果 成功扩增出2株菌的目的 片段,通过测序后Blast同源性分析,证实2株菌株均为SS,且与传统鉴定方法结果一致,进化树显示长沙2株SS和国内外2型位于同一进化分支上,同四川的05ZYH33参考株亲缘关系近.结论 通过16S rRNA基因可以准确快速鉴定SS,可应用于应急检测,长沙2株猪链球菌属于SS2型,与其他SS2分离株16S rRNA 基因同源性高,未发生变异.
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中国小型猪细菌分离鉴定及药敏试验
目的 对小型猪携带的细菌种群分布情况及耐药性进行调查分析.方法 对小型猪采样进行细菌分离培养、生化鉴定和细菌16S rRNA基因PCR扩增、测序分析,并进行药敏试验.结果 从25只小型猪中共分离到45株细菌.结果 显示,小型猪携带的细菌种群主要有弯曲菌属(空肠弯曲菌)、螺杆菌属(幽门螺杆菌)、克雷伯菌属(肺炎克雷伯氏菌);肠杆菌属(阴沟肠杆菌);埃希菌属(大肠埃希菌、弗格森埃希菌);假单胞菌属(铜绿假单胞菌);窄食单胞菌属(嗜麦芽窄食单胞菌);葡萄球菌属(金黄色葡萄球菌、溶血葡萄球菌、模仿葡萄球菌);链球菌属(肺炎链球菌、猪链球菌、前庭链球菌、缓症链球菌、麻疹孪生球菌、绿色气球菌);肠球菌属(粪肠球菌);芽孢杆菌属(枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜂房芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌).这些菌株对氨曲南、头孢噻吩等药物敏感,而对痢特灵等药物不敏感.结论 小型猪携带的细菌种群具有多样性,研究结果为我国小型猪细菌学检测以及质量标准的制定提供了科学依据.
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新疆部分地区鼠类无形体和埃立克体的调查及16srRNA序列分析
目的 调查新疆部分地区鼠类携带无形体和埃立克体的状况.方法 对新疆博乐、石河子、乌鲁木齐3个地区捕获的鼠类(沙鼠、褐家鼠、田鼠)401份,采集肺脏、脾脏提取总DNA,通过巢式PCR扩增无形体和埃立克体16SrRNA片段并与GenBank中相应基因序列进行比对分析.结果 在沙鼠样本中扩增到无形体和埃立克体16SrRNA片段,而在其它两种鼠类未扩增到目的片段,扩增片段经测序、比对后确定为Anaplasma phagocytophilum和Erhlichia chaffeenisis.在312份沙鼠检测样本中,检出无形体17份,占5.45％；埃立克体48份,占15.38％；无形体和埃立克体均检出12份,占3.84％.结论新疆地区存在无形体和埃立克体病原,其主要存在与荒漠和半荒漠地带生存的沙鼠中,新疆存在这两种病原的自然疫源地,而且两种病原可以共同存在于同一宿主动物.
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山东莱洲湾湿地长角血蜱无形体16SrRNA检测分析
目的 调查山东莱洲湾湿地优势硬蜱--长角血蜱(Haemaphysalis longicornis )人粒细胞无形体病原携带及分子流行病学特征.方法 2010年5月至10月,对莱洲市第一人民医院ICU及感染科收治的26名无形体确诊病例及6名可疑病例家居环境采集游离蜱114只,家畜山羊、牛及狗体表寄生硬蜱456只,分类鉴定后分组研磨提取DNA,巢氏PCR扩增无形体16SrRNA基因并测序及序列分析.结果 69组样本PCR扩增阳性率为43.5%.序列进化分析显示无形体病原主要分3个基因群,T1优势群占检出序列的60%,该群与我国安徽无形体院内感染患者及山东沂源地区发热患者检出序列归为一类.这一群在我国周边国家日本、韩国及德国野生动物及媒介蜱中均有检出.结论 东北亚环西太平洋鸟类迁徒的重要"中转站"及越冬、栖息和繁殖地-莱洲湾湿地长角血蜱存在较高无形体病原体携带率,加强当地临床发热病人无形体鉴别诊断并采取必要防控措施具有重要临床及公共卫生意义.
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关节液中细菌16s rRNA与23s rRNA诊断膝关节置换术后感染的价值
目的 探讨利用关节液中细菌16s rRNA与23s rRNA诊断全膝关节置换术后感染的效率及两种基因诊断方法的差异.方法 对33例无菌性松动及19例假体周围感染行人工膝关节翻修的患者,通过RT-PCR检测关节液中细菌16s rRNA、23s rRNA保守基因片段诊断假体周围感染.比较两种诊断策略的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值及准确性.结果 以国外关于假体周围感染诊断方法的文献判定假体周围感染,利用16s rRNA进行诊断的敏感性78.8％,特异性93.9％,阳性预测值88.2％,阴性预测值为88.6％,准确性为88.5％;而采用23s rRNA扩增方法诊断的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值及准确性分别为68.4％、78.8％、65.0％、81.2％和75.0％.两种基因诊断的各指标比较差异均无统计学意义(P>0.05).结论 通过检测关节液中细菌16s rRNA或23s rRNA诊断人工膝关节置换术后感染,具有较高的诊断效率,且两者差异无统计学意义.
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利用环介导恒温扩增16S rRNA对无乳链球菌快速鉴定的新方法
目的 建立用环介导恒温扩增16S rRNA对无乳链球菌鉴定的方法.方法 52株无乳链球菌和131株非无乳链球菌为研究对象,在无乳链球菌16S rRNA处设计4条特异性引物,对环介导恒温扩增的条件优化后,验证其特异性和敏感性.结果 52株无乳链球菌均能有效检出,没有任何非无乳链球菌的检出;环介导恒温扩增的低检出限为40CFU/ml,比普通的PCR高出100倍.结论 环介导恒温扩增16S rRNA,能方便、敏感、特异地完成对无乳链球菌的快速鉴定,适于基层机构使用.
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发菜基因组DNA提取方法比较与分子鉴定研究
目的 以发菜为研究对象比较不同的提取DNA方法,筛选出了一种适合快速提取发菜DNA的方法.方法 分别利用自主研发的硅珠DNA纯化技术、细菌试DNA提取试剂盒和植物DNA提取试剂盒提取发菜基因组DNA.结果 本实验室开发的硅珠DNA提取纯化技术具有快速、无毒以及获得的发菜DNA纯度高等优势.通过聚合酶链式反应(PCR)扩增和测序得到16S rRNA基因,利用Blast软件进行序列比对,与发菜同源性为99％.结论 本研究研制的发菜基因组DNA提取方法可用于发菜源性的分子鉴定.
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霍乱弧菌16srRNA核糖体基因型分析
目的:探讨某市埃尔托弧菌的来源及流行的霍乱弧菌在遗传分化上的关系.方法:采用16srRNA分子杂交技术对某市30余年各地区分离出的95株霍乱保留株进行了分析研究.结果:某市埃尔托霍乱弧菌16srRNA探针杂交可分成8种核糖体基因型别,其中RTl和RT2型二种基因型别一直作为某市的地方保留株长期潜伏循环流行,其他型别的菌株均为散在出现.结论:不同年代和地区之间流行的霍乱弧菌存在一定的优势克隆群,但也存在不同的克隆系.
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16SrRNA基因扩增在新生儿败血症诊断中的研究
目的:探讨建立新生儿败血症的分子生物学诊断方法.方法:分析16S rRNA核苷酸序列,设计引物及探针,选取临床常见菌株进行PCR扩增及检测；对疑为败血症的317例新生患儿分别行PCR和血培养检测.结果:PCR检测阳性率明显高于血培养(P＜0.05).以血培养为参照,PCR检测的敏感性高,特异性好.结论:建立了新生儿败血症的分子生物学诊断方法,满足临床快速、准确的要求,具有较大的推广及应用价值.
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16SrRNA在婴幼儿配方乳粉微生物鉴定中的应用
目的 通过对市场上现售婴幼儿配方乳粉中肉毒梭菌的检测,探索16SrRNA基因测序方法在微生物鉴定中的应用.方法 抽取湖北省市场上57份婴幼儿配方乳粉,根据GB/T 4789.12-2003标准对肉毒梭菌进行前增菌、分离培养和革兰氏染色以初步鉴定.选取3株可疑菌株,利用MicroSEQ ID微生物鉴定系统(ABI)进行16SrRNA基因测序分析,构建系统发育树,鉴定种属.结果 经初步鉴定10份样品中存在可疑肉毒杆菌,但经16SrRNA基因测序证实其中3株均为苏云金芽孢杆菌.结论 16SrRNA基因测序方法高效客观,在食品微生物鉴定领域具有广阔的前景.
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16SrRNA基因序列分析技术在肠道菌群检测中的应用进展
应用16SrRNA作为分子指标已逐渐成为微生物检测和分类鉴定的一种强有力工具,文章就该基因的结构与特点、作用及意义等对16SrRNA基因序列分析技术在肠道菌群检测中的应用作一简要综述,同时提出存在的问题与展望.1 16SrRNA概述1.1 16SrRNA结构与特点16SrRNA指的是沉降系数为16的RNA片段,细菌rRNA按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23 SrRNA.其中位于原核细胞核糖体小亚基上的16SrRNA长约1 540 bp,结构和碱基排列复杂度适中,较易于进行序列测定和分析比较.
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感染根管中6种厌氧菌与症状或体征的相关性研究
目的:应用16S rRNA-PCR技术测定感染根管内6种细菌的检出率,分析根管内细菌种类与临床症状及体征的关系.方法:采集48例感染根管样本,按照临床症状或体征分为自发痛、叩痛、窦道3组,提取样本细菌基因组DNA,用PCR扩增细菌16S rRNA基因片段的方法检测细菌种类,计算检出率.结果:共检测48例样本,其中35例检测到待检细菌,检出率达72.9%.检出率高的是牙髓卟啉单胞菌(35.4%),其次是牙龈卟啉单胞菌(31.2%)和粪肠球菌(29.1%),咽峡炎链球菌为(18.7%),有2例能检出古菌,轻链球菌未检出.统计学分析显示,牙龈卟啉单胞菌与自发痛、粪肠球菌与窦道分别存在相关性(P<0.05).结论:根管感染是由多种细菌造成的;5种细菌是感染根管的优势菌;感染根管内牙龈卟啉单胞菌和粪肠球菌检出与临床相应症状或体征有相关性.
