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冲牙器对慢性牙周炎患者牙龈卟啉单胞菌影响的临床研究
目的:观察应用冲牙器对慢性牙周炎患者牙龈卟啉单胞菌(P.gingivalis,Pg)的影响.方法:选取40例慢性牙周炎患者,随机分成对照组(20例)和观察组(20例),对照组指导BASS刷牙,观察组在BASS刷牙的基础上使用冲牙器;分别于牙周基础治疗前,治疗后3个月和6个月记录患者牙周探诊深度、菌斑指数和Mazza出血指数,并采集龈下菌斑,定量PCR测定Pg含量.结果:经过牙周基础治疗后两组患者的牙周状况明显改善和Pg含量较治疗前明显降低,差异均有统计学意义(P<0.05),使用冲牙器的观察组患者效果更为明显.结论:冲牙器提供的超细高压水柱,对牙周维护期的龈下菌斑中Pg的控制有一定的作用.
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基于高通量测序技术的溃疡性结肠炎患者肠道菌群多样性研究
目的 探讨溃疡性结肠炎(U C)肠道菌群结构、丰度与多样性的变化规律.方法 收集13例溃疡性结肠炎患者及42例健康人群的粪便样本,提取基因组DNA并对细菌16S rRNA基因V4区进行PCR扩增,应用Illumina Miseq平台进行高通量测序并进行生物信息学分析.结果 溃疡性结肠炎患者肠道菌群多样性较健康对照人群显著下降(P<0.05),两组人群肠道菌群结构均存在明显个体差异.厚壁菌门在溃疡性结肠炎患者的肠道菌群中丰度显著降低(P<0.01),变形菌门和梭杆菌门在溃疡性结肠炎患者肠道菌群中的丰度相比于健康人群显著增高(均P<0.01).属水平上:溃疡性结肠炎组梭菌属、乳杆菌属、梭杆菌属和动弯杆菌属丰度明显增高(均P<0.05),而Dialister菌属、Faecali-bacterium菌属、粪球菌属、毛螺旋菌属和普雷沃氏菌属的丰度与对照组相比显著下降(均P<0.05).结论 溃疡性结肠炎患者肠道菌群多样性、构成及丰度与健康对照人群比较均存在显著差异,溃疡性结肠炎患者肠道菌群结构明显失衡,可能与溃疡性结肠炎的发病和发展有关.
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基于细菌16S rRNA基因扩增临床不常见病原菌的价值
目的 探讨16S rRNA基因扩增与测序在临床不常见病原菌鉴定中的价值,指导临床相关感染的诊治.方法 选择临床微生物实验室常规方法难以准确鉴定、无法鉴定或有特殊表型的细菌12株,采用聚合酶链反应(PCR)扩增其16S rRNA基因,测序后进行BLAST比对鉴定菌种,并分析相关感染的临床特点.结果 12株菌经PCR扩增均得到阳性条带(约1500 bp),均鉴定到种(相似度≥99%),分别为产单核细胞李斯特菌、马耳他布鲁杆菌各2株,死亡梭杆菌、空间罗氏菌、鼻疽奴卡菌、解糖葡萄球菌、放射性根瘤菌、二路普雷沃菌、解甘露醇罗尔斯顿菌及阴道阿托波菌各1株.16S rRNA基因扩增灵敏度高,大肠埃希菌ATCC 25922的低检测限为1.5×101 CFU/mL.12例患者临床资料显示上述菌可引起临床多部位、多类型感染,选用针对性抗菌药物治疗后11例好转,1例死亡.结论 16S rRNA基因测序方法可快速、准确鉴定少见菌、厌氧菌及难培养细菌,为临床不同类型感染的病原学诊断和治疗提供实验室依据.
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荧光原位杂交法在检测硫酸盐还原菌中的应用
目的 探讨荧光原位杂交法在检测淡水湖泊沉积物硫酸盐还原菌检测中的应用.方法 建立荧光原位杂交方法 并应用该法进行洱海沉积物硫酸盐还原菌含量分析,所用寡核酸苷酸探针为依据硫酸盐还原菌16SrRNA特异性区域而设计的SRB385.结果 荧光显微镜下标本中可见发特异性红色荧光的硫酸盐还原菌菌体.经荧光原为杂交分析,洱海沉积物前18cm硫酸盐还原菌含量为(0.08-8.50)×103个/g,平均为(1.91±2.51)×103个/g.硫酸盐还原菌含量在空间分布上表现为悬浮层、5和8cm深度有较小谷值,3、6和11cm深度有较高的峰值,其中11cm深度形成的峰较宽.结论 荧光原位杂交法具有快速准确、检测信号强、杂交特异性高的特点,可以进行淡水湖泊沉积物硫酸盐还原菌含量的检测.洱海沉积物硫酸盐还原茵含量丰富且不同深度的沉积物中硫酸盐还原菌含量分布是不均一的.
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16S rRNA、16S-23S rRNA基因测序分析检测主要血流感染病原菌比较
目的 比较细菌16S rRNA、16S-23S rRNA基因测序分析在血流感染病原菌检测中的作用.方法 提取临床上血流感染常见的金黄色葡萄菌、表皮葡萄球菌、大肠埃希菌、粪肠球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌、阴沟肠杆菌、鲍曼不动杆菌、洛菲不动杆菌、肺炎克雷伯杆菌、化脓性链球菌、奇异变形杆菌、潘尼变形杆菌、屎肠球菌、粘质沙雷菌、宋内志贺菌、产气肠杆菌、小肠结肠炎耶尔森菌、腐生葡萄球菌基因组DNA,运用16S rRNA、16S-23S rRNA基因进行PCR扩增.扩增产物经测序后在美国国家生物技术中心( NCBI)上进行比对分析,确定菌种.结果 在所分析的19种临床血流感染常见细菌中,16S rRNA基因测序分析可将除粘质沙雷菌外的细菌鉴定到种的水平,但无法完全区分近缘种属；16S-23SrRNA成功鉴定17种细菌,除大肠埃希菌、宋内志贺菌外所有细菌均成功鉴定到单一种的水平.结论 16S-23S rRNA基因可作为血流感染细菌检测较好的分子靶标.
关键词： 16SrRNA 16S-23SrRNA -
高通量测序分析肠易激综合征患者和健康人肠道菌群差异
目的 通过高通量测序方法分析肠易激综合征患者(Irritable Bowel Syndrome,IBS)和健康人肠道菌群差异.方法 采用Illumima系统MiSeq平台对正常组和IBS组粪便进行16S rRNA测序.结果 IBS患者的肠道菌群多样性无显著变化.在门水平上,Firmicutes丰度显著增加(P<0.01),Bacteroidete的丰度和Bacteroidetes/Firmicutes的比值下降.在科水平上,正常组和IBS组粪便肠道菌群中检测到Cryomorphaceae、Erysipelotrichaceae、Campylobacteraceae和Fibrobacteraceae,且丰度变化具有显著差异(P<0.05).结论 IBS患者和健康人相比,肠道菌群多样性未见明显差异.但某些细菌菌种存在显著差异.
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间歇性断食对老年前期肥胖大鼠肠道菌群及代谢的影响
目的 研究间歇性断食对老年前期肥胖大鼠代谢和肠道菌群的影响.方法 雌性Wistar大鼠经42周高脂高糖饲料饲养造模,根据体质量选取模型鼠进行间歇性断食干预.干预方法为每2周断食72 h,总干预时间18周.干预后进行口服葡萄糖耐量试验、血脂4项检测.收集粪便,通过Illumina高通量测序检测16S rRNA基因V4可变区,运用QIIME及LEfSe分析肠道菌群.结果 间歇性断食组体质量相对于模型对照组显著下降(P<0.01);高密度脂蛋白胆固醇和低密度脂蛋白胆固醇均显著下降(P<0.05);空腹血糖显著上升(P<0.01);葡萄糖耐量测试曲线下面积显著高于模型对照组,糖耐量减退(P<0.05);HE染色显示间歇性断食轻度减少肝脏脂肪变性.肠道菌群结果显示,断食组肠道菌群得到显著改善,具体表现为YS2、RF32、Helicobacteraceae(螺杆菌科)增加,Lactobacillus(乳杆菌属)、Roseburia(罗氏菌属)、Erysipelotrichaceae(韦荣球菌科)、Ralstonia(青枯菌属)、Bradyrhizobiaceae(慢生根瘤菌科)和RF39减少.Spearman相关性分析发现Bradyrhizobiaceae与总胆固醇、高密度脂蛋白胆固醇呈正相关;大鼠体质量与RF39呈负相关.结论 间歇性断食能改善肠道菌群,降低老年前期肥胖大鼠体质量和血脂水平,但对糖代谢有不良影响.
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高通量测序分析结肠腺瘤患者肠道黏膜菌群的构成变化
目的 探讨结直肠癌发展早期肠道菌群的变化规律.方法 通过结肠镜活检收集31例结肠腺瘤患者的腺瘤组织以及20例健康志愿者的肠道黏膜,提取基因组DNA,对细菌16SrRNA基因序列V3～V4高变区进行PCR扩增,lluminaMiSeq平台上高通量测序分析.结果 结肠腺瘤患者的肠道黏膜菌群多样性比健康对照人群显著增高(P＜0.01),腺瘤组黏膜菌群结构和健康对照者相比差异显著.门水平上:结肠腺瘤组变形菌门明显增多(P＜0.01),厚壁菌门/拟杆菌门比值下降.属水平上:结肠腺瘤组乳球菌属、链球菌属和假单胞菌属增多(P＜0.01),而肠球菌属,杆菌属丰度明显下降(P＜0.01).不同病理类型腺瘤比较发现:结肠高级别和低级别上皮内瘤变组肠道黏膜菌群整体结构相似,埃希菌-志贺菌属在高级别上皮内瘤变组呈现上升趋势,但差异无统计学意义(P＞0.05).结论 结肠腺瘤患者肠道菌群多样性和构成与正常健康人存在明显差异,腺瘤患者黏膜菌群结构发生明显失衡,形成了易于肿瘤生长的肠道微生态环境.
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慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌相关基因16SrRNA的检测
目的 对慢性肝脏疾病患者肝组织中螺杆菌(HP)基因16SrRNA进行检测,了解慢性肝脏疾病患者肝组织中Hp感染状况,进一步揭示Hp感染与慢性肝脏疾病的关系.方法 (1)收集肝穿活检和手术治疗肝脏组织标本,其中正常人、慢性肝炎、肝硬化、肝癌患者肝组织各30例,经病理证实.(2)应用PCR扩增Hp 16SrRNA基因及测定序列.结果 肝组织16SrRNA基因PCR扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳,于紫外检测仪下均可见16SrRNA基因阳性扩增带为109bp;18例原发性肝癌标本检出Hp 16SrRNA基因.阳性率60.0%;14例肝硬化标本检出检出Hp 16SrRNA基因,阳性率47%;正常人、慢性肝炎组均无检出检出Hp 16SrRNA基因.肝组织螺杆菌16SrRNA测序对比分析,与Hp16SrRNA片段的基因有98.8%同源性.结论 慢性肝脏疾病患者肝组织中存在Hp,Hp感染与肝癌可能存在相关性.
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反相杂交技术在常见社区获得性肺炎致病菌基因诊断研究中的应用
目的采用核酸反相杂交技术检测常见社区获得性肺炎致病菌.方法用16SrRNA基因通用引物扩增细菌371 bp片段,将通用探针和特异探针固定于硝酸膜上,通过反相杂交技术对肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌进行诊断,并与常规痰培养结果比较.结果 100份合格痰标本中检出细菌75株,革兰阳性菌31株,革兰阴性菌44株,其中肺炎链球菌15株,流感嗜血杆菌9株,卡他莫拉菌4株,均优于传统的痰培养方法.结论反相杂交技术对致病菌的诊断准确可靠,经济快速,是临床诊断的可靠工具.
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母体GBS筛查阳性对新生儿生后口腔菌群结构的影响及意义
目的 拟观察孕期GBS筛查母亲所生新生儿口腔菌群的结构特点,为预测新生儿GBS感染提供新思路.方法 选择2017年2月至4月在深圳市宝安区妇幼保健院自然分娩的足月新生儿16例,其中母亲GBS筛查阳性的新生儿8例为观察组,8例母亲产检正常的新生儿作为对照组.头娩出后采用无菌吸痰装置清理新生儿口腔,收集口腔分泌物,提取细菌基因组DNA,采用Illumina MiSeq平台对样本细菌进行16s rRNA测序及生物信息分析.结果 两组婴儿临床资料对比差异无统计学意义(P>0.05);两组样品主要的菌门是厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,差异均无统计学意义;两组样品主要的菌属包括乳酸菌属、双歧杆菌属、普拉梭菌属、拟杆菌属、普雷沃菌属、棒状杆菌属和链球菌属,其中链球菌属在观察组中的含量高于对照组(P=0.044),且其中1例链球菌属相对丰度为0.18,该婴儿发生晚发型败血症,其余菌属差异无统计学意义(P>0.05).结论 母亲GBS定植所生新生儿生后口腔链球菌含量升高,16s rRNA测序技术检测新生儿生后口腔链球菌丰度可为预测新生儿GBS感染提供支持.
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HPV感染及高级别CIN患者阴道微生态研究
目的 分析人乳头瘤病毒16、18(HPV16、18)宫颈感染及高级别宫颈上皮内瘤变(CIN)患者阴道微生态特征.方法 以3例湿疣样变或CIN1级HPV16和/或18感染患者为低级别CIN组,以5例高级别CIN病变HPV16和/或18感染患者为高级别CIN组,以3例HPV阴性阴道炎患者为对照组,采用16S rRNA基因扩增技术分析各研究组患者阴道微生物菌群组成,采用分层聚类法分析并比较各研究组阴道微生物菌群分布特征.结果 高级别CIN组阴道微生物细菌种类多样性及复杂性较低级别CIN组、对照组更为明显;从对照组、低级别CIN组至高级别CIN组,卷曲乳杆菌和穹隆乳杆菌丰度呈下降趋势,惰性乳杆菌丰度呈增加趋势;定植菌犬布鲁氏菌丰度呈下降趋势,致病菌戴阿李斯特琥珀酸纤毛杆菌、阴道加德纳菌和短普雷沃菌丰度呈上升趋势.结论 高级别CIN患者阴道菌种结构复杂性、多样性明显.阴道乳杆菌种类和丰度对阴道健康起重要作用,惰性乳杆菌则具有相反作用.犬布鲁氏菌、戴阿李斯特琥珀酸纤毛杆菌、阴道加德纳菌和短普雷沃菌长期存在于阴道,与HPV持续感染、进展至高级别CIN病变密切相关.
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RT-LAMP与RT-PCR法快速检测脑脊液结核分枝杆菌的效果比较
目的 探讨逆转录(RT)-环介导等温扩增(RT-LAMP)法、RT-聚合酶链反应(PCR)法检测脑脊液结核分枝杆菌(MTB)的效果,为其快速诊断及临床药效评估提供依据.方法 选取2015年12月至2017年4月解放军白求恩国际和平医院就诊的85例患者脑脊液标本进行研究,并将其分为 TBM 组(46例)、疑似TBM组(25例)和对照组(16例),根据结核分枝杆菌16S rRNA区段,设计特异性引物,建立RT-LAMP和RT-PCR检测技术体系,对两种方法的检测结果进行分析.结果 TBM 组阳性检出率分别为97.8% 和75.0%,疑似TBM 组阳性检出率分别为76.0% 和40.0%,对照组阳性检出率分别是0.0% 和12.0%,各组RT-LAMP法阳性检出率高于RT-PCR法,差异有统计学意义(P<0.01);对照组中,采用RT-PCR法检测时发现非特异性扩增,采用RT-LAMP法检测时未见非特异性扩增,RT-LAMP法检测特异性强于RT-PCR法;RT-PCR法检测灵敏度为100 CFU /mL,高于RT-LAMP法的1 CFU /mL.结论 RT-LAMP法检测MTB时具有简便、灵敏快速、可检测活菌特点,与PCR法比较,特异性强、操作简便、检测成本低、耗时短,有望成为基层、野战医疗单位及发展中国家等的常规检查工具.
关键词： 结核性脑膜炎 结核分枝杆菌 逆转录-环介导等温扩增 聚合酶链反应 16SrRNA -
RTFQ-PCR检测儿童肺炎支原体16S rRNA的临床意义
目的 研究实时荧光定量聚合酶链反应(RTFQ-PCR)检测儿童肺炎支原体(MP)16S rRNA的临床意义.方法 回顾性分析2014年12月至2016年12月在该院接受治疗的肺炎患儿156例,将以上患儿分为MP感染肺炎(MPP)组,非MP感染肺炎(非MPP)组;另选24例健康儿童作为对照组.使用颗粒凝集试验检测血清MP抗体,使用RTFQ-PCR检测患儿MP 16S rRNA基因,并与血清学的检测结果进行对比,分析患儿病情和基因拷贝数量的联系.结果 156例患儿中两份血清MP抗体有4倍以上升高者112例,两份和单份血清MP抗体检测结果差异有统计学意义(P<0.05);单份血清检测的阴性预测值为37.11％,阳性预测值为62.02％,M P诊断的正确率为50.89％;112例确诊的MP感染患儿中RTFQ-PCR检测为阳性109例,敏感度为97.30％;对照组和非MPP组检测为阴性68例,其特异度为100.00％;RTFQ-PCR检测阴性预测值为97.10％,阳性预测值为100.00％;难治性MPP检测出基因拷贝数量为(6.32±1.80)copy/mL,高于普通性MPP[(1.51±0.02)copy/mL],差异有统计学意义(P<0.05).结论 RTFQ-PCR检测儿童MP 16S rRNA基因是诊断前期MP感染肺炎的可靠方法,效果好于血清MP抗体的检测,值得临床关注.
关键词： 实时荧光定量聚合酶链反应 肺炎支原体 16SrRNA -
烧伤创面猪链球菌感染的病原学检测与临床分析
人类猪链球菌感染是一种急性人畜共患传染病,主要通过破损的皮肤或黏膜接触病猪、死猪而感染.四川暴发人感染猪链球菌疫情[1]引起临床及各界高度关注,国内外不断有散发及不同程度暴发的报道[2-6].本院发现1例因大面积烧伤行创面猪链球菌感染病例,为北京地区散发罕见病例,本文就其病原学检测结果与临床分析报道如下.
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蜡样芽孢杆菌引起化脓性脑膜炎的病原学检测及文献复习
蜡样芽孢杆菌为革兰阳性芽孢杆菌（芽孢不突出菌体），需氧或兼性厌氧，轻微运动性，广泛存在于土壤、灰尘、水和医院环境［1］（如空气过滤和通风设备［2］、样本收集管、床单［3］及重复使用的毛巾［4］、静脉导管［5］、光导纤维支气管镜检设备［6］等），可因污染土壤和食品作为一种食源性疾病进行报道（食物中毒）［7］。临床上各种标本（血液、伤口和痰等）分离到该菌时，常被认为是污染菌未鉴定到种或被误鉴为枯草芽孢杆菌，导致临床和微生物室对其研究和报道相对较少［1，6］。为了提高对该菌引起感染的认识及诊疗水平，本文结合本院蜡样芽孢杆菌引起的化脓性脑膜炎病例的临床资料及病原学鉴定进行分析并复习相关文献，总结如下。
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16SrRNA在多聚酶链反应麻风诊断中的特异性研究
目的了解用16SrRNA作引物,多聚酶链反应(PCR)技术检测麻风病的特异性.方法用16SrRNA分子片段作引物,用多聚酶链反应技术检测20余株非麻风分枝杆菌,麻风分枝杆菌标准菌株及4例传统方法确诊的麻风病患者.结果麻风标准菌株和4例中的3例患者检测为阳性,其余20余株非麻风分枝杆菌均为阴性.结论16SrRNA作引物,PCR方法检测麻风病确有其特异性.
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多聚酶链反应技术在麻风诊断中的应用研究
目的了解用16SrRNA作引物,用PCR方法,检测诊断麻风的可行性.方法用麻风分枝杆菌16SrRNA基因片段作引物,采用PCR技术,对20余种非麻风分枝杆菌进行检测;同时也对麻风流行地区的72名经传统方法诊断的麻风病人和45名健康自愿受试者进行检测.结果2者的检测结果进行比较;X2检验P＞0.05,差异无显著性.进行了2种方法检查结果的比较研究,结果也完全一致.结论16srRNA作引物,用PCR检测诊断麻风病人与传统方法诊断结果基本一致.
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16S rRNA通用引物在血小板制品细菌污染检测中的应用
目的 评价16S rRNA通用引物在快速检出血小板制品中污染细菌的实用性,寻找新的能够快速、准确地检出血小板中污染细菌的方法.方法 用分子生物学方法提取样本中细菌DNA,用设计合成的16S rRNA和16S-23S rRNA基因区间引物进行扩增,产物经HaeⅡ酶切,酶切片段与血小板污染常见菌的酶切图谱对比,确定有无污染及污染菌种类.结果 16S rRNA通用引物法可以在4h内完成全部检测,其中在保存24h的血小板标本中未检出污染菌,保存48h的血小板标本中有2份分别检出了金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌,与全自动细菌培养仪的结果一致.结论 16S rRNA通用引物是一种快速、准确检出血小板制品中污染细菌的方法,结果可靠,具有较高的临床应用价值.
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金黄色葡萄球菌的API-STAPH生化鉴定及核糖体分型分析
食源性致病金黄色葡萄球菌的筛查和检测备受关注,传统的生化鉴定方法存在耗时长和灵敏度低等缺陷,本文以原核生物核糖体小亚基为主要研究对象,利用16S核糖体RNA测序和核糖体基因分型技术对46株金黄色葡萄球菌进行了鉴定和分型,结果表明:API-STAPH生化方法鉴定的准确率为93％,而分子生物学鉴定的准确率≥99％；全自动微生物核糖体基因分型系统将46株金黄色葡萄球菌分为22个Ribogroup.上述研究将食源性金黄色葡萄球菌的鉴定上升到“亚型”的高度,16S核糖体RNA测序和核糖体分型技术可为食源性致病菌的风险监测提供有力的技术支持.
