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结膜吸吮线虫基因组中分泌蛋白的规模预测及分析
目的 在对结膜吸吮线虫基因组数据进行注释的基础上对其中分泌蛋白进行规模预测及分析.方法 联合应用SignalP、TMHMM、MEME、Protcomp、big-PI Predictor和SecretomeP等多种生物信息学软件进行分析,完成了结膜吸吮线虫分泌蛋白组的预测,对其进行GO功能富集、KEGG通路分析、结构域统计以及具有抗原性分泌蛋白预测等分析.结果 结膜吸吮线虫合有约259个分泌蛋白,其长度多集中在100-700 aa;GO功能分析发现这些分泌蛋白多富集在分泌途径及宿主互作中;KEGG分析显示分泌蛋白在药物及谷胱甘肽代谢中发挥着重要作用;候选分泌蛋白的结构域分析发现存在多为糖水解酶结构域;大规模筛选预测到126个分泌蛋白具有B细胞表位抗原性的功能.结论 结膜吸吮线虫分泌蛋白多为小型蛋白,推测这些蛋白可能参与糖代谢、抗氧化活性,协助虫体的入侵及其在宿主体内的寄生.
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全基因组预测幽门螺杆菌的分泌蛋白
目的 运用生物信息学方法预测幽门螺杆菌分泌蛋白,为后续研究奠定基础.方法 用Signalp和TMHMM两个软件对幽门螺杆菌全基因组开放读码框(ORFs)进行预测,Microsoft Access数据库分析处理以识别分泌蛋白,再与HpNCTC 26695二维凝胶电泳质谱鉴定蛋白质组数据库(2DE-MS)和免疫蛋白质组研究结果进行比对验证.结果 从Hp的1587个编码蛋白的ORFs中预测出191种分泌蛋白,其中27个预测蛋白与二维凝胶电泳质谱鉴定(2DE-MS)的Hp蛋白数据库中的蛋白一致;13个预测蛋白出现在高抗原性的免疫蛋白质组中.结论 生物信息学方法可作为研究分泌蛋白的辅助工具,并可为研制Hp诊断试剂和疫苗提供候选抗原.
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华支睾吸虫19kDa分泌型蛋白(CsSP19)基因的克隆、表达与免疫学功能研究
目的 对一个新发现的华支睾吸虫分泌型蛋白的未知基因,进行克隆表达和重组产物的免疫学鉴定,确定其免疫学功能.方法 利用生物信息学方法从华支睾吸虫成虫全长cDNA质粒文库中发现一个编码分泌型蛋白的新基因(克隆号Cs004f03),将去除信号肽序列的编码序列克隆到原核表达质粒pET-28a(+)中,IPTG诱导表达,产物经亲和层析纯化,并制备大鼠免疫血清,Western-blot方法分析其抗原性和分泌性.结果 CsSP19开放阅读框(ORF)有564bp,编码188个氨基酸,理论分子量为21.2kDa,成熟肽的理论分子量为19kDa.该基因的成熟肽编码区在大肠杆菌中可获得高表达,重组蛋白能被华支睾吸虫病人血清所识别,同时,重组蛋白免疫血清也能识别华支睾吸虫分泌排泄抗原中分子量约19kDa的蛋白条带.结论 CsSP19蛋白是华支睾吸虫分泌排泄抗原中一个有潜在诊断价值的分泌蛋白.
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华支睾吸虫CsSP16.4基因的克隆、序列分析和功能预测
目的通过筛选cDNA文库识别华支睾吸虫新基因;克隆并构建重组表达载体,为进一步研究其功能及其应用价值奠定基础.方法对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选,通过Blastn程序进行序列比对,识别华支睾吸虫新基因,并应用Motifscan,NCBI Conserved Domain Search 等程序对其进行结构域分析及进化树分析.结果筛选得到的序列长725bp,应用Vecter NTI 分析,理论分子量为16.4kDa,理论等电点(pI)为6.44,疏水氨基酸(AILFWV)占36%,带电荷氨基酸(RKHYCDE)占29%,极性氨基酸 (NCQSTY) 占28.8%,酸性氨基酸(DE) 占8.65%和碱性氨基酸(KR)占9.21%.应用NCBI站点的ORF Finding分析发现其含4个可能的ORF, 其中长的ORF,从第42到第494 bp,起始密码为ATG、终止密码为TAG,完整阅读框含450 bp,编码150 aa.发现该基因有潜在的2个糖激化位点、3个N肉豆蔻酰化位点和1个蛋白激酶C磷酸化位点.结论确定该基因为华支睾吸虫分泌蛋白基因,为作为诊断候选抗原提供了依据.
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结核分枝杆菌分泌蛋白MPT51在原核表达载体中的克隆、表达、纯化与鉴定
目的 对结核分枝杆菌的一种分泌蛋白MPT51的基因进行克隆,表达,纯化与鉴定,为核酸疫苗的研制与应用打下基础.方法 以结核杆菌H37Rv株基因组DNA为模板,用PCR法对编码MPT51蛋白的抗原基因进行扩增,产物克隆到表达载体pET22b中,构建了含mpt51的重组质粒,将此重组质粒先转化到E.coli XLI-Blue内提取质粒,酶切及测序鉴定,再转化入E.coli BL21(DE3)PLysS菌株内,以IPTG进行诱导后,破菌,离心,包涵体经尿素变性溶解后用His·Bind亲和层析柱纯化,透析复性,纯化后蛋白进行SDS-PAGE,通过电转移将胶中蛋白转到硝酸纤维素薄膜上后进行特异性免疫检测.结果 电泳发现转化了重组质粒的菌株有蛋白表达,所表达的蛋白质相对分子质量为27 800,抗体检测有特异条带,大小为27.8kDa.结论 目的基因克隆到了表达载体内并证明表达,重组结核杆菌分泌蛋白MPT51的成功表达为核酸疫苗的研制与应用和免疫效应检测以及上述抗原、抗体的大规模制备打下基础.
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结核分枝杆菌MPT-64分泌蛋白在原核表达载体中的克隆,表达与鉴定
目的对结核分枝杆菌的一种分泌蛋白MPT-64基因进行克隆,鉴定与表达,为结核病诊断、重组疫苗应用和免疫效应检测打下基础.方法以结核杆菌H37Rv株基因组DNA为模板,用PCR法对基因MPT-64进行扩增,产物与载体质粒pGEX-4T-1构建表达MPT-64的重组质粒,将此重组质粒先转化到E.coli DH5α内抽提质粒,酶切检验,再转化入表达宿主E.coli BL21(DE3)PLysS菌株内,对转化菌株以IPTG进行诱导后,破菌,离心,上清进行SDS-PAGE,通过电转移将胶中蛋白转到硝酸纤维素薄膜上后进行免疫染色,一抗为结核分枝杆菌菌株H37Rv羊抗阳性血清.结果电泳发现转化了重组质粒的菌株有表达蛋白,所表达的蛋白质相对分子质量为50 000,抗体检测有特异带大小为50kDa.结论目的基因克隆到菌株内,重组结核杆菌分泌蛋白MPT-64的成功表达为结核病诊断、重组疫苗应用和免疫效应检测以及上述抗原、抗体的大规模制备打下基础.
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布鲁氏菌Ⅳ型分泌蛋白及其参与免疫应答的研究进展
布鲁氏菌是一种胞内致病菌,主要寄生于宿主的滋养层细胞和巨噬细胞,能感染人、家畜和野生动物.动物感染后引起母畜的流产和公畜的睾丸炎等症状,而人感染后则引起关节疼痛、乏力、发热及肝脾肿大等症状.布鲁氏菌在与宿主的对抗中依赖免疫逃避机制,帮助布鲁氏菌“伪装”起来逃避宿主免疫系统的识别,进而在细胞内大量繁殖,引起机体的持续感染.由于该机制的存在,使得目前对布鲁氏菌病的治疗存在诸多困难.Ⅳ型分泌系统(T4SS)是布鲁氏菌的一种关键毒力因子,其所分泌的效应蛋白帮助调节布鲁氏菌在胞内的生存以及感染时的免疫应答.本文中,我们对布鲁氏菌Ⅳ型分泌系统相关蛋白及其参与免疫应答的研究进行综述,尤其对VirB操纵子所介导的Ⅳ型分泌系统产生的分泌效应蛋白与宿主免疫之间的关系进行详细阐述.
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衣原体分泌蛋白研究进展
衣原体是人和动物许多重要疾病的病原体,致病范围涉及眼部、泌尿生殖道、呼吸道、消化道等部位,还可通过胎盘屏障引起胎儿感染、通过血脑屏障引起神经系统疾病.由于衣原体生长条件的特殊以及基因转移系统的缺乏,严重地妨碍了对衣原体致病机制的深入研究.
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肠道病原菌的三型分泌系统与侵袭
革兰氏阴性菌细菌蛋白的分泌可通过五型分泌系统完成[1～5].根据是否依赖信号肽(signal sequences,sec)的特点,可将其分为sec依赖性和sec不依赖性的.一、三型分泌系统是sec不依赖的,二、四型是sec依赖性的.通过sec依赖性分泌系统所分泌的蛋白,其N端有一信号肽序列,主要是疏水性氨基酸,可以引导蛋白穿过细胞内膜.当蛋白到达细胞周间质后,信号肽被剪切掉.二、四型分泌系统必须在细胞周间质,切除分泌蛋白的N端部分.二者的区别在于穿过细胞外膜的方式不同.二型分泌系统分泌的蛋白质穿过外膜时还需要额外一套内膜和外膜蛋白的辅助;四型分泌系统则包括一系列的自动转运子,在外膜上形成一个孔,使蛋白通过,自溶性切割,然后释放蛋白.一、三型分泌系统均没有分泌蛋白的末端氨基酸的处理过程,似乎都也没有明显的在细胞周间质停留的过程.通过一型分泌系统分泌的蛋白质的分泌信号,位于该蛋白C端60个氨基酸左右.该分泌信号似乎是分泌系统亚家族特异性的,所分泌的蛋白不容易被蛋白水解酶切割.分泌过程需要三种蛋白成分:内膜转运ATP酶、外膜蛋白和膜融合蛋白.与一型不同,三型分泌系统(type three secretion system,TTSS)分泌的蛋白末端没有可识别的分泌信号.分泌信号可能位于5'mRNA上.三型分泌系统的分泌器大约有20多个蛋白质,大多位于内膜,需要位于细胞质的膜相关性的ATPase.大部分内膜蛋白与革兰氏阳性或阴性细菌的鞭毛合成器有同源性.分泌蛋白的分泌需要附属蛋白的协助,可直接从胞浆分泌到细胞表面.需要激活信号来启动分泌.近报道了和大分子蛋白分泌相关的五型分泌系统,可能也是sec依赖性的.
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小肠结肠炎耶尔森氏菌对宿主专职吞噬细胞功能的影响
一个由多组份蛋白复合体形成的跨膜孔状通道称为Ⅲ型分泌系统,它是多种动植物病原菌用来分泌蛋白、或把这些蛋白直接注入宿主细胞以起始生化信息传导的结构.致病性耶尔森氏菌质粒编码的Yop系统是Ⅲ型分泌系统的典型代表,主要由四部分组成:(1)Ysc分泌装置;(2)一套转位蛋白,YopB、YopD、YopQ/YopK和LcrV;(3)一套控制和识别系统:YopN,TyeA和LcrG;(4)至少五种效应蛋白YopE、YopH、YpkA-YopO、YopM和YopP[15].Yop毒力系统及其它一些毒力因子使得致病性耶尔森氏菌能攻克宿主的防御机制并在淋巴组织中存活.小肠结肠炎耶尔森氏菌(Y.enterocolitica,Y.e)是致病性耶尔森氏菌中在人类流行广的.Y.e为细胞外病原菌,它在宿主体内的生存策略主要是避免被非特异性免疫反应所消灭,也就是削弱专职吞噬细胞的吞噬、杀菌作用.本文将Y.e对宿主两类专职吞噬细胞MΦ和PMN的功能影响综述如下:
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脂联素与糖尿病及心血管疾病关系研究进展
脂肪组织不只是简单地作为燃料储存库或组织器官间的填充料,也是一重要的内分泌器官.脂肪细胞分泌一系列生物活性蛋白入血,这些分泌蛋白总称为脂肪细胞因子,其中包括脂联素(Adiponectin,ADP).近年研究发现,脂联素与一些肥胖相关性疾病密切相关.肥胖是一种多因素的慢性代谢性疾病,高脂膳食、体力活动少和遗传是肥胖的主要原因.肥胖使许多疾病发生的危险因素增加,包括冠状动脉疾病、2型糖尿病、高血压、呼吸睡眠暂停综合征等.本文主要对脂联素与糖尿病和心血管疾病的关系进行综述.
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问号钩体56601株外分泌蛋白功能研究
目的：探讨体内外差异表达的问号钩体56601株外分泌脂蛋白(LA_3469、LA_2413、LA_2823和LB_194)的致病功能。方法利用体外重组表达技术，在体外表达、纯化四个外分泌脂蛋白。采用ELISA的方法，检测钩体外分泌脂蛋白与不同细胞外基质的黏附功能。结果 LA_3469与LA_2413能够与细胞外基质Laminin、Collagen I 以及Collagen IV 发生黏附作用，LA_3469还能够与Fibronectin 发生黏附作用。结论结合前期的研究，提示问号钩体外分泌脂蛋白LA_3469可能是钩体致病过程中的一个重要的致病因子。
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肺癌细胞分泌蛋白特异性抗体检测
目的研究肺癌患者血清中是否存在肺癌细胞分泌蛋白的特异性抗体.方法收集34例非小细胞肺癌患者血清、12例小细胞肺癌肺癌患者血清及15例健康对照者血清.收集A549细胞及HBE细胞培养的培养液上清液,同时收集胎牛血清培养液做对照;进行蛋白SDS-PAGE分离及电转膜.用肺癌患者及健康对照者的血清作第一抗体进行蛋白印迹检测.只与A549培养液蛋白样品有反应条带,而与HBE及对照无反应即认为是蛋白印迹阳性.结果在分子量约为30 kD的蛋白条带处,有61.8%(21/34)的非小细胞肺癌患者血清中存在分泌蛋白的抗体,小细胞肺癌患者(0/12)及健康对照者血清中未发现阳性条带(0/15).结论非小细胞肺癌患者血清中存在分子量约为30 kD的A549分泌蛋白特异性抗体.
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人克拉拉细胞蛋白与慢性阻塞性肺疾病关系的研究进展
人克拉拉细胞(Clara细胞)主要是指衬覆于远端细支气管的非纤毛上皮细胞,其分泌的主要物质之一为Clara细胞分泌蛋白(CC16、CCSP).1881年这类细胞首先被发现,1937年MaxClara描述此类细胞特征,故以其名字命名,有人称CC16为CC10,是因为开始测得其分子量为10 000的缘故.此外,在前列腺、孕期子宫及肾脏也有极少量分泌,因此也称为Uteroglobin(子宫珠蛋白)、尿蛋白等.
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结核分泌蛋白MPT64用于101例结核病快速诊断的研究
目的:比较痰菌检查、结明试验、PPD实验和MPT64蛋白抗体检测,评价MPT64蛋白在结核病血清学诊断中的价值.方法:对101例结核病患者进行分析,同时进行痰菌检查、结明试验、PPD实验和MPT64蛋白抗体检测,对结果进行比较对照分析.结果:痰检阳性率20.8%,结明试验45.5%,PPD试验77.2%,PPD抗体79.2%,MPT64抗体74.2%;在肺结核患者,MPT64抗体与PPD试验一致率为75.6%;在胸膜炎患者,MPT抗体检测特异性高达86.7%.结论:PPD试验仍是目前结核病早期诊断与鉴别诊断的重要方法,分泌蛋白MPT64可作为新型结核痛快速诊断试剂的组分.
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Wnt诱导分泌蛋白-1与疾病
Hashimoto等[1]在对大鼠突变后黑色素细胞进行RNA差异筛选时第一次发现了有一种新的基因表达,此种基因后来称为WISP1(Wnt诱导分泌蛋白-1).随后的研究发现WISP1广泛表达在人类的多种组织器官中,但含量有所差异.研究中发现WISPI同时在调控细胞的分化、突变、凋亡及机体的应激和免疫等过程中起着重要的作用,具有促进细胞粘附、促进细胞增殖以及刺激细胞发生转移等的生物学功能,参与了血管的形成与肿瘤的发生,因此引起许多海内外学者的研究兴趣[2-3].本综述就WISP1与疾病相关的各种特性进行总结与探讨.
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Dickkopf-1对肝细胞癌的诊断价值及其研究进展
2012年我国Shen等[1]首次报告Dickkopf-1( DKK-1)可与AFP互补提高肝细胞癌(HCC)诊断率,引起了广泛的反响.DKK-1是从非洲蟾蜍中编码的一种分泌蛋白,由259个氨基酸组成,分子量40000的基因,该蛋白诱导胚胎的头部区,是胚胎时期头部形成的诱导子和Wnt信号传导通路的抑制因子.以后发现许多动物和人也表达DKK-1.其与Wnt传导通路有关.但详细机理尚不十分清楚.Wnt是一个原癌基因家族,与肿瘤发生密切相关.Wnt信号传导通路除DKK-1外,还被许多细胞外蛋白分子调节,包括Fr2B/FRP、WIFI、Cerberus等.DKK-1除与肿瘤相关外,与许多疾病如骨疾病、药物代谢、神经退行性疾病、皮肤病、动脉硬化、肾病等均有复杂的相关性.本文仅就DKK-1与肝细胞癌的相关性、作用机理与研究进展作一评述.
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胞内信号分子LIM矿化蛋白1的研究进展
LIM矿化蛋白1(LIM mineralization protein-1,LMP-1)是LIM结构域蛋白家族成员, 由Boden首先发现[1].相关体内外研究表明, LMP-1是一种胞内非分泌蛋白, 不仅影响骨基质的矿化,而且还是胚胎骨的发育和成骨细胞分化过程中重要的正调节因子[1～4].近期研究表明[5～7],LMP-1在人牙髓牙本质复合体及牙周膜细胞也有表达并发挥了重要作用.本文就LMP-1的结构特点、分布、作用及应用前景作一综述.
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分泌蛋白DKK1(Dickkopf-1)在非小细胞肺癌患者血清及组织中的表达及其意义
目的:探讨DKK1(Dickkopf-1)在非小细胞肺癌患者血清及组织中的表达及其意义.方法:检测197例非小细胞性癌患者与200名健康志愿者血清中DKK1含量.免疫组化检测144例非小细胞肺癌患者(从199例非小细胞性癌患者中选取)和265例回顾性非小细胞性癌患者肿瘤组织中DKK1表达情况.结果:非小细胞肺癌组血清DKK1含量明显高于健康人群组(P＜0.05).当把血清DKK1浓度31.9150 pg/mL设为诊断非小细胞肺癌的阈值时,其诊断特异性和敏感性分别为87.9％和87.6％.血清DKK1浓度大于65.0 pg/mL非小细胞肺癌患者生存期明显低于血清DKK1浓度较低患者(P =0.033).非小细胞肺癌组织中DKK1高表达与血清DKK1含量有密切相关性.结论:低浓度阈值的DKK1可以作为非小细胞肺癌诊断标志物,而高浓度阈值的DKK1可以作为非小细胞肺癌预后预测标志物.血清和组织中DKK1表达水平可以帮助诊断非小细胞肺癌,预测非小细胞肺癌患者预后.
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华支睾吸虫SPE16.9基因克隆和序列分析
目的通过筛选eDNA文库识别华支睾吸虫新基因,为进一步研究其功能及其应用奠定基础.方法对华支睾吸虫cDNA文库进行筛选,通过Blastn程序进行序列比对,识别华支睾吸虫新基因,并应用软件程序对其进行分析.结果筛选到一个475bp的核酸序列,编码153aa,理论分子量为16.9kDa,理论等电点(pI)为6.19,疏水氨基酸(AILFWV)占36%,带电荷氨基酸(RKHYCDE)占30%,极性氨基酸(NCQSTY)占28%,酸性氨基酸(DE)和碱性氨基酸(KR)各占9%.经BLAST分析,该蛋白属于ML域(MD-2-related lipid-recognition)家族,是一个新的分泌蛋白基因.结论发现华支睾吸虫分泌蛋白基因,可能有作为诊断候选抗原的价值.
