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与小鼠小脑发育相关的一种长非编码RNA Gm2694的鉴定
目的 鉴定与小鼠小脑发育相关的长非编码RNA,并验证其各剪接变异体的存在.方法 用芯片技术分析小鼠小脑发育不同阶段RNA的表达差异;用实时定量PCR技术对芯片结果加以验证;针对目的RNA,验证其各剪接变异体的存在及在小鼠小脑中的表达量.结果 1)长非编码RNA Gm2694在小鼠小脑发育过程中呈动态变化趋势;2)其在小鼠小脑中特异性表达;3)在小鼠小脑中检测到Gm2694有8种表达水平各不相同的剪接变异体,其中除Ensembl数据库预测的7个之外,发现了1个新的表达于小脑的剪接变异体.结论 Gm2694是一种在小鼠小脑特异性表达的长非编码RNA,存在8种表达量各不相同的剪接变异体.
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谷氨酸转运体GLT-1的剪接变异体研究进展
随着对谷氨酸转运体1(glial glutamate transporter 1, GLT-1)研究的深入,发现GLT-1存在多种剪接变异体.这些变异体除在中枢神经系统大量分布外,在受试动物的其它部位也有分布.中枢神经系统内的GLT-1剪接变异体在星形胶质细胞和神经元上均有表达,且这些剪接变异体在中枢神经系统的分布还呈现出区域定位及亚细胞定位不均衡的特性.
关键词： 剪接变异体 胶质细胞谷氨酸转运体 星形胶质细胞 神经元 -
电子克隆结合RT-PCR获得两条eIF4E剪接变异体的全长cDNA
本研究旨在克隆急性白血病复发相关的新EST片段全长eDNA并进行生物信息学分析.电子克隆结合RT-PCR克隆新EST片段的全长cDNA,利用生物信息学技术分析所获得的cDNA.结果获得全长序列为1 904 bp和3 393 bp的两条真核细胞翻译起始因子4E(eukaryotic initiation factor4E,eIF4E)新的剪接变异体,命名为真核细胞翻译起始因子剪接变异体1(splicing variant 1 of eIF4E)和真核细胞翻译起始因子剪接变异体2(splicing variant 2of eIF4E).编码的蛋白产物分别为245和132个氨基酸.二者编码的蛋白产物与eIF4E蛋白有所不同.结论:获得了两条eIF4E剪接变异体的全长cDNA,这为进一步探讨与急性白血病复发的相关性提供基础.
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乳腺癌中雌激素α受体36与HER2表达的相关性
雌激素α受体（ ERα）36是相对分子质量为36000的ERα剪接变异体，由Wang等［1］在2005年首次确定并克隆。ERα36的表达失调与包括乳腺癌在内的大多数疾病有密切关系。我们利用乳腺癌细胞系MCF-7，通过高表达ERα36蛋白后检测细胞内相关蛋白表达量的变化，分析ERα36与HER2及维甲酸受体（ RAR）之间可能的调节机制。
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人白细胞介素4剪接变异体的克隆及其在大肠杆菌中的表达
目的:获取一株重组人白细胞介素4选择性剪接变异体(IL-4δ2)蛋白的高效表达菌株,为研究变态反应性疾病的发病机制以及阻滞IL-4的生物学效应奠定基础.方法:分离人外周血淋巴细胞,提取mRNA,RTPCR获得人IL-4δ2基因后,克隆入大肠杆菌表达载体,构建高效表达人IL-4δ2的重组菌株.结果:成功构建了人IL-4δ2的高效表达菌株(TNFHis-hIL-4δ2),序列测定与文献报道一致.SDS-PAGE分析显示此菌株所表达的目的蛋白产物的相对分子质量为3.4×104,与预期结果相符.光密度扫描重组hIL-4δ2蛋白质占细菌总蛋白的30%.结论:在大肠杆菌中成功地表达了hIL-4δ2基因.
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CD44不同剪接体在喉癌中的表达及其临床意义
目的 探讨CD44不同剪接体在喉癌中的表达及其临床意义.方法 收集39例病理分期为Ⅰ～Ⅳ级喉癌样本及癌旁正常组织.应用反转录-聚合酶链反应分析CD44不同剪接体在喉癌及癌旁正常组织中的表达.结果 克隆的CD44剪接变异体有123 bp,包含一个完整的阅读框,可变剪接区只有变异型剪接外显子6.喉癌组织中CD44 v6基因的表达率显著高于癌旁正常组织(P＜0.05).Ⅲ～Ⅳ期的喉癌组织中CD44 v6基因表达率与Ⅰ～Ⅱ期比较,差异有统计学意义(P＜0.05);发生淋巴结转移的喉癌组织中CD44 v6基因表达率与无淋巴结转移的喉癌组织比较,差异有统计学意义(P＜0.05);不同病理分级的喉癌组织,其CD44 v6基因表达率间差异有统计学意义(P＜0.05);CD44 v6基因表达率与肿瘤T分级无关(P＞0.05).结论 CD44 v6在一定程度上参与了肿瘤的发生、发展,是影响预后的因子之一.CD44 v6的过表达与肿瘤的侵袭、转移和临床分期有关.对CD44 v6的检测不仅能预测患者的预后,还可为肿瘤的个体化治疗直接提供信息.
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人类首次定量检测完整的人类蛋白质组
据Kusebauch U 2016年7月28日[Cell，2016，166（3）：766-778.]报道，瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）和美国系统生物学研究所等科研人员开发出人类SRMAtlas（Human SRMAtlas），即靶向识别和可重复地定量预测的人类蛋白质组中所有蛋白质的高度特异性质谱检测方法汇编目录，包括许多剪接变异体、非同义突变和翻译后修饰。利用一种被称作选择性反应监控（SRM）的技术，研究人员利用166174种已被充分了解的化学合成蛋白质特征性肽（proteotypic peptide）开发出这些检测方法。
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剪接变异体的肿瘤靶向性研究进展
剪接变异体是mRNA前体选择性剪接过程中形成的不同功能或活性的转录本。随着越来越多的肿瘤特异性剪接变异体的发现，剪接变异体在肿瘤发生发展过程中所发挥的作用也逐渐受到学者的关注。由于肿瘤特异性剪接变异体的表达模式和活性都极具特征性，提示针对靶向肿瘤细胞的剪接体的基因治疗将更具特异性，并对正常组织产生较小的影响。临床试验应用反义寡核苷酸下调了影响肿瘤细胞存活率的mRNA并改变其剪接模式，为肿瘤基因治疗提供了新的思路。随着新的肿瘤特异性剪接变异体的识别以及治疗策略的不断改进，剪接变异体及剪接模式的改变将成为研究肿瘤安全、有效治疗方法的一个重要领域。
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白细胞介素7(IL-7)选择性剪接变异体的筛选和序列测定
目的:寻找人肿瘤细胞选择性的白细胞介素7(Interleukin-7)剪接变异体.方法:运用自行设计的IL-7引物,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,分离正常肝组织、原发肝癌组织、正常胃组织和胃癌组织IL-7 mRNA,再对电泳所获条带进行克隆、测序.结果:正常肝组织、原发肝癌组织、正常胃组织和胃癌组织都能检测到IL-7 mRNA,而且从肝癌组织、胃癌组织中各分离出一条新带,经亚克隆及测序,证实这两条带分别是人IL-7基因cDNA第四外显子(肝癌组织)和第五外显子(胃癌组织)缺乏所致.结论:肝癌组织和胃癌组织存在不同选择性IL-7剪接变异体.这些变异体的发现,为肿瘤病人的免疫调节紊乱以及肿瘤病人的临床免疫治疗提供了新的研究方向.
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Taqman qPCR检测CD147/Basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌中的表达
目的:应用Taqman qPCR技术检测CD147/basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌组织与正常卵巢组织中的表达差异.方法:运用半定量RT-PCR技术检测CD 147/basigin剪接变异体在上皮性卵巢癌细胞系中的表达；Taqman qPCR检测CD 147/basigin剪接变异体在人上皮性卵巢癌细胞系中的表达分布；进一步通过收集32例上皮性卵巢癌组织与26例正常卵巢组织,提取组织RNA,反转录cDNA,Taqman qPCR检测CD147/basigin剪接变异体mRNA在上皮性卵巢癌组织与正常卵巢组织中的表达差异.结果:半定量RT-PCR结果显示basigin-2,basigin-3和basigin-4在上皮性卵巢癌细胞系中均有表达,主要以basigin-2为主；Taqman qPCR检测到三种剪接变异体在不同卵巢癌细胞系中表达不同,basigin-2在卵巢癌细胞系中较basigin-3,basigin-4表达较高,basigin-4较basigin-3略高；Basigin-2剪接变异体在高转移Ho-8910pm细胞中表达较高,在低转移HO-8910细胞中表达较低.组织Taqman qPCR检测basigin-2和basigin-4在上皮性卵巢癌组织中的表达水平显著高于正常卵巢组织(P值分别为＜0.0001和0.0261),basigin-3的表达水平略有升高(P=0.2616),但无统计学意义.结论:三种剪接变异体在卵巢癌组织中较正常卵巢组织表达上调.CD147/basigin-2在高转移卵巢癌细胞系HO-8910pm中高表达,在低转移卵巢癌细胞系HO-8910中低表达,且表达强度与上皮性卵巢癌的转移相关；探讨CD 147/basigin-2在上皮性卵巢癌中的高表达,为卵巢癌的进一步治疗开辟一新途径.
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PTEN基因剪接变异体与肝细胞肝癌发生的相关研究
目的 研究PTEN基因在肝细胞肝癌中是否存在新的剪接变异体,探讨PTEN基因在肝细胞肝癌发生发展中的作用.方法 提取肝细胞肝癌组织的RNA,逆转成eDNA.根据Genbank上的PTEN基因cDNA序列.设计6对引物,并以肝细胞肝癌组织cDNA为模板分别扩增外显子1～2、1～3、2～4、3～5、4～6和5～7之间的片段,得到的PCR产物进行3%琼脂糖凝胶电泳,比较不同样本扩增出来的目的 条带的异同.结果 每对引物分别做了61例肝细胞肝癌组织,3%琼脂糖凝胶电泳后发现每对引物扩出来的目的 条带大小相同,与野生型剪切体一致.结论 PTEN基因在肝细胞肝癌中不存在新的剪接变异体,说明在肝细胞肝癌发生发展中PTEN没有出现异常的mR-NA剪接突变.
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抑癌基因KLF6在肿瘤中作用机制的研究进展
Kruppel样因子6(Kruppel like factor 6,KLF6),是一种在哺乳动物组织中普遍表达的核转录调控因子,参与生长发育、细胞分化、生长信号的转导、细胞增殖、凋亡和血管形成等过程.研究表明,KLF6作为肿瘤抑制基因,在前列腺癌、肝癌、结直肠癌等多种肿瘤中失活、突变或表达下降,在肿瘤的发生发展中起重要作用.文章从KLF6的结构功能、在肿瘤发生发展中的作用以及肿瘤中的失活机制三方面进行综述.
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CD44剪接变异体在乳腺癌中的表达
目的 观察乳腺癌细胞系及原发性乳腺癌组织中CD44剪接变异体种类及其表达情况.方法 RT-PCR法检测乳腺癌细胞系MDA-MB-231、MDA-MB-435和20例原发性乳腺癌组织中CD44变异体表达情况,分析其与临床病理参数之间的关系.结果 RT-PCR分析显示,在已知的8种剪接变异体、乳腺癌细胞系MDA-MB-231、MDA-MB-435和所检测的全部乳腺癌组织标本中,检测到CD44剪接变异体1、2、3、4、5、6、8,其中CD44剪接变异体4、5表达水平较高.CD44剪接变异体与临床病理参数分析显示CD44剪接变异体与患者年龄、TNM分期、淋巴结转移、ER、PR表达无关.CD44剪接变异体1和CD44剪接变异体2 mRNA的高表达与较小的肿瘤直径有关;CD44剪接变异体4的mRNA高表达与组织学高级别有关;CD44剪接变异体2、6的mRNA高表达与Her-2低表达相关;CD44剪接变异体5的mRNA低表达和Her-2高表达相关.结论 MDA-MB-231、MDA-MB-435及所检测的乳腺癌组织标本中,CD44剪接变异体为异质性表达,以标准型CD44表达水平高.
关键词： 乳腺肿瘤 CD44 剪接变异体 MDA-MB-231 MDA-MB-435 -
低氧诱导因子-3α的研究进展
低氧诱导因子(hypoxia inducible factor,HIF)是细胞应对氧气水平降低时的主要调节因子,具有调控与细胞缺氧应激相关基因表达的作用.HIF是由1个不稳定的氧气浓度依赖的α亚基(HIF-α)和1个稳定的不受氧气调节持续表达的β亚基(HIF-β)组成的异源二聚体.人的序列同源性的α亚基有3种,包括HIF-1α、HIF-2α和HIF-3α.相对于HIF-1α和HIF-2α亚基,对HIF-3α亚基的研究还是相对匮乏的.HIF-3α被认为是HIF-1α和HIF-2α的负调控因子,由于其具有多种剪接变异体,因此HIF-3α参与多种生理功能.该综述对HIF-3α的结构,剪接变异体,表达调控及其各种生理功能进行了系统的阐述,并对今后的研究方向进行了展望.
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Survivin 及其剪接变异体在宫颈病变组织中的表达研究
目的:探讨survivin及其剪接变异体在宫颈上皮病变组织中的表达及意义.方法:采用RT-PCR方法检测10例宫颈炎、10例宫颈上皮内瘤变Ⅰ级(Cervical intraepithelial neoplasia Ⅰ,CINⅠ)、20例CINⅡ～Ⅲ及20例宫颈鳞状上皮细胞癌(squamous cell carcinoma,SCC)组织中survivin、survivin-2B、survivin-ΔEx3、survivin-2α mRNA表达.结果:survivin及其剪接变异体在SCC组织中表达普遍升高,其表达阳性率随宫颈上皮病变的进展逐渐升高.Spearman等级相关分析显示survivin、survivin-2B和survivin-ΔEx3的表达与宫颈上皮病变的级别呈高度正相关(rs=0.864、0.899、0.827,P＜0.01),survivin-2α的表达与宫颈上皮病变的级别呈中度正相关(rs =0.612,P＜0.01);survivin-2B、 survivin-ΔEx3和survivin-2α的表达与survivin的表达呈高度正相关(rs =0.922、0.991、0.999,P＜0.01).结论:survivin剪接变异体伴随着survivin的表达在宫颈上皮病变中表达逐渐升高,可能与survivin一起共同参与了宫颈癌的发生、发展,有望成为宫颈癌基因治疗的新靶点.
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肝性腹水CD44剪接变异体6和VEGF、基质金属蛋白酶-9检测的临床意义
因临床上不同病因的腹水治疗和预后明显不同,尤其对良、恶性腹水的鉴别十分重要.尽管理想的方法在恶性腹水中找到癌细胞,但阳性率较低,因此,从腹水中寻找有价值的标志物很有必要,为此我们采用ELISA定量法检测肝性腹水中可溶性CD44剪接变异体6(CD44v6)、血管内皮生长因子(VEGF)、基质金属蛋白酶.9(MMP-9)水平,旨在为临床腹水性质提供有鉴别诊断价值的指标.
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肿瘤相关基因的选择性剪接
选择性剪接(alternative splicing)又称变位剪接或可变剪接,指的是从一个mRNA前体通过选择不同的剪接位点组合产生不同的mRNA剪接变异体的过程.该过程是生物界普遍存在的现象,它在机体发育、组织特异性表达、疾病发生和发展等方面起重要作用,是生物体内一种基本且重要的调控机制.近年来,越来越多的研究显示,在人类肿瘤发生发展过程中RNA的选择性剪接扮演着重要的角色.
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人核糖体小亚基蛋白24剪接变异体mRNA在胃癌中的表达
目的探讨人核糖体小亚基蛋白(RPS)24剪接变异体mRNA在胃癌中的表达及其意义.方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)结合剪接位点特异性引物技术,检测60例胃癌和7例胃溃疡标本中RPS24剪接变异体mRNA表达情况,并分析其与临床病理因素的关系.结果所有的胃癌和胃溃疡标本中均出现RPS24a mRNA表达;而RPS24c mRNA在胃癌组织表达率为96.7%,癌旁正常黏膜为11.7%;并且低、未分化型胃癌、淋巴结转移≥5个、TNMⅢ、Ⅳ期病例的RPS24c mRNA表达比率分别显著高于分化型胃癌、淋巴结转移＜5个、TNMⅠ、Ⅱ期胃癌病例(P＜0.05).胃癌组织中RPS24 mRNA的总体表达水平显著高于癌旁正常黏膜(P＜0.01),而且TNM Ⅲ、Ⅳ期胃癌中RPS24 mRNA表达水平显著高于Ⅰ、Ⅱ期胃癌(P＜0.05);胃溃疡中RPS24 mRNA的表达水平与正常胃黏膜差异无显著性(P＞0.05).结论 RPS24剪接变异体的异常表达与胃癌的发展、转移有关,可作为胃癌生物学行为评估和判断预后的指标.
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Survivin及其剪接变异体survivin-△Ex3,survivin-2B mRNA在乳腺癌中的表达和临床意义
目的 观察乳腺癌组织中survivin及其剪接变异体survivin-△Ex3,survivin-2B mRNA表达情况,并探讨其与临床病理学指标的关系.方法 以逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法检测50例乳腺癌及癌旁5 cm正常乳腺组织标本中的凋亡抑制因子survivin及其剪接变异体survivin-△Ex3、survivin-2B mRNA表达,半定量分析电泳结果.免疫组化法检测乳腺癌石蜡标本中的雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和HER-2基因.结果 50例乳腺癌标本中survivin及其剪接变异体survivin-△ Ex3、survivin-2B mRNA均高表达,与癌旁正常乳腺组织中差异有统计学意义(P＜0.01),survivin mRNA与survivin-△Ex3,survivin-2B mRNA在乳腺癌组织中的高表达呈正相关(P＜0.05),survivin-△Ex3,survivin-2B mRNA的表达与淋巴结转移有关(P＜0.05).结论 Survivin及其剪接变异体survivin-△Ex3、survivin-2B系重要的凋亡蛋白抑制因子,与其他预后指标联合检测可望对患者的治疗以及预后作出更准确的预测.
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白细胞介素-7选择性剪接变异体的研究
目的寻找人肿瘤细胞选择性的白细胞介素-7(Interleukin-7,IL-7)剪接变异体.方法运用自行设计的IL-7引物,采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,分离正常肝组织、原发肝癌组织、正常胃组织和胃癌组织IL-7 mRNA,再对电泳所获条带进行克隆、测序.结果正常肝组织、原发肝癌组织、正常胃组织和胃癌组织都能检测到IL-7 mRNA,而且从肝癌组织、胃癌组织中各分离出一条新带,经亚克隆及测序,证实这两条带分别是人IL-7基因cDNA第4外显子(肝癌组织)和第5外显子(胃癌组织)缺乏所致.结论肝癌组织和胃癌组织存在不同选择性IL-7剪接变异体.这些变异体的发现,为肿瘤病人的免疫调节紊乱以及肿瘤病人的临床免疫治疗提供了新的研究方向.
