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与小鼠小脑发育相关的一种长非编码RNA Gm2694的鉴定
目的 鉴定与小鼠小脑发育相关的长非编码RNA,并验证其各剪接变异体的存在.方法 用芯片技术分析小鼠小脑发育不同阶段RNA的表达差异;用实时定量PCR技术对芯片结果加以验证;针对目的RNA,验证其各剪接变异体的存在及在小鼠小脑中的表达量.结果 1)长非编码RNA Gm2694在小鼠小脑发育过程中呈动态变化趋势;2)其在小鼠小脑中特异性表达;3)在小鼠小脑中检测到Gm2694有8种表达水平各不相同的剪接变异体,其中除Ensembl数据库预测的7个之外,发现了1个新的表达于小脑的剪接变异体.结论 Gm2694是一种在小鼠小脑特异性表达的长非编码RNA,存在8种表达量各不相同的剪接变异体.
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胶质瘤中PTB调控长非编码RNA选择性剪接的筛选
目的 探究在神经胶质瘤发生发展过程中PTB调控选择性剪接的长非编码RNA.方法 全转录组芯片分析筛选受PTB蛋白介导影响选择性剪接的长非编码RNA.提取胶质瘤和正常细胞系及临床病例组织样品和敲低PTB的神经胶质瘤细胞总RNA,实时荧光定量 PCR验证候选基因不同剪接异构体的表达及比值变化.核质分离实验鉴定长非编码RNA细胞定位.结果 筛选出16条受PTB蛋白介导影响选择性剪接的长非编码RNA,其中linc00882的不同剪接异构体的表达模式受PTB调控所产生的差异明显.检测到linc00882定位于细胞质.结论神经胶质瘤中PTB蛋白参与长非编码RNA linc00882的选择性剪接.
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长非编码RNA与重大临床疾病
以往,人们对细胞和机体的生长发育及疾病发病机制的研究往往集中于蛋白质及其编码基因.近年来在通过对蛋白编码基因表观遗传水平、转录水平以及转录后水平的研究,越来越多的证据显示长非编码RNA(long noncoding RNA,LncRNA)在生长、发育以及疾病的发生发展中起重要的作用.人体基因组中约98％的基因转录组为非编码RNA,其中绝大部分为LncRNA,只有不足2％的编码基因终经过转录翻译为蛋白质.新的研究表明,人体中存在数万条LncRNA.目前,只有极少数LncRNA在细胞代谢及疾病发生中的作用被初步揭示,绝大部分的LncRNA的功能完全未知.进一步深入研究LncRNA的生物学功能,有可能为阐明许多重大疾病的发病过程及机制带来重大的突破,并提供独特的干预靶点.本综述简要讨论LncRNA与一些重大临床疾病关系的新研究进展.
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基于高通量测序的骨骼肌分化相关长非编码RNA的鉴定
在细胞的生长、分化及个体发育过程中,长非编码RNA均发挥了重要的调控作用.然而在以往的研究中,人们主要关注蛋白编码基因的功能,对长非编码RNA的了解非常有限.为了研究polyA-minus长非编码RNA对骨骼肌细胞分化的意义,本研究以小鼠C2C12成肌细胞为研究对象,利用polyA-minus RNA反向富集技术和高通量RNA测序,分析了这类基因转录本在该过程中的表达变化,旨在发现具有调控作用的长非编码RNA基因.在本工作中,我们不仅鉴定了904条新的长非编码RNA转录本,还阐明了这些长非编码RNA和蛋白编码基因在各关键分化节点的表达调控情况,并进一步将这些长非编码RNA分为9种不同的调控类型.我们获得的研究成果有可能为肌肉疾病的治疗提供新的分子靶标.
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传统中草药高通量测序技术 RNA-seq及lncRNA挖掘的应用策略
中草药作为中国传统中医特有药物已有上千年的历史，然而对中草药资源关键生物学过程中的功能基因挖掘却刚刚起步。 lncRNA功能研究越来越引起人们的重视，结合RNA-seq技术研究中草药转录组中lncRNA功能，有望揭示中草药的生长、发育、代谢等生物学过程中的分子机制。综述了RNA-seq高通量测序及在中草药转录组测序中的应用策略，简述了lncRNA主要生物学功能及分析方法，并对RNA-seq技术和lncRNA生物信息学分析方法中存在的问题进行了简要讨论。
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构建编码基因-非编码RNA调控网络挖掘前列腺癌潜在致病因子
目的 基于前列腺癌的编码基因-非编码RNA调控网络识别潜在的生物标记物.方法 利用前列腺癌的lncRNA、miRNA和mRNA表达谱数据及它们与转录因子之间的靶向关系,构建编码基因-非编码RNA三维调控网络,挖掘ceRNA子网,识别潜在竞争性的lncRNA并筛选前列腺癌潜在的致病因子.结果 从ceRNA子网中识别出4个lncRNA竞争性的结合了5个miRNA间接调控了63个基因的表达,功能预测这些lncRNA参与了激素调节;基于网络拓扑属性,挖掘出一个包含了16个lncRNAs、2个miRNAs、4个mRNAs的生物标记物.结论 多种调控因子如TF、lncRNA、miRNA、mRNA共同作用影响前列腺癌的发生发展,其中有些lncRNA作为ceRNA来发挥基因表达调控的作用.
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克山病与扩张型心肌病基因表达与非编码RNA调控对比研究进展
克山病与扩张型心肌病两种病混淆问题仍未解决,二者在微小RNA (miRNAs)和长非编码RNA(lncRNAs)表达上具有差异基因表达,可能有特异性miRNAs和lncRNAs.研究克山病和扩张型心肌病患者的差异基因表达,探明非编码RNA对差异基因表达的调控作用,从基因表达与基因调控水平阐明两种疾病的发生机制,对克山病和扩张型心肌病的鉴别和防治具有重大意义.
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长非编码RNA在HCV致病过程中的作用研究进展
HCV感染是肝细胞癌和其他肝病的主要病因之一.探索用于慢性丙型肝炎高危人群早期诊断的标志物及HCV相关预防和治疗的靶标分子,具有重要的意义.近年来,已发现大量与HCV感染相关的长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA,它们可能与HCV相关肝细胞癌的发病机制有密切关系.研究这些lncRNA的结构和作用机制,将促进HCV相关疾病的早期诊断和防治.此文对近年HCV感染过程以及宿主抗病毒应答相关lncRNA的研究进展做一综述.
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非编码RNA在胃癌诊治中的研究进展
非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)是一类除mRNA、tRNA和rRNA以外,不编码蛋白质却能发挥功能的RNA分子,包括微RNA (microRNA,miRNA)和长链非编码RNA (long non-coding RNA,IncRNA).胃癌是人类常见的恶性肿瘤之一,其发病率在中国及其他东亚等国家居高不下.近年来研究显示,miRNA和lncRNA表达水平的改变与胃癌的发生、发展、诊断、治疗和预后密切相关.因此,本文就miRNA在胃癌诊断、预后和治疗方面的研究进展以及与胃癌有关的6种IncRNA作一简要综述.
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长链非编码RNA HOTAIR的信号通路、作用机制及与消化系统肿瘤的关系
长链非编码RNA (LncRNA)广泛参与机体生理和病理过程.其中,HOX转录反义RNA (HOTAIR)由HOXC基因座的反义链转录,却主要调控HOXD基因.HOTAIR能引导多梳抑制复合体2(PRC2)和赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶1(LSD1)复合体靶向特定目标基因,使组蛋白H3第27位赖氨酸三甲基化(H3K27me3)和组蛋白H3第4位赖氨酸二甲基化(H3 K4 me2),引起染色体状态重编程,从而使染色体封闭,继而导致靶基因沉默.HOTAIR与人类多种肿瘤如肝细胞癌、胰腺癌、胃肠道间质瘤和大肠癌等的发生、发展、复发以及转移有着相关性,有望成为相关肿瘤的预测指标和新的治疗靶点.该文阐述了HOTAIR的可能作用机制及其信号通路,并总结了其与上述各类肿瘤关系研究的新进展.
关键词： 长非编码RNA HOX转录反义RNA 肿瘤 -
长非编码RNA与其他表观遗传机制在肿瘤中的相互调控
长非编码RNA(IncRNA)是新发现的RNA干扰方式,与其他包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构等表观遗传形式一样,在恶性肿瘤的发生和发展中起着重要作用.近年分子肿瘤学研究显示,IncRNA与其他表观遗传形式相互作用,如lncRNA可通过多种途径调控DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构和其他RNA干扰形式,而DNA甲基化、染色质重构等也可调控lncRNA的表达及作用；其错综复杂的网路关系影响肿瘤的发生和发展.
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长非编码RNA在肾脏疾病研究中的进展
肾脏疾病发病率高、发病机制复杂,缺乏有效的生物标志物,近年越来越多的研究发现,长非编码RNA能在表观遗传学、转录和转录后水平调控基因表达,参与多种肾脏疾病的发生、发展,有望成为疾病治疗的突破口.本文拟简要介绍长非编码RNA的功能及其在肾脏疾病的研究进展.
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长非编码RNA UCA1在肿瘤研究中的进展
近来研究发现,长非编码RNA尿路上皮癌胚抗原1(UCA1)在多种肿瘤组织(膀胱癌、胃癌、肝癌、卵巢癌等)中呈高表达,表现为原癌基因的功能,在肿瘤的发生、发展中起着关键性作用.UCA1作为一种新的生物标记,在肿瘤的诊断、治疗以及预后中具有重要作用.本文结合国内外新报道对UCA1在肿瘤研究中的进展作一综述.
关键词： 长非编码RNA 尿路上皮癌胚抗原1(UCA1) 肿瘤 原癌基因 -
长非编码RNA的功能研究
长非编码 RNA(long noncoding RNAs, lncRNAs)是指长度大于200个核苷酸的RNA分子。近年来的研究表明, lncRNAs具有多种重要的生物学功能。随着现代生物技术的发展,lncRNAs转录本的预测及发现已经比较容易,然而不同于蛋白质编码基因序列所具有的指示功能,lncRNAs序列信息目前不提供功能信息的预测。因此,如何解码lncR-NAs的功能已逐渐成为基因组研究中的热点问题。我们将对探测lncRNAs功能的研究方法进行综述。
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长非编码RNA与人类疾病调控机制的研究进展
在人类基因组中蛋白质编码基因小于2%,基因序列转录后主要形成由非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)组成巨大的分子网络,它们在真核生物调节细胞活动中发挥核心作用.参与基因调控的非编码RNA主要分为短非编码RNA和长非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNAs)两类,大部分非编码RNA研究都集中在短ncRNA.但研究表明,长非编码RNA可作为基因调控网络中的主要参与者促进基因的转录调控,与各种人类疾病的机制密切相关.
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卵巢癌新辅助治疗对lncRNA差异表达的影响
目的 探究卵巢癌新辅助治疗对lncRNA差异表达的影响.方法 采用定量实时聚合酶链反应分析ln-cRNA PVT1在卵巢癌和相邻非肿瘤组织中的表达水平.Kaplan-Meier生存分析PVT1表达与患者生存率的相关性.单因素和多因素Cox回归分析PVT1表达的预后意义.结果 相比邻近非肿瘤组织,PVT1在卵巢癌组织中的表达显著增强.PVT1表达与临床分期和N分级(P<0.05)有关.高PVT1表达水平患者总生存时间较短.单因素和多因素Cox回归分析表明,PVT1可能是总体生存率较低患者的独立预后因素(P<0.05).结论 lncRNA PVT1在卵巢癌组织中的表达与肿瘤进展相关,PVT1可作为一个潜在的分子生物标记物,用于预测卵巢癌患者的预后.
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妊娠期高血糖对大鼠子代肝脏脂肪代谢的影响
目的:研究妊娠期高血糖对雄性子代成年以后肝脏脂质代谢的影响,初步探讨长链非编码RNA(lncRNA)肝脏特异性甘油三酯调节剂(LSTR)的调控机制.方法:采用8周龄健康成年雌性SD大鼠,糖尿病模型组20只,对照组10只,分别与健康雄鼠交配.交配成功后,糖尿病模型组腹腔注射35mg/kg链脲佐菌素溶液,对照组腹腔注射柠檬酸-柠檬酸钠缓冲液.两组雄性子代分别记为糖尿病组子代和对照组子代.全自动血生化分析仪检测血脂,qPCR检测肝脏基因表达.结果:糖尿病组子代比对照组子代表现高出生体重(t=3.193,P=0.020)、生长趋势体重明显增加和血甘油三酯升高(t=2.1970,P=0.0310).相对于对照组子代,糖尿病组子代组Apoc2表达降低(t=10.20,P<0.001),lncRNA LSTR表达升高(t=12.29,P<0.0001).糖尿病组子代Apoc2表达与ln-cRNA LSTR表达呈负相关(R2=0.2582,P=0.0008).结论:母亲GDM可能是子代成年期发生肝脏脂质代谢性疾病的一个高风险因素.
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长非编码RNA在肿瘤中的作用机制
长非编码RNA(lncRNA)可以通过调节细胞中蛋白的表达、信号通路及调控细胞周期等不同方式促进或抑制胰腺癌、肺癌、胃癌、乳腺癌的发生发展.深入研究不同lncRNA在肿瘤中的作用机制,可能为肿瘤诊疗提供新的方法.
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竞争性内源RNA在原发性肝癌中的研究进展
竞争性内源RNA(ceRNA)转录本可通过与微小RNA (miRNA)竞争性结合相同的miRNA应答元件(MRE),从而解除或减轻miRNA对靶基因的抑制作用.近期研究表明,许多基因可作为ceRNA,通过竞争性结合相同的致瘤性或抑瘤性基因,在肝癌发生发展中起促进或抑制肿瘤生成的作用.
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UCA1在消化道肿瘤中的表达及作用机制
尿路上皮癌相关1基因(UCA1)是一种长非编码RNA,无编码蛋白质的功能.UCA1在多种肿瘤中呈高表达,在肿瘤的发生发展中发挥重要作用.研究表明UCA1在胃癌、结直肠癌和肝癌等消化道肿瘤中发挥致癌基因作用,参与调控细胞的增殖、转移和化疗耐药性.
