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2006-2017年辽宁省脑膜炎奈瑟菌分子分型研究
目的 对2006-2017年辽宁省流行性脑脊髓膜炎(流脑)患者、密切接触者分离的17株脑膜炎奈瑟菌(Nm)进行分析,了解菌群种类及分子分型特征. 方法 采用多位点序列分型技术,应用Splits Tree软件、eBURST方法进行菌株遗传进化和聚类分析. 结果17株菌株共有11种不同序列型(ST),分属于ST-5、ST-4821、ST-11克隆群和其他无序列群分类(UA).ST-5 complex/subgroup Ⅲ所占比例多,占47.06％(8/17),来自A群的患者5株,密切接触者3株,ST-7型为主要优势型别.ST-4821克隆群有ST-4821型和ST-5664型.ST-4821型来自1例2012年的C群患者,ST-5644型来自1例2012年的B群密切接触者.ST-11克隆群仅1株为ST-11型,来自2009年W135群的密切接触者.B群和不可分群6株有6种ST型,呈多样性,不存在优势序列群.其中ST-12994为新发现ST,来自2017年密切接触者. 结论 辽宁省流脑菌株分子基因型别多样性,存在多个克隆群,ST-5 complex/subgroup Ⅲ克隆群为A群优势克隆群.初步揭示了辽宁省Nm的遗传进化关系,为流脑疾病控制和预防提供了有力科学依据.
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海港口岸输入性创伤弧菌分离鉴定与分子分型研究
目的 对海港口岸输入性创伤弧菌DXV1108进行鉴定和分子分型研究.方法 从一艘越南入境船舶的压舱水中分离获得1株病原菌,采用Vitek 2 Compact全自动微生物分析系统进行分类鉴定和抗生素耐药性分析,并采用多位点序列分析(MLST)方法进行分子分型.结果 该菌株99％的概率为创伤弧菌,对抗革兰氏阴性菌的抗生素敏感,MLST分析显示为一新发现的序列型.结论 本研究对海港口岸防控输入性致病弧菌引发的传染病有重要意义.
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一蜡样芽胞杆菌食物中毒分离株的表型与基因型
目的 对2003年发生在云南的一起蜡样芽胞杆菌呕吐型食物中毒案例中的分离株YN0303进行表型和基因型分析研究.方法 采用16S rDNA序列分析和16S/23S rDNA ITS特征图谱分析结合形态、生理生化和基因型进行菌种鉴定;PCR检测呕吐毒素和肠毒素合成相关基因,高效液相和质谱联用(HPLC-MS)化学定量分析呕吐毒素合成情况,测试部分生理生化特性和生长温度范围,进行了panC分型和多位点序列分型(multilocus sequence typing,MI() .结果 确认了该菌株确为蜡样芽胞杆菌Bacillus cereus,虽然该食物中毒是典型的呕吐型案例,但是发现该分离株呕吐毒素相关合成基因ces呈阴性,呕吐毒素化学定量分析结果为阴性;其生理生化特性(水杨苷发酵、淀粉水解和溶血特性)与典型呕吐型菌株也不相同.panC分型并非呕吐型蜡样芽胞杆菌所属的Ⅲ型,而是属于细胞毒性强的Ⅳ型,而且其肠毒素基因hbl、nhe和cytK2也均呈阳性;多位点序列分析显示该菌是一个新型别ST753,是区域性相对独立进化菌株.结论 在该呕吐型食物中毒案例中可能有多个蜡样芽胞杆菌参与,该分离株YN0303并非主要致病株—呕吐型菌株,但可能作为细胞毒性强的菌株参与了共感染.
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自贡市肉及其制品中粪肠球菌耐药性毒力基因和多位点序列分析
目的 了解四川省自贡市肉及其制品分离粪肠球菌的抗生素耐药性和携带毒力基因情况,以及多重耐药菌株的序列分型(ST).方法 2013年4月17 ～21日对147份肉及其制品样品污染的粪肠球菌进行分离鉴定,使用全自动微生物鉴定仪对分离菌株的耐药性进行检验,应用聚合酶链式反应(PCR)方法检测分离到的粪肠球菌携带4种常见毒力基因的情况,并对多重耐药菌株进行多位点序列分型(MLST)研究.结果 从147份肉及其制品样品中共分离到65株粪肠球菌,其中耐药菌株比例为58.5％(38/65);分离菌株对四环素的耐药率高,为41.5％ (27/65),对利福平、氯霉素和红霉素也均有较高的耐药率;分离菌株对高浓度链霉素和高浓度庆大霉素的耐药率分别达到了15.4％(10/65)和12.3％ (8/65);未分离到对青霉素类(青霉素和氨苄西林)、糖肽类(万古霉素)和脂肽类(达托霉素)抗生素耐药的菌株.4种常见毒力基因(gelE、asa1、esp、cylA)在65株分离株中均有携带,阳性率分别为56.9％(37/65)、21.5％(14/65)、9.2％ (6/65)和7.7％(5/65).14株多重耐药菌株共有9个MLST型别,包括4株ST16、2株ST81和2株ST480菌株,且相同ST型别的粪肠球菌有相似的耐药谱和毒力基因携带情况.结论 四川省自贡市肉及其制品中相同ST型别的粪肠球菌有相似的耐药谱和毒力基因携带情况,应重视肉及其制品中耐药粪肠球菌对公众健康的潜在威胁.
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广东省2003-2011年35株C群脑膜炎奈瑟菌多位点序列分析
流行性脑脊髓膜炎(流脑)近年来在广东省发病维持在低水平,但流行菌群有不断变迁趋势,B、C群菌株已成为主要致病菌群之一.本研究采用多位点序列分析(MLST),对2003-2011年广东省保存的35株C群脑膜炎奈瑟菌(Nm)分离株开展分子流行病学研究,探讨菌株间遗传进化关系.
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北京地区2005年流行性脑脊髓膜炎病原学监测
目的对2005年北京地区流行性脑脊髓膜炎(流脑)进行病原学监测.方法对临床流脑病例的血液、脑脊液标本进行特异性核酸片段检测,对鉴定阳性的菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列(MLST)分析.结果在7份血液和5份脑脊液标本中检测到脑膜炎奈瑟菌的核酸片段.共分离到105株脑膜炎奈瑟菌.A群和C群菌株的群内菌株PFGE图谱无差异条带.MLST分析结果表明北京地区A群脑膜炎奈瑟菌的序列类型主要是ST7,而C群主要是ST4821.结论北京地区目前流脑病例主要由序列类型为ST7的A群和ST4821的C群脑膜炎奈瑟菌引起.
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安徽省脑膜炎奈瑟菌的分子流行病学研究
目的 对安徽省2005～2008年从流行性脑脊髓膜炎患者及密切接触者分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行分子流行病学研究,了解菌株间的遗传背景.方法 采用多位点序列分析(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术,结合PubMLST数据库相关信息,确定97株Nm的序列型别(Sequence Type,ST).通过Splits Tree4.0、BURST分析软件处理数据,构建遗传图谱.结果 97株Nm共有25个不同ST,分属于ST-4821、ST-175、ST-198、ST-5、ST-41/44克隆群及11个散在ST.其中以ST-4821克隆群为显著,含8个ST共75株菌.与ST-4821相比,ST-5798、ST-7277、ST-7278、ST-7279、ST-7280克隆群各有1个基因座改变,ST-6051、ST-5664克隆群各有2个 基因座的改变.2006～2008年的各年份,ST-4821在ST-4821克隆群中,ST-4821克隆群在总菌株间,均保持高比重,且相对稳定,分别为占81.82%～88.50%、73.33%～80.00%.结论 安徽省Nm菌株存在多个克隆群,但以ST-4821克隆群为主导,该群以ST-4821为核心,且相对稳定.尚未发现新克隆群或某一新ST的优势增长.
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可变数目串联重复序列分析与多位点序列分析在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用
目的 评价多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和多位点序列分析(MLSA)两种方法在伯氏疏螺旋体分型研究中的应用.方法 采用MLVA和MLSA两种方法对31株伯氏疏螺旋体分型结果进行比较分析.结果 31株伯氏疏螺旋体用MLVA方法分成4簇,24个基因型,其中21个独立基因型,成簇率达24/31,MLVA的分辨率达到0.969；MLSA可将31株伯氏疏螺旋体分成4簇,每株都可独立分析,但有3个节点步长值(Bootstrap value) ＜50％.结论 MLVA和MLSA两种方法均适合于伯氏疏螺旋体的分型研究,对于部分分型有异议的菌株,将MLVA与MLSA联合可有效进行伯氏疏螺旋体的分型鉴定.
关键词： 多位点序列分析 多位点可变数目串联重复序列分析 伯氏疏螺旋体 基因分型 -
4株金黄色葡萄球菌临床分离株的多位点测序分型
多位点序列分析(Multilocus Sequencing Typing, MLST)是近年报道的一个具有很高分辨能力的分子生物学方法,它的主要优势是已经建立了有大型数据库的国际网站http://www.mlst.net,可以直接将实验结果提交数据库与已知的流行株进行比较,分析不同时间不同地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)临床分离株的遗传相关性.本研究对从天津分离的4株金葡菌临床株进行MLST分型,并与国际流行克隆株比较,了解它们的遗传背景和可能的来源.
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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的 MLST 分型及耐药性分析
目的：对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）进行多位点序列分析（MLST），初步了解泉州地区MRSA的MLST分型、MRSA的耐药性与ST及ST克隆系的相关性方法收集2013－2015年本地区分离47株MR-SA ，采用MLST对受试菌的7个等位基因进行序列分析，同时进行网上数据库比对，得到每个菌株相应的等位基因号。结果47株菌分为14个ST型，2个型别为新的型别（已提交未反馈）。每个型别包含1-17株菌。ST59是优势型别（36．2％），包含17株菌；其次为ST239（17．0％），包含8株菌；ST59分布于2013年、2014年、2015年，表示该型别菌株在本地区长期存在；ST59分布于3所医院，表示该型别菌株本地区广泛分布。结论本地区M RSA分离株基因多态性大，ST59和ST239是本地区MRSA分离株的优势ST型。
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 多位点序列分析 耐药分析 -
质谱分析仪对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型的应用研究
目的：评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF MS）对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（M RS A ）分子分型的应用价值。方法收集2009年1月－2012年3月来自上海、重庆、广州、沈阳、乌鲁木齐、北京6个城市共270株 MRSA ，经多位点序列分析（MLST ）表型主要为 St239、St5、St59、St454个基因型，使用ClinProTools软件建立模型，并用剩余菌株验证得出模型的敏感性和特异性；随机选取试验组35株St239，对照组43株包括20株S t5、15株S t59、8株S t45构建模型S t239；随机选取试验组8株S t45，对照组35株包括11株S t5、8株S t59、16株S t239构建模型S t45。结果154株S t239、72株S t5、30株S t59、14株S t45经检测显示，模型S t239、S t45、S t5的交叉效度和可接受度均为100．0％，仅模型S t59的交叉效度为90．5％，其可接受度也为100．0％；模型St45能正确区分出St45的敏感性和特异性均为100．0％，模型St239能正确区分出St239的敏感性是95．8％以及特异性为93．2％，模型S t59能正确区分出S t59的敏感性为86．7％以及特异性为91．7％，模型S t5能正确区分出S t5的敏感性为50．0％以及特异性为95．8％。结论 MALDI-TOF MS分型与MLST具有较好的一致性，且具有操作简便、快速、低成本、重复性好、稳定性高的优点。
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碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌3种分子分型方法的对比研究
目的 通过对碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌进行3种分子流行病学调查方法的对比研究,了解脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分析(MLST)和多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法在对碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体的流行病学调查中的优缺点和分辨率.方法 收集某三级医院2011-2012年分离自痰标本的碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体212株,采用PFGE、MLST和MLVA方法对其进行分子流行病学分析,运用Simpson相关系数(Simpson's index of diversity)和Wallace coefficient,对3种方法的分辨率和同质性进行比较.结果 212株碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌复合体,其中149株获得PFGE可分析结果,200株获得MLST可分析结果,205株获得MLVA可分析性结果;PFGE结果显示,B型菌株为优势菌株(102株,占68.46％).MLST分型结果显示,ST195占优势(60株,占30％),其次为ST208(43株,占21.5％)和ST643(33株,占16.5％).MLVA分型结果显示,D型菌株占优势(151株,占73.66％),其次为N型菌株(8株,占3.9％),K、M、T、W型菌株并列第三(均为4株,各占1.95％).优势菌株主要分布在ICU.PFGE、MLST、MLVA的Simpson相关系数(D值)分别为0.46、0.76、0.94.MLVA与MLST的Wallace coefficient值略高为0.76.结论 PFGE是区域内分析克隆时间和空间分布的重要工具,本研究中院内流行的碳青霉烯类耐药鲍氏不动杆菌主要来自于ICU;MLST可全球范围内开展抗菌药物抵抗菌株,以及新变异菌株的流行病学研究;MLVA数据可用于不同实验室之间的相互交换 、整合与分析.MLVA的分辨率较高,MLVA与MLST的同质性较高.
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光滑念珠菌药物敏感性与基因分型
目的 了解光滑念珠菌药物敏感性及多位点序列分析(M LST)和微卫星多态性分析的分型特点,以指导临床医师合理用药.方法 收集我国医院侵袭性真菌监测网(CHIF-NET) 2011-2012年中11所医院光滑念珠菌177株,采用显色微量肉汤稀释法检测9种药物的敏感性;对40株光滑念珠菌采用MLST和微卫星多态性分析技术进行基因分型,比较两种基因分型方法的结果和分辨力.结果 177株光滑念珠菌对氟康唑的耐药率为14.7％,无棘白菌素类药物耐药菌株;选取40株菌经MLST分型得到7个序列型,其中ST7型多,占80.0％;经微卫星多态性分析方法分为11个型别,其中A型多,占45.0％.结论 我国光滑念珠菌氟康唑耐药率与其他地区相近,棘白菌素类耐药率低于其他地区;微卫星多态性分析方法简便、快速,分辨能力高于MLST.
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褪色沙雷菌耐药率与多位点序列分析研究
目的：研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律，建立多位点序列分析方法，明确其进化特征，为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月－2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列分析（MLSA），并用Splits tree与CLUSTALW软件进行生物信息学分析，揭示其流行趋势。结果体外药敏试验结果表明，40株褪色沙雷菌对13种抗菌药物的耐药率在10．0％～52．5％，对亚胺培南耐药率为32．5％；M LSA设计4个管家基因，GC含量约为60．0％；各等位基因数分布于14～16，各多态性位点数分布于33～74，gyrB的多态性位点数多（74个）；Splits tree软件分裂分解分析结果显示，大部分褪色沙雷菌聚在一起，形成一个克隆复合体；CLUSTALW软件聚类分析结果显示，40株褪色沙雷菌形成19个ST型，其中ST8型12株，且ST8型是耐碳青霉烯类抗菌药物褪色沙雷菌的流行与暴发型， ST8、ST9、ST10与ST11形成一个克隆复合体CC8。结论褪色沙雷菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药率较高，且多为泛耐药菌株；褪色沙雷菌的分子流行病学趋势相对较慢，在基因组上高度保守，目前需要重点监测以ST8型为代表褪色沙雷菌CC8克隆复合体的流行，以防其在医院的大规模流行与暴发。
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耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌的基因型分析
目的 通过对耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌的分子流行病学调查,了解耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌的基因型分布和传播途径,为有效预防控制提供依据.方法 收集某三级医院2011年1月-2012年12月分离自住院患者痰标本的耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌212株;采用PFGE和MLST方法对其进行分子流行病学分析;149株获得PFGE可分析结果,184株获得MLST可分析性结果.结果 经PFGE方法获得的结果显示,B型菌株为优势菌株,102株占68.46％,B型菌株中的67株分布在ICU;MLST分型结果显示,ST195占优势(32.6％),其次为ST208(23.4％)和ST643(17.9％),并发现15株新的ST克隆株型别(8.2％).结论 PFGE是区域内分析细菌传播途径的有效方法,本研究中院内流行的耐碳青霉烯类鲍氏不动杆菌主要来自于ICU;MLST是全球范围内比对细菌克隆菌株差异的好工具,全球鲍氏不动杆菌的克隆菌株分布差异较大,新的克隆菌株不断出现,提示其变异和演变的速度较快.
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多位点序列分析在空肠弯曲菌监测中的运用
目的 探讨多位点序列分析技术在腹泻病原空肠弯曲菌分子溯源方面的运用.方法 用多位点序列分析(MLST)对上海市浦东新区腹泻病原监测中的70株阳性空肠弯曲菌菌株的7个管家基因进行扩增、测序并上传至MLST数据库确定基因序列型(ST型),并运用BioNumerics 7.1构建遗传进化树和聚类图进行亲缘性分析.结果 70株空肠弯曲菌分为52种已知ST型,分属13个同源谱系,ST353同源复合体占了流行株的26％.从70株分型结果中能找到聚集性病例.结论 运用MLST技术能在分子水平上对空肠弯曲菌进行分型,并能直观表现菌株间的相互关系,从散发病例中找到聚集特征,为疾病的控制提供依据.
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邯郸市一株C群脑膜炎奈瑟菌的分子生物学特征分析
目的 了解邯郸分离得到的C群脑膜炎奈瑟菌的分子特征.方法 对患者标本进行分离培养,对分离得到的菌株进行多位点序列分析.结果 6例流脑疑似病人的脑脊液标本中只有1份脑脊液标本培养出脑膜炎奈瑟氏菌,经鉴定为C群脑膜炎奈瑟菌,多位点序列分析结果,ST分型为ST-4821complex.结论 结果显示高致病性的ST-4821脑膜炎奈瑟菌已在邯郸市的人群中存在.
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分子分型技术用于流脑疫情的同源性分析
目的 应用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)技术和脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)技术对大连市2014年4月同一工地两起流脑疫情得到的脑膜炎奈瑟氏菌株进行分子分型图谱分析,了解各菌株之间的亲缘关系.方法 对病例的脑脊液标本进行脑膜炎奈瑟菌PCR分群,对另一病例和所有密切接触者分离菌株进行多位点序列分型(MLST)试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)鉴定实验.结果 疑似病例标本PCR结果为脑膜炎奈瑟氏菌A群阳性,另一病例和所有密切接触者分离到的菌株PFGE图谱基本相同,表明来自同一克隆系.多位点序列分析结果为ST7.结论 两起疫情分离到的菌株型别之间具有高度的同源性,该病原菌类型为ST7的A群脑膜炎奈瑟氏菌.
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多位点序列分析法在白念珠菌性阴道炎唑类耐药菌株分子流行病学研究中的运用
目的 运用多位点序列分析(MLST)法对白念珠菌性阴道炎患者阴道分离的对唑类抗菌药物耐药的白念珠菌临床菌株进行分子流行病学调查,对比耐药株和敏感株之间的基因型差异,分析其分子流行病学特征并研究耐药株的遗传多样性和种群关系.方法 对上海市嘉定区中心医院2015年7月—2016年6月的白念珠菌性阴道炎患者的白带样本进行真菌培养、鉴定及体外药物敏感性试验,共收集60株对氟康唑、伏立康唑和伊曲康唑中1种或多种药物耐药的菌株;另收集同期对3种药物均敏感的菌株38株.采用MLST法对耐药菌株和敏感菌株进行分析,采用BioNumerics 7.6软件进行亲缘性和聚类分析.结果 耐药菌株组存在14种序列类型(ST),其中9种已报道,主要型别为ST310、ST1364、ST2551和ST135;敏感菌株组存在19种ST,其中12种已报道,主要型别为ST2048和ST1474.耐药菌株组的ST数/菌株数比值低于敏感菌株组,且2个组的ST数与菌株数均呈线性正相关关系(耐药菌株组:r=0.995,P=0.005;敏感菌株组:r=0.989,P=0.011).亲缘性分析显示耐药菌株各基因型间的亲缘性要近于敏感菌株.聚类分析显示耐药菌株的种群形成了多级分支,ST310、ST1364和ST2551同处于第1分支,ST135为第2分支,其主要ST型别之间形成了较为明显的聚类分布.结论 MLST法结果显示上海市嘉定区中心医院临床分离的白念珠菌为多克隆性,唑类药物耐药菌株的基因型分布较敏感菌株更为集中.耐药菌株各基因型间的亲缘性要近于敏感菌株,且其种群分类的基因型呈明显的聚类分布.
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微卫星多态性和多位点序列分析技术在光滑念珠菌基因分型中的应用评估
目的：评估微卫星多态性分析技术在临床光滑念珠菌基因分型中的作用。方法收集2011年1月至2012年12月仁济医院和东方医院临床分离的光滑念珠菌59株，采用多位点序列分析（MLST）和微卫星多态性分析技术进行基因分型，比较2种基因分型方法的结果和分辨力。结果59株光滑念珠菌经MLST分型得到6个序列型，其中ST-7型43株、ST-10型7株、ST-15型和ST-55型各3株、ST-3型2株、ST-43型1株，鉴别力指数（DP）为0．456；经微卫星多态性分析方法分为10型，其中A型25株、B型10株、C型8株、D型6株、E型3株、F型和G型各2株、H～J型各1株，DP为0．770。结论微卫星多态性分析方法简便、快速，分辨力高于MLST技术，可作为实验室基因分型的首选方法。
