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褪色沙雷菌耐药率与多位点序列分析研究
目的：研究褪色沙雷菌的耐药率与分子流行病学规律，建立多位点序列分析方法，明确其进化特征，为临床针对性使用抗菌药物和防控此致病菌感染提供依据。方法对2013年9月－2014年12月分离的40株褪色沙雷菌进行体外药物敏感性试验与多位点序列分析（MLSA），并用Splits tree与CLUSTALW软件进行生物信息学分析，揭示其流行趋势。结果体外药敏试验结果表明，40株褪色沙雷菌对13种抗菌药物的耐药率在10．0％～52．5％，对亚胺培南耐药率为32．5％；M LSA设计4个管家基因，GC含量约为60．0％；各等位基因数分布于14～16，各多态性位点数分布于33～74，gyrB的多态性位点数多（74个）；Splits tree软件分裂分解分析结果显示，大部分褪色沙雷菌聚在一起，形成一个克隆复合体；CLUSTALW软件聚类分析结果显示，40株褪色沙雷菌形成19个ST型，其中ST8型12株，且ST8型是耐碳青霉烯类抗菌药物褪色沙雷菌的流行与暴发型， ST8、ST9、ST10与ST11形成一个克隆复合体CC8。结论褪色沙雷菌对碳青霉烯类抗菌药物耐药率较高，且多为泛耐药菌株；褪色沙雷菌的分子流行病学趋势相对较慢，在基因组上高度保守，目前需要重点监测以ST8型为代表褪色沙雷菌CC8克隆复合体的流行，以防其在医院的大规模流行与暴发。
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鲍氏不动杆菌耐药率与多位点序列分型研究
目的 研究鲍氏不动杆菌的耐药率与分子流行病学规律,明确其进化特征,为临床抗菌药物的应用提供依据.方法 2010年5月-2012年9月对187株鲍氏不动杆菌开展体外药物敏感性试验与多位点序列分型(MLST)研究.结果 MLST方案中选取的7个管家基因GC含量分布约40.00％;各等位基因数分布于1～8,gltA、gyrB的等位基因数只有1个,gpi的等位基因数有8个;rpoD、gpi的多态性位点多,分别为7个与9个;体外药物敏感性结果表明,187株鲍氏不动杆菌对8种抗菌药物的耐药率分布于23.6％～53.2％;MLST结果显示,所有菌株共形成4个已知ST型,其中ST92有83株、ST75有57株、ST90有38株、ST137有8株,并发现1株新ST型;上述5个ST型均属于克隆复合体CC92.结论 鲍氏不动杆菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高,呈多药耐药趋势;鲍氏不动杆菌的分子流行病学趋势相对比较集中,其进化速度较慢,目前需要重点监控以CC92为代表的鲍氏不动杆菌的流行情况,以防其在医院的大规模暴发与流行.
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亚洲副溶血弧菌临床菌株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型研究
目的：了解来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株的群组结构和克隆复合体构成。方法在 pubMLST 公共数据中筛选具有完整 ST 型及 pST 型的来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株数据，进行亚群分析和克隆复合体分析，并分别构建基于 ST 型和 pST 型的小生成树。结果从数据库中共筛选到具有 ST 型及 pST 型的来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株数据341条，共含有157个 ST 型，以 ST3型为多。其中有214条菌株数据来自中国（包括港台地区），覆盖了133个 ST 型，其中仍以 ST3型为多。利用 eBURST 软件对数据进行分析，共发现了17个组，94个单体。STRUCTURE 软件分析显示，来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株的适宜亚群数为7，各亚群内的样品平均距离为0．9113。结论来自亚洲的副溶血弧菌临床菌株具有高度多态性，可细分为7个亚群，MLST 分型时以 ST3型为多，AA-MLST 分型时以 pST2型为主。
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我国东部沿海地区水产品中副溶血弧菌分离株的基于碱基序列和肽链序列的多位点序列分型研究
目的：了解2007～2012年来自我国东部沿海地区水产品中的副溶血弧菌分离株的毒力基因携带情况和菌株克隆群关系构成。方法收集2007～2012年间来自广东省、福建省、上海市、江苏省、山东省、北京市的水产品，分离自水产品中的副溶血弧菌株，经基于 tlh 基因荧光 PCR 鉴定为副溶血弧菌共79株。采用荧光 PCR 方法对其进行了毒力基因耐热直接溶血素（tdh）、耐热直接溶血素相关溶血素（trh）及流行组标识基因 orf8检测，采用国际推荐的多基因座序列分型（MLST）方法对菌株进行亚群分析和克隆复合体分析，并构建基于 ST 型和 pST 型的小生成树，根据 eBURST 进行克隆群复合体分析。结果在79株水产品分离株中，tlh 均为阳性，8．86％（7／79）的分离株 tdh 阳性，orf8基因的携带率为8．86％。此79株副溶血弧菌分离株分属于69个 ST 型，3个克隆群复合体，62个单体。在基于肽链的多位序列分型时，此79株副溶血弧菌分离株可分为23个 pST 型，包括1个克隆群复合体，2个单体。去重组后剩余363个单核苷酸多态性（SNP）位点，以此363个 SNP 位点进行分型，可分为68个 pattern型。结论来自我国东部沿海地区的水产品中分离的副溶血弧菌具有高度多态性，但毒力基因携带率较低，MLST分型时以 ST3型为多，AA-MLST 分型时以 pST1型为主。
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金黄色葡萄球菌耐药基因分析及多位点序列分子分型
目的 对临床来源金黄色葡萄球菌(金葡菌)进行分子分型及溯源,研究耐药基因与克隆复合体(CC)关系.方法 检测94株金葡菌中的耐甲氧西林金葡菌(MRSA)并分型,测定氨基糖苷类耐药基因[aac(6′)/aph(2″)、aph(3′)-Ⅲ、ant(4′,4″)]、大环内酯类耐药基因(ermA、ermC、msrA)、四环素类耐药基因(terM、tetk)共8个耐药基因;用多位点序列分子分型(MIST)进行克隆分析.结果 94株菌株中共检出MRSA菌株36株,其中,医源MRSA (HA-MRSA) 29株,包括Ⅲ型28株,Ⅰ型1株;社区源MRSA(CA-M RSA)7株,包括Ⅴ型6株,Ⅳd型1株.94株菌株中,耐药基因aac(6 ′)/aph(2″)、aph(3′)-Ⅲ、ant(4′,4″)、ermA、ermC、msrA、tetM、tetk的携带率分别为55.3％、58.5％、26.6％、37.2％、34.0％、19.1％、37.2％、25.5％;共84株菌株耐药基因阳性,共形成35种耐药基因谱;含3种以上耐药基因的菌株占48.9％ (46/94).MLST分型共得到27个ST型,6个同源复合体;有3个重要同源复合体CC239、CC630、CC5及1个重要ST398型.HA-MRSA均属于CC239,而多数CA-MRSA属于CC630;HA-MRSA耐药基因携带率与CA-MRSA及所有甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)携带率差异有统计学意义(P＜0.01).CC239克隆与所有其他克隆菌株耐药基因的携带率差异有统计学意义(P＜0.01).结论 引起感染的MRSA主要是HA-MRSA-Ⅲ,其次为CA-MRSA-V.CC630是国际上新出现的克隆;ST398主要是起源于人而非动物.MRSA主要存在于几类特定克隆中,主要来源于相同克隆的MSSA;金葡菌获得及携带耐药基因主要与CC克隆有关,推测此类复合体中含有相关分子构型,有利于耐药基因如SCCmec插入.
关键词： 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 耐药基因 多位点序列分子分型 克隆复合体 -
138株临床分离肺炎克雷伯菌耐药性与多位点序列分型研究
目的：研究肺炎克雷伯菌的耐药率与分子流行病学规律，明确其遗传背景，为临床抗菌药物的合理选择提供依据。方法收集临床分离肺炎克雷伯菌138株，采用K-B纸片扩散法进行10种常用抗菌药物的体外药物敏感性试验，对所有菌株进行多位点序列分型（MLST）。结果 MLST方案中选取的7个管家基因GC含量均分布于55.02％～65.06％。各等位基因数分布于3～6范围内，其中infB的等位基因数只有3个，而tonB的等位基因数有6个。tonB的多态性位点多，为79个；体外药物敏感性试验结果表明，138株肺炎克雷伯菌对10种抗菌药物耐药率分布于9.42％～50.00％；MLST结果显示，全部菌株共形成9个ST型，其中ST11有78株、ST258有16株、ST340有10株、ST379有8株，上述4个ST型均属于克隆复合体CC258。此外，本次研究还发现1个新ST型。结论肺炎克雷伯菌对临床常用抗菌药物的耐药率较高，呈现多重耐药趋势；肺炎克雷伯菌的传播趋势相对集中，在院内抗生素选择压的作用下易形成典型的克隆复合体。
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金黄色葡萄球菌MRSA分型及分子溯源研究
目的 通过对来源于临床、动物、环境等的金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林葡萄球菌(MRSA)分子分型及溯源,研究不同来源MRSA的存在状况并进行克隆溯源研究.方法 采用MRSA分型方法对503株不同来源的菌株进行分型并对其中227株进行多位点序列(MLST)分型及分析.结果 503株不同来源的菌株中,MRSA阳性率为21.67％,有5个MRSA型:SⅠ、SⅡ、SⅢ、SⅣ、SⅤ型.MRSA-Ⅰ、MRSA-Ⅱ、MRSA-Ⅲ型全部来源于人,属于HAMRSA;MRSA-Ⅳ、MRSA-Ⅴ、MRSA-UT型则来源于人、动物、生乳及环境,属于CA-MRSA.多位点序列分型出现45个ST型,出现有4个重要的克隆复合体CC239、CC630、D9及D398.其中CC630是新出现的克隆.结论 HAMRSA-Ⅲ主要属于CC239克隆复合体.CA-MRSA-V主要属于CC630克隆复合体,并在人、动物、环境中形成流行链.与欧洲及美洲ST398主要出现在动物(尤其是猪)后感染人不同,国内ST398出现在人且极少在动物中出现.
