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差异蛋白质组学法探索大承气汤优化方治疗便秘小鼠的生物学基础
目的:应用差异蛋白质组学方法探索大承气汤优化方治疗便秘小鼠的生物学基础.方法:实验动物分为正常组、模型组及大承气汤优化方组.模型组、大承气汤优化方组小鼠按50 mg·kg-1灌胃给予复方地芬诺酯混悬液以制备便秘模型,正常组小鼠则给予等量生理盐水.大承气汤优化方组按31 g·kg-1灌胃给予大承气汤优化方药液,正常组及模型组小鼠则给予等量生理盐水.完成药效指标检测后,处死动物,称取小鼠大肠组织,提取蛋白样品,经纳升级高效液相色谱联用线性离子阱/静电场轨道阱高分辨组合式质谱(NanoLC-LTQ Orbitrap Elite)系统分析检测,Protein Discovery软件进行蛋白质搜库,Sieve v2.1软件对所有样本蛋白进行相对定量分析.结果:与模型组相比,大承气汤优化方组小鼠的肠组织蛋白表达上调或下调且与正常组变化方向一致的有77个.经文献检索分析表明,以上蛋白生物学功能一方面集中于促进糖脂代谢、三羧酸循环、生物氧化及能量代谢等,由此增加机体对大肠蠕动的供能,另一方面表现为增强肠道平滑肌的收缩功能,以促进肠道蠕动,缓解便秘.结论:差异蛋白质组学法找出的相关蛋白靶点及其涉及的生物体调控通路极可能是大承气汤优化方治疗便秘小鼠的生物学基础.
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差异蛋白质组学在中医药领域研究路线及应用现状
差异蛋白质组学从整体角度分析在不同状态下体内蛋白质表达的动态演变过程,其研究方法与传统中医强调整体观的思想相符合.故创新性地剖析差异蛋白质组学应用于中医证候学、中药学和针灸学领域的研究路线,如证候实质研究、同病异证、异病同证、同类证等证侯学研究,药材炮制及道地性、中药作用机制靶点及方证相关等中药学相关研究,以及经穴特异性、针刺量效关系、脏腑相关及针灸疗效作用机制等针灸学领域研究.同时,归纳分析差异蛋白质组学在相关领域的应用现状及局限性.
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机械牵张力下大鼠小梁网细胞的差异蛋白组学及生物信息学分析
目的 研究机械牵张作用对大鼠小梁网细胞蛋白组学的表达影响.方法 实验对象选用对数生长期的大鼠小梁网细胞.采用FX-5000牵张应力加载系统拉伸细胞,提取细胞全蛋白后进行基于鸟枪法的质谱测试和蛋白质的鉴定.运用微阵列显著性分析(significance analysis of microarray, SAM)方法分析实验组和对照组的蛋白组学差异;对差异蛋白进行基于Gene Ontology(GO)的功能注释、富集和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集并筛选出显著富集的蛋白.结果 SAM法筛选出差异蛋白共计57种,均表达上调,分布在细胞各个区域,参与细胞发育、免疫调节、刺激反应、代谢、细胞黏附等过程.其中24种显著富集在9个隶属生物学过程的GO term中,进一步KEGG通路富集分析显示热休克蛋白和核糖体蛋白显著富集在内质网蛋白加工通路和核糖体通路中.结论 机械牵张对大鼠小梁网细胞的蛋白质表达影响区域广,过程复杂.富集分析说明热休克蛋白和核糖体蛋白在牵张刺激下的应答保护和眼压调控中起到了重要作用.
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原发性脑创伤后人脑皮层差异蛋白质组研究
目的应用蛋白质组学技术,研究不同程度脑创伤后的人脑皮层蛋白质组表达变化的情况.方法将临床标本以GCS评分分为中度和重度损伤组,提取脑挫伤部位皮层的总蛋白.通过双向电泳,分离蛋白.应用胶内酶切、生物质谱,鉴定由图像分析软件所得出的具有表达差异的蛋白质点.结果通过比较,目前已发现12个蛋白质点,表达水平具有显著性差异变化.在已鉴定出的蛋白点中,属于10种蛋白质.依其功能可分为:细胞骨架、代谢反应、氧化应激反应、功能未知等几类.在重伤组中,一共有9个蛋白点、6种蛋白表达上调(α-烯醇化酶、磷酸丙糖异构酶、5'磷酸吡哆醇氧化酶、crystalin、stathmin-1、NP25);中度损伤组3个蛋白点、4种蛋白表达上调(谷氨酰胺S转移酶、5'3'核苷酸酶、HSPC108、proapolipoprotein).结论外伤后,神经系统由于受伤程度的不同,蛋白表达水平会发生变化.原发性脑创伤的损伤程度不同将产生神经系统病生理反应的差异.
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转Bt基因大米与相应亲本大米差异蛋白质组学研究
目的：利用差异蛋白质组学及生物信息学等技术方法，探讨外源Bt基因的导入对大米表达蛋白质组的影响，深化转基因大米在蛋白质组学方面的研究。方法在转基因大米“华恢1号”和亲本大米“明恢63”样品中提取大米总蛋白，通过二维聚丙烯酰胺凝胶电泳（2D-PAGE）实验方法，得到相应的蛋白质组2D-PAGE谱，再选择差异明显的蛋白质点进行质谱鉴定及生物信息学分析。结果对转Bt（cry1Ab/1Ac）基因大米和亲本大米2D-PAGE图谱的蛋白质点进行了对比匹配，识别出明显的差异蛋白质点28个，以亲本大米为参照，转Bt基因大米相对高表达的18个，相对低表达的10个；选择转基因大米凝胶上的差异蛋白质点进行了质谱鉴定和生物信息学检索，发现差异蛋白质主要参与能量代谢，蛋白质合成、氧化还原和应激响应等生物过程。结论转Bt基因“华恢1号”及其亲本大米“明恢63”表达的蛋白质组存在一定差异，但未发现这些差异蛋白质具有抗营养性和致敏性，也未发现新蛋白和毒蛋白的表达。
关键词： 转基因大米 差异蛋白质组学 二维聚丙烯酰胺凝胶电泳 质谱鉴定 -
利用iTRAQ技术联合2D LC-MS研究不同加工工艺鹿茸的差异蛋白质组学
利用iTRAQ同位素标记法结合2D LC-MS/MS法对不同加工工艺鹿茸(鲜品、煮炸、直接冻干、匀浆、冻干加保护剂、冻干未加保护剂、冻干加保护剂40℃,10天)进行比较蛋白质组研究.经质谱共分析共得到蛋白质1 015种.利用Protein Pilot软件(Version 4.5)进行比较分析,差异蛋白(阈值在＞1.50或＜0.60范围,P≤0.05)蛋白为87种.变化大的是煮炸鹿茸组,其差异蛋白质(P≤0.05)相对于鹿茸鲜品,上调蛋白质有24种,下调蛋白质有33种.7种差异极显著(P≤0.001)下调蛋白多具有参与钙离子结合及ATP结合等功能.其他组差异蛋白质种类没有明显变化,与通过层次聚类分析的结果相同.冻干加保护剂(海藻糖)工艺可提高差异极显著蛋白质包括Ⅱ型、Ⅻ型胶原蛋白质(P≤0.001)的相对含量,并且使得功能显著蛋白质与鲜品鹿茸比较,含量相对增加.这些蛋白具有活化血小板、维护精原细胞、使肿瘤细胞表达失调等生理功能.通过对差异蛋白质的层次聚类(hierarchical clustering)及GO (gene ontology)注释分析,表明不同加工工艺鹿茸与鲜品鹿茸的差异蛋白质在分子功能、生物过程及细胞成分中,具有广泛的生物学功能覆盖范围,其中分子功能主要体现在结合功能(52.7％)、催化活性功能(25.3％)、结构分子活性及转运功能(6.6％).
关键词： 相对和绝对定量同位素标记 鹿茸 差异蛋白质组学 2DLC-MS 生物学信息 -
督脉电针对急性脊髓损伤6 h后大鼠差异蛋白质组学的机理研究
目的 确定急性脊髓损伤(SCI)后差异表达蛋白,初步探讨其功能,从差异蛋白组学角度研究SCI的病理机制,以及电针对该病的治疗作用.方法 大鼠随机分为空白组、假手术组、模型组、药物组、电针组,每组15只大鼠,共75只.采用自制的改良式Allen's打击装置造模.术后6 h取脊髓损伤区2 cm的脊髓组织称重,保存.对样本蛋白进行提取、定量、蛋白双向电泳图像分析,找出差异点进行质谱分析和数据库检索.结果 成功鉴定出6种蛋白质:假定蛋白LEF3-IAP2、泛素羧基末端水解酶、先驱B环蛋白3、假定蛋白ORF F-93、角蛋白16、泡溶酶蛋白.结论 通过本动物实验可见,针刺对早期脊髓损伤具治疗效果.鉴定出的蛋白质可能通过引起炎症细胞浸润、神经细胞凋亡等途径参与了SCI的损伤及修复过程.
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桂枝加葛根含药血清干预纤维环细胞的蛋白组学差异
背景：研究表明纤维环破裂是颈椎病椎间盘退变的诱发因素。课题组既往研究表明桂枝加葛根汤治疗颈椎病的疗效是肯定的，但有关桂枝加葛根汤干预纤维环细胞的差异蛋白组学研究尚未见报道。
目的：从差异蛋白组学的角度，分析桂枝加葛根汤对椎间盘纤维环细胞作用的靶位蛋白或相关蛋白。
方法：体外培养SD大鼠纤维环细胞，将传3代纤维环细胞随机分为桂枝加葛根汤组和空白组，分别加入含自制桂枝加葛根汤血清的培养液以及含生理盐水血清的培养液干预。运用同位素标记相对和绝对定量技术标记2组样本的蛋白，二维液相色谱质谱仪(2D LC-MS/MS)鉴定蛋白并进行相对定量分析。
结果与结论：以空白组作为对照，在桂枝加葛根组干预纤维环细胞后血小板衍生生长因子 A、骨形态发生蛋白2、胰岛素样生长因子1、聚集蛋白聚糖核心蛋白、转化生长因子β3、白细胞介素1β蛋白表达上调；同时碱性成纤维生长因子、Ⅰ型胶原α1链蛋白表达下调。提示桂枝加葛根汤对纤维环细胞的退变有修复作用。 -
血清差异蛋白质组学在肝癌研究中的进展
随着蛋白质组学相关技术的迅速发展,差异蛋白质组学已成为当今细胞生物学领域中极其活跃的学科.差异蛋白质组学是蛋白质组学的一个分支,研究不同时期、不同条件下蛋白质的表达.差异蛋白质组学的核心技术包括双相电泳、质谱分析.现综述血清差异蛋白质组学在肝细胞癌中的研究进展.
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差异蛋白质组学研究与应用进展
差异蛋白质组学是蛋白质组学的一种重要研究策略,着重于比较不同生物体在不同时刻或状态下蛋白质表达的变化,在目前技术背景下有重要的现实意义.将近年来新发展的差异蛋白组学技术,如激光捕获微切割、蛋白芯片及蛋白质定量研究方面等的技术和差异蛋白组学应用进展进行总结.
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卵巢浆液性囊腺癌及囊腺瘤的差异蛋白质组学分析
目的 探讨卵巢浆液性囊腺癌与卵巢浆液性囊腺瘤的差异表达蛋白质谱,从而寻找特异性诊断标志物.方法 采用二维液质联用分析技术.结果 卵巢浆液性囊腺癌与卵巢浆液性囊腺瘤两组间差异蛋白数共计128个.其中116个蛋白在卵巢浆液性囊腺癌中表达上调,12个蛋白表达下调.结论 纤维结合蛋白1,基膜聚糖,核心蛋白多糖,骨诱导因子,微管蛋白A、B,肌动蛋白,肌动蛋白素,角蛋白8,结蛋白,膜联蛋白A1、A2,YWHAZ,踝蛋白1,转酮醇酶1,组织蛋白酶D,X线交错互补修复基因6,谷胱甘肽转移酶,核仁蛋白,抑制素,抗原提呈蛋白1,补体4A等22个差异蛋白在卵巢浆液性囊腺癌中的表达异常为首次报道.这些蛋白将有利于卵巢浆液性囊腺癌及卵巢浆液性囊腺瘤的鉴别诊断.与肿瘤物质和能量代谢异常相关的蛋白质可以用于卵巢癌诊断的代谢组学识别模式的建立.
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中药动物药的炮制现状与对策分析
动物药是中药重要组成部分,多炮制使用,故炮制是否得当将直接影响其临床疗效.然而,相关研究基础薄弱,质量控制缺乏专属性,而且由于动物药多含蛋白质、多肽等遇高温易降解的物质,其高温炮制的合理性也有待论证.本文就动物药炮制现状及近期研究进行了总结与分析,提出以差异蛋白质组学及生物检定为核心技术的研究方法,为相关现代研究提供参考.
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蛋白质组学及其在寄生虫学中的应用
随着多种生物基因组测序计划的完成,应用蛋白质组学方法在整体水平上研究复杂生命现象的后基因组时代已经到来.蛋白质是生物生长、分化、代谢及调控的主要执行者,因而蛋白质组学方法成为研究生物体不同状态下差异蛋白表达非常重要的技术手段.差异蛋白质组学主要用于筛选和鉴定不同种类和状态下各样本之间蛋白质组之间的区别和变化,寻找任何有意义的因素所引起的样本间的差异蛋白质谱,从而进一步认识个体生理的发展与变化.一些寄生虫的蛋白质组作为蛋白质组学研究的一个分支也迅速发展起来.该文着重对差异蛋白质组学在寄生虫中的研究作一综述.
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乙型肝炎患者血浆中触珠蛋白和补体B因子的检测及临床意义
肝脏是机体解毒、生物合成、生物转化的重要器官.乙型肝炎患者由于肝细胞变性、坏死,必然造成严重的蛋白合成障碍、代谢紊乱以及有毒物质的积聚,血浆中的蛋白质和多肽也必然发生明显改变[1].笔者通过差异蛋白质组学方法研究发现,慢性重型乙型肝炎患者血浆中触珠蛋白(HP)和补体B因子(CFB)水平相对健康正常人有显著差异.为进一步探讨乙型肝炎患者触珠蛋白和补体B因子的变化及临床意义,我们采用ELISA方法检测85例乙型肝炎患者血浆中这两种蛋白含量,现报道如下.
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差异蛋白质组学技术和应用前景
随着人类基因组计划帷幕的落下,后基因组时代正式登上了历史舞台.作为其重要分支的蛋白质组学从整体上对体系内蛋白质进行研究,常见3种研究模式[1]:第1种是检测蛋白质组理化参数的"完全蛋白质组学";第2种主要研究蛋白质间相互作用;第3种是差异蛋白质组学,主要通过比较分析不同状态下蛋白质表达图谱,实现对体系内代谢调控的动态监测,从而更易于揭示机体对内外界环境变化产生反应的本质规律.本文对差异蛋白质组学研究现状和进展作一综述.
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药物靶标发现的技术
药物靶标发现是创新药物的前提,也是药物筛选的基础.文章从有效单体化合物、基因表达差异、蛋白质表达差异、蛋白质相互作用和RNA干扰方面着手总结了一些可用于寻找药物靶标的技术,并就这些技术在药物靶标发现中的应用、优缺点加以综述.
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差异蛋白质组学在肺癌诊断及个体化治疗中的研究进展
蛋白组学目前在肺癌领域得到了广泛的应用,在蛋白质水平研究肿瘤的发生发展规律,应用蛋白组学技术在外周血、痰等样本中寻找肿瘤特异分子标志,有望找到新的肺癌肿瘤标志物应用于肺癌的诊断与治疗.全文就差异蛋白质组学在肺癌的诊断及个体化治疗方面的研究进展作一综述.
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短暂性脑缺血再灌注损伤对老年大鼠神经功能的影响及其机制
目的 探讨短暂性脑缺血再灌注损伤对老年大鼠海马神经元凋亡及认知功能的影响及机制.方法 健康雄性老年Wistar大鼠40只,随机分为对照组和缺血组,每组20只,建立全脑缺血模型.缺血后第2～7天应用Morris水迷宫进行行为学检测.行为学检测完成后每组随机取10只大鼠经心脏灌注后取脑制作石蜡切片,分别行苏木素-伊红(HE)染色和原位缺口末端标记法(TUNEL)法检测海马神经元凋亡.剩余10只大鼠冰上断头取脑后提取海马组织,纯化线粒体蛋白进行二维电泳和凝胶图像分析,对差异蛋白质行基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱分析,应用Mascot Distiller搜索引擎检索NCBInr数据库鉴定蛋白质.结果 Morris水迷宫检测发现,第1天两组大鼠逃避潜伏期差异无统计学意义(P＞0.05),与对照组比较,缺血组第2～4天的逃避潜伏期明显延长(P＜0.05),第5天测试的学习潜伏期缺血组明显长于对照组(P＜0.05);TUNEL凋亡神经元计数缺血组海马神经元凋亡神经元计数较假手术组明显升高,每个高倍镜视野凋亡神经元计数对照组和缺血组分别为(3.21 ±3.76)和(20.50±5.83)个,差异有统计学意义(P＜0.01).差异蛋白质组学研究显示,缺血组大鼠脑海马线粒体蛋白表达存在显著差异,蛋白双向电泳图谱中有10个点表达量与对照组差异有统计学意义(P＜0.05),其中有7个点表达量增高,3个点表达量降低.经质谱鉴定出10种蛋白.结论 老年脑组织对缺血再灌注损伤的敏感性增加,短暂性缺血即造成老年大鼠海马神经元凋亡增多及认知记忆等行为学的改变.经差异蛋白质组学研究结果显示,该现象可能与老年大鼠线粒体中与能量代谢和细胞凋亡有关的蛋白质表达改变有关.
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基于相对和绝对定量核素标记技术的大鼠海马线粒体蛋白质组学研究
目的 筛查深低温停循环时大鼠海马线粒体的差异蛋白质.方法 以16 G导管和22 G留置针分别穿刺颈内静脉和尾动脉建立大鼠停循环10 min模型,提取海马组织并纯化线粒体,超微结构验证,采用核素标记相对和绝对定量技术联合液相色谱-串联质谱技术获取肽段信息,Mascot2.2软件查库鉴定和分析获取差异蛋白质.结果 共筛查到差异蛋白质8个(表达量2倍以上且P＜0.05),包括囊泡分拣蛋白45、无活性的磷脂酶C、假想蛋白loc365985、猫眼综合征染色体蛋白和Tid-1长亚型5个已知蛋白质,另外3个为未知蛋白质.结论 通过8个线粒体差异蛋白质的变化发挥深低温停循环的脑保护作用.
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差异蛋白质组学在植物逆境生理机制研究中的应用
对差异蛋白质组学在植物逆境生理机制中的应用进行综述,植物对干旱、盐胁迫、低温、厌氧等非生物胁迫,以及虫害、细菌、真菌感染等生物胁迫均有很强的响应机制,蛋白质组均发生了显著变化,应用差异蛋白质组学研究植物对胁迫的应答和适应性,可以更好地了解植物在受到胁迫后的伤害机制,揭示植物对环境的适应机制和防御机制,但关于逆境差异蛋白质组学在活性天然产物研究中未见文献报道.
