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还原口叶酸载体基因多态性与神经管畸形关联的父母-病例对照研究
目的对神经管畸形(NTDs)发病危险和还原叶酸载体基因(RFC1)A80G多态性进行关联研究,为寻找NTDs的遗传易感标志物提供流行病学依据.方法采用RFLP-PCR方法,对104例NTDs儿及其父母和99名正常儿童及其父母的外周血DNA进行RFC1第80位SNP检测,对核心家庭基因型进行病例对照研究,对NTDs杂合子父母G等位基因进行传递不平衡检验(TDT).结果NTDs儿G等位基因频率高于对照儿,OR值为1.64(95%CI:1 08～2.49);GG基因型的患儿发生NTDs危险高于AA基因型(OR=2.56,95%CI:1.04～6 36);TDT结果显示,RFC1等位基因G与NTDs之间存在关联(x2=5.2364,P＜0.05),携带G等位基因发生NTDs的危险是非携带者的1.56倍(95%CI:1.07～2.28).结论发现在中国人群中RFC1基因多态性与NTDs存在关联,初步表明该基因G等位基因可能是NTDs发生的遗传易感基因之一.
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TMX基因多态性与先天性肥厚性幽门狭窄易感性的传递不平衡检验分析
目的 探索TMX基因外显子6上的多态性位点rs7161242[ c.492T＞G]及外显子7上的多态性位点rs7160810[ c.648 G＞A]与先天性肥厚性幽门狭窄(CHPS)发病易感性的关联.方法 对广州市第一人民医院收治的22个汉族核心家系(CHPS患者及父母)采用PCR及测序的方法进行基因分型.应用传递不平衡检验(TDT)判断基因多态性与CHPS发病的关联.结果 测序结果未发现新的突变位点；患儿及父母组内这两个多态性位点的Hardy-Wcinberg平衡检验均P＞0.05.TDT检验提示多态性位点rs7161242的G等位基因及rs7160810的A等位基因均与CHPS发病相关,其p值分别为2.0×10-4和5.699x10-5.连锁不平衡分析结果提示,这两个位点的r2为0.757,D′值为0.893,成紧密连锁.结论 TMX基因的多态性位点rs7161242[ c.492T＞G]及rs7160810[c.648 G＞A]与中国汉族人群CHPS发病密切相关.
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5-HT转运体基因多态性与孤独症核心家系的关联研究
目的:探讨中国汉族人群5-HT转运体基因多态性(HTT SNP18)与孤独症的关系.方法:应用聚合酶链式反应与限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)分析方法对175个孤独症核心家系测定基因型和等位基因.结果:孤独症患儿与父母的基因频率和基因型频率的分布呈基本一致的趋势.传递不平衡检验(TDT)显示等位基因传递无统计学意义,(McNemar χ2 =0.00,P>0.05).结论:本研究未发现5-HT转运体基因多态性(HTT SNP18)与孤独症存在关联,提示该基因多态性不影响孤独症的易感性,在中国汉族孤独症发病中不起主要作用.
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核心家系中血管紧张素转换酶基因I/D多态性与冠心病关系的研究
为避免群体关联研究中由于人群混居和分层产生的偏倚.本研究旨在冠心病家系中以两种不同的分析方法探讨血管紧张素转换酶(ACE)基因I/D多态是否系冠心病的遗传易患因素,即以未受累同胞为对照进行表型不一致同胞对(discordant sib pair, DSP)分析检验ACE基因I/D 多态是否与冠心病(CHD)存在关联以及应用传递不平衡检验 (transmission/ disequili brium test,TDT)分析ACE基因I/D多态是否与冠心病存在连锁.
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肿瘤坏死因子基因与精神分裂症的传递不平衡研究
目的 探讨肿瘤坏死因子-α(TNF-α)基因和肿瘤坏死因子-β(TNF-β)基因与精神分裂症的关系.方法 收集172个广东潮汕地区的精神分裂症核心家系,将172例精神分裂症患者分为偏执型(96例)和非偏执型(76例),用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法 ,检测所有研究对象的TNF-α的3个多态性位点(-C863A、-G308A、-G238A)和TNF-β+A252G位点的等位基因频率和基因型频率,并进行传递不平衡检验(TDT).结果 (1)单位点TDT检验,TNF-β+A252G位点杂合子父母过多地传递等位基因G给患者(X2=5.49,Pc＜0.05),而TNF-α的3个多态性位点(-C863A、-G308A、-G238A)均未发现传递不平衡.(2)多位点联合进行单体型分析,未显示在精神分裂症核心家系中存在传递不平衡;但在96个偏执型精神分裂症核心家系中,有一种常见单体型[(-863C,-308G,-238G,+252G);X2=7.20,Pc＜0.05]存在偏向传递.结论 在广东潮汕人群中,TNF-α和TNF-β基因与精神分裂症可能存在某些关联,该基因可能是偏执型精神分裂症的易感基因.
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隐花色素-1基因与精神分裂症核心家系的传递不平衡分析
目的 探讨精神分裂症与隐花色素-1(Cry1)基因多态性的关联关系.方法 应用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性技术对100个精神分裂症核心家系的Cry1基因上的多态性位点rs2300448、rs1921135和rs1056560进行多态性检测;用Genehunter2.1软件包进行传递不平衡分析(TDT),并构建可能的单体型.结果 (1)rs2300448多态性位点等位基因G和等位基因A传递给患病子女的频率差异有统计学意义,等位基因G优先传递给患病子女(x2=4.92,P=0.027),但P值经Bonferroni校正后,差异无统计学意义(Pc=0.054);rs1056560和rs1921135多态性位点未发现传递不平衡现象(x2=0.15,P=0.698;x2=0.56,P=0.456).(2)单体型rs2300448-rs1056560G-A(x2=6.76,P=0.009)、rs1921135-rs2300448-rs1056560T-G-C(x2=4.50,P=0.034)和C-G-A(x2=6.37,P=0.012)存在传递不平衡现象,但P值经Bonferroni校正后,T-G-C和C-G-A差异均无统计学意义(Pc＞0.05),只有单体型rs2300448-rs1056560G-A差异有统计学意义(Pc=0.036).结论 Cry1基因可能与精神分裂症相关联.
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缩胆囊素A受体基因多态性在精神分裂症家系中的传递不平衡检验
目的探讨缩胆囊素A(CCK-A)受体基因在精神分裂症核心家系中是否存在传递不平衡,并研究基因型与临床症状之间的关系.方法收集符合国际疾病分类第10版的90例精神分裂症患者的核心家系,其中父母组180人,患者组90例,非患病同胞组44人,散发精神分裂症患者组29例.采用聚合酶链反应技术、限制性片段长度多态性的方法进行研究.用阳性和阴性症状量表(PANSS)评定患者组.结果 (1)CCK-A受体基因在患者组、非患病同胞组均无显著性传递不平衡,χ2值分别为0.69和0.71,P>0.05;(2)按性别分组后,不同基因型患者的阴性症状严重程度的差异有显著性或非常显著性.在女性患者中,A1A2基因型患者的PANSS阴性因子总分秩次(50.90)高于A2A2基因型患者(30.60),P=0.000;在男性患者中,A1A2基因型患者的PANSS阴性因子的前两项(N1,N2)评分秩次(12.59,14.35)与A2A2基因型患者(24.45,22.95)的差异有非常显著性(P=0.01).结论CCK-A受体基因不能作为精神分裂症的功能基因,但其影响患者阴性症状的严重程度.
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Megsin基因C25663G多态性与我国汉族人群IgA肾病的关系
目的:研究 Megsin基因C25663G多态性与我国汉族人群IgA肾病发生、发展的关系.方法:应用PCR-RFLP方法鉴定IgA肾病患者基因型,用以家庭为基础的传递不平衡检验(TDT)、单倍型相对危险度(HRR)分析结合病例-对照研究方法,分析Megsin基因C25663G多态性与我国汉族人群IgA肾病发生的关系.IgA肾病患者按病情是否稳定分为病情进展组和稳定组,比较两组间基因型分布频率差异.结果:TDT显示Megsin基因C25663G等位基因的传递在IgA肾病患者没有显著倾向性(χ2=0.203,P=0.652),HRR分析已传递和未传递等位基因频率无统计学差异(χ2=0.268,P=0.679),IgA肾病患者和正常对照者基因型和等位基因分布频率无统计学差异(P＞0.05).在IgA肾病进展组和稳定组之间,基因型分布频率无统计学差异(χ2=2.400,P=0.153).结论:Megsin基因C25663G多态性与中国汉族人群IgA肾病的发生及病情进展无关.
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先天性髋脱位与同源盒基因传递不平衡研究
背景:目前研究表明遗传因素在先天性髋脱位(congenital dislocation of the hip,CDH)的发病中起重要作用.但迄今为止,从基因水平研究其发生机制报道较少.同源盒(homeobox,HOX)基因是胚胎发育和脊椎动物肢体发育的重要调控基因,因此推测HOX基因可能与CDH的发病有关.目的:探讨CDH与HOX基因是否存在相关性.设计:核心家系内对照关联研究.单位:一所大学医院的发育儿科、遗传研究室及小儿外科.对象:101个CDH核心家系303名成员均为中国医科大学第二临床学院小儿骨科病房1999-12/2001-01间全部住院CDH患者及其父母,所有患者均有典型的临床表现,经X射线检查及手术确诊.方法:在胚胎肢体发育调控相关基因-HOX基因A簇、B簇、C簇和D簇所在的染色体区域7P14-15,17q21,12q13和2q31内选择4个微卫星DNA标记D7S1808,D17S1820,D12S1686和Hox4EP,应用聚合酶链反应及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对101个先天性髋脱位核心家系的303名成员进行基因型分析,并进行传递不平衡检验(TDT).主要观察指标:确定101个CDH核心家系303名成员4个微卫星DNA标记D7S1808,D17S1820,D12S1686和Hox4EP的基因型,对父母传递和不传递给患者的等位基因进行传递不平衡检验.结果:在D12S1686多态性标记位点上共检测到16个等位基因,TDT分析显示,CDH与D12S1686遗传标记位点不存在传递不平衡(X2=6.171,P=0.965).在D7S1808多态性标记位点上共检测到10个等位基因,CDH与D7S1808遗传标记位点的第7个等位基因存在传递不平衡(X2=6.045,P=0 014).在D17S1820多态性标记位点上共检测到12个等位基因,CDH与D17S1820遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(X2=6.025,P=0.014).在Hox4EP多态性标记位点上共检测到16个等位基因,CDH与Hox4EP遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(X2=6.461,P=0.011).结论:CDH与HOX基因A簇、B簇和D簇可能有关联,HOX A簇、B簇和D簇基因可能是先天性髋脱位的易感基因.
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4q31区域STR位点D4S413多态性与中国汉族人群非综合征型唇腭裂的关联研究
目的 探讨4q31区域STR位点的基因多态性与中国汉族人群非综合征型唇腭裂发生的相关性.方法 收集中国医学科学院整形外科医院214个非综合征型唇腭裂核心家系(患者及其父母)样本.在4号染色体4q31-q32分布10个短串联重复序列位点.采用ABI 3730DNA分型仪进行短串联重复序列位点的基因分型.分别采用Mendel和FBAT两种软件进行传递不平衡检验分析.结果 采用Mendel软件进行传递不平衡检验分析,短串联重复序列位点D4S413与中国汉族人群非综合征型唇腭裂有相关性(P=0.0372),采用FBAT软件进行传递不平衡检验分析发现,短串联重复序列位点D4S413的与中国汉族人群非综合征型唇腭裂有相关性(P=0.01974),等位基因297过传递.但经过多重检验校正后,P＞0.05.结论 4q31区域短串联重复序列位点D4S413可能与中国汉族人群非综合征型唇腭裂关联,但需要大样本量进行验证.
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BDNF基因二核苷酸多态性与儿童孤独症的关联研究
目的 探讨脑源性神经生长因子(BDNF)基因二核苷酸多态性与儿童孤独症的关系.方法 2001-2004在四川大学华西医院心理卫生中心及华西医院第二医院按照ICD-10及CCMD-3儿童孤独症诊断标准纳入研究对象,以儿童孤独症评定量表判断疾病的严重程度,并用儿童生长发育调查记录表进行一般情况评估.在华西医院心理卫生中心门诊收集75例儿童孤独症患者的临床资料,以孤独症核心家系为研究对象,用PCR扩增进行神经发育相关的BDNF基因的二核苷酸重复多态性位点的检测,采用传递不平衡检验进行统计分析.结果 BDNF基因二核苷酸重复多态性与重度儿童孤独症存在关联或连锁不平衡(χ2=7.31,P=0.025).结论 重度儿童孤独症的发病可能与BDNF基因二核苷酸多态性有关,BDNF基因二核苷酸多态性在轻-中度和重度儿童孤独症中可能具有不同的遗传学作用.
关键词： 孤独症 脑源性神经营养因子基因 传递不平衡检验 -
先天性髋脱位与Hox基因传递不平衡研究
目的: 探讨先天性髋脱位(CDH)与Hox基因是否存在相关性.方法:在Hox基因A,B,C和D簇所在的染色体区域7P14-15,17q21,12q13和2q31内选择4个微卫星DNA标记D7S1808,D17S1820,D12S1686和Hox4EP,应用PCR及变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对101个先天性髋脱位核心家系的303名成员进行基因型分析,并进行传递不平衡检验(TDT).结果:在D12S1686多态性标记位点上检测到16个等位基因,TDT分析先天性髋脱位与D12S1686遗传标记位点不存在传递不平衡(χ2=6.171,P=0.965);在D7S1808多态性标记位点上检测到10个等位基因,与D7S1808遗传标记位点的第7个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.045,P=0.014);在D17S1820多态性标记位点上检测到12个等位基因,与D17S1820遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.025,P=0.014);在Hox4EP多态性标记位点上检测到16个等位基因,与Hox4EP遗传标记位点的第4个等位基因存在传递不平衡(χ2=6.461,P=0.011).结论:先天性髋脱位与Hox基因 A,B和D簇可能有关联, Hox A,B和D簇基因可能是先天性髋脱位的易感基因.
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SLC25A12基因与儿童孤独症的关联性研究
目的:探讨SLC25A12基因多态性与儿童孤独症的关联性.方法:用PCR-单链构象多态性(Single Stranded Conformational Polymorphism)法检测105例日本孤独症患儿及其父母的SLC25A12基因多态性,用传递不平衡检验(TransmissionDisequilibrium Test)进行统计学分析.结果:2个SNPs(rs3765166、rs3770448)均无连锁不平衡(P≥0.317).结论:SLC25A12基因多态性与日本孤独症无关联,孤独症的病因基因有待于进一步研究.
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SLC25A12及SCN2A2基因多态性与孤独症的关系
目的:探讨SLC25A12和SCN2A2基因单核苷酸多态性(SNPs)与孤独症的关系.方法:从日本孤独症患儿和其健康父母组成的105个核心家系取全血提取基因组DNA,应用PCR-SSCP法检测SLC25A12和SCN2A2基因位点rs3770448和rs3769955的单核苷酸多态性的分布.结果:rs3770448、rs3769955基因型频率的分布均符合Hardy-Weinberg平衡;传递不平衡检验(TDT)结果显示,父母和受累子女之间不存在显著的传递不平衡(x2=1,P＞0.05;x2=0.604,P＞0.05),即杂合父母传递给受累子女的等位基因无差异.结论:SLC25A12基因位点rs3770448和SCN2A2基因位点rs3769955可能与孤独症无关,但尚不能排除该基因其他SNPs与孤独症相关联的可能性.
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PGC-1α基因多态性与2型糖尿病的相关性
目的 了解华南汉族人群PGC-1αt基因单核苷酸多态性与2型糖尿病的相关性.方法 采集350例2型糖尿病患者和其父母以及366名正常糖耐量志愿者的血样,提取基因组DNA.应用PCR.限制性片段长度多态性(RFLP)和DNA直接测序技术鉴定PGC-1α基因多态性位点的基因型.应用病例.对照方法和基于家庭的单倍型相对危险度分析(HRR)和传递不平衡检验(TDT)方法分析相关多态性及其单倍型与2型精尿病的相关性.结果 (1)病例-对照研究显示Gly482Ser(G/A)多态性G、A等位基因在2型糖尿病组和正常糖耐量组分布频率分别为0.589、0.411和0.687、0.313(x2=15.076,P<0.01).Thr394Thr(G/A)、Thr528Thr(A/G)和Thr612Met(C/T)等位基因在两组间分布频率差异无统计学意义(均P>0.05).394A-482A-528A单倍型在两组间分布差异有统计学意义(x2=40.2,P<0.05),且与2型糖尿病存在连锁不平衡(t=2.503,P<0.05).(2)基于家庭研究显示PGC-1α基因Gly482Ser变异的A等位基因由父母更多地向患者传递(x2=7.217,P=0.007,HRR=1.450),TDT-ETDT结果均显示482位点A等位基因由杂合子父母传递给患病子代的频率偏离0.5(均P<0.05),单倍型TDT分析显示394A-482A-528A.612C,394A-482A-528A-612T,394A-482A-528G-612C和394A-482A-528G-612T单倍型分布频率显著偏离0.5(P<0.05或P<0.01).结论 Gly482Ser(G/A)变异与华南汉族2型糖尿病的易感性密切相关,Thr394Thr(G/A)变异可能辅助了这种作用.
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MTR基因rs1805087位点多态性与非综合征性唇腭裂的关联性研究
目的:研究蛋氨酸合成酶(methionine synthase,MTR/MS)基因rs1805087位点单核苷酸多态性与山西人群非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性.方法:采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对135个NSCL/P核心家庭、150例正常新生儿及其母亲的MTR基因rs1805087位点多态性进行检测;用人群关联研究、病例组核心家庭的传递不平衡检验(TDT)和单体型的相对危险度(HHRR)进行统计分析.结果:本研究中GG基因型较少,故将AG和GG基因型合并后与AA基因型比较.病例组子代及母亲和对照组之间,基因型分布和等位基因频率比较,差异均无统计学意义(P＞0.05);唇裂组和唇腭裂组子代及母亲基因型分布和等位基因频率,与对照组差异均无统计学意义(P＞0.05);病例组核心家庭分析,TDT检验x2=0.083,P＞0.05,HHRR分析x2=0.112,P＞0.05,说明携带有突变基因G并不能增加NSCL/P的发病风险.结论:本研究结果未显示MTR基因rs1805087位点多态性与山西人群非综合征性唇腭裂之间存在相关性.
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DAOA基因rs2391191位点多态性与中国汉族精神分裂症的相关性
目的 探讨D-氨基酸氧化酶激活剂(DAOA)基因rs2391191位点多态性(SNP)与中国汉族精神分裂症患者发病及首发年龄的相关性.方法 采用TaqMan基因分型技术,对359例早发精神分裂症患者(早发组,起病年龄≤18岁),443例非早发精神分裂症患者(非早发组,起病年龄＞18岁)和302例正常对照者(对照组)DAOA基因rs2391191位点进行多态性检测,并应用生存分析研究危险等位基因(A)与精神分裂症患者首发年龄的相关性.结果 早发组与对照组相比,rs2391191位点等位基因及基因型频率分布的差异有统计学意义(x2=7.79,P =0.01;x2=10.01,P=0.01);非早发组与对照组相比,rs2391191位点等位基因及基因型频率分布的差异有统计学意义(x2=5.17,P=0.02;x 2=7.80,P=0.02);Kaplan-Meier分析显示,早发精神分裂症携带危险等位基因(A)与不携带危险等位基因(A)首发年龄的差异有统计学意义(x2=4.55,P =0.03).结论 DAOA基因rs2391191位点多态性与中国汉族早发精神分裂症的发病和首发年龄显著相关.
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SLC5A7基因 rs1013940位点多态性与 Tourette 综合征的关联分析
目的：探讨SLC5A7（ Solute carrier family 5，member 7）基因rs1013940位点单核苷酸多态性与中国汉族人群Tourrette综合征（ Tourette syndrome，TS）发病的关联性。方法采用实时荧光定量PCR技术对来自中国汉族人群的401个TS核心家系SLC5A7基因rs1013940位点多态性进行检测，传递不平衡检验（ transmission dsequilibrium test，TDT）和单倍体相对风险分析（ haplotype relative risk，HRR）方法分析该多态性位点的遗传分布与TS的关系，应用基于单倍型的单倍型相对风险分析（haplotype-based HRR，HHRR）进行验证。结果 TDT和HRR结果均表明，SLC5A7基因rs1013940位点与TS之间不存在明显关联（ TDT：χ2＝0．268， P＝0．657， OR＝0．728，95％CI ＝0．366～1．451；HRR：χ2＝0．111， P＝0．739， OR＝0．959，95％CI ＝0．762～1．466）。 HHRR结果同样表明，两者之间差异无统计学意义（ HHRR：χ2＝0．276， P＝0．599， OR＝1．082，95％CI ＝0．806～1．453）。结论 SLC5A7基因rs1013940位点基因多态性与中国汉族人群TS的发病无明显关联，但仍需在不同种族中进行验证。
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中国汉族Tourette综合征患者HTR-2A 102T/C多态性的家系关联分析
目的 探讨中国汉族群体5-羟色胺受体102 T/C(HTR-2A 102 T/C)多态性与Tourette综合征(TS)的关系.方法 对101个核心家系(TS患者及其父母)采用聚合酶链反应和限制性内切酶消化(PCR-RFLP)、传递不平衡检验(TDT)方法和单倍型相对风险分析(HRR),研究HTR-2A 102 T/C多态性与TS的关系.结果 对父母组和患者组的等位基因和基因型进行Hardy-Weinberg遗传平衡法则检验,等位基因和基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡检验(父母:x2=0.823,P=0.364;TS:x2=0.365,P=0.546).HTR-2A 102 T/C多态性与TS没有明显关联(TDT=0.353,f=1,P=0.621;HRR=1.127,x2=0.358,P=0.550,95％ CI:0.762～1.666).结论 HTR-2A 102 T/C多态性可能不是汉族人群TS发病的易感基因位点,但此结论仍需进一步扩大样本并在不同的种族中验证.
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DTNBP1基因P1763位点多态性与精神分裂症传递不平衡研究
目的 探讨DTNBP1基因P1764位点多态性与精神分裂症的关系.方法 100个精神分裂症先证者及其生物学父母组成的100个核心家系纳入本研究.采用CCMD-Ⅱ-R精神分裂症诊断标准,应用聚合酶链反应及聚丙烯酰胺凝胶芯片技术检测DTNBP1基因的P1764位点单核苷酸多态性,采用基于单体型的单体型相对风险(HHRR)、传递不平衡检验(TDT)进行统计.结果 ①HHRR分析发现P1764位点父母传递与不传递给患者的等位基因之间差异无显著性(x2=0.2609,P=0.6095);②TDT分析发现,P1764位点与精神分裂症之间不存在传递不平衡(x2=0.27,P=0.601);③基因型分析发现,父母传递与未传递给患者的基因型之间差异无显著性(P>0.05).结论 本组研究对象中,DTNBP1基因P1764位点(TG)变异频率少;HHRR和TDT结果提示DTNBP1基因P1764位点多态性与精神分裂症无关联.
