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丹参雄性不育与可育近等基因系差异片段的发掘
利用雄性不育系培育新品种和生产杂种一代,在产量、品质等方面均具有独特优势.前期课题组已通过多代连续杂交获得丹参雄性不育与可育近等基因系.该文在前期工作基础上采用AFLP和BSA技术对378对引物进行筛选,发现7对引物和26个标记与丹参育性调控基因紧密连锁,由此构建出连锁遗传图谱.以前期发现的E11/M4-208标记为模板,运用染色体步移技术,在不育和可育系中分别扩增出2 028,2 027 bp的差异片段,发现4个突变碱基位点均处于内含子中.在所有差异标记中发现E01/M09-418,E05/M13-308,E05/M04-750,E01/M01-204 4个与丹参育性调控基因紧密连锁的标记,与拟南芥1,3,5号染色体相似性达100%.其中与育性调控基因距离很近(2.1 cM)的E01/M09-418与同处于拟南芥第3号染色体的核不育基因MS2相似度高达100%.不育系中获得的2 028 bp片段与MS2基因在两处相似度达100%.与拟南芥第5号染色体相似度100%的E05/M04-750,与杨树POP085-M05基因和拟南芥中低亲和力钙逆向转运蛋白序列具有较高相似性,且E非常低.该文遗传图谱的构建和功能性差异序列的发现,为后续准确锚定丹参基因组中育性调控基因及揭示其功能奠定了坚实基础.
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复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法
本文简述近年来复杂性疾病生物信息学研究的策略与方法,并介绍清华大学生物信息学教育部重点实验室的有关工作.由于遗传、环境的相互作用及基因型-表型复杂的内部结构,常用的家系研究、基于遗传图谱的连锁分析、基于物理图谱的定位克隆以及关联分析等单基因病策略与方法,在复杂性疾病的分子机制研究上存在局限.在后基因组时代,生物信息学的发展,为从分子水平和系统观念研究复杂性疾病,以及研究模式从"序列→结构→功能"向"相互作用→网络→功能"的转变提供了契机.从多因素分析、基因的相互作用着手研究复杂性疾病成为热点.我们以信息、系统的观点,从功能基因组系统学出发研究复杂性疾病的机制,并在复杂性疾病的基因组合及相互作用信息提取、复杂性疾病基因转录水平和表达水平的芯片分析、多层次生物信息整合、分子调控网络建模、中医药生物信息学等方面进行了有益的尝试.
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染色体显微切割技术的研究进展及应用(综述)
人类及许多高等动植物的基因序列分析研究,随着高度多态的DNA遗传标记的丰富和应用,取得很大的进步,但基因图中遗传标记分布不均,基因组的遗传图谱和物理图谱分辨率不高,染色体特定区域遗传标记密度不高,无法建立高精度基因图,需要一种新的方法探索新的标记,获得染色体区带特异性的序列标签位点(STS)及表达序列标签(EST)构建克隆连锁群,分阶段有序地完成特异区带全序列分析,染色体显微切割技术在此方面显示出特有的优越性.自八十年代初首次应用以来,显微切割技术通过不断的与其他分子生物学技术相结合,已在人类及动植物的病理研究,文库构建,基因定位,克隆等领域广泛应用,并取得瞩目的成绩.
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利用ISSR和SSR分子标记构建北柴胡遗传图谱
以北柴胡(Bupleurum chinense DC.)种内杂交所得的F_1代96株植株为作图群体,利用拟测交理论,进行北柴胡遗传图谱构建.经父母本多态性筛选,从30条ISSR(inter-simple sequence repeat,内部简单重复序列)和44对SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)引物中筛选出28条ISSR和14对SSR多态性引物.对F1代进行基因型和连锁分析,初步构建了包含13个连锁群、80个(72个ISSR和8个SSRl位点的首张北柴胡遗传图谱.该图谱覆盖长度2 633.9 cM,平均图距33.4 cM,13个连锁群包含2~31个标记不等,连锁群遗传距离15.4~1 295.7 cM.该图谱为北柴胡性状基因定位、图位克隆以及分子标记辅助选择育种等研究奠定了基础.
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用QF-PCR和染色体核型分析产前诊断原发三体的嵌合
传统的产前诊断方法是染色体核型分析.近年来将QF-PCR用于产前诊断非整倍体的技术已在欧洲多个细胞遗传和分子遗传实验室应用.该方法通过扩增微卫星标记物来提供胎儿的遗传图谱,操作简便、快速,结果准确,适合大规模的产前诊断.
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mRNA差异显示技术及在毒理学研究中的应用
RNA差异显示技术全称为mRNA差异显示反转录聚合酶链反应PCR技术(differentialdisplay reverse transcription polymerase chain reaction DDRT-PCR).该技术在分析基因表达差异、绘制遗传图谱、分离特异性表达基因和临床诊断遗传疾病等方面具有特殊的优势,因此一经建立就被广泛应用,并取得了可喜的成果.在毒理学研究中,不同的毒物或者不同剂量的同一毒物,诱发组织细胞及损伤后修复的病理生理过程在分子水平上表现为一些基因的开放、关闭或表达量的改变,阐明这些差异表达基因的结构与功能对研究毒物对机体的损伤机制及防治实践有重要意义.然而,在缺乏相关基础研究资料的情况下,要从细胞内上万种mRNA分子中鉴别出引起毒物损伤和损伤后修复的重要基因十分困难,而近10年出现的mRNA差异显示技术为研究毒物对机体的损伤及其损伤后的修复的机制提供了强有力的工具.现对其毒理学研究中的作用作一综述.
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人类基因组计划的由来 遗传图谱 物理图谱 序列图谱 基因图谱
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基因芯片在骨质疏松症研究中的应用
基因芯片是分子生物学与微电子技术相结合的DNA分析检测技术,发展十分迅速,其突出特点在于高度并行性、高通量、微型化和自动化,已成为后基因组时代生命科学研究的重要技术[1].基因芯片是应用广泛的生物芯片,目前主要用于疾病的DNA测序、基因功能及调控、诊断、药物筛选和遗传图谱等研究.骨质疏松症的发生、发展是一个多基因、多步骤、多阶段的复杂过程,其演化过程涉及大量的基因突变、缺失、扩增及失活等异常表达信息,因此,发挥基因芯片技术多样本、高通量、高效率和平行监测识别功能,对阐明骨质疏松症的病因,揭示其发病机制以及开辟新的诊断途径和治疗策略具有重要价值.
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基因连锁分析及儿童癫痫的基因定位研究
连锁分析人类基因组计划(human genome project,HGP)将于2005年前完成人类基因组全部30亿个碱基(base pair,bp)对的测序工作.绘制出人类的物理图谱、基因图谱和遗传图谱,这3张图谱一起将组成人类的第2张"解剖图谱".
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媒介蚊虫易感性遗传基础
本文就埃及伊蚊和冈比亚按蚊的遗传图谱构建与方法,构建遗传图谱的意义与价值,媒介蚊虫对病原体易感性遗传基础的研究概况做了综述.