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金银花中几种分子的真伪鉴别方法比较及其研究进展
中药材的真伪对于中医临床用药具有至关重要的作用。作为中药鉴定的重要组成部分，DNA分子标记技术已越来越广泛地应用于中药材的真伪鉴别。近年来，涌现出许多中药分子鉴定新方法，但对于这些新方法的系统比较分析尚未见报道。本文以药材金银花真伪鉴别为例，比较了表达序列标签-简单重复序列多态性、聚合酶链式反应-限制性酶切长度多态性、位点特异性PCR、DNA条形码技术和环介导等温扩增技术的原理、特点、检测方法以及检测时间和应用范围等，并针对各方法的缺陷提出相应的改进措施，以期筛选到适合金银花快速真伪鉴别的方法，也为其他中药材分子鉴别研究提供示范。
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膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究
该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析.结果表明,进行测序所得的reads的平均长度为413 bp,约86％的reads参与了拼接,拼接的N50长度为1 205 bp,所测得的unigene数量基本涵盖了全部转录组信息;黄芪转录组搜索到1 729个SSR位点,SSR的发生频率为9.24％,SSR在黄芪整个转录组中出现的频率为13.42％,SSR的平均距离为7.97 kb.一共发现核心重复序列127种,占优势的是二核苷酸型中的TG/AC型,出现的频率占总SSR位点的4.25％.黄芪转录组的测序结果揭示了黄芪转录组的整体表达特征,并得到大量黄芪转录组unigene序列,并且黄芪转录组SSR位点出现频率高,类型多样,多态性潜能高.
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黄芪与红芪SSR引物的筛选及鉴定指纹代码的构建
收集豆科SSR引物,通过分子标记技术,筛选验证可用于黄芪与红芪鉴定的核心引物.结果表明,101对SSR引物中筛选出6对有效鉴定引物,其PCR产物在相对分子质量100～500 bp,可形成的7～12条数目不等的电泳条带,其中多态性位点55个,多态性比率为100％,平均多态信息含量为0.371,多态位点建立的聚类分析(UPMGA)结果显示,获得的核心引物可在相似度为0.4处100％区分62份黄芪与红芪的混合样品,标记参试引物及对应的特征泳带,生成指纹图谱代码,为黄芪与红芪的鉴别提供依据.
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穿心莲转录组SSR位点信息分析
为了探讨穿心莲转录组中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,并为开发穿心莲分子标记奠定基础,该研究以穿心莲转录组测序获得的43 683条Unigene为对象,采用MicroSAtellite (MISA)软件分析其中的SSR位点信息,并利用Primer3.0软件对符合鉴定要求的SSR基元设计引物和进行初步验证,同时用Blast软件对含SSR的Unigene进行功能分析.结果显示,在穿心莲转录组中共搜索到14 135个SSR位点,分布于9 973条Unigene中,SSR位点出现频率为32.36％.二核苷酸和三核苷酸是SSR序列中主要的重复类型,共占SSR总数的75.54％.SSR所包含的重复基元中,AT/AT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元类型.通过设计、筛选,共获得4 740对具有潜在多态性的SSR引物组合,随机挑选的20对引物中有10对可以扩增出与预期大小吻合的条带.通过基因功能注释发现,含SSR的Unigene主要与穿心莲的基础代谢功能相关.以上结果表明,穿心莲转录组中SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,同时SSR序列的功能分析也为穿心莲功能基因的定位研究和分子标记辅助育种提供了有利参考.
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利用SSR、SRAP和ISSR分子标记构建首张丹参遗传连锁图谱
以2个丹参(Salvia miltiorrhiza Bge.)品系杂交得到的94株F1代植株为作图群体,利用SSR (simple sequence repeat,简单重复序列)、SRAP (sequence-related amplified polymorphism,相关序列扩增多态性标记)和ISSR (inter-simple sequence repeat,内部简单重复序列)标记进行了首张丹参遗传连锁图谱的构建.该图谱包含8个连锁群,93个标记位点,覆盖长度400.1 cm,平均图距4.3 cm;各连锁群包括2～23个标记,遗传距离3.3～132cm.该图谱为丹参相关数量性状的基因定位、分离以及克隆奠定了重要基础.
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利用ISSR和SSR分子标记构建北柴胡遗传图谱
以北柴胡(Bupleurum chinense DC.)种内杂交所得的F_1代96株植株为作图群体,利用拟测交理论,进行北柴胡遗传图谱构建.经父母本多态性筛选,从30条ISSR(inter-simple sequence repeat,内部简单重复序列)和44对SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)引物中筛选出28条ISSR和14对SSR多态性引物.对F1代进行基因型和连锁分析,初步构建了包含13个连锁群、80个(72个ISSR和8个SSRl位点的首张北柴胡遗传图谱.该图谱覆盖长度2 633.9 cM,平均图距33.4 cM,13个连锁群包含2～31个标记不等,连锁群遗传距离15.4～1 295.7 cM.该图谱为北柴胡性状基因定位、图位克隆以及分子标记辅助选择育种等研究奠定了基础.
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基于ITS2序列鉴别道地药材岷县当归及其混伪品
目的 利用核糖体rRNA基因内转录间隔区(ITS2)序列,对甘肃道地药材岷县当归(岷归)及其混伪品和近缘属药材进行鉴定分析.方法 对供试材料ITS2序列进行PCR并双向测序,所得序列经Codon Code Aligner校对拼接后,利用MEGA 6.0对序列进行分析比对,计算种内、种间遗传距离,利用邻接法(NJ)构建系统聚类树,并应用ITS2数据库网站预测其ITS2二级结构.结果 经PCR扩增测序,15份甘肃栽培当归与标准样品岷归1号序列比对无差异,序列长度230 bp,GC含量为55.46％,37份当归混伪品与近缘属药材ITS2序列长度为228～233 bp,GC含量为51.53％～65.65％.岷归与混伪品、近缘属药材共53条序列中共检测到变异位点220个,保守位点10个,信息位点213个.根据K2P遗传距离计算,岷县当归种内遗传距离明显小于种间遗传距离,基于ITS2序列构建的NJ树和网站预测的ITS2二级结构,均能将岷归与其混伪品和近缘属药材区分.结论 ITS2序列可作为当归鉴定的DNA条形码,为当归市场的健康可持续发展提供有效的技术手段.
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厚朴转录组SSR标记的开发及功能分析
目的 分析厚朴转录组中的SSR位点,并设计引物初步验证,对含SSR的序列进行功能分析,为厚朴分子辅助标记育种和资源保护提供了有利工具.方法 将通过厚朴高通量转录组测序获得的Unigene序列进行SSR位点挖掘,利用Primer.03进行引物设计,随机挑选45对引物进行PCR,并利用Blast软件对含有SSR的Unigene进行功能分析.结果 在16 369条厚朴转录组序列中共获得8 635个SSR位点,出现频率为52.75％.SSR序列中单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,重复比例高为10次,主导重复基元类型为A/T (47.16％)、AG/CT (31.74％)、AAG/CTT (6.53％).45对引物中22对(48.89％)可以扩增出预期大小的条带.含SSR的Unigene与能量和氧化还原等代谢过程,以及RNA转运、剪接体和植物激素信号转导等通路有关.结论 厚朴高通量转录组序列的SSR位点具有类型丰富、特异性强和潜能高等特点,同时SSR序列的功能分析将为厚朴基因挖掘和分子标记辅助育种提供有利的工具.
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绞股蓝的遗传多样性和群体结构研究
目的 研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun的遗传多样性和群体遗传结构,为绞股蓝植物资源的保护和合理利用提供理论依据.方法 利用6对SSR引物对绞股蓝28个自然居群426份个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析.结果 绞股蓝遗传多样性水平较低:平均多态性位点比率(PPL)为58.33％,Nei's遗传多样性指数(He)平均为0.18,Shannon指数(I)在0.02～0.50.AMOVA揭示遗传变异主要存在于居群间(居群间变异78.86％,居群内变异21.14％),居群遗传分化(FsT=0.673)明显,基因流水平(Nm=0.142)较低.聚类分析表明不同倍性的居群间遗传关系较为明显.结论 绞股蓝自然居群遗传多样性较低,群体遗传结构清晰;建议对绞股蓝遗传多样性水平较高的居群进行原地保护,同时对一些包含特有基因型的居群进行原地和迁地重点保护.
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DNA标记技术在螨类系统学研究中的应用
长期以来,螨类主要依靠其形态特征进行系统学研究.DNA标记是指能反映生物个体或物种间基因组中某种差异特征的DNA片段.近年来,DNA标记技术在螨类系统学研究中得到越来越广泛的应用.本文综述了随机扩增多态性RAPD、限制性内切酶片段长度多态性RFLP、微卫星SSR、核酸序列扩增、扩增片段长度多态性AFLP和直接扩增片段长度多态性DALP等6种DNA标记技术在螨类系统学研究中的应用现状及前景.
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运用FISH技术将SSR标志定位于染色体上的研究
目的:运用FISH将SSR标记定位于染色体上,并确定其具体属于哪条染色体.方法:从全基因组测序数据库中挑选SSR标记,再将该序列到Fosmid库中进行序列比对,得到末端序列与SSR序列相同的Fosmid,再利用该Fosmid制作荧光原位杂交的探针,将该探针运用FISH技术杂交到染色体上,同时结合Tpy1,Tpy3序列识别其具体位于哪条染色体上.结果:在荧光显微镜下可以直接观察到探针在染色体上的结合位点,利用相关拍摄软件就可以对其进行拍照.本实验得到了较好的FISH杂交图片,并结合Tpy1,Tpy3成功的将其定于黄瓜五号染色体上.结论:FISH技术可以让人直接观察到探针在染色体上的位置,运用此方法能将可用于进行分子遗传图谱整合的SSR标记准确定位于染色体上.本研究中,在Tpy1,Tpy3探针的帮助下,我们更直接确认了该标记位于黄瓜的第五号染色体上.这使该标记对黄瓜分子辅助育种与黄瓜分子遗传图谱的整合,可以提供直接而有用的帮助.
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贵州野生与栽培天麻种质资源的SSR分析
目的 对贵州省野生和栽培共24个天麻基因组DNA的遗传多态性进行分析,构建其SSR指纹图谱.方法 采用改良的CTAB法提取天麻基因组DNA,采用NTSYSpc软件进行UPGMA聚类分析和遗传相似度分析.结果 改良的CTAB法能够获得纯度和浓度较高的天麻基因组DNA,PCR扩增获得较清晰的SSR指纹图谱,UPGMA聚类可明显区分野生与栽培天麻.结论 SSR指纹图谱的UPGMA聚类分析表明野生天麻和栽培天麻遗传相似度较接近,栽培天麻产生较大变异.
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产后抑郁情绪及其交感神经皮肤反应研究
产后抑郁是指产褥期发生的抑郁.有报告认为,抑郁情绪与自主神经功能有关,交感神经皮肤反应(SSR)是一种与汗腺活动有关,并反映交感神经节后纤维的表皮电位,临床上用于检测相关疾病所致的植物神经功能失常,是一种较为客观的电生理指标.本研究对50例初产后妇女和48例已婚未生育健康妇女,分别进行了SSR测定和抑郁量表评定,以探讨产后妇女的抑郁情绪及自主神经状况.
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云南鼠尾草SSR位点信息分析和引物初筛
目的 初步从滇丹参转录组文库中筛选出EST序列简单重复序列(SSR)位点,为进一步筛选出多态性丰富的SSR引物奠定基础.方法 使用Micro SAtellite (MISA)软件分析滇丹参高通量转录组SSR的分布频率和重复基元的类型特征,利用软件Primer3设计引物,实现SSR引物初次筛选,再使用PCR扩增技术对滇丹参SSR引物进行二次筛选.结果 40对引物共有25对出现特异性扩增片段,其中20对扩增产物与预期产物相符度较高.结论 利用初步筛选出可用的SSR分子标记,为下一步筛选出多态性丰富的SSR引物奠定基础.转录组SSR分子标记开发将有助于滇丹参遗传多样性的研究.
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颈部磁刺激诱发面部交感神经皮肤反应的检测结果分析
交感神经皮肤反应(sympathetic skin response,SSR)是人体接受刺激后出现的皮肤反射性电位,它来源于交感神经传出纤维释放的冲动,诱发汗腺的同步活动,是检测自主神经病变的电生理方法之一.SSR常用的记录部位在手与足部,可反映肢体的交感神经功能,但不能反映面部的交感神经功能变化.我们通过颈部磁刺激诱发面部SSR,以探讨检测面部交感神经功能的方法.现报道如下.
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遗传标记的研究进展
系统介绍了遗传标记从形态学标记到分子遗传标记的发展过程,着重介绍了DNA分子标记RFLP、RAPD、AFLP、SSR、SNP;SSCP;DDF;CAPS等及其研究进展与应用.
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半夏转录组中的SSR位点信息分析
目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础.方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索.结果:从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24％,分布密度为1/4.33 kb.二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15％和41.50％.AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54％和11.84％.87.14％的基序长度集中在12～ 20bp.结论:半夏转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、密度大、多态性潜能较高,在半夏遗传多样性研究、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面具有很大的应用潜力.
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秦岭地区华中五味子SSR遗传多样性分析
目的:分析秦岭地区野生华中五味子的遗传多样性.方法:应用SSR分子标记进行遗传多样性分析.结果:9对SSR引物共检测到61条条带,每对引物扩增出5～11条,平均每对引物可扩增出6.8条,多态性比率为86.88％.遗传分化系数(Gst)为0.3524,表明秦岭地区华中五味子遗传变异主要存在于居群内,基因流(Nm)为1.1850,说明居群间存在一定基因流.通过遗传多样性参数比较,洋县居群遗传多样性高.聚类分析可划分为2大类,第Ⅰ类包括平利县、山阳县和宁强县居群;第Ⅱ类包括太白县和洋县居群.结论:秦岭地区华中五味子遗传多样性丰富,应优先选择陕西汉中市、宝鸡市和商洛市地区华中五味子居群实行就地保护与扩繁,以保证野生华中五味子可持续发展和利用.
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海拔对贵州雷公山地区南方红豆杉种群遗传多样性的影响
目的:应用SSR标记研究海拔对贵州雷公山地区南方红豆杉遗传多样性的影响.方法:经梯度PCR扩增从红豆杉、白云杉、日本柳杉SSR引物中筛选获得了条带清晰的21对SSR引物用于群体研究.结果:21对引物共扩增出42条条带,其中多态性条带35条,多态性条带百分率为83.3％;物种水平上Nei's基因多样性为0.2587,Shannon指数为0.4719,多态位点百分率为85.71％,基因流为1.1453.聚类分析显示在阈值为0.71时,不同海拔南方红豆杉种群之间出现遗传分化.结论:海拔高度与南方红豆杉种群的遗传分化呈负相关.
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利用SSR分子标记分析我国红花主要栽培品种遗传多样性
目的:基于红花基因组的数据,利用SSR分子标记分析我国红花主要栽培品种的遗传多样性.方法:采用SSR-PCR扩增我国7个省的34份红花栽培品种,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR产物,NTSYS-pc2.1软件对电泳结果进行多态性分析并构建遗传树状图.结果:筛选出16对引物,共扩增出43个位点,其中具34个多态性位点;聚类分析结果显示,34个红花种质资源相似系数在0.680～0.976之间,可分为4个类群.结论:根据结果推测,红花种内存在一定的遗传变异,红花品种混杂与当前种子流通及栽培习惯有一定关系.
