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膜荚黄芪的转录组测序质量评估及其SSR位点信息分析的研究
该实验采用Roche 454 GS FLX测序仪获得黄芪的转录组数据,使用454 Sequencing System Software分析软件进行转录组从头拼接;利用MISA工具筛选了黄芪转录组测序获得的9 893条unigenes,对其SSR位点信息进行了分析.结果表明,进行测序所得的reads的平均长度为413 bp,约86％的reads参与了拼接,拼接的N50长度为1 205 bp,所测得的unigene数量基本涵盖了全部转录组信息;黄芪转录组搜索到1 729个SSR位点,SSR的发生频率为9.24％,SSR在黄芪整个转录组中出现的频率为13.42％,SSR的平均距离为7.97 kb.一共发现核心重复序列127种,占优势的是二核苷酸型中的TG/AC型,出现的频率占总SSR位点的4.25％.黄芪转录组的测序结果揭示了黄芪转录组的整体表达特征,并得到大量黄芪转录组unigene序列,并且黄芪转录组SSR位点出现频率高,类型多样,多态性潜能高.
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穿心莲转录组SSR位点信息分析
为了探讨穿心莲转录组中SSR位点信息及其所在基因的生物学功能,并为开发穿心莲分子标记奠定基础,该研究以穿心莲转录组测序获得的43 683条Unigene为对象,采用MicroSAtellite (MISA)软件分析其中的SSR位点信息,并利用Primer3.0软件对符合鉴定要求的SSR基元设计引物和进行初步验证,同时用Blast软件对含SSR的Unigene进行功能分析.结果显示,在穿心莲转录组中共搜索到14 135个SSR位点,分布于9 973条Unigene中,SSR位点出现频率为32.36％.二核苷酸和三核苷酸是SSR序列中主要的重复类型,共占SSR总数的75.54％.SSR所包含的重复基元中,AT/AT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元类型.通过设计、筛选,共获得4 740对具有潜在多态性的SSR引物组合,随机挑选的20对引物中有10对可以扩增出与预期大小吻合的条带.通过基因功能注释发现,含SSR的Unigene主要与穿心莲的基础代谢功能相关.以上结果表明,穿心莲转录组中SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,同时SSR序列的功能分析也为穿心莲功能基因的定位研究和分子标记辅助育种提供了有利参考.
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半夏转录组中的SSR位点信息分析
目的:分析半夏转录组中的SSR位点信息,并设计SSR引物,为开发新的分子标记奠定基础.方法:利用EST-trimmer和cross-match对转录组测序获得的unigene进行过滤,除去冗杂序列;利用MISA对无冗余unigene进行SSR搜索.结果:从搜索序列中发现14 468个SSR,分布于12 000条unigene中,出现频率为16.24％,分布密度为1/4.33 kb.二核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占SSR总数的51.15％和41.50％.AG/CT和CCG/CGG分别是二核苷酸和三核苷酸的优势重复基元,分别占41.54％和11.84％.87.14％的基序长度集中在12～ 20bp.结论:半夏转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、密度大、多态性潜能较高,在半夏遗传多样性研究、分子标记辅助育种、遗传图谱绘制等方面具有很大的应用潜力.
