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高通量测序技术进行流产组织染色体拷贝数检测的结果分析
目的 探讨高通量测序染色体DNA拷贝数(CNVs)分析技术在流产病因查找中的应用价值.方法 收集2015年11月至2017年11月在甘肃妇幼保健院就诊的266例自然流产患者的流产组织、稽留流产组织、绒毛组织,进行染色体核型分析与CNV检测.结果 266例样本中,核型分析共检测出异常79例,其中,单体17例、三体61例、双重三体1例;CNV分析共检测出155例异常,其中致病性CNVs改变119例,包括非整倍体112例(其中单体26例、三体83例、双重三体3例)、致病性缺失或者重复7例.结论 高通量测序技术可以更全面地发现染色体异常改变,查明流产的遗传学病因,为再次妊娠提供临床建议和遗传咨询.
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高通量基因测序技术在自然流产遗传学分析中的应用
目的 初步探讨高通量测序技术在自然流产绒毛遗传学分析准确性和异常核型检出率中的作用. 方法 采用高通量测序和生物信息分析技术,选取常规染色体核型分析结果为46,XY的自然流产绒毛样本进行检测,比较两种检测结果的一致性及差异. 结果 (1)常规染色体核型分析技术:14例样本染色体核型分析结果均为46,XY.(2)高通量测序技术:14例样本染色体核型均为46,XY,有拷贝数变异(CNV)改变的占43％(6/14),能检测到250 kb～16.5 M染色体片段的改变.(3)通过两种检测方法的比较,发现高通量测序技术检测时间短,对染色体结构异常有更高的检出率. 结论 高通量测序技术更敏感、高效,具有更高的染色体异常检出率.可作为常规染色体核型分析的补充检测手段.
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60例精神发育迟滞/生长发育迟缓患儿的遗传学分析
目的:探讨精神发育迟滞/生长发育迟缓(MR/DD)患儿与染色体异常及基因组拷贝数变异(CNVs)的关系.方法:对60例MR/DD进行染色体G-显带核型分析和染色体微阵列分析(CMA).结果:60例MR/DD患儿中,检出11例(18.3％)患儿存在染色体异常,均为常染色体异常,其中常染色体数目异常5例,结构异常6例.染色体核型正常的49例患儿经CMA分析后,发现4例患儿存在CNVs,1例CNVs涉及13q33.1-34区域微缺失,考虑为13q微缺失综合征;1例CNVs涉及1p36.33-36.31微缺失,考虑为1p36微缺失综合征;1例CNVs涉及5q35.1-35.31微缺失,考虑为Sotos综合征;1例CNVs涉及5q14.3区域重复,临床意义不明.结论:染色体异常和基因组CNVs是导致MR/DD发生的主要遗传学病因,染色体核型分析和CMA技术在MR/DD的病因诊断中具有重要意义.
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先天性心脏病遗传病因的研究进展
先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)是常见的出生缺陷,严重危害群体健康.遗传因素与CHD发病关系,历来受到国内外学者的瞩目.理解遗传因素在CHD发生、发展及转归过程中的作用意义重大.影响CHD的遗传因素包括染色体数目及结构异常、各种各样的点突变、基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)、DNA拼接位点突变、RNA突变及表观遗传学修饰等.本文仅对染色体畸变、单基因突变、拷贝数变异及新生突变与CHD的关系简要综述如下.
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阳虚质者基因组拷贝数变异小样本研究
目的通过检测全基因组拷贝数变异(CNV)探究阳虚质的遗传机制。方法按照《中医体质分类与判定》标准纳入阳虚质与平和质受试者各30例,提取外周血白细胞DNA,采用SNP6.0基因分型芯片进行全基因组关联分析,采用 PennyCNV 软件分析单个样本 CNVs,逐个常染色体鉴定阳虚质特异的拷贝数变异区域(CNVR),通过人类基因组浏览器检索CNVR的相关基因及其注释。结果平和质组平均CNV数为12.63±3.39,小值为8,大值为20；去掉2个异常值后,阳虚质组平均CNV数为15.04±8.95,小值为2,大值为38。从28个阳虚质样本中共鉴定出26个CNVR,其中有19个增加型CNVR、6个删除型CNVR、1个混合型CNVR。大多数CNVR仅被少数阳虚质受试者共享,仅7个CNVR被不少于5个阳虚质受试者共享。阳虚质特异的CNVR所包含的代表基因功能涉及细胞内外信号转导、代谢调节、免疫反应等。结论阳虚质者基因组存在一些特异的 CNVs,这些 CNVs 可能通过影响细胞内外信号转导、物质代谢(能量代谢)、免疫反应等相关基因的表达而导致阳虚质“表型”。
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SNP芯片检测MDS临床应用进展
细胞遗传学异常对骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndrome,MDS)相关性血液病的预后、治疗有着独立的指导价值,受到临床的广泛关注.同时,细胞遗传学分析也是阐明MDS分子发病机理的重要一环.传统的染色体核型分析中[中期细胞遗传核型分析(MC)和原位免疫荧光杂交(FISH)技术]虽能对MDS患者染色体异常进行一定程度的检测,但由于其检测分辨率低、依赖于中期分裂细胞或只能进行特定位点检测,降低了检出的阳性率;比较基因组杂交芯片(aCGH)虽然弥补了传统技术的不足,但只能对全基因组染色体的拷贝数变异(CNV)进行检测.单核苷酸多态性芯片(SNP-A)则可对MDS患者的拷贝数变异(CNV)和单亲二倍体(UPD)进行全基因组高通量检测,这些SNP-A检出的隐匿性变异对MDS发病机制的阐明和临床预后分层有独立的指导意义.基于SNP-A的检测原理和特点,本文从SNP-A检测MDS的特点、隐匿性变异与MDS致病基因的关联、与MDS临床表型的关联、对MDS临床预后的指导和分层以及SNP-A临床检测的自身对照几个方面,系统阐述现阶段SNP-A在MDS相关血液病检测中的临床应用进展.
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儿童急性髓系白血病基因拷贝数变异的临床研究
目的:研究儿童急性髓系白血病(AML)中基因拷贝数变异的发生率及其与临床特征及预后的相关性.方法:回顾性分析130例AML患儿临床资料,包括临床特征、FAB分型及细胞遗传学改变等.收集130例AML患儿和38例健康志愿儿童的骨髓或外周血,常规提取基因组DNA.应用多重连接探针扩增法(MLPA)检测多个基因拷贝数变异的情况.利用SPSS16.0软件进行统计学分析.结果:在130例患儿中,超过10％的拷贝数变异涉及的染色体区段为2p24.3 (MYCN)、10q23 (PTEN)和13q14(RB1,MIR15A,DLEU);在49例(37.7％)患者中检测到基因探针的扩增和缺失,涉及改变的基因探针个数的中位数为4个.TP53探针发生缺失/扩增的患儿复发率高.各探针发生缺失/扩增对EFS、DFS及OS均无影响.12％的患儿存在基因组异常,用常规染色体核型的方法不能检出.结论:MLPA技术可作为染色体核型检测的补充.TP53拷贝数异常的儿童AML患者易发生复发.
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胎儿超声微小异常的产前遗传学分析
目的 探讨胎儿微小异常的产前超声表现及遗传咨询要点.方法 对2014年至2017年在北京协和医院经超声检查发现微小异常、核型分析正常但染色体微阵列分析显示拷贝数变异的胎儿17例,综合产前超声表现、遗传学检查结果、病理检查结果或出生后表现进行回顾分析.结果 超声检查显示不同种类和数目的微小异常,10例为单发异常,其余7例为多发异常.17例主要超声表现:测值小于孕周(7例)、脉络丛囊肿(2例)、心室强回声(1例)、肠管增宽或回声增强(4例)、肾盂增宽(2例)、侧脑室增宽(2例)、单脐动脉(2例)、永存右脐静脉(2例)、永存左上腔静脉(1例)、鼻骨缺失(4例)、手异常(3例)、足异常(1例)、羊水量异常(2例)及脐带异常(1例).17例胎儿均进行了遗传学检查,核型分析及快速荧光原位杂交检测正常,通过染色体微阵列分析(CMA)检出不同片段大小的拷贝数变异,7例(41.18％)为致病性拷贝数变异,10例(58.82％)为意义不明的拷贝数变异(VOUS).参考胎儿父母CMA诊断结果对10例VOUS进行了解释和区分,4例为偏致病性(VOUS-LP),3例为偏良性(VOUS-LB),3例意义不明确(VOUS-unknown).经产前咨询后9例孕妇选择继续妊娠,胎儿出生后1例显示并趾及喂养困难,其余8例均生长发育正常;8例孕妇选择终止妊娠,其中2例引产胎儿行病理检查.结论 产前超声筛查未发现重大结构异常、但发现胎儿微小异常时应积极进行随诊,并行遗传学检查.与传统核型分析比较,CMA更有助于早期检出少见遗传学异常,为产前诊断和预后评估提供重要参考信息.
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拷贝数变异——人类基因组变异研究的新热点
拷贝数变异(copy number variation,CNV)是当前国际研究的热点,它是一种大小介于1 kb到3 Mb之间的DNA片段的缺失、重复、倒位和易位,在人群和基因组中都分布广泛,被认为是个体间基因差异的重要来源.本文从CNV在人类基因组中的存在、形成机制、对疾病和表型的影响、检测和分析以及前景等方面综述了CNV的研究进展.
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肝细胞癌患者术后复发相关的6号染色体短臂拷贝数变异及靶基因
目的 探讨染色体6p拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)术后肝内复发的相关性,探讨相关靶基因.方法 采用微阵列比较基因组杂交和表达芯片分别检测CNAs和基因表达.6pCNAs与66例HCC复发的相关性采用生存分析.117例HCC的差异表达基因分析采用Mann-WhitneyU检验.结果 在66例HCC中,46例(69.7％)呈现6p CNAs.在8个高频(发生率＞20％)CNAs中,6p21.1增益是复发(HR =2.3,95％ CI=1.1 ～5.1,P＜0.05),特别是近期复发(≤1年;HR =3.3,95％ CI=1.4～8.2,P＜0.05)的独立预后因素.片段内BYSL、RPL7L1等9个基因表达水平在6p21.1增益组高于无增益组(均P＜0.05).BYSL高表达与肿瘤直径大于6 cm、血管侵犯和高肿瘤分期有关(均P ＜0.05);RPL7L1高表达与血管侵犯和高肿瘤分期有关(均P＜0.05).结论 6p21.1增益是HCC术后肝内复发特别是近期复发的独立预后因素,BYSL和RPL7L1可能是靶基因.
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染色体8p拷贝数变异与肝细胞癌术后总生存的关系及靶基因筛选
目的 探讨染色体8p拷贝数变异(CNA)与肝细胞癌(HCC)术后生存的关系,筛选生存相关CNA内的潜在靶基因.方法 纳入HCC手术患者187例,其中66例有完整术后生存随访资料.分别采用Agilent 244K微阵列比较基因组杂交和Affymetrix U133 Plus2.0基因芯片方法检测8p CNA和基因表达差异.结果 8p12丢失(31/66,47％)是HCC术后生存的独立预后因素.8p12丢失患者的死亡风险为无丢失患者的4.1倍(95％CI=1.8～9.4,P＜0.05).8p12片段内基因丢失与mRNA表达的联合分析显示,基因丢失HCC组TMEM66、DCTN6和MAK16 3个基因的mRNA表达水平显著低于基因无丢失HCC组(均P＜0.05)和癌旁肝组(均P＜0.05).结论 染色体8p12丢失是HCC患者术后生存不良的独立预后因素.TMEM66、DCTN6和MAK16基因拷贝数依赖性表达下调可能参与了HCC不良预后的演进过程.
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肝癌患者术后肝外转移相关DNA拷贝数变异分子标志初探
目的 探讨肝细胞癌(HCC)患者术后肝外转移相关DNA拷贝数变异(CNA)的分子标志.方法 采用微阵列比较基因组杂交技术检测66例HCC患者的全基因组CNAs.通过Cox生存模型分析CNAs与HCC术后肝外转移的相关性.结果 单因素分析显示,6p21.32增益、15q11.2增益、20q12-13.13增益、4q12丢失和4q28.1-35.2丢失等5个CNAs与肝外转移风险显著相关(均P＜0.05).多元逐步Cox回归分析显示,6p21.32增益(HR=3.65,95％ CI=1.38～9.62)、4q28.1-35.2丢失(HR=0.24,95％ CI=0.09 ～0.65)以及高血压病史和TNM分期是肝外转移风险的独立影响因素.6p21.32增益、6p21.32无增益/4q28.1-35.2丢失以及6p21.32无增益/4q28.1-35.2无丢失3组HCC患者的无转移生存期差异有统计学意义(P＜0.05).结论 6p21.32增益和4q28.1-35.2丢失是HCC患者术后肝外转移的独立预后因素,可用于肝外转移的风险预判.
关键词： 肝细胞癌 肝外转移 微阵列比较基因组杂交 拷贝数变异 -
应用染色体微阵列技术检测1q43-q44缺失综合征
目的 探讨1q43-q44缺失综合征的临床表型及致病基因.方法 对基因组拷贝数变异(copy number variation,CNV)进行分析.结果 患者染色体1q43-q44区域存在约3.1Mb大小的缺失,涉及AKT3、ZBTB18及HNRNPU等基因,且与1q43-q44缺失综合征表型高度相关.结论 1q43-q44缺失综合征存在不完全外显及表现度差异,应结合超声检查、羊水染色体核型及CMA检测进一步产前诊断.
关键词： 染色体微阵列 1q43-q44缺失综合征 拷贝数变异 -
胎儿右位主动脉弓相关异常、遗传物质异常及预后
目的 分析胎儿右位主动脉弓产前超声的相关异常、遗传物质改变及其预后.方法 回顾性分析2013～2016年在本院产前超声诊断的右位主动脉弓并采用AffymetrixCytoScan HD行染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)病例.结果 研究期间产前超声共诊断右位主动脉弓病例92例,6例失访,26例未行染色体微阵列分析.常合并的产前超声异常是法洛四联症.60例染色体核型已知病例中,1例46,X,Yqh+,der(13)t(8;13)(q22.3;q33.2),1例47,XYY,余58例染色体核型正常.本研究中,临床意义未明拷贝数变异和致病性拷贝数变异在胎儿右位主动脉弓的检出率分别是5.2％和5.2％.所有的致病性拷贝数变异均是22q11.2微缺失.右位主动脉弓合并异常组和单纯性右位主动脉弓组其合并染色体异常、分娩孕周和出生后存活率差异均无统计学意义.1例合并左锁骨下动脉迷走因出现呼吸系统症状需行手术治疗.结论 胎儿右位主动脉弓合并22q11.2微缺失风险约是5％,产前超声检测发现右位主动脉弓,建议CMA检测排除染色体异常.
关键词： 右位主动脉弓 22q11.2微缺失 染色体微阵列分析 拷贝数变异 超声 -
拷贝数变异与基因诊断
基因诊断依赖于有效的遗传标记,但多数遗传病的发病机制尚不清楚,也缺乏有效的分子标记,本文介绍了拷贝数变异有可能成为寻找遗传病致病基因的新途径,为基因诊断和产前诊断提供有力的支持.
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基因芯片技术在产前诊断中的应用
产前诊断是预防出生缺陷的有效手段.几十年来,对产前筛查高风险人群进行产前样本的染色体核型分析,从而检测胎儿的染色体异常是主要的产前诊断手段.近年来发展的高分辨率的基因芯片技术逐渐被应用于产前诊断并显示了更高的诊断能力.基因芯片的固有设计原理使得该技术在产前基因组变异检测中存在着优势和不足,检出的大量基因组结构变异数据也带来临床意义解读与遗传咨询等挑战.本文概述了基因芯片技术对于产前染色体结构变异检测的优缺点,并着重探讨了基因芯片在产前诊断实际应用过程中的关键问题.
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高通量测序在遗传病临床基因检测中的效果评价
基于国内外迅猛发展的高通量测序技术(第二代测序技术)应用以及精准医学的需求,从技术和成本角度分析高通量测序技术用于同时检测单核苷酸变异(SNV)和拷贝数变异(CNV)的临床应用价值.
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阵列基因组杂交技术在产前诊断中运用的加拿大指南
目的 为产科保健的医护人员总结关于阵列基因组杂交技术在产前诊断中应用的新文献进展,并概括加拿大学院遗传学家关于将这项技术应用于产前的建议.证据 以DNA QF-PCR、荧光定量聚合酶链反应、胎儿染色体异常、产前诊断、阵列基因组杂交、胎儿结构异常和拷贝数变异等做为关键词,在PubMed和Medline两个数据库搜索2004～2010年间的英文文献.搜索结果限制在系统文献、随机对照试验/临床对照试验和观察性研究文章的范围内.搜索结果在研究过程中定期更新并将文献纳入到2011年9月的指南中.价值 本文档的证据质量均按照加拿大专责小组在预防保健报告中的标准来规范(表1).
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乳腺浸润性导管癌17号染色体拷贝数变异与临床病理特征相关性分析
目的 乳腺癌是影响妇女健康的主要癌症之一,且发病率呈现明显上升趋势.DNA拷贝数变化(copy number variation,CNV) 能够影响基因表达,从而引起肿瘤发生,研究CNV对探索肿瘤的发病机制有很大帮助.本研究探讨乳腺癌17号染色体拷贝数变异和临床病理特征关系.方法 应用荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH) 法检测2010-01-01-2011-01-01新疆医科大学附属肿瘤医院乳腺润性导管癌标本283例,观察17号染色体拷贝数情况及人表皮生长因子受体2(human epidermal growth factor receptor 2,HER2) 基因扩增情况,并用免疫组织化学法检测HER2受体蛋白的表达水平.结果 283例乳腺癌中17号染色体拷贝数多倍体为43例(15.19%),双倍体为226例(79.86%),单倍体为 14例(4.95%),乳腺癌17号染色体多倍体HER2基因阳性率为53.49%(23/43).283例乳腺癌中HER2基因表达阳性为84例,阳性率为29.68%(84/283);17号染色体拷贝数不同在HER2基因是否扩增方面差异有统计学意义,χ2=9.564,P=0.007;乳腺癌17号染色体拷贝数变异在p53基因表达(χ2=8.181,P=0.017)、病理组织学分级(χ2=11.203,P=0.019)方面差异有统计学意义,与年龄、肿瘤大小和淋巴结转移等指标差异无统计学意义.17号染色体拷贝数不同组中预后存在差异,差异有统计学意义,χ2=241.363,P=0.001.结论 17号染色体拷贝数变异和乳腺癌病理特征及预后相关,检测乳腺癌中17号染色体拷贝数变异可作为指导临床治疗和判断预后的参考指标.
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精神疾病遗传动物模型的现状与展望
精神障碍是一类高度遗传的多基因复杂性疾病,其中精神分裂症、孤独症以及双向障碍等疾病的遗传率可达80％,抑郁症以及神经性厌食等具有中等程度的遗传率,约为40％ ～ 60％[1].大多数精神疾病的产生系多个致病基因变异所致,通常人们认为,很多常见变异(common variants)对诱发疾病只产生一些微小的效果,这些单个基因本身并不足以导致疾病的发生,但是,当这些基因的效果共同叠加在一起时,就会超过机体所能承受的阈值而导致发病.到目前为止,研究者已经在发现和筛查这些常见基因变异方面取得了重要的研究成果.除此之外,研究者在一些精神疾病中还发现了所谓罕见的、具有中等危险性的变异基因,例如,精神分裂症在几个染色体上的拷贝数变异(CNVs)等.然而,据推测,这些常见变异以及具有中等危险程度的CNVs在精神分裂症中只能解释不到10％的遗传性[1],对其他遗传效果如罕见点变异(rare point mutations)、罕见拷贝数变异,特别是非线性的遗传效果,如基因与基因之间的相互作用、表观遗传因素以及基因与环境的相互作用的影响等研究,目前还处于刚刚起步的阶段.
