首页 > 文献资料
-
利用全外显子组测序技术发现Noonan综合征BRAF基因新生突变
目的:利用全外显子测序技术,对Noonan综合征(NS)患儿及父母进行测序,筛选致病基因突变,探讨基因型与临床表型的关系.方法:提取NS患儿及其父母外周血基因组DNA,使用Agilent SureSelect Human All Exome V6试剂盒进行全基因组外显子捕获,利用Illumina Hiseq X Ten测序仪进行双端高通量测序.通过生物信息学分析,利用dbSNP数据库、千人基因组、ExAC数据库分析变异频率,确定突变位点,用Sanger测序法进行验证.结果:患儿,女性,4岁1个月,生长发育落后、特殊面容.超声心动图示肺动脉瓣狭窄、卵圆孑未闭,临床未给予明确诊断.通过全外显子测序,在患儿BRAF基因中找到一个杂合错义突变c.770A＞G(p.Q257R),其父母此位点为正常基因型,该突变为患儿新发突变.结合临床表型和基因检测结果,该患儿终被诊断为NS.结论:本研究明确了NS和突变位点的关系,强调了全外显子测序用于非典型病例明确诊断和准确遗传咨询的实用性.
-
中国常染色体显性遗传颞叶外侧癫痫一家系的临床特征和全外显子测序分析
目的 对一个常染色体显性遗传颞叶外侧癫痫(ADLTE)家系进行遗传学研究,探索引起该家系发病的遗传学基础,并对其进行基因型-临床表型分析.方法 对该家系进行详细的病史询问、临床信息收集和家系调查,采集所有患病成员和尽可能多的健康成员的外周血,对其基因组DNA进行全外显子测序分析,通过数据分析筛选到可能的致病变异后使用生物信息学软件对变异进行功能预测,聚合酶链反应(PCR)结合DNA测序进一步验证.检索国内外与之相关的研究,结合文献进行基因突变型-临床表型分析.结果 该家系中共分离出1个致病性富亮氨酸胶质瘤失活蛋白1(LGI1)基因移码突变p.T134fs,所引起的临床表型和既往文献报道的特征有所不同.结论 首次在中国ADLTE患者中发现了LGI1基因致病性突变,证明LGI1基因也是中国裔ADLTE的遗传学病因.
-
儿童垂体柄阻断综合征的临床及基因研究
目的 探讨儿童垂体柄阻断综合征的临床表现及基因突变类型.方法 选取2016年1月至2018年3月首都儿科研究所附属儿童医院内分泌科收治的垂体柄阻断综合征患儿16例,回顾性分析患儿的临床表现,并采用全外显子测序技术进行基因学检测,根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南对其致病性进行分析.结果 共纳入16例垂体柄阻断综合征患儿,诊断年龄为1.7～16.2岁,男11例,女5例;4例有臀位产病史,11例以“身高增长缓慢”就诊,4例以“反复无热抽搐”为主要表现.16例患儿均为生长激素缺乏,其中15例有中枢性甲状腺功能减退,11例继发性肾上腺皮质功能不全.2例发现致病性突变,其中1例为4.9岁男孩,为ROB01基因c.1690C＞T (p.Pro564Ser)杂合突变,1例为12.3岁女孩,为HS6ST1基因c.608C＞T (p.Thr203Met)杂合突变,均符合ACMG致病性突变,生物学预测有害.结论 垂体柄阻断综合征临床上以患儿身高增长缓慢为常见,多表现为联合垂体功能减退,全外显子测序有利于发现致病性突变.
-
应用全外显子测序对有汗性外胚叶发育不良家系致病基因突变筛查
目的 筛查外胚叶发育不良(HED)家系的致病基因.方法 收集HED家系的临床资料及DNA标本,通过全外显子测序及Sanger测序,筛查HED家系的致病基因.结果 家系中患儿为完全表型,具有典型HED三联症表现,其母亲及舅舅为非完全表型.患儿行全外显子测序发现其GBJ 2基因发生突变,而既往报道的H ED致病基因GBJ6的四个位点(G11R、V37E、D50N、A88V)均无突变;GJA1基因的V41L位点,以及GJB2的R127H、F191L位点未发现突变.Sanger测序进一步确认,GBJ2在患儿、母亲、外婆中发生突变,突变位点均为rs80338943,又名235delC,而舅舅未发现突变.结论 该结果提示GJB6并不是HED必需的或者唯一致病基因.而GJB2基因235delC位点的突变与HED的关系有待进一步确认.本研究为探明HED疾病的相关基因及分子机制提供新的线索.
关键词： 有汗性外胚叶发育不良 全外显子测序 Sanger测序 GBJ2 GBJ6 -
原发性开角型青光眼致病基因研究进展及研究策略
青光眼是一种以视神经损伤和相应视功能损害为特征的视神经疾病,具有渐进性、不可逆性和遗传异质性的特点,是位居第二的致盲性疾病,其中原发性开角型青光眼则为常见.此文对青光眼经典的遗传学研究策略及主要的研究进展进行简要的概述；对采取全外显子组测序(whole-exome sequencing)鉴定致病基因的策略、面临的挑战及采取的对策进行系统的阐述.
-
高通量全外显子测序诊断2A 型肢带型肌营养不良1例
目的：对1例患有肌营养不良的中国籍汉族男孩进行临床分子诊断。方法运用高通量测序技术对1例已排除杜氏/贝氏进行性肌营养不良（DMD/BMD）的患儿进行外周血有核细胞基因全外显子组测序（WES），并使用Sanger测序对WES发现的基因相关突变进行验证。结果WES发现钙蛋白酶3基因（CAPN3）存在复合杂合突变，其中3号外显子区域发现1个杂合的无义突变c.439C>T，p.Arg147*，而13号外显子存在1个杂合的错义突变c.1621C>T，p. Arg541Trp。结论借助高通量DNA测序技术，该患者终被诊断为2A型肢带型肌营养不良（LGMD）。
-
2例神经退行性变伴脑铁沉积症5型患儿临床及遗传学分析
目的 探讨神经退行性变伴脑铁沉积症5型(NBIA5)患儿的临床及遗传学特征.方法 分析2例NBIA5患儿临床表现及影像学结果,并用全外显子检测技术对患儿及家系进行WDR45基因测序.结果 患儿分别为10个月男性和3岁10个月女性,均有全面性发育迟缓.1例有疑似癫痫发作史,MRI提示脑实质进行性萎缩;另1例有癫痫病史,MRI提示双侧苍白球T2WI及T2Flair上信号稍高.基因测序显示均存在WDR45基因突变,1例为未见报道的第6外显子c.276-c 277 insC移码突变,另1例为已有报道的第3外显子c.19C＞T提前终止;2例患儿父母均为WDR45野生型.结论 WDR45全外显子基因测序结合病史及MRI可诊断NBIA5.
-
CXCR4基因突变致WHIM综合征3例报告并文献复习
目的 探讨CXCR4基因突变导致WHIM综合征的临床特征及基因变异特点.方法 回顾性分析3例CXCR4基因突变致WHIM综合征患儿的临床资料和全外显子组测序(WES)结果 ,并行系统检索和文献复习,收集诊断明确的WHIM综合征患者,总结临床特征和基因突变信息.结果3例WHIM综合征患儿均为男性,确诊年龄分别为11岁、13月和5岁.3例均有反复感染,均无皮肤疣表现,1例发生糖尿病.3例患儿多次查血常规示淋巴细胞及中性粒细胞减少,但无周期性特征;3例患儿免疫球蛋白均减低.2例行骨髓穿刺检查,其中1例有典型无效生成性慢性粒细胞缺乏样表现.2例患儿经集落刺激因子治疗后,WBC可升至正常,但易反复.WES结果显示,3例患儿均为CXCR4基因第2外显子C端杂合突变,在该基因第2外显子剪切位点发生碱基替换突变(1000C>T),造成氨基酸R334X改变.共检索到46篇WHIM综合征文献(45篇英文,1篇中文),共报告WHIM患者74例(包括本文3例).74例患者中,男32例,女42例,成人36例,儿童38例.出现皮肤疣的起病中位年龄为6.5岁;65例(87.8％)患者表现为反复感染;60例(81.1％)报告基因检测结果,共检测到9个突变,均为CXCR4基因突变.结论 WHIM综合征为罕见的常染色体显性遗传病,可表现为粒细胞减少、低丙种球蛋白血症、疣状物、反复感染(尤其对人乳头状瘤病毒易感)及无效生成性慢性粒细胞缺乏.小年龄患儿可无皮肤疣,临床发现上述表现应考虑该病,并行基因检测以明确诊断.
-
AHDC1基因突变致Xia-Gibbs综合征1例报告并文献复习
目的 探讨AHDC1基因突变致Xia-Gibbs综合征的临床特征及基因变异特点.方法 回顾性分析1例AHDC1基因突变致Xia-Gibbs综合征患儿的临床资料和全外显子组测序(WES)结果,并行系统检索和文献复习,收集基因诊断明确的Xia-Gibbs综合征患者,总结临床表现和基因突变信息.结果 男,15月龄,因"发育落后"就诊.就诊时不会说话,不会爬;耳位低,左眼内斜视;双侧肌张力降低.心脏超声示卵圆孔未闭,肾脏B超示双侧肾盂积水;颅脑MRI示脑白质减少,胼胝体薄;脑电图示双侧高幅δ波及θ波,两前部明显.WES发现AHDC1基因新发剪切突变c.750753delCCTC,导致蛋白编码提前终止(p.T252Afs?7).文献复习共检索到6篇英文文献,与本文病例合并后共报告15例AHDC1突变患儿,均有发育落后、面部畸形、肌张力低下、上呼吸道梗阻和睡眠障碍,共济失调、癫(癎)、孤独症、喂养障碍和视力障碍等也较常见,颅脑影像学胼胝体发育不良常见;已报道13个突变位点,剪切突变常见.结论 AHDC1基因突变致Xia-Gibbs综合征的主要特点为发育落后、面部畸形、肌张力低下和睡眠障碍等,卵圆孔未闭和肾盂积水的表型是否与AHDC1基因突变相关,有待进一步证实.
关键词： Xia-Gibbs综合征 AHDC1 全外显子测序 儿童 -
脐血干细胞移植治疗白介素10受体A基因突变导致的极早发型炎症性肠病1例病例报告并文献复习
目的 通过IL-10RA基因突变导致的炎症性肠病(IBD)病例,进一步深化认识极早发型IBD (VEO-IBD)的特点.方法 报告l例VEO-IBD临床诊断(症状、体征和肠镜),全外显子组测序(WES)明确病因,脐血干细胞移植精准治疗的过程.结果 患儿,女,44d,足月,生后8d始腹泻呈进行性加重(多至每天10～20次),持续间断发热,重度营养不良.患儿姐姐1月龄反复发热、腹泻和鹅口疮,5月龄时疑尿道瘘不治死亡.入复旦大学附属儿科医院4d外阴皮肤红肿,渐形成肛瘘,体重2.6 kg.肠镜示直肠黏膜增生性病变,乙状结肠、降结肠可见纵行溃疡和鹅卵石样增生.予抗感染、沙利度胺6 mg·d-1和美沙拉秦150 mg·d-1控制肠道炎症反应,肠道内外营养支持等对症治疗.行WES明确为IL-10RA基因缺陷,获得同性别无关供者HLA基因位点8/10的脐血行干细胞移植.移植后12周嵌合体率95.7％,Sanger测序及蛋白功能验证IL-10RA基因突变点被修复,IL-10信号通路轴功能恢复正常.患儿大便逐渐成型,体重5.2 kg,结肠镜显示肠黏膜愈合,仅见少量增生和疤痕,移植后10个月大便钙卫蛋白72 μg·g-1.结论 脐血干细胞移植作为治疗IL-I0RA基因突变导致的VEO-IBD方法,值得积累更多的病例.
-
1株RB1+/+的中国汉族人视网膜母细胞瘤细胞系的建立与基因组特征研究
目的·建立1株新的中国汉族人视网膜母细胞瘤细胞系,并研究其基本特征.方法·在无菌环境中,从1例视网膜母细胞瘤患者瘤体标本中分离原代肿瘤细胞,进行培养、纯化与传代.通过细胞免疫荧光、免疫组织化学染色、DNA短片段重复序列(short tandem repeat,STR)检测、核型分析和全外显子测序等方法,观察并鉴定该细胞系和肿瘤组织形态学特征、遗传学特征及表面标志物.结果·将该细胞系命名为SNPH-Rb-C24,其主要特征为神经起源的肿瘤细胞,表达神经细胞黏附分子1和突触素;STR分型与原肿瘤组织个体来源一致;染色体核型发生复杂改变,但未发现13号染色体长臂改变;与原肿瘤组织皆表现为RB1+/+特征,且基因突变谱相似;具有体内成瘤能力.结论·成功建立1株起源于RB1+/++中国汉族人视网膜母细胞瘤细胞系SNPH-Rb-C24,该细胞系保留了原肿瘤组织的生物学和遗传学特征.
-
全外显子组测序发现一家族性扩张型心肌病致病基因
目的 对一扩张型心肌病(dilated cardiomyopathy,DCM)家系行全基因组外显子测序以寻找该家系的致病基因.方法 收集在复旦大学附属中山医院就诊的一位DCM患者及其家系成员的临床资料,采集相关家系成员外周血并抽提DNA,对该家系5名成员行全基因组外显子测序,寻找致病基因,用Sanger测序对家系其他成员进行验证.结果 通过对家系患者与正常人测序结果比对分析,同时经过多个生物数据库数据过滤,发现LMNA基因6号外显子上存在的杂合突变c.961 C＞T (p.Arg321Ter)为该家系的可能致病基因突变.LMNA c.961 C＞T无义突变导致LMNA编码蛋白质过程提前终止,相应蛋白质功能异常,进而导致该家系中此突变基因的携带者出现心功能异常.结论 本研究应用全基因组外显子测序从一DCM家系中发现其致病基因及突变位点:LMNA c.961 C＞T (p.Arg321Ter),突变导致该家系相关成员心功能异常.此位点在汉族人群中尚属首次报道.
-
全外显子测序技术在脑胶质瘤精准诊疗中的作用及进展:3例报道
胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)是成人常见的原发性恶性脑肿瘤,中位生存期只有15个月左右[1].目前的标准治疗方法是大程度手术切除,术后替莫唑胺(temozolomide,TMZ)同步放化疗以及TMZ辅助化疗.组织病理学诊断的GBM可进一步根据基因、分子特征等分组,不同分组的GBM患者预后迥异,可能对治疗的敏感性不同.例如,IDH1/2突变的胶质瘤患者生存期明显优于野生型患者[2];MGMT启动子甲基化患者经过TMZ治疗后获益更大[3].尽管已有分子标志物被纳入常规GBM的诊疗流程中,但是这些分子检测仅仅针对常见基因(如IDH1/2、MGMT、TERT、1p/19q等),形成的分子亚组过于局限,不能完全符合个体化精准医学的标准,同时可能忽视肿瘤基因异质性[4].
-
常染色体显性遗传性听神经病家系全外显子组测序分析
目的:在多年围绕1个常染色体显性遗传性非综合征型听神经病家系开展系统分子遗传学研究的基础上,进一步探讨该家系耳聋的致病机制,以期发现新的听神经病致病基因和突变位点.方法:对3例耳聋患者和1例配偶进行全外显子组测序,初步筛选出与家系耳聋相关的候选致病基因.采用PCR-Sanger测序法,检测上述候选基因变异是否与家系表型共分离.后,以50例与研究家系无关的听力正常人为对照,检测候选致病突变在正常群体中的突变频率和SNPs遗传多态性.结果:全外显子测序分析得到41个候选致病基因突变;用PCR-Sanger测序法对核心家系的9名成员和2名家系外听力正常人进行验证,仅发现1个基因突变(ALOX15B 7942797 C＞T)与家系耳聋表型共分离.选取50例家系外正常对照的DNA样本对ALOX15B基因进行PCR扩增和序列分析,结果显示有2例听力正常人也检测到该基因的同一变异,提示该变异为SNPs遗传多态性.结论:对核心家系成员的全外显子组测序分析和Sanger测序法验证未发现有意义的突变位点,排除了该家系耳聋由基因编码区突变及Indels致病的可能性.
-
卵母细胞成熟障碍研究进展
卵母细胞成熟经历恢复减数分裂、生殖泡消失、排出极体等一系列复杂的生理变化与分子调节等过程,方能获得受精并发育成新个体的潜能.当卵母细胞因各种原因导致上述成熟过程发生异常时,卵母细胞无法成熟,无法完成受精过程,从而导致不孕.随着二代测序技术的广泛应用,围绕人卵发育成熟障碍的遗传病因学研究取得突破,先后发现多个与卵母细胞成熟障碍相关的致病基因,其研究方法与思路有助于推动人卵母细胞成熟障碍的遗传与分子机制研究的进一步深入.
-
1例误诊为强直性肌营养不良的脊髓小脑共济失调3型患者的基因诊断
目的 探讨基因诊断在临床误诊为强直性肌营养不良的3型遗传性脊髓小脑共济失调家系中的价值.方法 收集家系成员外周血,提取基因组DNA,全基因组外显子测序筛查致病基因.PCR扩增患者遗传性脊髓小脑共济失调3型致病基因片段,电泳和测序鉴定异常电泳条带.结果 基因诊断确诊该患者为遗传性脊髓小脑共济失调3型,并非强直性肌营养不良.该患者致病基因为杂合子,CAG重复次数分别为21次和71次.结论 外显子组测序技术在孟德尔遗传病中寻找致病基因发挥了重要作用以及基因诊断对不典型脊髓小脑共济失调有很好的确诊价值,对于临床出现相类似的症状的患者或与其他疾病症状相叠加的脊髓小脑共济失调的患者,均应进行基因诊断,以免出现漏诊和误诊.
关键词： 全外显子测序 脊髓小脑共济失调3型 强直性肌营养不良 基因诊断 -
全外显子测序对先天缺牙伴肿瘤家系致病基因初探
目的:研究先天缺牙和肿瘤发生之间可能存在的内在联系,为寻找早期诊断肿瘤疾病的风险指标提供参考.方法:采集先天缺牙伴肿瘤易感家系的临床资料,绘制遗传图谱分析家系遗传特征;提取家系成员静脉外周血的DNA进行全外显子测序,将符合标准的测序序列和人类基因组序列第37版参考基因组(GRCh37)进行比对,筛查、统计和注释样本中的变异信息,过滤出与疾病相关的突变位点或基因.结果:家系成员的先天缺牙为典型常染色体显性遗传,伴有明显的肿瘤易感性;先证者及其母亲在基因DSPP、AXIN-2、ZNF609上有大量相同的突变位点.结论:先天缺牙和肿瘤的发生存在内在联系;先天缺牙有望在未来肿瘤研究中成为一个极具潜力的风险指标.
-
2例肢带型肌营养不良患者的临床、病理学、基因学研究
对2例肢带型肌营养不良(limb-girdle muscular dystrophy,LGMD)患者的临床特点进行分析,并进行相应的肌肉病理学检查,后通过全外显子测序确定患者的致病基因.病例l进行了肌肉活检,结果支持Dysferlin病;并在其DYSF基因第50号外显子区域发现了c.5639G＞A(p.G1880D),c.5246G＞C(p.R1749P)2个杂合突变,进一步的验证发现2个突变分别来自于患者的母亲和父亲.在病例2的CAPN3基因上发现了2009C＞A(p.A670E)纯合突变,进一步验证发现病例2的父母均携带该杂合突变.病例l诊断为LGMD2B,而病例2诊断为LGMD2A.对于LGMD患者,综合临床、病理学方法以及基因学方法能对疾病做出较为明确的诊断.
-
全外显子测序技术进行多囊卵巢综合征基因分析
目的:在多囊卵巢综合征(PCOS)中建立高通量测序基因分析方法,寻找多囊卵巢综合征疾病风险位点.方法:选取2015年3月至2016年2月在深圳市人民医院第二人民医院内分泌科和妇科门诊就诊的17例PCOS患者运用高通量测序技术,对2例PCOS并发肥胖的患者进行全外显子组测序(WES),参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)构建评估标准并开发生物信息学软件对位点功能,危害程度等进行评估寻找风险位点,使用Sanger测序对WES发现的候选突变位点在15例PCOS患者样品中进行验证.结果:自主开发软件在2例患者中分别获得15个和21个候选位点,位于HGMA2基因上的新发突变(12q14.3,66235771,deletion T)在2例患者中均被发现.rs74809436(C＞T)和2p16.3,49217890(C＞T)则注释到与PCOS相关的FSHR基因上.其中位于2p16.3,49217890 (C＞T)为新发突变,根据ACMG评估标准的自动化程序给出了PM2评判.结论:本研究通过高通量测序技术以及生物信息学方法,在PCOS中建立完整的风险基因评估的方法,为后续研究奠定基础,并为该病的病因解释寻找新的途径.
-
肺癌突变谱与免疫疗效的相关性
1 文献来源Rizvi NA, Hellmann MD, Snyder A, et al.Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer[J].Science,2015,348(6230) : 124-128.2 证据水平2b.3 背景·免疫抑制剂能激发自身T细胞反应杀伤癌细胞、增加抗肿瘤治疗疗效,但其基因水平的分子机制尚不明确.·不同肿瘤类型的突变负荷变异较大.
关键词： 非小细胞肺癌 全外显子测序 突变负荷 PD-1 pembrolizumab
