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潜伏性结核菌感染者血浆长链非编码RNA表达谱差异分析
目的：探讨长链非编码RNA （ lncRNA ）在潜伏性结核菌感染中差异性表达。方法选择2015年1至6月在珠海市慢性病防治中心诊断的潜伏性结核菌感染患者血浆33例（病例组），纳入标准为年龄范围18～40岁，确诊的涂阳肺结核病例密切接触者；胸部影像学检查正常；皮肤结核菌素试验强阳性；6个月后随访未患活动性肺结核。对照组选自同一机构体检科健康人群血浆33名，纳入标准为年龄范围18～40岁，排除肺结核或其他肺部疾病，皮肤结核菌素试验阴性。病例组和对照组各3例用于lncRNA芯片实验，30例用于RT－PCR验证实验。 Trizol法抽提总RNA后，利用lncRNA芯片技术进行高通量检测，建立潜伏性结核菌感染者的lncRNA基因表达谱。筛选6个差异表达明显的lncRNA，利用实时定量PCR技术，在30例扩大化样本中进行验证，获得高灵敏度、高特异性的生物标志物。利用基因功能分析、基因通路分析初步分析差异基因的表达功能。数据的正态性检验采用Kolmogorov－Smirov（K－S），正态分布资料两个样本均数比较采用t检验，多个样本均数比较采用单因素方差分析，两样本率的比较用χ2检验。结果潜伏性结核感染的特异性差异表达lncRNA共1485个，占所检测lncRNA 总数的4．9％，其中上调819个，下调666个。 ENST00000566054（ t＝10．92，P＜0．001）、TCONS＿00016510（t＝2．98，P＝0．004）在潜伏性结核菌感染者血浆中表达水平显著上调，NR＿034120表达水平显著下调（ t＝－16．63， P＜0．001）。基因功能分析中，上调表达的mRNA中，有382个基因富集于生物学进程、60个基因富集于细胞组件、43个基因富集于分子功能；下调表达的mRNA中，有276个基因富集于生物学进程、55个基因富集于细胞组件、55个基因富集于分子功能；基因通路分析上调的mRNA主要富集于7条生物学途径，下调的mRNA主要富集于7条生物学途径。结论 lncRNA在潜伏性结核菌感染血浆中异常表达，提示lncRNAs参与潜伏性结核菌感染的分子调节过程。（中华检验医学杂志，2016，39：857－863）
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结直肠癌患者血清PCAT-1的表达及其意义
目的 分析血清前列腺癌相关非编码RNA转录物1(PCAT-1)在结直肠癌(CRC)中的辅助诊断价值.方法 收集2015年10月至2017年1月在南通大学附属医院手术治疗并经病理确诊的CRC患者73例,结直肠息肉患者54例,健康对照者62名.运用实时荧光定量PCR的方法分别检测CRC患者、结直肠息肉患者、健康对照者血清PCAT-1的表达水平.分析CRC患者血清PCAT-1的相对表达水平与临床病理特征的关系.受试者工作特征曲线(ROC曲线)评估PCAT-1、癌胚抗原(CEA)及糖类抗原199(CA199)单独和联合检测对CRC的诊断价值.结果 CRC患者、结直肠息肉患者和健康对照者血清PCAT-1的相对表达量分别为2.1900(0.8525,6.7150)、0.5865(0.3318,1.6970)、0.5300(0.1275,0.9575).CRC患者血清PCAT-1的表达水平与患者年龄(U=593,P=0.7533)、性别(U=536,P=0.3908)、肿瘤大小(U=549,P=0.5572)、肿瘤部位(U=584,P=0.4267)无关,而与肿瘤分化程度(U=30,P=0.0384)和肿瘤分期(U=399,P=0.0050)相关.ROC曲线分析血清PCAT-1、CEA及CA199对CRC的诊断效能.CRC患者区别于健康对照者,PCAT-1、CEA和CA199的ROC曲线下面积(AUC)分别为0.836、0.756、0.493.三项指标联合检测敏感度为93.2％(68/73),高于单一指标.CRC患者区别于结直肠息肉患者,ROC曲线下面积分别为0.739、0.673、0.515.三项指标联合检测敏感度为95.9％(70/73),高于单一指标.结论 PCAT-1对CRC具有辅助诊断价值.PCAT-1、CEA和CA199联合检测显著提升CRC的诊断效能.
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原发性胆汁性肝硬化患者lncRNA表达谱芯片分析及功能研究
目的 分析原发性胆汁性肝硬化(PBC)患者外周血单个核细胞(PBMC)中长链非编码RNA(lncRNA)表达谱,为PBC的发病机制、临床诊断和治疗提供新的方向.方法 收集PBC及健康对照组外周抗凝血各30份,分离PBMC,从中各选取4份进行lncRNA表达谱芯片测定,并用逆转录PCR(RT-PCR)验证芯片结果.对芯片结果进行生物信息学分析,如 Cis/Trans 靶基因分析、Gene ontology(GO)分析、Pathway分析和共表达网络预测,并设计小干扰RNA(siRNA)干扰lncRNA的表达,进行靶点验证.结果 相对于健康对照组,PBC患者PBMC中共发现749个异常表达的lncRNA, 230个异常表达的信使RNA(mRNA).PBC组核受体(NR4A3)基因表达水平下调78%,而在NR4A3基因下游20000 bp左右的lncRNA linc-pbc的表达上调2.56倍.转染针对linc-pbc 的siRNA后, PBMC中linc-pbc的水平下降,而NR4A3的mRNA表达水平及蛋白质水平均上调,叉头状转录因子(FOXP3)的表达也上调.结论 linc-pbc或许通过招募多梳蛋白抑制性复合物(PRC2),使NR4A3基因启动子区甲基化,下调NR4A3基因的表达水平,使其调控靶基因转录的活性降低,导致下游的靶基因FOXP3的表达下降,进而引起外周血及肝组织局部具有免疫抑制功能的调节性T细胞(Treg)细胞数量减少,打破机体免疫耐受平衡,促进PBC的发生和发展.
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血浆长链非编码RNA肺腺癌转移相关转录本1在乳腺癌中的表达及其临床意义
目的 观察乳腺癌患者血浆中长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1 (MALAT1)的表达变化,并探讨其临床意义.方法 应用实时荧光定量PCR方法评估MALAT1不同区域片段在10名健康人血浆中的表达,并检测102例术前、64例术后乳腺癌患者、47例良性乳腺肿瘤患者以及50名健康对照者血浆中内参甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)和MALAT1的表达水平.分析GAPDH的表达与健康人及患者各临床资料的关系,判断其稳定性.应用受试者工作特征曲线(ROC)分析MALAT1鉴别诊断乳腺癌的效能,并与CA153和CEA作比较.分析MALAT1的表达与患者临床病理特征之间的关系以及比较手术前后血浆中MALAT1的表达.正态分布计量资料采用t检验,多组间比较采用单因素方差分析,各组间MALAT1的相对表达量比较采用非参数秩和检验.结果 GAPDH在女性外周血中表达稳定,不受年龄和病理因素的影响(P>0.05),可以用作血浆lncRNAs检测的内源性参照.血浆MALAT1以片段形式存在,各片段表达差异有统计学意义(χ2=27.042,P<0.001).乳腺癌组术前血浆MALAT1的相对表达量5.58(2.17~12.34)高于良性组1.08 (0.61~2.58)(Z=6.209,P<0.001)及健康对照组1.63(0.98~3.51)(Z=4.871,P<0.001),而良性组与健康对照组之间,差异无统计学意义(Z=-1.675,P=0.094).Ⅰ-Ⅱ期乳腺癌患者术前血浆MALAT1较良性组异常高表达,差异有统计学意义(Z=5.593,P<0.001).术后血浆MALAT1相对表达与术前相比降低(Z=-2.248,P=0.025).ROC曲线分析结果显示MALAT1、CA153和CEA曲线下面积AUC分别为0.744、0.619和0.553;三者敏感度分别为54.1%、60.0%、70.0%;特异度分别为86.3%、66.7%、44.1%.乳腺癌患者血浆MALAT1的表达与TNM分期(Z=-1.982,P=0.047)、淋巴结转移(Z=-2.186,P=0.029)和病理分化程度(Z=-2.435,P=0.015)相关.结论 乳腺癌患者血浆中MALAT1高表达,可能是乳腺癌辅助诊断的一项潜在检测指标.
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MALAT1降低非小细胞肺癌对吉非替尼药物敏感性的研究
目的：研究人肺腺癌转移相关转录本1基因（ MALAT1）在非小细胞肺癌患者血清中的表达，通过观察转染MALAT1-小干扰RNA（ siRNA）前后表皮生长因子受体（ EGFR）野生型细胞株A549对吉非替尼敏感性的变化，探讨MALAT1与表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（ EGFR-TKI）耐药之间的关系。方法应用实时荧光定量PCR方法定量检测2015年4至9月大连医科大学附属第一医院90例非小细胞肺癌、30例肺良性肿瘤患者血清中MALAT1，并与30名健康体检者比较。检测4种非小细胞肺癌细胞株A549、H1299、95D、HCC827中MALAT1表达水平及对吉非替尼半数致死率（IC50），细胞增殖毒性检测（CCK）法检测转染MALAT1-siRNA前后A549细胞对吉非替尼IC50变化，流式细胞术检测转染后细胞凋亡水平，组间比较采用单因素方差分析。结果非小细胞肺癌患者与健康对照组相比，血清中MALAT1表达存在差异（非小细胞肺癌为1.88±2.51，健康对照为1，t＝3.347，P＜0.01）。 MALAT1在EGFR野生型细胞株中较EGFR突变型表达上调（ HCC827为1，A549为4.44±1.05，95D为3.55±0.63，H1299为1.44±0.05）。转染后A549细胞对吉非替尼的耐药性下降至原来的32.1％，流式细胞术检测转染后凋亡率增加[ NC为（9.20±1.85）％、M为（10.24±3.43）％、NC＋G为（14.57±0.41）％、M＋G为（21.48±2.47）％]。结论血清中MALAT1可以初步反映非小细胞肺癌疾病进展程度， MALAT1能够降低非小细胞肺癌对吉非替尼药物敏感性， MALAT1可在一定程度上逆转A549对吉非替尼的耐药。（中华检验医学杂志，2017，40：55-59）
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肿瘤标志物的临床应用与研究进展
恶性肿瘤严重威胁人类健康，提高恶性肿瘤的早期诊断水平，可有效降低其病死率、改善预后。肿瘤标志物的合理应用评价及高效诊断肿瘤的标志物筛选研究仍然是目前面临的重点和难点。各种技术平台特别是新一代测序技术及相关转化医学的发展与应用，肿瘤标志物研究在蛋白质、DNA和RNA水平等均取得了迅速进展。相信随着对肿瘤发生发展基础研究的不断深入，以及临床确证技术的进步，通过前瞻性多中心研究进行科学合理地评价，制定适用于我国人群不同肿瘤的肿瘤标志物诊断策略必将成为可能。（中华检验医学杂志，2014，37：641-644）
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长链非编码 RN A在原发性肝癌中的临床应用
长链非编码RNA（long noncoding RNA， lncRNA）是一类长度大于200nt、不能编码蛋白质的RNA，参与了基因调控的各个层面。近来的研究发现，多种lncRNA在肝癌组织中表达异常，可能在肝癌发生、发展中起着重要的调控作用。（中华检验医学杂志，2014，37：665-668）
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长链非编码RNAs检测在肿瘤的临床应用
近年来，随着成千上万个长链非编码RNAs（ long non-coding RNAs， lncRNAs）的发现，人类对基因组以及转录组的认识发生了巨大变化。 lncRNAs在转录、转录后修饰以及表观遗传学水平发挥重要调控作用，广泛参与各种生理和疾病过程。本文旨在归纳与各种肿瘤相关的lncRNAs，介绍目前常用的lncRNAs检测方法，评价其作为生物标志物在临床中的应用价值。（中华检验医学杂志，2015，38：424-427）
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长链非编码RNA在缺血性心脏病中的诊断和预测价值
非编码RNA(noncoding RNAs,ncRNA)在复杂有机体基因组中广泛表达,其中长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNA)几乎在基因表达的各阶段均发挥着重要调控作用,它参与缺血性心脏病的发生发展,并有望预测心梗后心肌重构和早期心衰,其在缺血性心脏病中的作用日益受到关注.在此,阐述lncRNA的定义、分类及功能特点,着重阐述其在缺血性心脏病中的诊断和预测作用.
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竞争性内源性RNA与胃癌发病机制研究进展
近研究认为长链非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogenes)、环状RNA(circRNA)等可以作为竞争性内源性RNA(ceRNA),结合微小RNA(miRNA),调控靶蛋白水平.这一新型的网络调控模式,优化了传统意义上的"由miRNA到RNA"线性作用方式,已然成为非编码RNA领域的研究热点.ceRNA网络调控异常,则会影响机体正常的生命活动,导致疾病的发生乃至肿瘤的形成.本文综述了ceRNA的主要成员及其参与胃癌发生机制的研究进展,以期为胃癌研究及临床诊断、治疗等提供新思路.
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尿路上皮癌相关基因1对磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸激酶信号通路和葡萄糖摄取的影响
目的：观察长链非编码RNA(lncRNA)尿路上皮癌相关基因1（UCA-1）对人肾上皮293T细胞的磷脂酰肌醇3激酶-丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（PI3K-Akt）信号通路及糖代谢的影响，并探索其中可能的分子机制。方法将293T细胞分为5组，即空白对照组、空质粒的阴性对照组、无义乱序RNA的阴性对照组（si-scr组）、过表达UCA-1组（UCA-1组）及沉默UCA-1组（si-UCA-1组）。通过转染UCA-1过表达质粒或UCA-1特异性小干扰RNA（siRNA）来干预293T细胞中的UCA-1水平。Western blotting法检测PI3K-Akt信号通路关键蛋白的表达变化，实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）和荧光素酶报告系统检测UCA-1对第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因（PTEN）的RNA水平和转录活性的影响，并通过2-脱氧-3H-D-葡萄糖掺入法检测细胞的葡萄糖摄取能力。两组之间比较用t检验，多组之间比较采用单因素方差分析。结果（1）与对照组比较，UCA-1组PTEN的mRNA水平明显下降（1.07±0.05比0.24±0.05，t=14.257，P<0.01），而转染UCA-1特异性siRNA细胞中PTEN的mRNA水平明显上升（si-scr组比si-UCA-1组,1.02±0.03比12.47±0.17, t=15.816, P<0.01）。（2）阴性对照组与UCA-1组比较，转染UCA-1过表达质粒PTEN的启动子转录活性降低：1.07±0.05比0.23±0.03（t=15.192, P<0.01），而转染UCA-1特异性siRNA后PTEN的启动子转录活性升高[si-scr组与si-UCA-1比较,1.02±0.03比12.53±0.43（t=14.527, P<0.01）]。(3)过表达UCA-1组细胞的葡萄糖摄取能力升高至对照组的（3.78±0.39）倍（t=6.711，P<0.05），同时转染PTEN过表达质粒可逆转这种作用（P>0.05）。结论 UCA-1可通过抑制PTEN激活293T细胞PI3K-Akt信号通路，并促进其葡萄糖摄取能力。
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Linc-ROR在高级别卵巢浆液性癌组织和细胞中的表达及其功能研究
目的：探讨基因间长链非编码RNA-重编码调控因子（Linc-ROR）在高级别卵巢浆液性癌组织和细胞中的表达，及其对高级别卵巢浆液性癌细胞生物学功能的影响。方法（1）收集2014年6月—2016年2月在青岛大学附属医院行手术治疗的34例高级别卵巢浆液性癌患者的癌组织标本，以同期19例因子宫肌瘤行子宫全切除+双侧附件切除术患者的正常输卵管伞端组织作为对照，采用逆转录（RT）-PCR技术检测其Linc-ROR mRNA的表达，并分析Linc-ROR mRNA表达与高级别卵巢浆液性癌手术病理分期、淋巴结转移的关系。（2）采用小分子干扰RNA（siRNA）靶向干扰卵巢浆液性乳头状囊腺癌细胞系SKOV3细胞中Linc-ROR mRNA的表达，实验分为4组，Linc-ROR-i组（转染Linc-ROR siRNA）、Linc-ROR-NC-i组（转染Linc-ROR siRNA的阴性对照siRNA）、Linc-ROR-p组（转染过度表达 Linc-ROR基因的重组载体pIRES2-EGFP-Linc-ROR质粒）、Linc-ROR-NC-p组（转染pIRES2-EGFP-Linc-ROR质粒的阴性对照质粒），采用RT-PCR技术检测4组SKOV3细胞中Linc-ROR mRNA的表达，活细胞计数（CCK-8）法、体外划痕实验和体外侵袭实验分别检测转染后4组SKOV3细胞的增殖情况以及细胞迁移、侵袭能力。结果（1）RT-PCR技术检测显示，高级别卵巢浆液性癌组织中Linc-ROR mRNA表达水平为4.31±0.38，明显高于正常输卵管组织中的1.03±0.21（t=25.842，P<0.01）；Linc-ROR mRNA的表达水平随着高级别卵巢浆液性癌手术病理分期的增高明显升高（F=95.702，P<0.01），且有淋巴结转移者明显高于无淋巴结转移者（t=7.397，P<0.01）。（2）RT-PCR技术检测显示，Linc-ROR-i组细胞中Linc-ROR mRNA的表达水平明显低于其阴性对照Linc-ROR-NC-i组（分别为0.30±0.11、1.02±0.10；t=15.269，P<0.01）；Linc-ROR-p组细胞中Linc-ROR mRNA的表达水平明显高于其阴性对照Linc-ROR-NC-p组（分别为8.90±0.45、1.03±0.17；t=21.934，P<0.01）。CCK-8法检测显示，细胞培养3 d后（包括培养3、4、5、6 d），Linc-ROR-i组细胞各时间点的增殖能力[以吸光度（A）值表示]均明显低于其阴性对照Linc-ROR-NC-i组，Linc-ROR-p组细胞各时间点的A值均明显高于其阴性对照Linc-ROR-NC-p组，分别比较，差异均有统计学意义（P<0.05）。体外划痕实验检测显示，培养48 h后，Linc-ROR-i组细胞的迁移率明显低于其阴性对照Linc-ROR-NC-i组[分别为（52±4）%、（67±5）%；t=5.720，P<0.01]；Linc-ROR-p组细胞的迁移率明显高于其阴性对照Linc-ROR-NC-p组[分别为（84±4）%、（66±4）%；t=7.330，P<0.01]。体外侵袭实验检测显示，培养48 h后，Linc-ROR-i组的侵袭细胞数为（74±3）个，明显低于其阴性对照Linc-ROR-NC-i组的（104±3）个（t=15.810，P<0.01）；Linc-ROR-p组的侵袭细胞数为（217±4）个，明显高于其阴性对照Linc-ROR-NC-p组的（108±5）个（t=38.060，P<0.01）。结论高表达Linc-ROR能够增强高级别卵巢浆液性癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力， Linc-ROR可能是导致高级别卵巢浆液性癌发生、发展和侵袭、转移的重要分子之一。
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氧诱导新生小鼠视网膜病长链非编码RNA表达谱
目的 采用长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)高通量测序技术检测氧诱导视网膜病(oxygen-induced retinopathy,OIR)新生小鼠和正常新生小鼠视网膜组织lncRNA的差异表达情况,为早产儿视网膜病变(retinopathy of prematurity,ROP)的发病机制研究提供依据.方法 清洁级C57BL/6J新生小鼠48只,按随机化配对设计分为OIR组和对照组,每组24只.生后第7天,将OIR组小鼠与母鼠饲养于密闭有机玻璃箱内,氧浓度(75±2)％,于生后第12天恢复在空气中饲养,继续饲养5 d.对照组小鼠一直饲养于正常空气环境中,至生后第17天.生后第17天,2组小鼠处死后摘除眼球,荧光显微镜观察视网膜血管形态与分布,光学显微镜下计数突破视网膜内界膜的血管内皮细胞核数目,同时采用实时荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对高通量测序得到的差异表达lncRNA进行验证.基于lncRNA与mRNA表达相关性以及lncRNA与mRNA基因组位置近邻关系,得到lncRNA的潜在靶基因.同时通过GO和KEGG Pathway分析对lncRNA表达谱进行初步生物信息学分析.采用t检验及Graphpad Prism对数据进行统计分析及绘图.结果 lncRNA高通量测序技术分析获得1118条与OIR相关的lncRNA(差异表达倍数≥2倍,P<0.05).采用实时荧光定量PCR验证结果表明,OIR组XLOC_150632、XLOC_150636表达明显上调,XLOC_122045、XLOC_100454、XLOC_170009、XLOC_122042表达明显下调.差异表达lncRNA的靶基因经GO分析有852个靶基因富集于生物学进程,1148个靶基因富集于细胞组件,2100个靶基因富集于分子功能;Pathway分析36个显著富集的生物学通路,主要涉及视网膜发育、血管内皮细胞趋化、迁移及能量代谢.结论 OIR小鼠视网膜组织中lncRNA存在差异表达,其中XLOC_150632、XLOC_150636潜在靶基因成纤维细胞生长因子2与磷脂酰肌醇-3激酶通路相关,可能与OIR视网膜新生血管形成相关.
关键词： 早产儿视网膜病 RNA 长链非编码 高通量核苷酸序列分析 小鼠 -
长链非编码RNA-LOC391533与重度子痫前期胎盘螺旋动脉重铸不足的研究
目的 探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)-LOC391533与重度子痫前期胎盘螺旋动脉重铸不足的相关性.方法 选择2016年1月至2016年12月在郑州大学第三附属医院住院的36例重度子痫前期孕妇为子痫前期组.按照1∶1的比例选择同期年龄相差2岁以内、孕周相差1周以内的产前检查正常的健康孕妇36例为对照组.采用扫描电子显微镜对2组孕妇胎盘组织中螺旋动脉管壁厚度及管腔面积进行测量.采用Western印迹法和酶联免疫吸附方法分别检测胎盘组织及母血血清中血管内皮细胞生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)、可溶性VEGF受体-1(soluble VEGF receptor-1,sVEGFR-1)蛋白水平.采用逆转录-聚合酶链反应法检测胎盘组织中LOC391533 mRNA的含量.采用两独立样本t检验、Mann-WhitneyU检验及Spearman相关分析进行统计学分析.结果 (1)子痫前期组孕妇的平均管腔面积小于对照组[(130.1±22.3)与(188.1±21.5) μm2,t=10.888],但平均管壁厚度较厚[(122.6±9.5)与(98.9±2.5) μm,t=-8.812](P值均＜0.05).(2)与对照组相比,子病前期组胎盘组织和血清中sVEGFR-1蛋白水平均较高[胎盘组织:0.2±0.0与0.4±0.1,血清:(15.6±2.4)与(50.8±6.1)ng/L,t值分别为-17.569和-30.699,P值均＜0.05],VEGF蛋白含量水平均较低[胎盘组织:0.6±0.1与0.2±0.0,血清:(40.8±3.2)与(28.1±3.2)ng/L,t值分别为18.013和16.200,P值均＜0.05],胎盘组织中LOC391533 mRNA水平亦较高(1.0±0.2与2.4±0.5,t=-14.799,P＜0.05).(3)子痫前期组胎盘组织中LOC391533 mRNA水平与螺旋动脉管壁厚度、胎盘组织及血清中sVEGFR-1蛋白呈正相关(r值分别为0.683、0.759及0.857,P值均＜ 0.05),与管腔面积、胎盘组织及血清中VEGF蛋白呈负相关(r值分别为-0.702、-0.806及-0.796,P值均＜0.05).结论 重度子痫前期患者胎盘及血清中VEGF及sVEGF-1的异常可能与螺旋动脉重铸不足的发生有关.
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长链非编码RNA AC023794.4-201在喉鳞状细胞癌中的表达及临床意义
喉癌是头颈部常见的恶性肿瘤之一,其中85％～95％为鳞状细胞癌(laryngeal squamous cell carcinoma, LSCC)[1].据报道早期LSCC患者的生存率远高于晚期患者[2].研究发现,长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)参与调控头颈部肿瘤细胞的增殖、分化、迁移和侵袭等,发挥抑癌基因或癌基因的功能[3～5].因此,寻找LSCC特异性lncRNA作为有效的生物标志物用于LSCC的早期诊断和预后评估具有重要意义.AC023794.4-201是我们之前研究的LSCC lncRNA芯片表达谱中表达失调的lncRNA之一[6].本研究通过RT-PCR方法检测AC023794.4-201在92对癌组织和癌旁正常组织中的表达水平,并分析其与患者各项临床病理因素之间的关系,从而探讨AC023794.4-201在LSCC中的临床意义.
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利用高通量转录组测序数据预测喉鳞状细胞癌转录组新长链非编码RNA的初步研究
目的 利用链特异性转录组测序(RNA-Seq)技术,通过生物信息学手段,筛选并鉴定喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者转录组中新的长链非编码RNA并对其进行差异表达分析,为进一步阐明喉鳞癌发病的分子机制提供基础.方法 选取10例喉鳞癌患者的肿瘤组织并提取RNA,构建链特异性转录组文库,利用高通量测序平台进行测序.滤除低质量数据后进行比对组装,对得到的转录本进行分类和注释,采用优化的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)识别流程鉴定喉鳞癌转录中新的LncRNA,并对其特征进行分析.结果 建立了一个优化的流程,从10个喉鳞癌转录组中,共发现了134条目前LncRNA数据库中未收录的新的LncRNA,并分析其长度分布、开放阅读框(open reading frame,ORF)长度、表达差异特征.结论 通过高通量测序手段从喉鳞癌转录组中预测得到新的及其差异表达的LncRNA,可能为喉鳞癌LncRNA的生物信息学分析建立一个较好的流程.
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microRNA和lncRNA在晶状体发育和白内障形成中作用的研究进展
微小RNA(miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)均属于非编码RNA.miRNA是一段由20~24个核苷酸组成的高度保守单链非编码RNA,其可以特异性结合目标mRNA的3'非翻译区,从而诱导目标mRNA降解或抑制其翻译,终影响细胞增殖、分化以及凋亡等生物功能.lncRNA是一段长度大于200 bp的单链非编码RNA,其可调节细胞分裂、生长、分化以及凋亡等重要的生物学过程.研究表明miRNA或lncRNA的异常表达可导致晶状体正常发育过程紊乱,晶状体上皮细胞凋亡,纤维细胞排列混乱,晶状体透明度降低,从而导致白内障发生.本文主要总结7种miRNA(miRNA-184、miRNA-204、let-7、miRNA-29、miRNA-16、miRNA-125b、miRNA-34a)以及两种lncRNA(类赖氨酰氧化酶1的反义RNA1、心肌梗死相关转录本)在晶状体发育和白内障形成中的作用机制,为临床寻找白内障防治的新靶点提供思路.
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长链非编码 RNA CCAT1对人乳头状甲状腺癌侵袭和迁移能力的影响
目的 检测长链非编码RNA CCAT1在人乳头状甲状腺癌中的表达,并观察下调表达CCAT1对人乳头状甲状腺癌细胞侵袭和迁移能力的影响.方法 检测人正常甲状腺细胞Nthy-ori 3-1及人乳头状甲状腺癌细胞TPC-1中CCAT1的水平,在TPC-1细胞中转染CCAT1 siRNA质粒,利用Transwell小室及划痕实验观察下调表达CCAT1对细胞侵袭和迁移能力的影响,通过Western blot检测BRAF、MUC15、RKIP蛋白的变化.结果 人乳头状甲状腺癌细胞TPC-1中CCAT1的水平明显高于人正常甲状腺细胞Nthy-ori 3-1;在TPC-1细胞中下调表达CCAT1后能够明显抑制细胞的侵袭和迁移能力;Transwell 侵袭实验和迁移实验显示下调表达CCAT1组TPC-1细胞的穿膜数与对照组比较明显减少.划痕实验中下调表达CCAT1后细胞间距较对照组明显增大,提示细胞运动能力减弱.同时下调表达CCAT1可明显降低细胞中BRAF、MUC15的表达,增高RKIP蛋白的表达.结论 人乳头状甲状腺癌中长链非编码RNA CCAT1较正常甲状腺细胞明显升高;在乳头状甲状腺癌中下调表达CCAT1可抑制细胞的侵袭、迁移运动能力,并且可能通过影响BRAF、MUC15、RKIP蛋白的表达发挥上述功能.
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电离辐射损伤相关长链非编码RNA研究进展
长链非编码RNA(lncRNAs)是一类新的功能分子,可通过影响基因转录、蛋白质翻译以及蛋白质稳定性等方式调节下游靶基因,在生长发育、免疫应答、代谢调控以及肿瘤形成等生物学事件中发挥重要作用.已有研究表明lncRNAs可以通过电离辐射诱导表达,并参与细胞对电离辐射的应答反应以及细胞损伤修复过程.通过对电离辐射相关lncRNAs的研究有助于加深对电离辐射损伤应答机制的认识和了解.笔者对lncRNAs的结构功能、调控靶基因方式以及对电离辐射相关lncRNAs的功能和作用方式进行综述.
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长链非编码RNA NBR2对乳腺癌细胞放射敏感性的影响
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)BRCA1相邻基因2(NBR2)(BRCA1为乳腺癌易感基因1)对乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞放射敏感性的影响.方法 根据处理方法的不同,分别按以下方式将乳腺癌细胞MCF-7和MDA-MB-231进行分组.(1)分为3组:空白对照组、4Gyγ射线照射组和8 Gyγ射线照射组,采用实时定量PCR检测lncRNA NBR2的表达.(2)分为4组:空白对照组、NBR2转染组、4Gyγ射线照射组以及NBR2转染±γ射线照射联合组,采用3-(4,5-二甲基噻唑-2)-2,5-二苯基四氮唑溴盐(MTT)方法来检测细胞增殖情况.(3)分为3组:空白对照组、NBR2单独转染组、NBR2±B细胞淋巴瘤2(BCL2)共转染组,对3组细胞进行不同剂量的γ射线照射,并采用MTT和克隆形成实验方法检测细胞生长情况.采用Student t-test对数据进行统计学分析,P＜0.05表示差异有统计学意义.结果 实时定量PCR结果显示,与空白对照组相比,4Gyγ射线照射和8Gyγ射线照射能够显著下调lncRNA NBR2的表达水平,差异有统计学意义(MCF-7:t=10.75、11.17,MDA-MB-231:t=1 1.22、12.31,均P＜0.01).MTT实验结果显示,与4Gyγ射线照射组相比,NBR2转染+γ射线照射联合组的乳腺癌细胞增殖率明显降低,差异有统计学意义(MCF-7:t=10.55,MDA-MB-231:t=11.97,均P＜0.01).同时,lncRNA NBR2过表达可以明显下调BCL2的mRNA及蛋白表达水平.另外,与NBR2单独转染组相比,NBR2+BCL2共转染组中NBR2对细胞增殖的影响显著降低,差异有统计学意义(MCF-7:t=10.87,MDA-MB-231:t=11.37,均P＜0.01).结论 辐照可以诱导lncRNA NBR2的表达水平降低,人为过表达NBR2能够抑制BCL2的蛋白表达水平,进而降低乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞的增殖能力,同时增强其放射敏感性.
