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霍乱弧菌基因组DNA提取方法的比较研究
目的 目前细菌DNA提取方法众多,但由于提取原理和步骤的差别,获得DNA的浓度及纯度各不相同,本文通过霍乱弧菌基因组DNA提取方法的比较研究,为不同需求提供不同的DNA提取方法建议.方法 本文采用4种不同DNA提取方法(酚-氯仿抽提法、CTAB法、试剂盒法和液氮研磨法)提取霍乱弧菌基因组DNA,并比较各种方法提取DNA的效果.结果 酚-氯仿抽提法和CTAB法提取的基因组DNA效果相对较差,但成本低;液氮研磨法提取的基因组DNA效果大大改进;试剂盒法不仅操作简便,而且提取的基因组DNA效果好.结论 4种方法均适合霍乱弧菌的聚合酶链反应(PCR)检测,试剂盒法还适用于分子分型和基因组测序分析.
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豆奶粉基因组DNA不同提取方法的比较
以三种市售不同品牌的豆奶粉为材料,利用CTAB法和SDS法提取豆奶粉基因组DNA,探索从豆奶粉中获得高质量DNA的提取方法.结果表明:CTAB法提取的三种豆奶粉DNA的OD260/OD280值在2.01～2.05,因组DNA纯度较高,符合要求.琼脂糖凝胶电泳检测结果显示利用CTAB法获得的三种豆奶粉基因组DNA的电泳条带均清晰明亮,而且比SDS法获得的电泳条带更明亮,无弥散拖尾.因此,CTAB法是提取豆奶粉基因组DNA的更好更有效的办法,是理想的提取豆奶粉基因组DNA的一种方法,为进一步开展豆奶粉食物掺假、转基因成分测定奠定基础.
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遗传性白内障家系收集及其遗传资源库的初步建立
目的:抢救性收集遗传性白内障家系资源,初步建立白内障遗传资源库.方法:利用本市出生缺陷监测网络系统,开展遗传性白内障调查以及家系成员患病状况调查,并经过专科检查、遗传学表型和系谱分析确认遗传性白内障家系.抽取患者和正常家庭成员外周血,提取DNA.结果:鉴定检查2个家系,共25人,其中遗传性白内障患者7人,系谱分析确认该病在这两个家系中的遗传方式均为常染色体显性遗传;收集到散发病例25个.外周血提取基因组DNA,质量经琼脂糖凝胶电泳确认带纹明显、清晰,效果佳.提取DNA样本储存-80℃冰箱.结论:成功地获得到2个遗传性白内障家系的详细背景资料、血样及基因组DNA,初步建立遗传性白内障遗传资源库.为全基因组扫描,寻找该病的易感基因及其初步定位奠定基础.
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应用聚合酶链反应检测日本血吸虫基因组DNA
中国是日本血吸虫病主要流行区[1],疫情形势严峻.准确评估钉螺感染和水体污染情况,对疫情防制意义重大.传统的压碎法、逸蚴法和哨鼠法灵敏性都较低[2],影响了血防工作的效率.有人尝试将PCR方法用于血吸虫病的诊断和流行监测[3-5],其中根据埃及和曼氏血吸虫中发现的串联重复序列建立的PCR方法都表现出极高的灵敏性[6-8],实用前景乐观[9].本研究的主要目的是揭示日本血吸虫中可能存在的该序列,优化PCR条件,评价其灵敏性.
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哈蟆油药材基因组DNA提取方法的比较
目的:建立一种适合于哈蟆油药材基因组DNA的提取方法,为该药材的后续分子鉴定奠定基础.方法:采用十二烷基硫酸钠(SDS)法,改良SDS法,Chelex-100法,异硫酸氰胍(GuSCN)法,试剂盒法及改良试剂盒法提取哈蟆油基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列的引物聚合酶链式反应(PCR)扩增对DNA产量及质量进行检测.结果:Chelex-100法,改良SDS法,GuSCN法及改良试剂盒法均能从哈蟆油药材中提取得到基因组DNA,SDS法和试剂盒法提取不到.其中改良SDS法得到的DNA质量良好,得率高,但操作繁琐;改良试剂盒方法得到的DNA质量较好,但得率低,成本高;Chelex-100法操作简单快速、得率高,但得到的DNA质量较差;GuSCN法提取的DNA含有较多杂质,会抑制PCR反应.结论:Chelex-100法、改良SDS法及改良试剂盒法均可得到满足PCR扩增要求的DNA,实践中可根据条件选择适宜方法来提取哈蟆油基因组DNA.
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牛瑟氏泰勒虫病PCR诊断方法的建立
为建立一种快速、敏感的牛瑟氏泰勒虫病诊断方法,本实验分离提取牛瑟氏泰勒虫全血基因组DNA,并设计一对编码牛瑟氏泰勒虫32 kDa (P32) 主要表面蛋白基因的引物,进行PCR扩增,预期扩增的片段为875 bp.并对该实验进行特异性、敏感性及临床检测实验.结果成功扩增出了长为875 bp的基因片段,且具有高特异性和很好的敏感性,表明该方法可用于牛瑟氏泰勒虫感染的临床检测.
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我国不同地区马来丝虫DNA多态性的比较分析
目的分析我国周期型马来丝虫DNA多态性. 方法收集长爪沙鼠保种的湖北谷城(H)株、四川乐山(S)株和浙江安吉(Z)株马来丝虫成虫,提取基因组DNA,采用RAPD技术分析DNA多态性. 结果得到17个DNA扩增片段,大小为50～1 000 bp.其中a、c为H、S、Z株共有条带, d、e、f、g为H、S株共有条带,b、h、i为H株特有条带.结论 RAPD分析3个地区株马来丝虫在基因结构上既有同源性,又存在差异,表明我国马来丝虫似有种内分化的趋向.
关键词： 丝虫 马来 基因组DNA 随机扩增多态性DNA(RAPD) -
用随机扩增多态DNA技术区分7种硬蜱
目的分析7种硬蜱基因组 DNA的随机扩增多态性,探讨随机扩增多态性DNA(RAPD)技术在硬蜱分类中的应用. 方法提取草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱DNA.选取3条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物(P5、P6、P7)进行 RAPD-PCR扩增反应.将扩增产物制备成DNA图谱,对这7种硬蜱的DNA多态性进行分析. 结果 7种硬蜱分别扩增出不同数量与不同分子质量的DNA片段.有些硬蜱基因组DNA扩增产物中具有相同的DNA条带,这反映出它们的基因组DNA具有同源性;同时又具有各自独特的DNA条带,且DNA条带的亮度也有差异. 结论 RAPD技术可以准确地区分这7种蜱.
关键词： 蜱 基因组DNA 分类 随机扩增多态性DNA(RAPD ) -
海南岛4种常见蜚蠊遗传多态性的初步研究
目的 探讨海南岛常见蜚蠊遗传多态性,寻找蜚蠊分类的分子标记.方法 采用随机扩增DNA多态性(RAPD)技术对美洲大蠊、澳洲大蠊、黑胸大蠊和褐斑大蠊进行随机扩增,分析DNA图谱、计算遗传距离并绘出亲缘关系聚类图.结果 筛选出4条随机引物,扩增出122个条带,其中多态性条带占71.31%.根据RAPD图谱计算出4种蜚蠊间的遗传距离,以澳洲大蠊和黑胸大蠊间遗传距离短,褐斑大蠊和美洲大蠊间距离长.根据4种蜚蠊遗传距离构建出的系统聚类图中,黑胸大蠊先与澳洲大蠊聚成一簇,再与褐斑大蠊、美洲大蠊相聚类.结论 蜚蠊基因组DNA遗传多态性丰富,RAPD技术能够反映出不同蜚蠊间的亲缘关系,并可准确进行蜚蠊分类.
关键词： 蜚蠊 遗传多态性 随机扩增DNA多态性 基因组DNA -
基因组DNA高通量提取技术及其在骨髓库捐献者样本HLA基因分型中的应用
本研究旨在建立从全血EDTA抗凝样本中高通量提取基因组DNA的有效方法,以常规应用于Luminex rS-SO HLA流式磁珠基因分型.使用2ml深孔板和TECAN DNA全自动工作站,从288份骨髓捐献者样本中提取基因组DNA;提取的DNA样本用紫外分光光度仪测定其浓度和纯度,并采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性;DNA样本用One lambda rSSO HLA-A、B和DRBI基因分型试荆盒进行PCR扩增、分子杂交和Luminex流式磁珠分析仪检测,统计分析每一DNA样本HLA-A、B和DRB1基因扩增产物经DNA探针分子杂交后的阳性磁珠和阴性磁珠的荧光信号强度.结果表明:从400μ1全血中提取了基因组DNA,288份样本的DNA产量平均为3.217±0.715μg,A260/A280值平均为1.710±0.103,A260-A320/A280-A320值平均为1.761±0.151;用琼脂糖凝胶电泳法测得DNA的分子量均大于15kb;每一样本HLA-A、-B和-DRB1杂交后的阳性磁殊的荧光信号强度均>600 RFU,而阴性磁珠的荧光信号强度<50 RFU.结论:本方法适用于从大量全血样本中快速提取基因组DNA,所得的基因组DNA适用于高通量中华骨髓捐献者样本的HLA流式磁珠基因分型等下游的移植免疫学与分子生物学实验.
关键词： 基因组DNA 基因组DNA高通量提取 中华骨髓库 HLA基因分型 -
用基因组DNA制备独特型抗淋巴瘤核酸疫苗的实验研究
本研究观察从人B细胞淋巴瘤细胞系基因组DNA及RNA分别构建的表达载体作为核酸疫苗诱导小鼠产生抗肿瘤免疫反应的情况.分别提取人B淋巴瘤细胞系Namalwa细胞的基因组DNA及RNA,将免疫球蛋白重链可变区(IgHV)基因片段克隆到pcDNA 3.0真核表达载体中作为独特型核酸疫苗,其中DNA来源的核酸疫苗用LfpofectAMINE转染COS细胞,然后用RT-PCR观察转录及剪接的情况.两种不同来源的核酸疫苗分别肌内注射免疫小鼠后,用间接免疫荧光法检测抗独特型抗体的生成.结果发现,基因组DNA来源的核酸疫苗在COS细胞中能成功地转录,转录产物大小为477 bp,其中86 bp的内含子区域被剪接;两种疫苗免疫动物后均可诱导针对Namalwa细胞特异的抗独特型抗体,并于第6周达高峰.结论提示,淋巴瘤基因组DNA和RNA来源的IgHV基因片段均可制备核酸疫苗,能诱发小鼠产生抗淋巴瘤免疫反应.
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全血基因组DNA快速提取法
目的建立一种简便、快速、有效、微量外周血基因组DNA的提取方法.方法采用NaI作细胞裂解剂裂解细胞和细胞核,用氯仿:异戊醇(24:1)直接提取基因组DNA.结果该方法提取外周血基因组DNA的纯度高,A260nm/A280nm=1.83±0.13,每毫升外周血可得DNA 33±3.52μg.结论本法简便、快速、有效,适应于批量临床标本的处理.
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AFLP法构建人参、西洋参基因组DNA指纹图谱
目的采用扩增片段长度多态性DNA(AFLP)分子遗传标志技术,分析人参、西洋参基因组DNA多态性.方法人参、西洋参干燥根基因组DNA,经EcoRI/MseI酶切并与其相应的人工接头连接后,使用选择性引物进行PCR扩增.结果经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,成功构建出多态性丰富和重复性好的人参、西洋参DNA指纹图谱.结论 AFLP法有望成为一种独立的切实可行的手段,将在人参、西洋参等药用植物的鉴定、生物进化、系统发育研究及指导道地性药材的科学栽培等方面发挥重要作用.
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利用36B4基因扩增效率评价PBMC基因组DNA的制备质量
目的 建立一种评价PBMC基因组DNA制备质量的简便有效的方法.方法 本研究采用实时定量PCR技术,对样本中的单拷贝基因36B4进行扩增,以考察扩增效率与样品质量之间的关系.结果 经DNase Ⅰ处理的基因组DNA中的36B4扩增效率显著低于未处理样品.采用该方法,对18份健康志愿者的血液标本基因组样品进行检测分析,结果显示,其可以有效地评估血液标本基因组制备质量.结论 该方法可用于评价健康体检标本采集中的流程和操作对体检的影响,提高涉及基因组DNA检测体检项目的准确性.
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三种血液基因组DNA提取方法的比较研究
目的 比较采用3种不同DNA提取方法提取豚鼠血液基因组DNA之间的差异.方法 分别用新鲜抗凝血NaI手提法、血凝块手提法和试剂盒DNA提取法提取20只豚鼠血液基因组DNA,用分光光度计测定、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增等方法对提取的DNA片段的完整性、浓度、纯度和用于PCR扩增的效果等方面进行比较研究.结果 新鲜抗凝血NaI手提法提取的DNA完整性、浓度和纯度均为高;血凝块法提取的DNA浓度和抗凝血提取的DNA浓度接近但纯度低,有一定程度的断裂和降解;试剂盒法提取的DNA浓度低,纯度和完整性处于中间,但三种方法提取的DNA都可用于PCR扩增反应.结论 3种方法都可以提取基因组DNA并且所提取的DNA均能满足后续PCR扩增实验的要求,但每种方法各有利弊,可根据具体的条件选择适宜的方法.
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芍药肌动蛋白基因组DNA的克隆及分析
目的 克隆芍药Paeonia lactiflora肌动蛋白(Actin)基因组DNA序列并解析基因结构,分析Actin基因在芍药不同组织中的表达情况.方法 根据本课题组报道的芍药Actin基因cDNA序列(JX310002)设计特异性引物,以芍药栽培品种“桃花飞雪”总DNA为模板,用KOD-Plus高保真DNA聚合酶扩增芍药Actin基因组基因,克隆PCR产物并进行测序.应用生物信息学软件预测芍药Actin基因的外显子及内含子,基于Blastn程序分析芍药Actin基因在核苷酸水平上的同源性,应用MEGA5.0软件构建分子系统进化树;设计跨越内含子的半定量RT-PCR扩增引物,分析芍药Actin基因在芍药根、茎、叶、花中的表达情况.结果 测序结果表明芍药Actin基因组DNA序列全长1 405 bp,含4个外显子和3个内含子,3个内含子中共6个剪接位点均遵循高等真核生物5'端供位GU与3'端受位AG模式;共编码377个氨基酸,GenBank登录号为KF363830.设计了一对半定量RT-PCR扩增引物,其中上游引物跨越了芍药Actin基因的第1个内含子,可有效防止由DNA污染而造成RT-PCR扩增的假阳性;半定量RT-PCR分析结果表明Actin基因在芍药根、茎、叶、花等不同组织中的表达量保持恒定.结论 首次克隆了芍药Actin基因组DNA序列并明确了其基因结构,半定量RT-PCR分析结果表明Actin基因可以作为芍药功能基因表达分析的内标基因.
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玻璃珠法提取基因组DNA
基因组DNA的分析在科研、临床以及法医界等都得到广泛的应用,以DNA样本为研究对象的PCR、Southern Blot、RFLP等技术手段被广泛采用.因此建立一种经济、快捷高质量的DNA提取方法是非常必要的.我室曾报告过全血[1]、小块组织[2]以及口腔黏膜脱落细胞[3]DNA提取方法.本文利用玻璃珠对细胞的机械破碎作用,建立一种简单、快捷从组织中制备高质量DNA的方法并与目前常用的蛋白酶K组织DNA提取方法进行了比较.
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三种全血基因组DNA提取方法的比较
目的:比较三种不同的DNA提取方法提取人全血基因组DNA对DNA提取效率、纯度以及PCR扩增的效果影响.方法:分别应用中山医科大学达安公司DNA提取液,珠海黑马医学仪器有限公司DNA提取液,胍盐酸法三种不同的方法提取人全血基因组DNA.结果:三种方法提取的DNA纯度平均分别为:1.48,1.51,1.56,各组间差异无显著性.200μL全血中所提取DNA总量平均分别为1.6μg,2.3μg,4.1μg.用0.8%琼脂糖凝胶电泳鉴定胍盐酸法制备的DNA效果较其它两种方法好,PCR扩增效果差异不明显.结论:胍盐酸法提取的DNA总量明显高于其它两种方法,提取效率高,为三种全血基因组DNA提取方法中之首选.
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一种简洁实用的昆虫基因组DNA提取方法
昆虫基因组提取是昆虫分子生物学研究的基础,但是并不是每种提取方法都能取得良好的效果,本研究对蛋白酶K法进行了改进,提高了提取效率,对于多种昆虫均能获得高质量的基因组DNA,完全满足后续的PCR扩增和分子标记等实验.
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一种有效的寄蝇基因组DNA的提取方法
目的:提出了一种有效的酒精浸泡的双翅目寄蝇科昆虫基因组DNA的提取方法,通过对实验结果的分析,表明该方法可行.
