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哈蟆油药材基因组DNA提取方法的比较
目的:建立一种适合于哈蟆油药材基因组DNA的提取方法,为该药材的后续分子鉴定奠定基础.方法:采用十二烷基硫酸钠(SDS)法,改良SDS法,Chelex-100法,异硫酸氰胍(GuSCN)法,试剂盒法及改良试剂盒法提取哈蟆油基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列的引物聚合酶链式反应(PCR)扩增对DNA产量及质量进行检测.结果:Chelex-100法,改良SDS法,GuSCN法及改良试剂盒法均能从哈蟆油药材中提取得到基因组DNA,SDS法和试剂盒法提取不到.其中改良SDS法得到的DNA质量良好,得率高,但操作繁琐;改良试剂盒方法得到的DNA质量较好,但得率低,成本高;Chelex-100法操作简单快速、得率高,但得到的DNA质量较差;GuSCN法提取的DNA含有较多杂质,会抑制PCR反应.结论:Chelex-100法、改良SDS法及改良试剂盒法均可得到满足PCR扩增要求的DNA,实践中可根据条件选择适宜方法来提取哈蟆油基因组DNA.
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碱裂解法快速提取中药炒制品DNA的研究
该文旨在探索一种适用于中药炒制品DNA快速提取的方法.以氢氧化钠,1％ PVP40和1％ TritonX-100配制成碱裂解缓冲液,Tris-HCl为中和液,经加热裂解和中和2步提取不同炒制方法制备的中药炮制品的DNA,选择2种方法对DNA进行纯化,并以纯化后DNA作为模板利用通用引物进行PCR扩增.结果表明优化碱裂解法可简单快速的提取出药材DNA,槐米炒制品DNA质量浓度为(420.61±123.91) g·L-1,且使用5％ Chelex-100树脂纯化可以提高DNA提取浓度.研究结果证明优化碱裂解法适用于中药炒制品的DNA快速提取.
关键词： 中药炒制品 DNA快速提取 碱裂解法 Chelex-100 -
MMP3基因Lys45Glu单核苷酸多态性与食管鳞癌遗传易感性的关系
目的: 探讨基质金属蛋白酶3 (matrix metalloproteinase 3, MMP3)基因外显子2中Lys45Glu(rs679620)单核苷酸多态性与食管癌遗传易感的关系.方法: Chelex-100法提取DNA模板;PCR-RFLP方法对1127例包括湖北省、河南省食管鳞癌患者与两地正常人对照及河南移民样本的该SNP进行基因分型正常对照人群.结果: 河南高发易感移民人群组与湖北正常人群对照组在GG、GA、AA 3种基因型频率上均有极显著差异(均P<0.01);河南高发区鳞癌组与湖北正常人群对照组在A/A基因型频率上有显著差异(P<0.05);湖北人群与河南人群在GG和AA基因型频率上差异极显著(43.1% vs 54.5%;14.8% vs 8.5%, 均P<0.01).结论: MMP3基因外显子2中Lys45Glu单核苷酸多态性与食管鳞癌的遗传易感性似有明显相关.
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Chelex-100法提取DNA用于差异甲基化基因座检测的研究
目的 通过对Chelex-100提取法提取的DNA用于酶切的研究,为差异甲基化在法医实际工作中的应用性研究提供一种快速提取酶切底物的方法.方法 HhaⅠ酶切基因组DNA,PCR扩增,2％琼脂糖凝胶电泳检测,254 nm紫外灯下观察.结果 Chelex-100提取法提取的杂合子样本DNA加酶组只观察到来自父源的等位基因片段,而未加酶组能够观察到来自父源和母源的等位基因片段.结论 Chelex-100提取法提取的DNA能够作为酶切底物应用于差异甲基化基因座的研究.
关键词： 差异甲基化 聚合酶链反应 Chelex-100 -
减小Chelex-100体积提取全血DNA的研究
应用Chelex- 100法提取全血DNA,由于具有快速、简便、不易污染等特点,并且其DNA纯度可以满足常规PCR需要,因此在分子生物学实验、临床科研与诊断,特别是司法实践中应用广泛.而对于司法实践中经常遇到的提取微量DNA时,按照常规Chelex-100法提取,得到的DNA模板浓度很低,很可能会出现扩增不均衡,甚至扩增失败.因此,本实验以提高提取到的模板DNA浓度为目的,对Chelex-100法进行改良,对微量DNA的提取进行探索研究.
关键词： Chelex-100 DNA提取 法医学 -
Chelex-100法提取甲醛固定石蜡包埋组织DNA的研究
福尔马林固定石蜡包埋法(formalin fixed and paraffin embedding,FFPE)是临床及医学科研保存样本的标准方法,这些样本在无法获取新鲜或冷冻组织情况下,为后续的分子生物学研究及法庭科学实践提供了丰富的DNA来源.然而,福尔马林的主要成分甲醛会导致组织中蛋白和DNA的交联导致DNA链脆性增加,偏酸性的固定环境及酚/氯仿法繁杂的操作程序也可导致DNA链断裂[1].
关键词： Chelex-100 福尔马林固定石蜡包埋组织 DNA提取 -
用Chelex-100快速提取微量血痕中的DNA
目的观察用Chelex-100从微量血痕中提取DNA的效果.方法 40份血痕纱布,取血痕3 mm×3mm置于1.5 mL离心管中,采用5%Chelex-100加煮沸法,提取血痕纱布中的DNA.提取液经过紫外分光光法测定,测其A260/280的比值,计算提取液DNA的纯度和浓度;DNA提取液经微型琼脂糖凝胶电泳,检测其DNA电泳带.结果 Chelex-100能快速在1 h之内提取微量血痕中的DNA,其提取液DNA纯度:27 5%样品纯度A260/280比值大于1.6,72.5%样品纯度比值在1.08～1.54之间;提取液DNA浓度:80%样品小于100μg/mL,20%样品在100～166 μg/mL之间.微型琼脂糖凝胶电泳未观察到DNA条带.结论用Chelex-100法有助于快速提取微量血痕中的DNA.
关键词： 微量血痕 DNA Chelex-100 -
一种简易疟原虫PCR模板制备方法
目的:寻找一种高效、简便、快速疟原虫PCR模板制备方法.方法:收集2010年-2011年自非洲、东南亚等疟疾流行区回国人员中疟疾现症患者(显微镜检查阳性),采滤纸血,用蒸馏水直接溶血法和Chelex-100法分别制备疟原虫PCR模板,采用巢式PCR技术检测疟原虫ss RNA基因,并对两法结果进行比较.结果:分别用蒸馏水直接溶血法和Chelex-100法制备疟原虫PCR模板32个,其中恶性疟原虫26个,间日疟原虫6个,直接溶血法巢式PCR检测全部出现特异性扩增带,而Chelex-100法均未出现扩增带.结论:蒸馏水直接溶血法是一种较为理想制备疟原虫PCR模板的方法.
关键词： 疟原虫 PCR模板 直接溶血法 Chelex-100 -
Chelex-100法和碱性裂解法提取细菌DNA的比较
目的:通过对两种DNA提取方法的比较,寻找一种灵敏、快速、经济实用的提取方法.方法:采用Chelex-10{3法和碱性裂解法分别提取不同浓度大肠杆菌ATCC25922和金黄色葡萄球菌ATCC25923的DNA,利用通用引物扩增16SrDNA片段检测两种方法的灵敏度.结果:碱性裂解法提取的不同浓度的两种细菌DNA,经PCR扩增均未显出目的条带;chelex-100法提取不同浓度的两种细菌DNA均扩增出目的条带,PCR检测大肠埃希菌和金黄色葡萄球菌的灵敏度均为1.2×101cfu/ml,电泳结果提示相同浓度的大肠杆菌被提取到的DNA含量比金黄色葡萄球菌的含量高.结论:Chelex-100法操作简便,可用于细菌DNA的快速提取.
关键词： Chelex-100 PCR 16SrDNA 碱性裂解法 -
Chelex-100法快速提取石蜡组织中EB病毒基因组DNA
目的:以鼻咽癌石蜡组织为材料,用Chelex-100法提取鼻咽癌组织中EB病毒基因组DNA,并以此为模板扩增出EBNA-3C片段,以建立快速提取石蜡组织中EB病毒基因组DNA的方法.方法:应用原位杂交方法检测30例鼻咽癌石蜡切片组织中EB病毒编码的小RNA(EBER)的情况,应用Chelex-100法快速提取鼻咽癌组织中EB病毒基因组DNA,并以此为模板用PCR扩增出EBNA-3C片段.结果:(1)30例鼻咽癌石蜡组织中原位杂交检测EBER全为阳性.(2)用Chelex-100法从30例鼻咽癌石蜡组织中提取了EB病毒基因组DNA并成功扩增出EBNA-3C片段.结论:Chelex-100法是快速提取鼻咽癌石蜡组织中EB病毒基因组DNA的高效方法.
关键词： 鼻咽肿瘤 石蜡组织 EB病毒 Chelex-100 -
高温处置后人体组织DNA提取研究
目的:研究高温后人体组织DNA的提取方法对DNA-STR分型的影响.方法:用不同浓度TritonX-100处理高温后的人体组织样本,采用Chelex-100提取DNA的方法,经DNA-STR复合扩增,用ABI-3130序列分析仪电泳分离并运用Gene mapper ID V3.2基因分析软件对基因进行分型.结果:用1％ TritonX-100+Chelex-100处理样本后提取DNA,再经QIA quick PCR纯化后可检出全部基因座且基因座能较平衡地扩增.结论:该方法简便易行,实验效果好,是法科学领域中一种值得推荐的方法,尤其适合检案.
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Chelex-100法从颊粘膜拭子提取DNA 进行基因型分析的研究
目的:探讨采用Chelex-100法从颊粘膜拭子提取DNA这一方法的有效性和可靠性.方法:用棉签刮取130例个体口腔颊粘膜脱落细胞,采用Chelex-100法从颊粘膜拭子中提取DNA,采用SSP-PCR及PCR-PFLP法对其进行检测,观察结果的有效性和可靠性.结果:所有样本中都获得成功.电泳结果显示,PCR扩增及酶切的靶带清晰,无非特异性杂带,扩增结果重复性好.结论:采用Chelex-100法从颊粘膜拭子提取DNA,方法稳定可靠,可以用于基因型检测.
关键词： 颊粘膜拭子 Chelex-100 DNA 基因型 -
改良Chelex-100快速提取白色念珠菌DNA作为PCR扩增模板方法
目的:旨在找到一种快速简便提取白色念珠菌DNA的方法.方法:用改良Chelex-100法和离心柱型酵母基因组DNA提取试剂盒分别提取白色念珠菌DNA,对提取结果进行了紫外分光光度比较及聚合酶链式反应的比较鉴定,且对两种方法提取的DNA保存1月、2月、4月后,经聚合酶链式反应比较稳定性有无差异.结果:用改良Chelex-100法提取的白色念珠菌基因组DNA纯度低于离心柱型酵母基因组DNA提取试剂盒法,差异有统计学意义(P=0.000),而两种方法提取DNA的浓度差异无统计学意义(P=0.241).经聚合酶链式反应鉴定,两种方法均可得到明亮、清晰的特异性扩增条带,且DNA经过1月、2月、4月保存后聚合酶链式反应无差异.结论:改良Chelex-100可满足白色念珠菌PCR特异性扩增的需要,具有灵敏、快速、简便、经济的优点,适合白色念珠菌的普查性检出.
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应用DNA工作站进行批量血斑STR分型的研究
目的 建立对大批量血斑样品PCR-STR基因分型检测的自动化新方法.方法 应用自动化DNA工作站改良优化Chelex-100法和DNA IQ磁珠法的实验条件,建立两种批量血斑的自动化DNA提取方法;筛选确定PCR-STR反应体系的构建和PCR-STR产物测序电泳分析前处理程序.结果 1104份血斑样品经Chelex-100法批量提取、Profiler Plus试剂盒扩增均一次检出9个STR基因座,定量PCR测定模板浓度均值为0.43ng/ml,荧光检测信号在200～800RFU之间;对其中114份血斑样品用DNA IQ磁珠法批量提取、同试剂盒扩增均一次检出9个STR基因座,定量PCR测定模板浓度均值为0.7ng/ml,荧光检测信号在1000～2000 RFU之间;对其中50份血斑进行自动和手动Chelex-100检验法比较,成功率分别为100%和98%,且前者等位基因峰高信号更均衡.结论 本文建立的自动化DNA工作站批量检测方法,在成功率、稳定性、均一性等方面具有优势.
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自动化工作站与Chelex-100法对血样本检验效果比较
目的 比较自动化工作站与Chelex-100法对不同浓度血液样本的检验效果.方法 取新鲜血液,按倍量稀释法制成2～1 024倍10种不同浓度的血样本,分别采用自动化工作站和Chelex-100法提取模板DNA,应用IdentifilerPlus试剂盒进行扩增及毛细管电泳检测,并对电泳结果进行比较.结果 稀释2～32倍的血样本,采用两种方法的检验成功率均可达到100％;稀释64倍的样本,Chelex-100法成功率为41.3％、完整分型数为78.3％,自动化工作站成功率为13.0％、完整分型数为43.5％,两者比较,差异均有统计学意义(P＜0.01);稀释128倍的样本,成功率在Chelex-100法(8.7％)和自动化工作站(2.4％)之间比较,其差异无统计学意义(P＞0.05);稀释256倍以上,两种方法均无法获得分型结果.结论 自动化工作站适用于一定浓度血样的检验,而对于微量血样,Chelex-100法的效果可能更优.
关键词： 法医物证学 血样 倍比稀释 自动化工作站 Chelex-100 -
吸附性载体上微量血痕的DNA分型
目的 研究吸附性载体上微量血痕的DNA提取及其检验.方法 用Chelex-100法、QIAamp Mini Kit、及QIAamp Mini Kit改良法提取吸附性载体上微量血痕中的DNA,进行PCR扩增及STR检验.结果 采用Chelex-100法及QIAamp Mini Kit的分型成功率很低;采用QIAamp Mini Kit的改良法能较好的得到分型图谱.结论 采用QIAamp Mini Kit的改良法能较好的提取吸附性载体上微量血痕的模板DNA.
